1 Afs 138/2025 – Nejvyšší správní soud

1 Afs 138/2025- 78 - text

1 Afs 138/2025 - 82

pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Lenky Kaniové a soudců Ivo Pospíšila a Petra Pospíšila v právní věci žalobce: městys Cerhenice, se sídlem Školská 444, Cerhenice, zastoupeného JUDr. Jiřím Jarošem, Ph.D., advokátem se sídlem Na Pankráci 11/449, Praha 4, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 9. 2024, č. j. 25627/24/5100 10612

703694, v řízení o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Praze ze dne 26. 6. 2025, č. j. 41 Af 11/2024 125,

I. Rozsudek Krajského soudu v Praze ze dne 26. 6. 2025, č. j. 41 Af 11/2024 125, a rozhodnutí žalovaného ze dne 6. 9. 2024, č. j. 25627/24/5100 10612

703694, se zrušují a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen nahradit žalobci na náhradě nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti částku 68 258 Kč k rukám jeho zástupce JUDr. Jiřího Jaroše, Ph.D., a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

52. Po prostudování věci soud totiž dospěl k závěru, že je třeba zohlednit evropskou úpravu prekluzivní lhůty zakotvenou v čl. 3 odst. 1 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“), neboť dotační prostředky byly poskytnuty rovněž ze strukturálních fondů Evropské unie. Pokud by se na věc aplikovala tato unijní úprava, a nikoliv česká úprava obsažená v § 44a odst. 9 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění účinném do 19. 2. 2015, bylo by patrně nutno dospět k závěru, že daňové orgány stanovily stěžovateli odvod za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty. [13] Podle § 44a odst. 9 věty poslední rozpočtových pravidel platí: „Odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně. [14] Unijní úprava však konstruuje prekluzivní lhůty v souvislosti se stanovením postihu za porušení podmínek dotace odlišně. Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 platí: „Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. (…) Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno. [15] Pro úplnost kasační soud podotýká, že byť toto nařízení označuje lhůty jako „promlčecí“, ze znění čl. 3 odst. 1, jakož i z jeho teleologického výkladu je třeba dovodit, že tyto lhůty mají povahu lhůty prekluzivní (srov. rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021 66, č. 4333/2022 Sb. NSS, odst. [28]). [16] Dne 27. 11. 2025 vydal Soudní dvůr rozsudek ve věci C 539/24 Mikroregion Porta Bohemica, ve kterém uvedl následující odpovědi na předložené otázky:

1. Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty.

2. Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila.

3. Článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu. [17] Usnesením ze dne 5. 1. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025 58, Nejvyšší správní soud vyslovil, že se v řízení pokračuje, a vyzval účastníky k podání případného vyjádření k dopadům závěrů rozsudku Soudního dvora na nyní posuzovanou věc. [18] Stěžovatel ve svém vyjádření konstatoval, že odvod za porušení rozpočtové kázně ve výši 25 % z částky poskytnuté dotace mu byl stanoven po uplynutí prekluzivní lhůty, k čemuž měl krajský soud při rozhodování o žalobě přihlédnout. Stejně tak Nejvyšší správní soud je povinen k této skutečnosti přihlédnout z úřední povinnosti. Stěžovatel tedy navrhl, aby kasační soud zrušil jak napadený rozsudek, tak rozhodnutí žalovaného. Vzhledem k tomu, že dotace byla stěžovateli poskytnuta z části z prostředků EU, je třeba na posuzovanou věc aplikovat prekluzivní lhůty stanovené v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, a nikoliv § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel, který je s tímto nařízením v rozporu. [19] Konkrétně stěžovatel vysvětlil, že pokud jde o porušení rozpočtové kázně spočívající v údajné podstatné změně závazku, k tomuto pochybení došlo dne 17. 12. 2015 uzavřením dodatku č. 5 ke smlouvě o dílo. Rozhodnutí o poskytnutí dotace bylo vydáno ještě před tím, dne 30. 11. 2014. Za okamžik vzniku nesrovnalosti je tak třeba považovat den uzavření dodatku č. 5; od tohoto dne začala plynout osmiletá lhůta pro stanovení odvodu, která skončila dne 17. 12. 2023. Správce daně však uložil stěžovateli odvod dvěma platebními výměry ze dne 12. 8. 2022, které nabyly právní moci až dne 9. 9. 2024, kdy bylo stěžovateli doručeno rozhodnutí žalovaného. K pravomocnému uložení odvodu tedy došlo až po uplynutí osmileté prekluzivní lhůty ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. [20] Pro úplnost stěžovatel dodal, že právo správce daně k uložení odvodu prekludovalo i ve vztahu k druhé údajné nesrovnalosti – netransparentnosti zadávacích podmínek z důvodu nejasného stanovení způsobu úhrady ceny díla. Nesrovnalost vznikla nejpozději ke dni uzavření smlouvy o dílo dne 18. 11. 2014, což však bylo přede dnem rozhodnutí o poskytnutí dotace, a proto začala čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení o nesrovnalosti plynout až dnem rozhodnutí o poskytnutí dotace, tj. 30. 11. 2014 (stěžovatel ve skutečnosti ve svém vyjádření uvádí rok 2024, jedná se však o zjevnou chybu v psaní, pozn. NSS). Prvním úkonem směřujícím k šetření nesrovnalosti bylo zahájení daňové kontroly dne 19. 3. 2019, tedy až po uplynutí čtyřleté prekluzivní lhůty (k tomu došlo dne 30. 11. 2018). [21] Žalovaný ve svém vyjádření uvedl, že z důvodu jednotného metodického přístupu akceptuje závěry rozsudku Soudního dvora, jelikož má za to, že je lze v daném případě aplikovat. Nepovažoval proto za nutné se již k věci dále vyjadřovat a ponechal posouzení na úvaze Nejvyššího správního soudu. III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem [22] Nejvyšší správní soud při posuzování kasační stížnosti hodnotil, zda jsou splněny podmínky řízení. Zjistil, že kasační stížnost má požadované náležitosti a je projednatelná. Důvodnost kasační stížnosti posoudil v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

[23] Kasační stížnost je důvodná.

[24] Předně se kasační soud zabýval otázkou prekluze práva příslušného orgánu (daňových orgánů) uložit stěžovateli jako příjemci dotace postih za nedodržení povinností spojených s čerpáním dotace. K případné prekluzi je povinen přihlédnout z úřední povinnosti, neboť prekludovanému, a tudíž již neexistujícímu (zaniklému) právu nelze poskytovat ochranu (k tomu přiměřeně srov. např. nález ÚS ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, N 38/52 SbNU 387).

[25] S ohledem na závěry rozsudku Soudního dvora ve věci C 539/24 Mikroregion Porta Bohemica je třeba v projednávané věci posoudit prekluzivní lhůtu pro stanovení odvodu za porušení rozpočtové kázně podle unijní úpravy, konkrétně podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, a nikoliv podle § 44a odst. 9 rozpočtových pravidel, který je s uvedenou unijní úpravou v rozporu. O tom ostatně ani není mezi účastníky řízení sporu, jak vyplývá z jejich vyjádření poskytnutých v návaznosti na vydání rozsudku Soudního dvora.

[26] Nařízení č. 2988/95 stanovuje v čl. 3 odst. 1 dvě prekluzivní lhůty. Jednak lhůtu pro zahájení stíhání nesrovnalosti (viz první pododstavec tohoto ustanovení), která činí čtyři roky od okamžiku, kdy k nesrovnalosti (ve smyslu čl. 1 odst. 1 tohoto nařízení) došlo. „Stíháním“ ve smyslu tohoto ustanovení lze rozumět řízení, jehož účelem je uložení sankce (viz čl. 5 nařízení č. 2988/95), tedy rovněž daňové řízení vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně. Dále čl. 3 odst. 1 ve čtvrtém pododstavci stanovuje prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí o postihu ze strany příslušného orgánu, která se rovná dvojnásobku lhůty pro zahájení stíhání nesrovnalosti, tj. činí osm let. Uplynutím této lhůty tedy zaniká právo příslušného orgánu postihnout příjemce dotace za to, že se dopustil nesrovnalosti v souvislosti s čerpáním dotace.

[27] Z čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 vyplývá, že počátek prekluzivní lhůty, ať již se jedná o čtyřletou prekluzivní lhůtu pro zahájení stíhání, či osmiletou lhůtu pro stanovení postihu za nesrovnalost, se odvíjí od okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo. Podle čl. 1 odst. 2 uvedeného nařízení se nesrovnalostí rozumí jakékoli porušení právního předpisu vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v jejichž důsledku je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Unie (viz rozsudky ze dne 6. 10. 2015, ve věci C 59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und export, či ze dne 10. 4. 2025, ve věci C 657/23, Ministerstvo zemědělství). Obdobně Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023 85, konstatoval, že za nesrovnalost ve smyslu uvedeného nařízení je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU. Přitom platí, že pokud příjemce dotace poruší příslušné podmínky ještě před tím, než je mu dotace přiznána, dochází k nesrovnalosti (a tedy i k počátku běhu prekluzivní lhůty) okamžikem uzavření smlouvy či právní mocí rozhodnutí o přiznání dotace.

[28] V nyní posuzované věci byl předmětem sporu odvod za porušení rozpočtové kázně ve výši 25 % z hodnoty veřejné zakázky na stavební práce s názvem „Environmentální centrum Cerhenice“ (jednalo se o druhou zakázku uskutečněnou v rámci projektu, na který byla stěžovateli poskytnuta dotace, viz výše odst. 1), který správce daně uložil stěžovateli za tři porušení dotačních podmínek. V takovém případě je nutno určit počátek běhu prekluzivní lhůty pro každé pochybení (resp. nesrovnalost v terminologii nařízení č. 2988/95) zvlášť. Předmětem kasační stížnosti byla dvě porušení dotačních podmínek (umožnění podstatné změny smlouvy a netransparentně stanovené podmínky zadávací dokumentace); v souvislosti s oběma však daňové orgány stanovily odvod za porušení rozpočtové kázně po uplynutí příslušné prekluzivní lhůty, jak soud vysvětlí níže.

[29] První nesrovnalost (resp. porušení podmínek dotace) spočívala v uzavření dodatku č. 5 ke smlouvě o dílo na stavební práce Environmentální centrum Cerhenice, kterým mělo dojít k podstatné změně práv a povinností vyplývajících ze smlouvy, a tedy k porušení § 82 odst. 7 písm. b) a c) zákona o veřejných zakázkách. K uzavření tohoto dodatku došlo 17. 12. 2015, tedy již po dni rozhodnutí o poskytnutí dotace ze dne 30. 11. 2014 (k tomu NSS poznamenává, že postupně došlo ještě ke dvěma změnám rozhodnutí o poskytnutí dotace – ze dne 30. 11. 2015 a ze dne 19. 5. 2016; stěžovatel byl nicméně vázán podmínkami poskytnutí dotace již od právní moci původního rozhodnutí o poskytnutí dotace, a proto je třeba počátek případné prekluzivní lhůty, pakliže by k nesrovnalosti došlo ještě před přiznáním dotace, odvíjet od data prvního rozhodnutí o poskytnutí dotace). Pokud jde o čtyřletou lhůtu pro zahájení „stíhání nesrovnalosti“ (čl. 3 odst. 1 první pododstavec nařízení č. 2988/95), ta byla v případě tohoto porušení dotačních podmínek splněna, neboť k zahájení daňové kontroly, která vyústila v uložení dvou odvodů za porušení rozpočtové kázně, došlo dne 18. 3. 2019, tj. ještě před uplynutím této lhůty dne 17. 12. 2019. Nejvyšší správní soud však dospěl k závěru, že v případě uvedené nesrovnalosti byla překročena osmiletá prekluzivní lhůta pro uložení postihu (čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec nařízení č. 2988/95). Tato lhůta totiž uplynula dne 17. 12. 2023, zatímco k pravomocnému stanovení odvodů za porušení rozpočtové kázně došlo až rozhodnutím žalovaného ze dne 6. 9. 2024, které nabylo právní moci dne 9. 9. 2024.

[30] Druhou nesrovnalostí bylo netransparentní stanovení podmínek zadávací dokumentace (konkrétně se jednalo o nejasnosti v souvislosti s vyplácením ceny díla). Vzhledem k tomu, že k tomuto pochybení došlo ještě před přiznáním dotace (nejpozději ke dni uzavření smlouvy o dílo, která obsahovala tato nejasná ujednání, tj. dne 18. 11. 2014), počíná zde běh prekluzivní lhůty okamžikem právní moci rozhodnutí o přiznání dotace, tedy 30. 11. 2014. Čtyřletá lhůta pro zahájení stíhání nesrovnalosti tak uplynula dne 30. 11. 2018, tj. ještě před tím, než došlo k zahájení daňové kontroly (dne 18. 3. 2019) vedoucí k uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně. Nejvyšší správní soud proto konstatuje, že v případě této nesrovnalosti nebyla dodržena ani čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení.

[31] Nejvyšší správní soud závěrem zdůrazňuje, že povinnost podrobit se vyměření odvodu není časově bezbřehá, neboť je vázána prekluzivními lhůtami, k nimž je povinen správní orgán přihlížet z úřední povinnosti (srov. již zmíněný nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 1169/07). Prekluze práva uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně je přitom vadou natolik závažnou, že brání na základě dalších námitek uplatněných v tomto řízení o kasační stížnosti věcnému přezkoumání žalobou napadeného rozhodnutí i rozsudku krajského soudu. Vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty je proto zapotřebí považovat za nezákonné, k čemuž by měl krajský soud přihlédnout z úřední povinnosti. V důsledku toho došlo v řízení o žalobě k vadě, která měla za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé. Tím byl naplněn důvod kasační stížnosti uvedený v § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. IV. Závěr a náklady řízení

[32] Nejvyšší správní soud z výše uvedených důvodů shledal kasační stížnost důvodnou, a napadený rozsudek krajského soudu proto dle § 110 odst. 1 s. ř. s. zrušil. Jelikož již v řízení před krajským soudem byly dány důvody pro zrušení rozhodnutí správního orgánu [§ 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s.], zrušil Nejvyšší správní soud i rozhodnutí žalovaného a vrátil mu věc k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). V něm se bude žalovaný řídit závazným právním názorem vysloveným v tomto rozsudku.

[33] Podle § 110 odst. 3 věty druhé s. ř. s. v případě, že Nejvyšší správní soud zruší rozhodnutí žalovaného, rozhodne o nákladech řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení před krajským soudem.

[34] Podle § 60 odst. 1 s. ř. s., ve spojení s § 120 s. ř. s., má úspěšný stěžovatel právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů proti žalovanému, který neměl ve věci úspěch. Stěžovateli náleží náhrada za zaplacené soudní poplatky – 3 000 Kč za podání žaloby a 5 000 Kč za podání kasační stížnosti.

[35] V řízení o žalobě i kasační stížnosti byl stěžovatel zastoupen advokátem JUDr. Jiřím Jarošem, Ph.D. Pro určení výše nákladů na zastoupení se užije vyhláška č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (dále jen „advokátní tarif“). V řízení před krajským soudem učinil zástupce stěžovatele některé úkony právní služby přede dnem nabytí účinnosti novely advokátního tarifu provedené vyhláškou č. 258/2024 Sb., a tudíž se odměna za ně stanoví podle advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024 (čl. II vyhlášky č. 258/2024 Sb.). Jedná se o dva úkony právní služby, a to: převzetí a příprava zastoupení a sepsání správní žaloby [§ 11 odst. 1 písm. a), d) advokátního tarifu ve znění do 31. 12. 2024], za něž náleží odměna ve výši 6 200 Kč (3 100 Kč za každý úkon) a paušální náhrada hotových výdajů ve výši 600 Kč (300 Kč za každý úkon – viz § 13 odst. 4 advokátního tarifu ve znění do 31. 12. 2024), celkově tedy 6 800 Kč. Za účinnosti advokátního tarifu v aktuálním znění učinil zástupce stěžovatele v řízení před krajským soudem dva úkony právní služby spočívající v sepsání repliky a účasti na jednání dne 26. 6. 2025 [§ 11 písm. odst. 1 písm. d) a g) advokátního tarifu]. Při stanovení výše odměny za uvedený úkon vycházel soud z § 7 ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025, podle něhož „[v]e věcech žalob, kasačních stížností a dalších právních věcí projednávaných podle soudního řádu správního, jde li o rozhodnutí vydané správcem daně, se považuje za tarifní hodnotu a) výše peněžitého plnění nebo cena věci anebo práva, nejvýše však částka 500 000 Kč, nebo b) částka 113 000 Kč, nelze li hodnotu věci nebo práva vyjádřit v penězích nebo lze li ji zjistit jen s nepoměrnými obtížemi.“ Výše peněžitého plnění v posuzované věci (částka 5 635 486 Kč představující odvody za porušení rozpočtové kázně) převyšuje 500 000 Kč. Odměna za jeden úkon právní služby proto činí 10 300 Kč. K té je dle § 13 odst. 4 advokátního tarifu třeba připočíst paušální částku náhrady hotových výdajů ve výši 450 Kč za každý úkon právní služby. Za dva úkony právní služby tak jde o částku 21 500 Kč. Zástupce stěžovatele JUDr. Jiří Jaroš, Ph.D. vykonává advokacii ve společnosti Jaroš s.r.o., která je plátcem DPH [§ 137 odst. 3 písm. b) zákona č. 99/1963 Sb., občanského soudního řádu, ve spojení s § 64 s. ř. s.], soud proto zvýšil náhradu zastoupení o částku této daně. Celkově se tedy v řízení o žalobě jedná o částku 34 243 Kč.

[36] V řízení o kasační stížnosti učinil zástupce stěžovatele dva úkony právní služby spočívající v sepisu kasační stížnosti a vyjádření k rozsudku Soudního dvora C 539/24 [§ 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu]. Za zastupování v řízení o kasační stížnosti tak stěžovateli náleží odměna ve výši 21 500 Kč (§ 7 ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1. 2025, § 13 odst. 4 advokátního tarifu), po započítání DPH se jedná o částku 26 015 Kč.

[37] Celkově je tedy žalovaný povinen uhradit stěžovateli náklady řízení ve výši 68 258 Kč, a to k rukám jeho zástupce JUDr. Jiřího Jaroše, Ph.D., ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné. V Brně dne 10. února 2026

Lenka Kaniová

předsedkyně senátu

Plný text rozhodnutí