Podle právní úpravy účinné do 31. 12. 2013 mohly mít činnosti svým obsahem a výsledkem totožné (zde výzkum a vývoj léčiv, včetně ověřování jejich účinků) z hlediska možnosti uplatnit odpočet nákladů vynaložených na realizaci projektů výzkumu a vývoje od základu daně dle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, různý daňový režim podle toho, jakým způsobem byly uskutečňovány. Prováděl-li je ten, kdo nesl výzkumné riziko, vlastními silami, mohl si veškeré takto vynaložené prostředky uplatnit nejen jako náklad podle § 24 odst. 1, ale i podle § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, v tehdy účinném znění. Pokud si však tyto činnosti zajistil jako službu od subdodavatele, bonus v podobě dvojnásobného daňového uplatnění výdajů na uvedené služby mu v rozsahu, v jakém si dané činnosti od něj zajistil, nenáležel a nenáležel v zásadě ani subdodavateli.
[22] Jádro sporu tkví v tom, zda činnost žalobkyně spočívající v provádění klinického hodnocení humánních léčivých přípravků pro zadavatele – farmaceutické společnosti –naplňuje znaky výzkumu a vývoje ve smyslu § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů a zda si žalobkyně náklady na tuto činnost oprávněně odečetla od základu daně.
IV.a) Relevantní právní úprava a její účel
[23] Zákon o daních z příjmů ve výše citovaném ustanovení (ve znění účinném do 31. 12. 2013) stanoví: „Od základů daně lze odečíst 100 % výdajů (nákladů), které poplatník vynaložil v daném zdaňovacím období nebo období, za které se podává daňové přiznání, při realizaci projektů výzkumu a vývoje, které mají podobu experimentálních či teoretických prací, projekčních či konstrukčních prací, výpočtů, návrhů technologií, výroby funkčního vzorku či prototypu produktu nebo jeho části a na certifikaci výsledků dosažených prostřednictvím projektů výzkumu a vývoje. Pokud vynaložené výdaje (náklady) souvisejí s realizací projektů výzkumu a vývoje pouze zčásti, je možné od základů daně odečíst pouze tuto jejich část. Výdaje (náklady), které lze odečíst od základu daně, musí být výdaji (náklady) vynaloženými na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musí být evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů) poplatníka. Tento odpočet nelze uplatnit na služby, licenční poplatky (§ 19 odst. 7) a nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob s výjimkou výdajů (nákladů) vynaložených za účelem certifikace výsledků výzkumu a vývoje, a dále na ty výdaje (náklady), na které již byla i jen zčásti poskytnuta podpora z veřejných zdrojů.“
[24] Ministerstvo financí vydalo k provedení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů pokyn D-288, který slouží k zajištění jednotného postupu při uplatňování předmětného ustanovení tím, že správcům daně poskytuje návod k posuzování uplatněných odpočtů nákladů od základu daně za projekty výzkumu a vývoje. Pokyn D-288 mimo jiné stanoví podobu projektů výzkumu a vývoje, definici výzkumu a vývoje pro účely zákona o daních z příjmů, činnosti, které lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů, a které nikoli, a další podrobnosti. Zmíněný pokyn je interní normativní instrukcí, která pro správce daně představuje pokyn nadřízeného orgánu vůči orgánu služebně podřízenému. Nejedná se tedy o obecně závazný předpis, kterým by soud při svém rozhodování byl vázán. Závazný je primárně pro správce daně, který je povinen se jím řídit (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 9. 2012, čj. 2 Afs 55/2012-24). Pokyn D-288 tak lze na posouzení věci použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zákonem o daních z příjmů (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 10. 2006, čj. 8 Afs 3/2005-59).
[24] Ministerstvo financí vydalo k provedení § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů pokyn D-288, který slouží k zajištění jednotného postupu při uplatňování předmětného ustanovení tím, že správcům daně poskytuje návod k posuzování uplatněných odpočtů nákladů od základu daně za projekty výzkumu a vývoje. Pokyn D-288 mimo jiné stanoví podobu projektů výzkumu a vývoje, definici výzkumu a vývoje pro účely zákona o daních z příjmů, činnosti, které lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje pro účely odpočtu od základu daně z příjmů, a které nikoli, a další podrobnosti. Zmíněný pokyn je interní normativní instrukcí, která pro správce daně představuje pokyn nadřízeného orgánu vůči orgánu služebně podřízenému. Nejedná se tedy o obecně závazný předpis, kterým by soud při svém rozhodování byl vázán. Závazný je primárně pro správce daně, který je povinen se jím řídit (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 9. 2012, čj. 2 Afs 55/2012-24). Pokyn D-288 tak lze na posouzení věci použít jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zákonem o daních z příjmů (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 10. 2006, čj. 8 Afs 3/2005-59).
[25] Bod 2 pokynu D-288 uvádí, že „[z]ákladním kritériem pro odlišení výzkumu a vývoje od ostatních (příbuzných) činností je přítomnost ocenitelného prvku novosti a vyjasnění výzkumné nebo technické nejistoty“. Pro jejich posouzení se použijí tato doplňující (pomocná) kritéria: stanovené cíle projektu (jejich dosažitelnost a „vyhodnotitelnost“ po ukončení projektu), prvek novosti nebo novátorství, hledání předtím neodhalených jevů, struktur nebo vztahů, aplikace poznatků nebo techniky novým způsobem, výsledkem má být nové, hlubší chápání jevů, vztahů, principů s významem širším než pro jednoho poplatníka, očekávaný přínos (patent, licence, chráněný vzor apod.), kvalifikace pracovníků zařazených do projektu, používané metody, souvislost s větším celkem, míra obecnosti předpokládaných výsledků a souvislost projektu s jinou vědeckotechnickou činností. Poplatník není povinen splnit všechna doplňující kritéria současně pro to, aby jeho aktivity bylo možno označit za výzkum a vývoj.
[26] Podle bodu 3 písm. j) pokynu D-288 lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje prováděné poplatníkem při realizaci projektů pro účely odpočtu od základu daně z příjmů „zdravotnický a farmaceutický výzkum a vývoj včetně klinických zkoušek léků, vakcín nebo léčebných metod, avšak pouze do udělení povolení k výrobě“. Podle bodu 7. písm. a) odst. 2 pokynu nelze odpočet uplatnit na výdaje na činnost, které jsou uvedené v bodě 3 pokynu, „pokud poplatník činnosti sám neprovádí při realizaci projektu výzkumu a vývoje, ale pořizuje je od jiné osoby jako službu (např. testování léků či ověřování prototypu)“.
[26] Podle bodu 3 písm. j) pokynu D-288 lze zahrnout mezi činnosti výzkumu a vývoje prováděné poplatníkem při realizaci projektů pro účely odpočtu od základu daně z příjmů „zdravotnický a farmaceutický výzkum a vývoj včetně klinických zkoušek léků, vakcín nebo léčebných metod, avšak pouze do udělení povolení k výrobě“. Podle bodu 7. písm. a) odst. 2 pokynu nelze odpočet uplatnit na výdaje na činnost, které jsou uvedené v bodě 3 pokynu, „pokud poplatník činnosti sám neprovádí při realizaci projektu výzkumu a vývoje, ale pořizuje je od jiné osoby jako službu (např. testování léků či ověřování prototypu)“.
[27] Účelem § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů je podpora aktivit, které poplatník vyvíjí v rámci výzkumu a vývoje. Podstatou tohoto zvýhodnění je zavedení zvláštní položky odčitatelné od základu daně, a to ve výši nákladů (respektive výdajů), které poplatník v rámci svých aktivit v oblasti výzkumu a vývoje vynaložil; dochází tak de facto ke dvojímu uplatnění příslušných nákladů. Náklady vynaložené na výzkum a vývoj je možné uplatnit jako náklad ve smyslu § 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů (náklad na dosažení, zajištění a udržení příjmů) a poté totožné náklady uplatnit ještě jednou jako odpočet na podporu výzkumu a vývoje, tj. ve formě položky odčitatelné od základu daně.
[28] Jak již dříve Nejvyšší správní soud vyložil (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2011, čj. 8 Afs 13/2011-81), smyslem poskytnutí výhody daňovému subjektu spočívající ve dvojím uplatnění nákladů vynaložených na činnosti výzkumu a vývoje je podpora zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (vědecké ústavy), tak také podnikatelskými subjekty. Z citovaného ustanovení vyplývá úmysl zákonodárce podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím tedy zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách, a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti. Není-li daňový subjekt schopen zajistit celý výzkumný a vývojový proces z vlastních (ať již materiálních či pracovních) zdrojů, nemůže využívat daňové zvýhodnění právě u těch činností, které sám nezajišťuje. Smyslem úpravy je stimulovat tyto osoby v investování tzv. rizikového kapitálu do výzkumu a vývoje, tedy vytváření podmínek pro výzkum a vývoj uvnitř podniku.
[28] Jak již dříve Nejvyšší správní soud vyložil (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 7. 2011, čj. 8 Afs 13/2011-81), smyslem poskytnutí výhody daňovému subjektu spočívající ve dvojím uplatnění nákladů vynaložených na činnosti výzkumu a vývoje je podpora zájmu státu na provádění výzkumu a vývoje jak specializovanými osobami (vědecké ústavy), tak také podnikatelskými subjekty. Z citovaného ustanovení vyplývá úmysl zákonodárce podpořit provádění výzkumu a vývoje vlastními pracovníky, a tím tedy zvýšit zájem podnikatelských subjektů o kvalifikované zaměstnance, což může pozitivně vést ke zvýšení poptávky po vysoce vzdělaných pracovních silách, a tudíž i ke zvýšení jejich zaměstnanosti. Není-li daňový subjekt schopen zajistit celý výzkumný a vývojový proces z vlastních (ať již materiálních či pracovních) zdrojů, nemůže využívat daňové zvýhodnění právě u těch činností, které sám nezajišťuje. Smyslem úpravy je stimulovat tyto osoby v investování tzv. rizikového kapitálu do výzkumu a vývoje, tedy vytváření podmínek pro výzkum a vývoj uvnitř podniku.
[29] Ostatně účel právní úpravy, jak byl vyložen v judikatuře, vyplývá již ze samotného textu citovaného ustanovení. To totiž nejprve vyjmenovává, náklady na jaké činnosti lze odečíst od základu daně. Zákon zde obecně stanoví, jakou podobu mají mít činnosti, s nimiž souvisejí náklady při realizaci výzkumu a vývoje (věta první). Poté zákon vymezuje omezující podmínky, tedy podmínky, za kterých odpočet od základu daně uplatnit nelze. Náklady nelze uplatnit v plné výši, pokud s výzkumem a vývojem souvisejí pouze částečně (věta druhá), dále pak tyto náklady musejí být vynaloženy na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musejí být evidovány odděleně od ostatních nákladů (věta třetí). Věta čtvrtá pak zapovídá odpočet takových nákladů, které buď byly vynaloženy na služby, nebo na licenční poplatky, nebo na nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob (nejde-li o certifikaci) a na náklady, které již byly pokryty z veřejné podpory. Z omezujících podmínek vyjmenovaných v tomto ustanovení tak jednoznačně vyplývá jedna ze zásadních vlastností nákladů, které mohou být od základu daně odečteny, a to ta, že nejde o náklady vynaložené na služby.
IV.b) Vlastní posouzení věci
(…) [31] Soud z předloženého spisového materiálu zjistil, že žalobkyně je nestátním zdravotnickým zařízením, které na základě smluv s výrobci léků (zpravidla zahraniční farmaceutické společnosti) provádí klinické hodnocení humánních léčivých přípravků. Podstatou této činnosti (která je ve všech předložených projektech popsána obdobným způsobem a za obdobných podmínek) je vybrání vhodného vzorku ze skupiny pacientů navštěvujících žalobkyni, kterým je následně podle přesně stanoveného postupu (přesně určené dávky, doba a způsob dávkování) podáváno testované léčivo, a následné vyhodnocování účinků podávané látky. Klinické hodnocení je přitom třetí fází vývoje nových léčivých přípravků, kdy je vyvinutý lék testován na větším vzorku pacientů.
[29] Ostatně účel právní úpravy, jak byl vyložen v judikatuře, vyplývá již ze samotného textu citovaného ustanovení. To totiž nejprve vyjmenovává, náklady na jaké činnosti lze odečíst od základu daně. Zákon zde obecně stanoví, jakou podobu mají mít činnosti, s nimiž souvisejí náklady při realizaci výzkumu a vývoje (věta první). Poté zákon vymezuje omezující podmínky, tedy podmínky, za kterých odpočet od základu daně uplatnit nelze. Náklady nelze uplatnit v plné výši, pokud s výzkumem a vývojem souvisejí pouze částečně (věta druhá), dále pak tyto náklady musejí být vynaloženy na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů a musejí být evidovány odděleně od ostatních nákladů (věta třetí). Věta čtvrtá pak zapovídá odpočet takových nákladů, které buď byly vynaloženy na služby, nebo na licenční poplatky, nebo na nehmotné výsledky výzkumu a vývoje pořízené od jiných osob (nejde-li o certifikaci) a na náklady, které již byly pokryty z veřejné podpory. Z omezujících podmínek vyjmenovaných v tomto ustanovení tak jednoznačně vyplývá jedna ze zásadních vlastností nákladů, které mohou být od základu daně odečteny, a to ta, že nejde o náklady vynaložené na služby.
IV.b) Vlastní posouzení věci
(…) [31] Soud z předloženého spisového materiálu zjistil, že žalobkyně je nestátním zdravotnickým zařízením, které na základě smluv s výrobci léků (zpravidla zahraniční farmaceutické společnosti) provádí klinické hodnocení humánních léčivých přípravků. Podstatou této činnosti (která je ve všech předložených projektech popsána obdobným způsobem a za obdobných podmínek) je vybrání vhodného vzorku ze skupiny pacientů navštěvujících žalobkyni, kterým je následně podle přesně stanoveného postupu (přesně určené dávky, doba a způsob dávkování) podáváno testované léčivo, a následné vyhodnocování účinků podávané látky. Klinické hodnocení je přitom třetí fází vývoje nových léčivých přípravků, kdy je vyvinutý lék testován na větším vzorku pacientů.
[32] Při hodnocení této činnosti z hlediska kategorií výzkumu a vývoje lze vyjít z § 5 odst. 2 zákona č. 378/2007 Sb., o léčivech a o změnách některých souvisejících zákonů (zákon o léčivech), který klinické hodnocení léčivých přípravků řadí pod pojem výzkum léčiv, jehož cílem je prokázat jejich účinnost, bezpečnost nebo jakost. Dle § 51 odst. 2 písm. a) zákona o léčivech se klinickým hodnocením rozumí systematické testování jednoho, nebo několika hodnocených léčivých přípravků s cílem ověřit bezpečnost nebo účinnost léčivého přípravku, včetně klinických hodnocení v jednom, nebo několika místech v České republice, popřípadě v dalších členských státech, prováděné na subjektech hodnocení za účelem zjistit nebo ověřit klinické, farmakologické nebo jiné farmakodynamické účinky, stanovit nežádoucí účinky, studovat absorpci, distribuci, metabolismus nebo vylučování. Multicentrickým klinickým hodnocením (které žalobkyně též prováděla v nyní souzené věci) zákon rozumí „hodnocení, které je prováděné podle jednoho protokolu, ale na několika místech klinického hodnocení […], a tudíž i několika zkoušejícími, přičemž místa hodnocení se mohou nacházet v České republice, popřípadě v dalších členských státech anebo i v třetích zemích“ [§ 51 odst. 2 písm. b) zákona o léčivech]. Protokolem se rozumí „dokument, který popisuje, cíl, uspořádání, metodiku, statistické rozvahy a organizaci klinického hodnocení, a to včetně jeho případných dalších verzí a dodatků“ [§ 51 odst. 2 písm. f) zákona o léčivech].
[32] Při hodnocení této činnosti z hlediska kategorií výzkumu a vývoje lze vyjít z § 5 odst. 2 zákona č. 378/2007 Sb., o léčivech a o změnách některých souvisejících zákonů (zákon o léčivech), který klinické hodnocení léčivých přípravků řadí pod pojem výzkum léčiv, jehož cílem je prokázat jejich účinnost, bezpečnost nebo jakost. Dle § 51 odst. 2 písm. a) zákona o léčivech se klinickým hodnocením rozumí systematické testování jednoho, nebo několika hodnocených léčivých přípravků s cílem ověřit bezpečnost nebo účinnost léčivého přípravku, včetně klinických hodnocení v jednom, nebo několika místech v České republice, popřípadě v dalších členských státech, prováděné na subjektech hodnocení za účelem zjistit nebo ověřit klinické, farmakologické nebo jiné farmakodynamické účinky, stanovit nežádoucí účinky, studovat absorpci, distribuci, metabolismus nebo vylučování. Multicentrickým klinickým hodnocením (které žalobkyně též prováděla v nyní souzené věci) zákon rozumí „hodnocení, které je prováděné podle jednoho protokolu, ale na několika místech klinického hodnocení […], a tudíž i několika zkoušejícími, přičemž místa hodnocení se mohou nacházet v České republice, popřípadě v dalších členských státech anebo i v třetích zemích“ [§ 51 odst. 2 písm. b) zákona o léčivech]. Protokolem se rozumí „dokument, který popisuje, cíl, uspořádání, metodiku, statistické rozvahy a organizaci klinického hodnocení, a to včetně jeho případných dalších verzí a dodatků“ [§ 51 odst. 2 písm. f) zákona o léčivech].
[33] Zadavatelem „je fyzická nebo právnická osoba, která odpovídá za zahájení, řízení, popřípadě financování klinického hodnocení; může jím být pouze osoba, která má bydliště nebo je usazena na území České republiky nebo některého z členských států, popřípadě osoba, která ustanovila oprávněného zástupce splňujícího tuto podmínku“ [§ 51 odst. 2 písm. d) zákona o léčivech]. Zkoušejícím je lékař, který odpovídá za průběh klinického hodnocení v daném místě hodnocení (§ 52 odst. 2 zákona o léčivech).
[33] Zadavatelem „je fyzická nebo právnická osoba, která odpovídá za zahájení, řízení, popřípadě financování klinického hodnocení; může jím být pouze osoba, která má bydliště nebo je usazena na území České republiky nebo některého z členských států, popřípadě osoba, která ustanovila oprávněného zástupce splňujícího tuto podmínku“ [§ 51 odst. 2 písm. d) zákona o léčivech]. Zkoušejícím je lékař, který odpovídá za průběh klinického hodnocení v daném místě hodnocení (§ 52 odst. 2 zákona o léčivech).
[34] S ohledem na shora uvedené lze na tomto místě učinit mezitímní závěr, že klinické hodnocení léčivých přípravků je obecně, vzhledem ke své povaze, činností podřaditelnou pod pojem výzkumu a vývoje. Klinické hodnocení spočívá v hledání předtím neodhalených jevů, struktur a vztahů (zjištění účinků, stanovení nežádoucích účinků aj.), výsledkem má být nové, hlubší chápání jevů a vztahů s významem širším než pro žalobkyni samotnou. Do činnosti jsou nutně zapojeni vysoce kvalifikovaní pracovníci, jsou používány přesně vymezené vědecké metody. Jak již bylo řečeno, jde o závěrečnou a zcela nezbytnou fázi vývoje nových léčivých přípravků – souvislost s větším celkem a s jinou vědeckotechnickou činností je zde tedy zcela zjevná. Lze shrnout, že hlavním účelem této činnosti je vyjasnění výzkumné nejistoty, je zde tedy přítomen základní definiční prvek výzkumu a vývoje. Tomuto přístupu konvenuje též pokyn D-288, který v bodu 3 písm. j) mezi činnosti výzkumu a vývoje při realizaci projektů řadí mimo jiné klinické zkoušky léků. Soud nezpochybňuje východisko žalobkyně i krajského soudu, že jde o zcela nezbytnou součást dlouhého procesu výzkumu a vývoje nových léčiv, která v sobě nese definiční prvky výzkumu a vývoje (zejména novost a výzkumná nejistota).
[35] V souzené věci je však podstatné, že pro možnost uplatnění nákladů na klinické hodnocení léků jako položky odečitatelné od základu daně musí být, vedle podmínky, aby činnost naplňovala definiční znaky výzkumu a vývoje, naplněna též negativní podmínka stanovená zákonem (a specifikovaná pokynem D-288 v bodu 7), že tuto činnost při realizaci projektu musí poplatník provádět sám a nepořizovat ji jako službu. Touto podmínkou je vyjádřen ryzí účel dotčeného ustanovení, tedy podpora výzkumu a vývoje prováděná vlastními pracovníky v rámci jednoho podnikatelského subjektu.
[35] V souzené věci je však podstatné, že pro možnost uplatnění nákladů na klinické hodnocení léků jako položky odečitatelné od základu daně musí být, vedle podmínky, aby činnost naplňovala definiční znaky výzkumu a vývoje, naplněna též negativní podmínka stanovená zákonem (a specifikovaná pokynem D-288 v bodu 7), že tuto činnost při realizaci projektu musí poplatník provádět sám a nepořizovat ji jako službu. Touto podmínkou je vyjádřen ryzí účel dotčeného ustanovení, tedy podpora výzkumu a vývoje prováděná vlastními pracovníky v rámci jednoho podnikatelského subjektu.
[36] Podle soudu je v posuzované věci nepochybné, že vlastní výzkumná aktivita neprobíhala u žalobkyně, ale u zadavatele (farmaceutické společnosti). Zadavatel nový lék vyvíjel, s ohledem na předcházející fáze vývoje pak vyvinul též zadání, podle kterého probíhala třetí fáze vývoje léku. Zadavatel stanovil, v jakých dávkách, kdy, komu a jak bude testovaný lék podáván. Ve většině případů šlo o randomizovanou dvojitě zaslepenou studii – žalobkyně tedy sama nevěděla, zda vůbec pacientům podává vyvíjenou látku, či placebo, případně v jaké koncentraci je látka podávána. Žalobkyně nemohla průběh klinického hodnocení sama ovlivnit, neboť toto musí probíhat na základě jasně stanovených pravidel vytvořených právě zadavatelem. Jedinou možností, jak mohla do průběhu hodnocení zasáhnout, bylo jeho ukončení. Zadání je v případě multicentrického hodnocení totožné pro více zkoušejících zdravotnických zařízení. Žalobkyně tedy nemohla do průběhu testování přinést žádnou vlastní iniciativu upravující nastavený postup, či výzkumnou aktivitu, která by měla vliv na její průběh či výsledek. Zadavatel klinického hodnocení je plně odpovědný za jeho organizování, zahájení i konečné zpracování výsledků získaných od jednotlivých zkoušejících. Činnost žalobkyně tak de facto spočívala v plnění jasně stanovených pokynů na základě objednávky zadavatele, byť samozřejmě toto plnění spočívalo ve vysoce odborné medicínské činnosti. Taková činnost proto musí být vnímána jako poskytnutí služby poplatníkovi, který výzkum a vývoj provádí.
[36] Podle soudu je v posuzované věci nepochybné, že vlastní výzkumná aktivita neprobíhala u žalobkyně, ale u zadavatele (farmaceutické společnosti). Zadavatel nový lék vyvíjel, s ohledem na předcházející fáze vývoje pak vyvinul též zadání, podle kterého probíhala třetí fáze vývoje léku. Zadavatel stanovil, v jakých dávkách, kdy, komu a jak bude testovaný lék podáván. Ve většině případů šlo o randomizovanou dvojitě zaslepenou studii – žalobkyně tedy sama nevěděla, zda vůbec pacientům podává vyvíjenou látku, či placebo, případně v jaké koncentraci je látka podávána. Žalobkyně nemohla průběh klinického hodnocení sama ovlivnit, neboť toto musí probíhat na základě jasně stanovených pravidel vytvořených právě zadavatelem. Jedinou možností, jak mohla do průběhu hodnocení zasáhnout, bylo jeho ukončení. Zadání je v případě multicentrického hodnocení totožné pro více zkoušejících zdravotnických zařízení. Žalobkyně tedy nemohla do průběhu testování přinést žádnou vlastní iniciativu upravující nastavený postup, či výzkumnou aktivitu, která by měla vliv na její průběh či výsledek. Zadavatel klinického hodnocení je plně odpovědný za jeho organizování, zahájení i konečné zpracování výsledků získaných od jednotlivých zkoušejících. Činnost žalobkyně tak de facto spočívala v plnění jasně stanovených pokynů na základě objednávky zadavatele, byť samozřejmě toto plnění spočívalo ve vysoce odborné medicínské činnosti. Taková činnost proto musí být vnímána jako poskytnutí služby poplatníkovi, který výzkum a vývoj provádí.
[37] Soud přisvědčuje stěžovateli (a v řízení o této skutečnosti nebylo mezi účastníky sporu), že žalobkyně neměla s prováděným klinickým hodnocením žádné dodatečné náklady, které by spočívaly v nutných investicích pro provádění činnosti, kterou si u ní zadavatel objednal. Je pravdou, že prováděná činnost je vysoce odborná, nicméně plně odpovídá povaze činnosti žalobkyně, která je zdravotnickým zařízením, u kterého se zázemí a vybavení (personální i materiální) pro tento druh odborné činnosti předpokládá. U žalobkyně samotné se nejednalo o výzkum a vývoj; o ten se jednalo naopak u zadavatelů, kteří nesli zákonodárcem předpokládané zvýšené riziko dané vyšší mírou nejistoty ohledně komerční využitelnosti výsledků výzkumu a vývoje. Žalobkyně tedy nenesla zvýšenou míru podnikatelského rizika předpokládanou zákonodárcem v oblasti výzkumu a vývoje, nýbrž se pohybovala toliko v oblasti „běžného“ podnikání, kterou zákonodárce bonifikovat nechtěl; není tedy důvodu, proč takovou činnost prováděnou žalobkyní mimořádně daňově zvýhodňovat. Zadavatelé (farmaceutické společnosti) žalobkyni předali testovaný materiál (vyvíjené léčivo) a další materiál potřebný pro klinické testování včetně vybavení, zavázali ji přesnými postupy. Žalobkyně zadavatelům poskytovala službu, za kterou jí náležela úplata dle uzavřených smluv.
[37] Soud přisvědčuje stěžovateli (a v řízení o této skutečnosti nebylo mezi účastníky sporu), že žalobkyně neměla s prováděným klinickým hodnocením žádné dodatečné náklady, které by spočívaly v nutných investicích pro provádění činnosti, kterou si u ní zadavatel objednal. Je pravdou, že prováděná činnost je vysoce odborná, nicméně plně odpovídá povaze činnosti žalobkyně, která je zdravotnickým zařízením, u kterého se zázemí a vybavení (personální i materiální) pro tento druh odborné činnosti předpokládá. U žalobkyně samotné se nejednalo o výzkum a vývoj; o ten se jednalo naopak u zadavatelů, kteří nesli zákonodárcem předpokládané zvýšené riziko dané vyšší mírou nejistoty ohledně komerční využitelnosti výsledků výzkumu a vývoje. Žalobkyně tedy nenesla zvýšenou míru podnikatelského rizika předpokládanou zákonodárcem v oblasti výzkumu a vývoje, nýbrž se pohybovala toliko v oblasti „běžného“ podnikání, kterou zákonodárce bonifikovat nechtěl; není tedy důvodu, proč takovou činnost prováděnou žalobkyní mimořádně daňově zvýhodňovat. Zadavatelé (farmaceutické společnosti) žalobkyni předali testovaný materiál (vyvíjené léčivo) a další materiál potřebný pro klinické testování včetně vybavení, zavázali ji přesnými postupy. Žalobkyně zadavatelům poskytovala službu, za kterou jí náležela úplata dle uzavřených smluv.
[38] Žalobkyně nenesla ani riziko výzkumné nejistoty, ta ležela na zadavateli. V případě negativního výsledku klinického hodnocení dojde k tomu, že vývoj léčiva nepostoupí do další fáze, tedy lék nebude vyráběn. V takové situaci není zmařena riziková investice, kterou vynaložila žalobkyně, ale investice zadavatele klinického hodnocení. Z hlediska činnosti žalobkyně je neúspěch třetí fáze vývoje léčiva nepodstatný; význam má pouze pro zadavatele, který by případně nově vyvinuté léčivo distribuoval jako svůj výrobek. Žalobkyně svou činností nenaplňovala ani kritérium novosti; tu lze při výzkumu a vývoji léků spatřovat v jeho cíli, tedy vyvinutí nového léčiva. I toto kritérium je tedy naplněno u zadavatele. Žalobkyně neprováděla ani konečné hodnocení účinnosti léčebné látky. Vědecká práce prezentované žalobkyní (odborné články) jako výstup výzkumu a vývoje sice přispívají k vývoji léků, není ale výsledkem vlastní vědeckovýzkumné činnosti žalobkyně.
[38] Žalobkyně nenesla ani riziko výzkumné nejistoty, ta ležela na zadavateli. V případě negativního výsledku klinického hodnocení dojde k tomu, že vývoj léčiva nepostoupí do další fáze, tedy lék nebude vyráběn. V takové situaci není zmařena riziková investice, kterou vynaložila žalobkyně, ale investice zadavatele klinického hodnocení. Z hlediska činnosti žalobkyně je neúspěch třetí fáze vývoje léčiva nepodstatný; význam má pouze pro zadavatele, který by případně nově vyvinuté léčivo distribuoval jako svůj výrobek. Žalobkyně svou činností nenaplňovala ani kritérium novosti; tu lze při výzkumu a vývoji léků spatřovat v jeho cíli, tedy vyvinutí nového léčiva. I toto kritérium je tedy naplněno u zadavatele. Žalobkyně neprováděla ani konečné hodnocení účinnosti léčebné látky. Vědecká práce prezentované žalobkyní (odborné články) jako výstup výzkumu a vývoje sice přispívají k vývoji léků, není ale výsledkem vlastní vědeckovýzkumné činnosti žalobkyně.
[39] Nepřiléhavá je též argumentace žalobkyně, že výklad provedený daňovými orgány by vedl k obsolentnosti bodu 3 písm. j) pokynu D-288, tedy jinak řečeno k tomu, že náklady na klinické hodnocení léků nebude moci jako odečitatelnou položku od základu daně uplatnit nikdo. Jak totiž vyplývá ze shora uvedeného, účelem zákona v rozhodném znění není, aby daňové zvýhodnění spojené s prováděním činností výzkumu a vývoje mohlo být uplatněno „za každou cenu“, ať již tuto činnost provádí kdokoli. Naopak, cílem je nepřímá podpora rozvoje vědeckovýzkumných kapacit právě a jen u poplatníka, který výzkum a vývoj vlastními materiálními a personálními prostředky provádí. Nehodlá-li (či nemůže) provádět veškeré činnosti výzkumu a vývoje svými silami, ale nakoupí tyto činnosti jako službu, není důvodu tento způsob provádění výzkumu a vývoje daňově zvýhodňovat prostřednictvím nepřímé podpory dle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů. Bod 7 písm. a) odst. 2 pokynu ve spojení s § 34 odst. 4 tedy nemá za primární účel zabránění dvojího uplatnění odpočitatelné položky na tytéž činnosti u různých subjektů, jak svou argumentací implikuje žalobkyně. Jeho cílem je podpora výzkumu a vývoje prováděného jednotlivými subjekty v rámci vnitropodnikové činnosti prováděné vlastními prostředky a vlastními pracovníky. Soud proto konstatuje, že nemožnost uplatnění odečitatelné položky u zadavatele z důvodu obstarání určité činnosti výzkumu a vývoje formou služby neznamená automatické přenesení možnosti uplatnění této daňové výhody u žalobkyně (poskytovatele služby).
[40] Využívání služeb třetích osob není z daňového hlediska opomíjeno: za splnění zákonných předpokladů § 24 zákona o daních z příjmů, tedy při spojitosti s dosažením, zajištěním a udržením zdanitelných příjmů, může daňový subjekt odečíst pro zjištění základu daně takto vynaložené výdaje (náklady). Bonus v podobě § 34 odst. 4 je pak nadto poskytován poplatníkům, kteří provádějí výzkum a vývoj vlastními silami.
[40] Využívání služeb třetích osob není z daňového hlediska opomíjeno: za splnění zákonných předpokladů § 24 zákona o daních z příjmů, tedy při spojitosti s dosažením, zajištěním a udržením zdanitelných příjmů, může daňový subjekt odečíst pro zjištění základu daně takto vynaložené výdaje (náklady). Bonus v podobě § 34 odst. 4 je pak nadto poskytován poplatníkům, kteří provádějí výzkum a vývoj vlastními silami.
[41] Nepochybným a zákonodárcem v rozhodném znění zákona o daních z příjmů chtěným a dostatečně jednoznačně vyjádřeným důsledkem je, že činnosti svým obsahem a výsledkem totožné (zde výzkum a vývoj léčiv včetně ověřování jejich účinků) budou mít různý daňový režim podle toho, jakým způsobem budou uskutečňovány. Pokud je bude provádět ten, kdo nese výzkumné riziko vlastními silami, může si veškeré takto vynaložené náklady uplatnit dvakrát. Pokud však některé, či dokonce všechny části uvedených činností zajistí tak, že si je opatří jako službu od subdodavatelů (jako nyní v případě žalobkyně, jež byla jednou z takových subdodavatelek), bonus v podobě dvojnásobného daňového uplatnění výdajů na uvedené služby mu nenáleží a nenáleží ani subdodavateli (samozřejmě vyjma případů, kdy činnost subdodavatele sama o sobě má povahu výzkumu a vývoje, což u žalobkyně naplněno není). Různé daňové režimy jsou zde ještě ústavně akceptovatelné řešení, neboť jde o řešení opřené o v zásadě racionální kritérium (srov. např. nález Ústavního soudu ze dne 21. 4. 2009, sp. zn. Pl. ÚS 29/08, č. 89/2009 Sb. ÚS, bod 49, nález Ústavního soudu ze dne 10. 7. 2014, sp. zn. Pl. ÚS 31/13, č. 138/2014 Sb. ÚS, body 43 a násl., či nález Ústavního soudu ze dne 12. 7. 2016, sp. zn. Pl. ÚS 18/15, č. 121/2016 Sb. ÚS, zejm. bod 121) – zákonodárce v rozhodné právní úpravě bonifikoval dvojnásobným daňovým uznáním vynaloženého nákladu určitý způsob provádění výzkumu a vývoje, jejž považoval z důvodů hospodářské politiky za podpory hodný, a sice výzkum a vývoj prováděný vlastními prostředky příslušného daňového subjektu. Jakkoli může být toto rozhodnutí zákonodárce z hledisek ekonomické efektivity považováno za problematické (řešení otázek výzkumu a vývoje formou nakupování dílčích služeb od subdodavatelů může být flexibilnější a v posledku levnější způsob, jak dosáhnout sledovaného cíle, a tedy způsob efektivněji přerozdělující vzácné zdroje v ekonomice), sleduje ještě ústavně legitimní cíl, a sice posílení vlastní výzkumné kapacity toho, kdo má být bonifikován, a jeho motivaci k tomu, aby výzkumné a vývojové činnosti prováděl „ve vlastní režii“, tedy – v očích zákonodárce – pokud možno s dlouhodobější a v českém prostředí trvaleji zakořeněnou perspektivou. Daňové pravidlo podporující posílení vlastní výzkumné kapacity daňových subjektů je zde nástrojem hospodářské politiky. Má motivovat daňové subjekty k takovému chování, které posílí technologickou a vědeckou vyspělost české ekonomiky posílením vlastních výzkumných a vývojových kapacit těch daňových subjektů, které nesou výzkumné riziko. (…)