I. Oprava základu daně a daně je samostatným zdanitelným plněním (§ 42 odst. 3 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty). Přestože se váže vždy k již v minulosti uskutečněnému zdanitelnému plnění, uplatňuje ji daňový subjekt vždy samostatně v řádném (nikoli dodatečném) daňovém přiznání, a to nezávisle na původním zdanitelném plnění. K podání daňového přiznání, v němž je oprava uplatněna, je daňový subjekt omezen pouze lhůtou stanovenou v § 148 odst. 1 daňového řádu. Tato lhůta náleží i správci daně k vyměření daně (zde: uplatní se standardní časové pravidlo pro uplatnění nároku na odpočet daně dle § 73 zákona o dani z přidané hodnoty). II. Povinnost podat daňové přiznání ve lhůtě stanovené v § 42 odst. 5 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění do 31. 3. 2019 ze zákona nelze dovodit.
[15] V projednávané věci je sporný výklad § 42 odst. 5 zákona o dani z přidané hodnoty (ve znění do 31. 3. 2019), podle kterého: „Opravu základu daně a výše daně nelze provést po uplynutí 3 let od konce zdaňovacího období, ve kterém vznikla povinnost přiznat daň u původního uskutečněného zdanitelného plnění, nebo došlo k přijetí úplaty, pokud se zdanitelné plnění ještě neuskutečnilo.“
[16] Zatímco stěžovatelka tvrdí, že z uvedeného ustanovení plyne pouze to, že opravu původního základu daně je nutno provést ve tříleté lhůtě prostřednictvím vydaného dobropisu (tedy vystavit opravný doklad), žalovaný různými interpretačními metodami dospěl k názoru, že v této tříleté lhůtě musí být rovněž podáno daňové přiznání opravu obsahující (tedy fakticky opravný doklad „daňově“ uplatnit). Mezi stranami je v základu veden spor, zda bylo daňové přiznání dne 26. 1. 2015, kterým byla oprava daně jako samostatného plnění tvrzena, podáno včas. Žalovaný tedy netvrdí, že stěžovatelka nemá hmotněprávní nárok na vrácení daně, ale pouze to, že již daň nelze vyměřit z důvodu uplynutí lhůty pro uplatnění nároku.
[17] Nejvyšší správní soud interpretaci žalovaného nesdílí. Smyslem opravy základu daně a výše daně je „napravit“ původní fakturaci; § 42 zákona o dani z přidané hodnoty v odst. 5 stanovil, kdy je tuto opravu plátce povinen provést, do kdy je povinen vystavit a doručit opravný daňový doklad. Nestanovil však již, dokdy je povinen tento opravný doklad uplatnit v daňovém přiznání, resp. do kdy je povinen toto přiznání podat.
[18] Sporné ustanovení zákona (ve znění do 31. 3. 2019) výslovně stanovilo pouze lhůtu pro faktické provedení opravy základu a výše daně (vystavení daňového dobropisu); tuto nelze zaměňovat s lhůtou pro podání daňového přiznání. Vystavení dokladu je pouze podkladem pro tvrzení, která je povinen plátce uvést v daňovém přiznání; pouze na základě podaného daňového přiznání poté správce stanoví (vyměří) daň.
[18] Sporné ustanovení zákona (ve znění do 31. 3. 2019) výslovně stanovilo pouze lhůtu pro faktické provedení opravy základu a výše daně (vystavení daňového dobropisu); tuto nelze zaměňovat s lhůtou pro podání daňového přiznání. Vystavení dokladu je pouze podkladem pro tvrzení, která je povinen plátce uvést v daňovém přiznání; pouze na základě podaného daňového přiznání poté správce stanoví (vyměří) daň.
[19] Opravou je myšleno interní zaúčtování v evidenci plátce (a doručení dokladu protistraně), žádný jiný logický výklad, kterým by bylo možno dospět k závěru, že opravou se rozumí současně i uplatnění dokladu v daňovém přiznání, jak tvrdí žalovaný a potažmo krajský soud, Nejvyšší správní soud nenachází. Nelze přisvědčit žalovanému, že z textu zákona plyne, že tato oprava je spojena s povinností podat daňové přiznání, což dovozuje z tezí, že pojmy základ daně a výše daně mají jasnou souvztažnost k právu daňovému, přitom má-li dojít k zásahům do základu daně a návazně do výše daně, musejí být tyto zásahy vyjádřeny formálně v rámci některého z podání adresovaných správci daně. Nejvyšší správní soud nepopírá, že samotná skutečnost, že opravný doklad byl vystaven, bez dalšího neznamená, že tato skutečnost bude daňovým subjektem promítnuta do jeho nároku na změnu základu daně a výše daně. Povinnost podat v tříleté lhůtě dle § 42 odst. 5 zákona o dani z přidané hodnoty daňové přiznání, v němž je oprava uplatněna, však dle názoru Nejvyššího správního soudu nelze dovodit ani prostým gramatickým výkladem, jak tvrdí žalovaný, neboť taková věta tam jednoduše (do 31. 3. 2019) chybí, a nelze k této povinnosti dospět ani pomocí výkladu teleologického, o který se žalovaný pokouší. Nelze mu především přisvědčit v tom, že byť požadavek vykázání opravy základu daně a výše daně v daňovém přiznání v tříleté lhůtě není v zákoně o dani z přidané hodnoty přímo uveden, je jasně zavedena aplikační praxe, dle které k uplatnění opravy prostřednictvím daňového přiznání musí dojít v tříleté lhůtě dle § 42 odst. 5 zákona o dani z přidané hodnoty. Pokud se žalovaný dovolává aplikační praxe, je především třeba uvést, že jakákoli aplikační praxe musí mít výslovnou a jednoznačnou oporu v zákoně a nelze na ní setrvávat pouze z důvodu, že je již takto uplatňována a jiný výklad by mohl vést k případnému obcházení zákona či daňovým únikům. Je věcí zákonodárce, aby text zákona formuloval tak, aby takové praktiky neumožňoval.
[19] Opravou je myšleno interní zaúčtování v evidenci plátce (a doručení dokladu protistraně), žádný jiný logický výklad, kterým by bylo možno dospět k závěru, že opravou se rozumí současně i uplatnění dokladu v daňovém přiznání, jak tvrdí žalovaný a potažmo krajský soud, Nejvyšší správní soud nenachází. Nelze přisvědčit žalovanému, že z textu zákona plyne, že tato oprava je spojena s povinností podat daňové přiznání, což dovozuje z tezí, že pojmy základ daně a výše daně mají jasnou souvztažnost k právu daňovému, přitom má-li dojít k zásahům do základu daně a návazně do výše daně, musejí být tyto zásahy vyjádřeny formálně v rámci některého z podání adresovaných správci daně. Nejvyšší správní soud nepopírá, že samotná skutečnost, že opravný doklad byl vystaven, bez dalšího neznamená, že tato skutečnost bude daňovým subjektem promítnuta do jeho nároku na změnu základu daně a výše daně. Povinnost podat v tříleté lhůtě dle § 42 odst. 5 zákona o dani z přidané hodnoty daňové přiznání, v němž je oprava uplatněna, však dle názoru Nejvyššího správního soudu nelze dovodit ani prostým gramatickým výkladem, jak tvrdí žalovaný, neboť taková věta tam jednoduše (do 31. 3. 2019) chybí, a nelze k této povinnosti dospět ani pomocí výkladu teleologického, o který se žalovaný pokouší. Nelze mu především přisvědčit v tom, že byť požadavek vykázání opravy základu daně a výše daně v daňovém přiznání v tříleté lhůtě není v zákoně o dani z přidané hodnoty přímo uveden, je jasně zavedena aplikační praxe, dle které k uplatnění opravy prostřednictvím daňového přiznání musí dojít v tříleté lhůtě dle § 42 odst. 5 zákona o dani z přidané hodnoty. Pokud se žalovaný dovolává aplikační praxe, je především třeba uvést, že jakákoli aplikační praxe musí mít výslovnou a jednoznačnou oporu v zákoně a nelze na ní setrvávat pouze z důvodu, že je již takto uplatňována a jiný výklad by mohl vést k případnému obcházení zákona či daňovým únikům. Je věcí zákonodárce, aby text zákona formuloval tak, aby takové praktiky neumožňoval.
[20] Žalovaný zcela pomíjí základní strukturální pravidlo pro výkon moci v právním státu, jemuž odpovídá čl. 2 odst. 3 Ústavy, dle kterého státní moc slouží všem občanům a lze ji uplatňovat jen v případech, v mezích a způsoby, které stanoví zákon. Dle čl. 2 odst. 2 Listiny lze státní moc uplatňovat jen v případech a v mezích stanovených zákonem, a to způsobem, který zákon stanoví. V daném případě zákon stanoví zcela jednoznačně pouze tříletou lhůtu pro provedení opravy, nikoli však povinnost uvést v tříleté lhůtě tuto opravu v daňovém přiznání. Přijetím výkladu žalovaného by se navíc lhůta stanovená výslovně pro všechny případy jako tříletá lišila v závislosti na tom, zda se jedná o plátce s měsíčním nebo se čtvrtletním zdaňovacím obdobím. U plátců se čtvrtletním zdaňovacím obdobím by byla tříletá lhůta pro provedení opravy v rozporu se svým výslovným vymezením fakticky zkrácena vždy, když povinnost přiznat daň u původního uskutečněného zdanitelného plnění vznikla dříve než v posledním měsíci čtvrtletí. K takovému rozlišování neposkytuje § 42 zákona o dani z přidané hodnoty žádnou racionální oporu.
[20] Žalovaný zcela pomíjí základní strukturální pravidlo pro výkon moci v právním státu, jemuž odpovídá čl. 2 odst. 3 Ústavy, dle kterého státní moc slouží všem občanům a lze ji uplatňovat jen v případech, v mezích a způsoby, které stanoví zákon. Dle čl. 2 odst. 2 Listiny lze státní moc uplatňovat jen v případech a v mezích stanovených zákonem, a to způsobem, který zákon stanoví. V daném případě zákon stanoví zcela jednoznačně pouze tříletou lhůtu pro provedení opravy, nikoli však povinnost uvést v tříleté lhůtě tuto opravu v daňovém přiznání. Přijetím výkladu žalovaného by se navíc lhůta stanovená výslovně pro všechny případy jako tříletá lišila v závislosti na tom, zda se jedná o plátce s měsíčním nebo se čtvrtletním zdaňovacím obdobím. U plátců se čtvrtletním zdaňovacím obdobím by byla tříletá lhůta pro provedení opravy v rozporu se svým výslovným vymezením fakticky zkrácena vždy, když povinnost přiznat daň u původního uskutečněného zdanitelného plnění vznikla dříve než v posledním měsíci čtvrtletí. K takovému rozlišování neposkytuje § 42 zákona o dani z přidané hodnoty žádnou racionální oporu.
[21] Pouze nad rámec Nejvyšší správní soud dodává, že o tom, že výslovná povinnost uplatnit opravný doklad v daňovém přiznání v rozhodné době v zákoně stanovena nebyla, svědčí i nové znění § 42 odst. 6 zákona o dani z přidané hodnoty (od 1. 4. 2019), které zní: „Oprava základu daně jako samostatné zdanitelné plnění se uvede v daňovém přiznání za zdaňovací období, ve kterém se tato oprava považuje za uskutečněnou. Pokud je snižován základ daně a plátce má povinnost vystavit opravný daňový doklad, oprava základu daně jako samostatné zdanitelné plnění se uvede v daňovém přiznání za zdaňovací období, ve kterém plátce vynaložil úsilí, které po něm lze rozumně požadovat, k tomu, aby se tento daňový doklad dostal do dispozice příjemce plnění; to neplatí pro samostatné zdanitelné plnění uskutečněné podle odstavce 3 písm. b) až d).“ Pokud zákon o dani z přidané hodnoty v rozhodném období zněl: „Opravu základu daně a výše daně nelze provést po uplynutí 3 let od konce zdaňovacího období […].“, nelze tvrdit, že významově se jednalo o stejné právní normy. Již z prostého gramatického srovnání obou znění je zjevné, že zatímco předchozí právní úprava dopadající v rozhodném období na stěžovatele a vztahující se na projednávanou věc stanovila pouze lhůtu, v níž je povinen daňový subjekt opravu provést, současné znění již výslovně stanoví, že tuto opravu musí uplatnit v daňovém přiznání.
[22] Nejvyšší správní soud připouští, že koncepčně je § 42 zákona o dani z přidané hodnoty nastaven nevhodně, pokud povinnost opravit základ daně (a daň) stanoví plátci. Nicméně výkladové problémy, které právní úprava založila, nelze přičítat k tíži daňových subjektů (plátců daně).
[22] Nejvyšší správní soud připouští, že koncepčně je § 42 zákona o dani z přidané hodnoty nastaven nevhodně, pokud povinnost opravit základ daně (a daň) stanoví plátci. Nicméně výkladové problémy, které právní úprava založila, nelze přičítat k tíži daňových subjektů (plátců daně).
[23] Nejvyšší správní soud konstatuje, že žalovaný interpretoval § 42 odst. 5 zákona o dani z přidané hodnoty v rozhodném období nepřípustně extenzivně a krajský soud pochybil, pokud na této interpretaci setrval. Pokud je oprava základu daně a výše daně samostatným zdanitelným plněním (§ 42 odst. 3 zákona o dani z přidané hodnoty), byť, jak žalovaný zdůrazňuje, se vždy váže k již uskutečněnému zdanitelnému plnění, uplatňuje ji daňový subjekt vždy samostatně v řádném daňovém přiznání, tedy nikoli v dodatečném daňovém přiznání, které z hlediska správy daní „žije vlastním životem“ nezávisle na původním zdanitelném plnění; dopadá na ni tedy standardní časové pravidlo pro uplatnění nároku na odpočet dle § 73 odst. 3 zákona o dani z přidané hodnoty, když zákon výslovně neříká nic jiného. Daňový subjekt byl omezen k podání daňového přiznání, v němž opravu uplatnil, pouze lhůtou dle § 148 odst. 1 daňového řádu, tato lhůta náleží i správci daně k vyměření daně.