I. Rozhoduje-li Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy (v rozhodnutí o rozkladu ministr) ve věci žádosti o zápis výzkumné organizace do seznamu výzkumných organizací (§ 33a zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků) a není-li podle citovaného zákona vydán prováděcí právní předpis stanovící, jaké podklady lze uznat pro účely takového zápisu, přičemž je k dispozici jen určitá metodika stanovená vládou, pak je nezbytné, aby správní orgány ve svých rozhodnutích vyložily, jak byla tato metodika aplikována, zejména jaké standardy vědeckého bádání v daném oboru jsou aktuální a jaké zvyklosti (v definici druhů výsledků, relevantních publikací apod.) jsou požadovány pro uznání zápisu.
Stejně tak v případě kooperativního výzkumu je na rozhodujícím správním orgánu, aby se k podkladům a námitkám žadatele zabýval posouzením druhu takového výzkumu z hlediska jeho (ne)závislosti i ve smyslu práva Společenství (Sdělení Komise – Rámec pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací 2014/C 198/01).
II. Postrádá-li rozhodnutí správních orgánů v řízení o zápis výzkumné organizace dle § 33a zákona č. 130/2002 Sb., o podpoře výzkumu, experimentálního vývoje a inovací z veřejných prostředků, náležité odůvodnění hledisek pro zápis výzkumné organizace, vyplývajících z vnitrostátních i evropských předpisů, je rozhodnutí nepřezkoumatelné pro nedostatek důvodů.
[31] Podle § 33a odst. 2 zákona o podpoře a výzkumu do seznamu se zapisují organizace, které požádaly o zápis do seznamu a prokázaly naplnění definičních znaků organizace pro výzkum a šíření znalostí stanovených předpisy Evropské unie včetně prokázání zapisovaných údajů.
[32] Definiční znaky, na něž odkazuje § 33a odst. 2 zákona o podpoře výzkumu, vyplývají z „definičního“ čl. 2 odst. 83 Nařízení.
[33] Podle čl. 2 odst. 83 Nařízení se „organizací pro výzkum a šíření znalostí“ rozumí subjekt (např. univerzita nebo výzkumný ústav, agentura pro transfer technologií, zprostředkovatel v oblasti inovací, fyzický nebo virtuální spolupracující subjekt zaměřený na výzkum) bez ohledu na jeho právní postavení (zřízený podle veřejného nebo soukromého práva) nebo způsob financování,
[34] Z textu citovaného článku Nařízení je zřejmé, že podmínky ad 1) až 3) musejí být splněny kumulativně; nesplnění jednoho z těchto znaků má za následek, že subjekt nemůže být považován za organizaci pro výzkum a šíření znalostí a takto nemůže být zapsán ani do seznamu výzkumných organizací.
[35] Definice výzkumných organizací je shodně upravena v čl. 2 odst. 83 Nařízení a v článku 1.3 písm. e) Sdělení Komise. Pojmy „základní výzkum, průmyslový výzkum, experimentální vývoj“ definuje Nařízení v článku 2 body 84 – 86 a totožně článek 1.3 písm. m), q), a j) Sdělení Komise.
[36] Vnitrostátní předpis – zákon o podpoře výzkumu odkazuje na definici zavedenou komunitárním právem, přičemž sám tyto pojmy nedefinuje. Nestanoví ani, jakými podklady mají být uvedené definiční znaky prokázány. Nicméně tento zákon v § 2 odst. 2 písm. i) pro účely poskytování podpory stanoví rozhodné skutečnosti, a sice že výsledkem výzkumu, vývoje a inovací jsou v základním výzkumu nové vědomosti o základních principech jevů, procesů nebo pozorovatelných skutečností, které jsou publikovány podle zvyklostí v daném vědním oboru.
[37] Z čl. 2 odst. 83 Nařízení ve smyslu celku jeho všech tří podmínek vyplývá, že za výzkumnou organizaci je považován jen ten subjekt, jehož hlavním cílem je provádění výzkumu nebo vývoje nebo veřejné šíření výsledků těchto činností formou výuky, publikací nebo transferu znalostí, a to případně i vedle prováděné hospodářské činnosti, k nimž se má vztahovat oddělené účetnictví a dále, že výsledkem výzkumu, vývoje a inovací jsou nové vědomosti, které jsou publikovány podle zvyklostí v daném oboru.
[38] Na základě uvedeného právního rámce nařízení a zákona o podpoře výzkumu a vývoje a především smyslu definice výzkumné organizace pro účely státní podpory výzkumu nelze vstoupit na námitku žalobkyně, že podmínka k zápisu je splněna již pouhou deklarací hlavního cíle výzkumné organizace. Již ve fázi žádosti o zápis je nepochybně nezbytné a pro účely zápisu zcela účelné, aby do seznamu výzkumných organizací byla zapsána jen ta osoba, která cíl nejen deklaruje, ale fakticky jej i vykonává. Námitka žalobkyně, která se opírá o možnost zapsat do seznamu i organizaci, která se teprve chystá realizovat výzkum, vývoj či inovaci je nejen nesouladná se smyslem zápisu pro účely státní podpory (viz také porozumění žalobkyně ohledně prověřování zápisu pro účely prvního kroku k nároku na institucionální podporu ze státního rozpočtu na str. 6 podaného rozkladu), ale je také nerelevantní. Z podkladů předložených žalobkyní a z jejího vyjádření v rozkladu i v žalobě totiž vyplývá, že žalobkyně neargumentovala toliko hypotézou cíle, jehož hodlá svou činností dosáhnout, ale reálnými poznatky, které již byly publikovány a správnímu orgánu 1. stupně k jeho výzvě předloženy v doplnění žádosti ze dne 31. 1. 2019 (seznam výstupů a aktivit, kterými žalobkyně prokazovala nezávislé provádění základního výzkumu, průmyslového vývoje a experimentálního vývoje a šíření výsledků, mimo jiné i publikační činností v počtu 5 publikačních výstupů).
[39] Námitka žalobkyně ohledně nesprávného požadavku žalovaného na prokázání a prověření reálného provádění výzkumných či vývojových aktivit je proto nejen nedůvodná, ale v této věci i irelevantní z hlediska prokazované činnosti samotnou žalobkyní.
[40] Jinou otázkou však je, zda listinné důkazy předložené žalobkyní prokazují nehospodářskou činnost spočívající v nezávislém provádění výzkumu, vývoje a inovací ve smyslu Nařízení a zákona o podpoře výzkumu, zejména naplnění prvních dvou definičních znaků, které jsou mezi účastníky řízení předmětem sporu. Nelze nevidět, že zákon o podpoře výzkumu nijak nestanovuje, jakými podklady mají být uvedené definiční znaky prokázány, mezi účastníky řízení je rovněž nesporné, že v rozhodné době nebyl ve smyslu § 33a odst. 10 zákona o podpoře vydán prováděcí předpis, který by stanovil kritéria splnění podmínek pro zápis výzkumné organizace do seznamu a způsob jejich posuzování. Proto přistoupil-li žalovaný k užití „Metodiky“ schválené usnesením vlády ze dne 8. 2. 2017, nešlo o svévoli, ale o volbu určitého interpretačního a aplikačního vodítka, kterým se žalovaný v daném vakuu právní úpravy řídil a mohl řídit, avšak při respektování právního rámce daného evropským právem a vnitrostátním předpisem a, jak sám uvádí v napadeném rozhodnutí, s ohledem na časové a vývojové změny standardů vědeckého bádání. Soud nepřisvědčuje žalobkyni v tom, že nedostatek prováděcího předpisu žalovaný nahradil vlastním libovolným výkladem definičních znaků výzkumné organizace, otázkou však je, zda tyto definiční znaky náležitě posoudil dle podkladů předložených žalobkyní a v souladu se závaznými právními předpisy. Správní orgán 1. stupně vyšel ze zakládací listiny žalobkyně, z výročních zpráv za roky 2015-2017 a z webových stránek žalobkyně, jakož i z publikační činnosti doložené přílohami 1-5 a prezentace na konferencích, s konstatováním, že výzkumné práce a studie nenaplňují podmínku nezávislého výzkumu, neboť nesplňují definici druhů publikačních výsledků výzkumu a vývoje dle Metodiky. V prvostupňovém rozhodnutí žalovaný sice podrobil činnosti žalobkyně uvedené ve výročních zprávách určitému hodnocení s výsledkem, že jde o činnost hospodářskou a u publikační činnosti doložené přílohami č. 1-5 a u prezentace na konferencích s výsledkem, že nesplňují definici druhů publikačních výsledků, nicméně přezkoumatelně neodůvodnil, jaké konkrétní skutkové a právní úvahy jej k uvedeným závěrům vedly. Obecné konstatování, že činnost žalobkyně na ve výročních zprávách je činností na základě zadání, je šířena při podnikatelské činnosti žalobkyně nebo jde o výzkumnou službu nebo o kooperativní výzkum musí mít svůj základ v určitých skutkových zjištěních, která však z rozhodnutí nelze seznat. V případě publikační činnosti vedle kvalifikace uznávaných publikačních výsledků, jimiž dle žalovaného jsou podle Rady pro výzkum, vývoj a inovace - recenzovaný odborný článek, odborná kniha a kapitola v odborné knize nebo stať ve sborníku, bylo ne zcela v souladu s takto uvedenou kvalifikací hodnocení publikační činnosti žalobkyně zúženo. Žalovaný totiž v prvostupňovém rozhodnutí neuznal publikační činnost žalobkyně s odkazem na publikaci ve sbornících v konkrétní databázi Web of Science nebo Scopus a publikaci v odborné knize se zjištěním, že kniha není recenzovaná.
[40] Jinou otázkou však je, zda listinné důkazy předložené žalobkyní prokazují nehospodářskou činnost spočívající v nezávislém provádění výzkumu, vývoje a inovací ve smyslu Nařízení a zákona o podpoře výzkumu, zejména naplnění prvních dvou definičních znaků, které jsou mezi účastníky řízení předmětem sporu. Nelze nevidět, že zákon o podpoře výzkumu nijak nestanovuje, jakými podklady mají být uvedené definiční znaky prokázány, mezi účastníky řízení je rovněž nesporné, že v rozhodné době nebyl ve smyslu § 33a odst. 10 zákona o podpoře vydán prováděcí předpis, který by stanovil kritéria splnění podmínek pro zápis výzkumné organizace do seznamu a způsob jejich posuzování. Proto přistoupil-li žalovaný k užití „Metodiky“ schválené usnesením vlády ze dne 8. 2. 2017, nešlo o svévoli, ale o volbu určitého interpretačního a aplikačního vodítka, kterým se žalovaný v daném vakuu právní úpravy řídil a mohl řídit, avšak při respektování právního rámce daného evropským právem a vnitrostátním předpisem a, jak sám uvádí v napadeném rozhodnutí, s ohledem na časové a vývojové změny standardů vědeckého bádání. Soud nepřisvědčuje žalobkyni v tom, že nedostatek prováděcího předpisu žalovaný nahradil vlastním libovolným výkladem definičních znaků výzkumné organizace, otázkou však je, zda tyto definiční znaky náležitě posoudil dle podkladů předložených žalobkyní a v souladu se závaznými právními předpisy. Správní orgán 1. stupně vyšel ze zakládací listiny žalobkyně, z výročních zpráv za roky 2015-2017 a z webových stránek žalobkyně, jakož i z publikační činnosti doložené přílohami 1-5 a prezentace na konferencích, s konstatováním, že výzkumné práce a studie nenaplňují podmínku nezávislého výzkumu, neboť nesplňují definici druhů publikačních výsledků výzkumu a vývoje dle Metodiky. V prvostupňovém rozhodnutí žalovaný sice podrobil činnosti žalobkyně uvedené ve výročních zprávách určitému hodnocení s výsledkem, že jde o činnost hospodářskou a u publikační činnosti doložené přílohami č. 1-5 a u prezentace na konferencích s výsledkem, že nesplňují definici druhů publikačních výsledků, nicméně přezkoumatelně neodůvodnil, jaké konkrétní skutkové a právní úvahy jej k uvedeným závěrům vedly. Obecné konstatování, že činnost žalobkyně na ve výročních zprávách je činností na základě zadání, je šířena při podnikatelské činnosti žalobkyně nebo jde o výzkumnou službu nebo o kooperativní výzkum musí mít svůj základ v určitých skutkových zjištěních, která však z rozhodnutí nelze seznat. V případě publikační činnosti vedle kvalifikace uznávaných publikačních výsledků, jimiž dle žalovaného jsou podle Rady pro výzkum, vývoj a inovace - recenzovaný odborný článek, odborná kniha a kapitola v odborné knize nebo stať ve sborníku, bylo ne zcela v souladu s takto uvedenou kvalifikací hodnocení publikační činnosti žalobkyně zúženo. Žalovaný totiž v prvostupňovém rozhodnutí neuznal publikační činnost žalobkyně s odkazem na publikaci ve sbornících v konkrétní databázi Web of Science nebo Scopus a publikaci v odborné knize se zjištěním, že kniha není recenzovaná.
[41] Lze sice přisvědčit žalovanému v tom, že bylo na žalobkyni, aby prokázala naplnění znaků výzkumné organizace v jejich nezávislé podstatě, na druhou stranu však nelze přehlédnout, že podle § 33a odst. 7 zákona o podpoře a výzkumu platí, že při řízení o zápisu skutečností ohledně výzkumné organizace se postupuje podle správního řádu. Pokud žalovaný aplikoval určitou metodiku posuzování a rozhodoval o právech či povinnostech v oblasti veřejného práva autoritativním rozhodnutím, bylo na něm, aby své skutkové a právní úvahy náležitě odůvodnil. Žalovaný ministr ve vyjádření k žalobě obhajoval, že žalovaný posuzoval činnost žalobkyně z hlediska § 2 odst. 2 písm. i) zákona o podpoře a výzkumu a přistoupil k odbornému výkladu pojmu „zvyklosti v daném vědním oboru,“ soud však výklad těchto zvyklostí v daném vědním oboru v prvostupňovém rozhodnutí nenalezl a nebylo jeho úkolem, aby v tak specifické profesní oblasti sám posuzoval, zda např. databáze Web of Science nebo Scopus je pro účely publikace nezávislého výzkumu, vývoje a inovací právě tou zvyklostí v daném vědním oboru, která je jediná způsobilá nezávislý výzkum, vývoj a inovace garantovat (a jiná nikoliv a z jakého důvodu).
[42] Není-li vydán prováděcí právní předpis stanovící, jaké podklady lze uznat pro účely zápisu výzkumné organizace do seznamu a je-li rozhodováno na základě určité metodiky stanovené vládou, jejíž součástí je Definice druhů výsledků stanovené Radou pro výzkum, vývoj a inovace a schválené vládou České republiky usnesením ze dne 29. 11. 2017, bylo zapotřebí, aby se žalovaný systematicky zabýval jak závaznou evropskou právní úpravou a zákonem o podpoře výzkumu, tak podrobnější „Metodikou“ a na podkladě tohoto právního a výkladového rámce posoudil, zda podklady předložené žalobkyní vyhovují nejen z hlediska vnitrostátní metodiky, ale i z hlediska Sdělení Komise Rámec pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01), podle jehož čl. 2.1.1 odst. 19, který zmínila žalobkyně v rozkladu a podle kterého má Komise za to, že nehospodářské povahy jsou obecně tyto činnosti, zejména, mimo jiné:
- nezávislý VaV s cílem získat nové poznatky a lépe pochopit dané téma, včetně kooperativního VaV, pokud je spolupráce, do níž je výzkumná organizace nebo výzkumná infrastruktura zapojena, účinná,
- veřejné šíření výsledků výzkumu na nevýlučném a nediskriminačním základě, například prostřednictvím výuky, databází s otevřeným přístupem, veřejně přístupných publikací či otevřeného softwaru.
[43] O skutečnosti, že tak správní orgán 1. stupně přesvědčivě neučinil, svědčí konkrétní rozkladová polemika žalobkyně v jí podaném rozkladu, v němž k prvnímu znaku týkajícímu se nezávislého výzkumu a vývoje uplatnila námitky proti způsobu aplikace Definice druhu výsledků jako části užité Metodiky žalovaným a nedostatek vypořádání a posouzení publikačních zvyklostí daného oboru, včetně konkrétních námitek týkajících se publikovaných článků předložených v doplnění žádosti pod č. 1 a 4.
[44] Ani žalovaný ministr se k rozkladovým námitkám žalobkyně dostatečně nezabýval vyložením, jak byla „Metodika“ na podklady žalobce aplikována, jaké standardy vědeckého bádání jsou aktuální, jaké zvyklosti v daném oboru byly důvodem pro zamítnutí žádosti žalobkyně (zvyklosti v definici druhů výsledků, relevantních publikací apod.) tak, aby rozhodnutí bylo pro žalobkyni přesvědčivé a aby případně i soud, který není institucí působící v dané odborné oblasti, mohl náležitě přezkoumat oprávněnost závěrů žalovaného.
[45] Konkrétní podoby nabývá hodnocení tří publikačních výstupů uvedených v bodu 10 rozkladu, to pouze v rovině posouzení, že se jimi zabýval již správní orgán 1. stupně a žalovaný ministr zopakoval jen jeho závěry o nedostatku formální publikace vědeckých prací. Obdobně učinil i ve vztahu k nedostatečně posouzenému výsledku kooperativního výzkumu. To přesto, že výše citované Sdělení Komise Rámec pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01) za nehospodářskou činnost pro účely podpory považuje i nezávislý VaV s cílem získat nové poznatky a lépe pochopit dané téma, včetně kooperativního VaV, pokud je spolupráce, do níž je výzkumná organizace nebo výzkumná infrastruktura zapojena, účinná. Dále také, jak sám upřesňuje žalovaný ministr v napadeném rozhodnutí, podle Sdělení Rámce pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01) je kooperativní výzkum uskutečňovaný na bázi účinné spolupráce činností nehospodářskou. Soud nezpochybňuje obecné východisko, že za nezávislý výzkum nelze považovat výsledek určitého specifického výzkumu (zde správním orgánem 1. stupně zmíněný výzkum vykázaný Českou zemědělskou univerzitou v Praze s odkazem na vysokoškolský výzkum dle zákona č. 130/2002 Sb.), nicméně, žalobkyně takový výzkum v podaném rozkladu popřela, přičemž v podané žalobě a v replice k vyjádření žalovaného se k této spolupráci podrobně vyjadřuje a tvrdí, že její projekty plní veškeré znaky účinné spolupráce ve smyslu Rámce. Žalovaný v napadeném rozhodnutí, ač vycházel z citovaného Rámce a uvedl hlediska nezávislého výzkumu, kdy si subjekt sám stanoví cíle a metodologii výzkumu, načež nese rizika a náleží mu jeho výsledky, přesto podklad předložený žalobkyní v příloze č. 3, týkající se spolupráce s Českou zemědělskou univerzitou takovému posouzení nepodrobil a vyhodnotil, že článek předložený v příloze č. 2 vytvořily dva subjekty, tudíž se jedná o výsledek kooperativního a nikoliv nezávislého výzkumu. Ani takový závěr tím, že je nedostatečně odborně odůvodněn, nezakládá možnost náležitého soudního přezkumu.
[45] Konkrétní podoby nabývá hodnocení tří publikačních výstupů uvedených v bodu 10 rozkladu, to pouze v rovině posouzení, že se jimi zabýval již správní orgán 1. stupně a žalovaný ministr zopakoval jen jeho závěry o nedostatku formální publikace vědeckých prací. Obdobně učinil i ve vztahu k nedostatečně posouzenému výsledku kooperativního výzkumu. To přesto, že výše citované Sdělení Komise Rámec pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01) za nehospodářskou činnost pro účely podpory považuje i nezávislý VaV s cílem získat nové poznatky a lépe pochopit dané téma, včetně kooperativního VaV, pokud je spolupráce, do níž je výzkumná organizace nebo výzkumná infrastruktura zapojena, účinná. Dále také, jak sám upřesňuje žalovaný ministr v napadeném rozhodnutí, podle Sdělení Rámce pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací (2014/C 198/01) je kooperativní výzkum uskutečňovaný na bázi účinné spolupráce činností nehospodářskou. Soud nezpochybňuje obecné východisko, že za nezávislý výzkum nelze považovat výsledek určitého specifického výzkumu (zde správním orgánem 1. stupně zmíněný výzkum vykázaný Českou zemědělskou univerzitou v Praze s odkazem na vysokoškolský výzkum dle zákona č. 130/2002 Sb.), nicméně, žalobkyně takový výzkum v podaném rozkladu popřela, přičemž v podané žalobě a v replice k vyjádření žalovaného se k této spolupráci podrobně vyjadřuje a tvrdí, že její projekty plní veškeré znaky účinné spolupráce ve smyslu Rámce. Žalovaný v napadeném rozhodnutí, ač vycházel z citovaného Rámce a uvedl hlediska nezávislého výzkumu, kdy si subjekt sám stanoví cíle a metodologii výzkumu, načež nese rizika a náleží mu jeho výsledky, přesto podklad předložený žalobkyní v příloze č. 3, týkající se spolupráce s Českou zemědělskou univerzitou takovému posouzení nepodrobil a vyhodnotil, že článek předložený v příloze č. 2 vytvořily dva subjekty, tudíž se jedná o výsledek kooperativního a nikoliv nezávislého výzkumu. Ani takový závěr tím, že je nedostatečně odborně odůvodněn, nezakládá možnost náležitého soudního přezkumu.
[46] Soud shrnuje, že sice souhlasí s názorem žalovaného v té rovině, že výroční zprávy žalobkyně za roky 2015-2017 jen obecně popisují nezávislý výzkum a že by mělo být v zájmu žalobkyně dostatečně žalovanému prokázat, proč by měla být její žádost uznána. Výroční zprávy nebyly však jediné, které žalobkyně předložila. Pokud však žalobkyně v podaném rozkladu brojila proti způsobu hodnocení jejích vědeckých prací a aktivit správním orgánem 1. stupně tak konkrétně a podrobně, jak učinila v rozkladových námitkách, bylo na žalovaném, aby v případě, kdy se ztotožnil se závěry prvostupňového rozhodnutí, nedostatky skutkových a právních úvah správního orgánu 1. stupně odstranil a přesvědčivým způsobem vyložil podmínky „Metodiky“ a odůvodnil, proč žalobkyní předložené články jsou dle Druhů publikačních výsledků dle Rady pro výzkum a vývoj a inovace spojeny jen s publikací v určité databázi a na základě jakých podkladů (např. smluv, dokladů o realizaci výzkumu a podílů subjektů na realizaci výzkumu) nepřičítá žalobkyni kooperativní výzkum (vysvětlil znaky jeho závislosti či nezávislosti), když spolupráci s jinými subjekty v napadeném rozhodnutí nejen nehodnotí, ale ani tyto subjekty nekonkretizuje. Ostatně stejně tak neseznatelně činí i pod bodem 18 svého vyjádření k žalobě.
[47] Podle § 68 odst. 3 věty první správního řádu: „V odůvodnění se uvedou důvody výroku nebo výroků rozhodnutí, podklady pro jeho vydání, úvahy, kterými se správní orgán řídil při jejich hodnocení a při výkladu právních předpisů, a informace o tom, jak se správní orgán vypořádal s návrhy a námitkami účastníků a s jejich vyjádřením k podkladům rozhodnutí.“
[48] Mezi základní zásady činnosti správních orgánů náleží obligatornost odůvodnění rozhodnutí vydaného v oblasti státní správy, pokud zákon tuto náležitost výslovně nevylučuje. Každé správní rozhodnutí musí splňovat předepsané náležitosti, a to jak formální, tak obsahové. Z odůvodnění správního rozhodnutí musí být zřejmé, proč správní orgán rozhodl tak, jak je uvedeno ve výrokové části rozhodnutí. Z odůvodnění rozhodnutí musí být seznatelné, proč správní orgán považuje námitky účastníka za oprávněné nebo liché, mylné či vyvrácené, které skutečnosti vzal za podklad svého rozhodnutí, proč považuje skutečnosti předestírané účastníkem za nerozhodné, nesprávné nebo jinými, řádně provedenými, důkazy vyvrácené. Nevypořádá-li se žalovaný v napadeném rozhodnutí se všemi námitkami, které byly ve stížnosti uplatněny, způsobuje to nepřezkoumatelnost tohoto rozhodnutí, spočívající v nedostatku jeho důvodů podle § 76 odst. 1 písm. a) s. ř. s.
[49] Žalovaný se nevypořádal ani s rozkladovými námitkami žalobkyně ohledně výkladu publikování její nehospodářské činnosti (v relevantním médiu) z hlediska Definice druhů výsledků podle zvyklostí v daném vědním oboru a v čase podané žádosti žalobkyně. Nedostatek uvedeného pak mělo vliv i na posouzení 2. definičního znaku, kterým je prokázání vedení odděleného účetnictví ohledně nehospodářské a hospodářské činnosti.
[50] Žalovaný rezignoval na vyložení, proč v případě žalobkyně nepostačovalo k naplnění druhého definičního znaku – vedení odděleného účetnictví pro nehospodářské a hospodářské činnosti předložit výkaz zisku a ztráty, jestliže se žalobkyně řídila příkladmým poučením na webových stránkách žalovaného a ve výzvě k doplnění náležitostí žádosti nebyla žalobkyně v tomto směru nijak poučena či vyzvána k jinému relevantnímu doplnění žádosti. Byť soud přisvědčuje tomu, že bylo na žalobkyni, aby prokázala splnění všech podmínek zápisu, nelze odhlédnout od skutečnosti, že žalobkyně se řídila jedním z doporučených návodů (žalovaný to nepopírá), jak prokázat oddělené účetnictví a ostatně samotný formulář výkazu zisku a ztráty zřetelně uvádí, že jde o výkaz pro nevýdělečné organizace a odděluje činnost na hlavní a hospodářskou. V situaci, kdy se žalobkyně řídila jedním z možných návodů žalovaného, jak doložit oddělené účetnictví a kdy zákon o podpoře a výzkumu nepředepisuje konkrétní podklady, kterými žadatel může prokázat splnění podmínek zápisu, pak by přístup žalovaného k žalobkyni měl zachovávat principy dobré správy a dle náhledu soudu v souzené věci, kdy žalobkyně dle žalovaného nepředložila-li odpovídající podklad, byla na místě poučovací součinnost. Pakliže žalovaný zpochybnil údaje uváděné ve výkazu zisku a ztráty uváděné v kolonce pro činnost hlavní, bylo na něm, aby tuto pochybnost zdůvodnil a aby se také zabýval žalobkyní namítaným odlišným přístupem u jiných výzkumných organizací, které žalobkyně v rozkladu výslovně označila. Soud a ostatně ani žalobkyně nezpochybňují, že členění na hlavní a hospodářskou činnost nemusí odpovídat členění na hospodářskou a nehospodářskou činnost ve smyslu Rámce, nicméně pokud žalovaný vycházel z určitých rozlišovacích hledisek, která ve svém návodu na způsob prokazování odděleného účetnictví, jímž se žalobkyně řídila, neuvedl, pak s těmito hledisky měl seznámit žalobkyni před rozhodnutím, nebo je alespoň měl v napadeném rozhodnutí pro přesvědčivost svého rozhodnutí náležitě odůvodnit. Zde se neuplatní argumentace žalovaného judikaturou Nejvyššího správního soudu čj. 6 As 153/2014-108, neboť šlo o hlavní námitku, o námitku proti druhému definičnímu znaku výzkumné organizace, takže nikoliv o námitku, kterou by žalobkyně implikovala jako druhořadou či dílčí. Protože posouzení žádosti žalobkyně odvisí, jak bylo výše uvedeno, od náležitého posouzení činnosti žalobkyně a vypořádání rozkladových námitek ohledně jí doložených aktivit a prací, tj. vůbec od posouzení povahy činností žalobkyně, pak vypořádání námitky proti závěrům o nenaplnění druhého definičního znaku – odděleného účetnictví, zůstává i nadále relevantní.
[50] Žalovaný rezignoval na vyložení, proč v případě žalobkyně nepostačovalo k naplnění druhého definičního znaku – vedení odděleného účetnictví pro nehospodářské a hospodářské činnosti předložit výkaz zisku a ztráty, jestliže se žalobkyně řídila příkladmým poučením na webových stránkách žalovaného a ve výzvě k doplnění náležitostí žádosti nebyla žalobkyně v tomto směru nijak poučena či vyzvána k jinému relevantnímu doplnění žádosti. Byť soud přisvědčuje tomu, že bylo na žalobkyni, aby prokázala splnění všech podmínek zápisu, nelze odhlédnout od skutečnosti, že žalobkyně se řídila jedním z doporučených návodů (žalovaný to nepopírá), jak prokázat oddělené účetnictví a ostatně samotný formulář výkazu zisku a ztráty zřetelně uvádí, že jde o výkaz pro nevýdělečné organizace a odděluje činnost na hlavní a hospodářskou. V situaci, kdy se žalobkyně řídila jedním z možných návodů žalovaného, jak doložit oddělené účetnictví a kdy zákon o podpoře a výzkumu nepředepisuje konkrétní podklady, kterými žadatel může prokázat splnění podmínek zápisu, pak by přístup žalovaného k žalobkyni měl zachovávat principy dobré správy a dle náhledu soudu v souzené věci, kdy žalobkyně dle žalovaného nepředložila-li odpovídající podklad, byla na místě poučovací součinnost. Pakliže žalovaný zpochybnil údaje uváděné ve výkazu zisku a ztráty uváděné v kolonce pro činnost hlavní, bylo na něm, aby tuto pochybnost zdůvodnil a aby se také zabýval žalobkyní namítaným odlišným přístupem u jiných výzkumných organizací, které žalobkyně v rozkladu výslovně označila. Soud a ostatně ani žalobkyně nezpochybňují, že členění na hlavní a hospodářskou činnost nemusí odpovídat členění na hospodářskou a nehospodářskou činnost ve smyslu Rámce, nicméně pokud žalovaný vycházel z určitých rozlišovacích hledisek, která ve svém návodu na způsob prokazování odděleného účetnictví, jímž se žalobkyně řídila, neuvedl, pak s těmito hledisky měl seznámit žalobkyni před rozhodnutím, nebo je alespoň měl v napadeném rozhodnutí pro přesvědčivost svého rozhodnutí náležitě odůvodnit. Zde se neuplatní argumentace žalovaného judikaturou Nejvyššího správního soudu čj. 6 As 153/2014-108, neboť šlo o hlavní námitku, o námitku proti druhému definičnímu znaku výzkumné organizace, takže nikoliv o námitku, kterou by žalobkyně implikovala jako druhořadou či dílčí. Protože posouzení žádosti žalobkyně odvisí, jak bylo výše uvedeno, od náležitého posouzení činnosti žalobkyně a vypořádání rozkladových námitek ohledně jí doložených aktivit a prací, tj. vůbec od posouzení povahy činností žalobkyně, pak vypořádání námitky proti závěrům o nenaplnění druhého definičního znaku – odděleného účetnictví, zůstává i nadále relevantní.
[51] Z uvedených důvodů Městský soud v Praze podle § 78 odst. 1 s. ř. s. zrušil napadená rozhodnutí žalované pro vady řízení, spočívající v nepřezkoumatelnosti rozhodnutí pro nedostatek důvodů a nedostatečného vypořádání rozkladových námitek žalobkyně a podle § 78 odst. 4 s. ř. s. vyslovil, že se věc vrací žalovanému k dalšímu řízení. Učinil tak bez nařízení jednání v souladu s § 76 odst. 1 písm. a) s. ř. s., neboť napadená rozhodnutí zrušil pro vady řízení. Žalovaný v dalším řízení vypořádá námitky žalobkyně.