Podmínka § 44 odst. 3 in fine zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění účinném od 1. 4. 2011 do 31. 3. 2019, dle níž opravu výše daně za dlužníkem v insolvenčním řízení nelze provést v případě, že dlužník přestal být plátcem daně z přidané hodnoty, byla v rozporu s čl. 90 směrnice Rady 2006/112/ES o společném systému daně z přidané hodnoty. Proto správní orgány nesmí tuto podmínku aplikovat.
[9] Po předběžném posouzení kasační stížnosti dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že úprava v § 44 odst. 3 zákona o DPH nepředstavuje státní podporu ve smyslu čl. 107 SFEU. Jak správně rozlišil městský soud, vnitrostátní soudy mohou interpretovat pojem státní podpory, nemohou však rozhodovat o slučitelnosti státní podpory s vnitřním trhem (srov. rozsudek velkého senátu Soudního dvora ze dne 18. 7. 2007, Lucchini, C-119/05, body 50 a 51 a judikatura tam citovaná). Má-li být opatření kvalifikováno jako státní podpora, musí se zaprvé jednat o státní zásah nebo zásah ze státních prostředků, zadruhé musí tento zásah ovlivňovat obchod mezi členskými státy, zatřetí musí zvýhodnit příjemce tohoto opatření a začtvrté musí narušit nebo být způsobilé narušit hospodářskou soutěž (srov. např. rozsudek Soudního dvora ze dne 3. 3. 2005, Heiser, C 172/03, bod 27). Nejvyšší správní soud má ve shodě s městským soudem za to, že úprava v § 44 odst. 3 zákona o DPH nezvýhodňuje určité podniky nebo určitá odvětví vůči ostatním. Jedná se o obecnou systémovou podmínku, která je použitelná bez rozdílu na všechny subjekty v obdobné situaci. Skutečnost, že věřitel nemůže ovlivnit naplnění této podmínky a že v určitých případech může mít její uplatnění za důsledek faktické zvýhodnění (možnost provedení opravy základu daně) jednoho subjektu oproti jinému, nestačí k naplnění definičních znaků státní podpory.
[10] Po předběžném posouzení věci ovšem Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že je sporné, zda úprava v § 44 odst. 3 zákona o DPH je v souladu s čl. 90 směrnice 2006/112, resp. s jejím účelem. Podle § 44 odst. 3 zákona o DPH, ve znění zákona č. 47/2011 Sb. platilo, že opravu výše daně na výstupu nelze provést v případě, že dlužník přestal být plátcem DPH. Ustanovení bylo v této podobě účinné od 1. 4. 2011 do 31. 3. 2019. Právě soulad této podmínky s právem EU stěžovatelka zpochybňuje.
[11] Nejvyšší správní soud proto přerušil řízení a obrátil se na Soudní dvůr EU s předběžnou otázkou, zda musí být článek 90 směrnice 2006/112, posuzovaný ve světle zásad daňové neutrality a proporcionality, vykládán v tom smyslu, že brání takové vnitrostátní právní úpravě, jako je § 44 odst. 3 zákona o DPH, ve znění zákona č. 47/2011 Sb., která stanoví, že plátce daně nemůže provést opravu základu DPH v případě celkového nebo částečného nezaplacení částky, kterou měl dlužník zaplatit z titulu plnění podléhajícího DPH, pokud již tento dlužník není plátcem DPH.
[12] Soudní dvůr o této předběžné otázce rozhodl v prvním senátu rozsudkem ze dne 8. 5. 2019, A-PACK CZ, C-127/18. Podle tohoto rozsudku článek 90 směrnice 2006/112 „musí být vykládán v tom smyslu, že brání takové vnitrostátní právní úpravě, jako je právní úprava ve věci v původním řízení, která stanoví, že plátce daně nemůže provést opravu základu daně z přidané hodnoty (DPH) v případě celkového nebo částečného nezaplacení částky, kterou měl dlužník zaplatit z titulu plnění podléhajícího DPH, pokud již tento dlužník není plátcem DPH.“
[13] Nejvyšší správní soud následně rozhodl o pokračování v řízení a dal stranám možnost vyslovit se k aktuálnímu stavu věci a doplnit právní argumentaci v reakci na rozsudek Soudního dvora. Této možnosti využila stěžovatelka. Z rozhodnutí Soudního dvora podle jejího názoru vyplývá, že ČR neimplementovala do vnitrostátního práva správně čl. 90 směrnice 2006/112. Domáhá se proto přímého účinku směrnice. Rozhodnutí správních orgánů ani rozsudek městského soudu nemohou ve světle rozsudku Soudního dvora obstát.
[14] Jedinou spornou otázkou v této věci je aplikovatelnost § 44 odst. 3 zákona o DPH, ve znění zákona č. 47/2011 Sb., podle něhož opravu výše DPH na výstupu nebylo možno provést v případě, že dlužník přestal být plátcem DPH. Jak ale rozhodl Soudní dvůr ve shora cit. rozsudku A-PACK CZ, tato podmínka je v rozporu s čl. 90 směrnice 2006/112.
[15] Soudní dvůr vysvětlil, že článek 90 odst. 1 směrnice 2006/112 ukládá členským státům povinnost snížit základ daně, a tudíž částku DPH dlužnou osobou povinnou k dani pokaždé, když osoba povinná k dani neobdrží po uzavření transakce část nebo celé protiplnění. Toto ustanovení je výrazem základní zásady směrnice 2006/112, podle níž je základ daně tvořen skutečně přijatým protiplněním a jejímž důsledkem je, že daňový orgán nemůže vybrat částku DPH převyšující částku, kterou obdržela osoba povinná k dani (bod 17 rozsudku A-PACK CZ, s odkazem na rozsudek ze dne 6. 12. 2018, Tratave, C-672/17, bod 29).
[16] Je pravda, že čl. 90 odst. 2 směrnice 2006/112 umožňuje členským státům odchýlit se od pravidla dle čl. 90 odst. 1 v případě celkového nebo částečného nezaplacení ceny plnění. Tato možnost odchylky v případě celkového nebo částečného nezaplacení vychází z předpokladu, že nezaplacení protihodnoty může být za určitých okolností a z důvodu právní situace v dotyčném členském státě obtížné ověřit nebo může být jen dočasné. Uplatnění možnosti takové odchylky musí být odůvodněné, tak aby opatření přijatá členskými státy za účelem jejího provedení nezmařila cíl daňové harmonizace sledovaný směrnicí 2006/112. Členským státům uplatnění této odchylky nemůže dovolit, aby snížení základu DPH v případě nezaplacení zcela vyloučily (A-PACK CZ, body 18 až 20).
[17] Čl. 90 odst. 2 směrnice 2006/112 tedy umožňuje uplatnit odchylku od čl. 90 odst. 1 v případě nejistoty, zda je nezaplacení definitivní. Jak však dovodil Soudní dvůr, § 44 odst. 3 zákona o DPH nemůže být odůvodněn nutností zohlednit nejistotu o tom, zda je nezaplacení definitivní. To, že dlužník přestal být plátcem DPH v rámci insolvenčního řízení, je totiž naopak skutečností, která může potvrzovat, že nezaplacení je definitivní (A-PACK CZ, body 23 a 24).
[18] Nejvyšší správní soud tedy uzavírá, že podmínka § 44 odst. 3 in fine zákona o DPH, ve znění od 1. 4. 2011 do 31. 3. 2019, byla v rozporu s čl. 90 směrnice 2006/112. Proto je tato zákonná podmínka na nynější věc neaplikovatelná, a to s ohledem na přednost práva EU před právem vnitrostátním [k přednosti práva EU srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 15. 7. 1964, Costa v. ENEL, 6/64, a na něj navazující judikaturu, resp. čl. 10a Ústavy ČR, viz nález ze dne 8. 3. 2006, sp. zn. Pl. ÚS 50/04 (N 50/40 SbNU 443; č. 154/2006 Sb.), Cukerné kvóty III.; v judikatuře Nejvyššího správního soudu srov. např. rozsudek ze dne 23. 7. 2010, čj. 2 As 55/2010-167, č. 2124/2010 Sb. NSS, věc Tesco Stores ČR, bod 28].
[19] Správní orgány byly tedy povinny odmítnout aplikaci § 44 odst. 3 in fine zákona o DPH, ve znění od 1. 4. 2011 do 31. 3. 2019. Plátce DPH může provést opravu základu DPH, pokud mu dlužník nezaplatí zčásti či zcela spornou částku, třebaže posléze tento dlužník přestal být plátcem DPH.
[20] Nejvyšší správní soud jen pro pořádek uvádí, že s ohledem na vše výše uvedené se otázka ústavnosti § 44 odst. 3 zákona o DPH stala bezpředmětnou, neboť toto ustanovení je neaplikovatelné již s ohledem na princip přednosti práva EU. Nejvyšší správní soud se otázkou ústavnosti § 44 odst. 3 zákona o DPH nemusel zabývat.