I. V případě změny tvrzení oproti daňovému přiznání daňový subjekt není povinen nést důkazní břemeno k původnímu tvrzení. Není povinen ani prokazovat nepravdivost původního tvrzení, nebyla-li dosud podle něj vyměřena daň (např. podle § 140 odst. 1 daňového řádu).
II. Ve vztahu k rozhodným okolnostem, u nichž zákon rozložení důkazního břemene ve výčtu v § 92 odst. 3 a 5 daňového řádu výslovně neupravuje, se uplatní zásada materiální pravdy, a je to správce daně, jemuž zákon v obecnosti uložil na bedra (§ 92 odst. 2, resp. § 1 odst. 2 daňového řádu) povinnost zjistit rozhodné skutečnosti pro správné stanovení daně co nejúplněji, kdo musí k jejich zjištění obstarat též potřebné důkazní prostředky, a to případně i za pomoci výzvy směřované daňovému subjektu či jiným osobám (§ 92 odst. 4, § 93 odst. 4 či § 96 odst. 1 daňového řádu) a kdo v konečném důsledku zodpovídá za jejich neúplné zjištění.
III. Teprve pokud počet dodání v řetězci je vyšší než počet přeprav překračujících hranici mezi členskými státy, popř. celní hranici EU, je třeba jednotlivé přepravy přiřadit některým z dodání v řetězci za pomoci kritérií popsaných v judikatuře Soudního dvora Evropské unie a pomocí toho rozlišit, která dodání jsou lokální a podléhají DPH, a která jsou od DPH osvobozena.
[51] V případě deklarovaných řetězových dodání také nelze vyloučit ani možnost, že by správce daně mohl dojít k závěru, že ve skutečnosti k některým z deklarovaných dodání nedošlo, protože některé ze subjektů v tvrzeném řetězci nenabyly právo nakládat se zbožím jako s vlastním, resp. daňový subjekt ve vztahu k otázce nabytí práva nakládat se zbožím jako vlastník jeho deklarovaným odběratelem, tj. k otázce realizace dodání plátci v jiném členském státě, neunese důkazní břemeno (srov. např. rozsudek Soudního dvora ze dne 3. září 2015, Fast Bunkering Klaipėda, C-562/13). Při posouzení toho, zda určitý subjekt nabyl právo nakládat se zbožím jako vlastník, však nelze přehlížet skutečnost, že směrnice nevyžaduje, aby odběratel fyzicky převzal zboží, neboť o dvou na sebe navazujících dodáních uvažuje např. i v situaci tzv. trojstranných obchodů, při nichž zboží putuje přímo od prvotního dodavatele ke konečnému odběrateli ve třetím členském státě pouze na základě pokynu zprostředkujícího subjektu (srov. čl. 141 směrnice).
[52] Řetězec dodání ovšem může být také postupně doprovázen několika přepravami zboží. Čistě vnitrostátní přeprava samozřejmě není pro osvobození dodání zboží od DPH relevantní. Jiná situace by ovšem byla tehdy, pokud by zboží v rámci přepravy překročilo postupně několik hranic mezi členskými státy EU (např. dodání do Prahy, Kolína nad Rýnem a následně Rotterdamu) nebo pokud by kromě hranice mezi členskými státy byla překročena i celní hranice EU (např. dodání do Prahy a Drážďan následované dodáním procleného zboží na palubu lodi v Hamburku směřující do třetí země). V takovém případě by totiž na sebe mohla navazovat (v případě, že by bylo v mezikroku skutečně převedeno právo nakládat se zbožím jako vlastník na německého odběratele v Německu) dvě dodání do jiného členského státu (z České republiky do Německa a následně z Německa do Nizozemí) nebo dodání do jiného členského státu (z České republiky do Německa) a vývoz (z Německa na palubu exportní lodi). Je tedy třeba také rozlišit, zda řetězec dodání byl doprovázen jedinou přepravou, nebo několika (z hlediska směrnice relevantními) přepravami, jež na sebe navazují, přičemž kritéria pro rozlišení situací, jež je třeba právně posoudit jako dvě navazující přepravy, a situací, jež mají povahu jediné přímé přepravy (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 26. července 2017, Toridas, C-386/16), při níž mezičlánek z jiného členského státu nenabyl právo nakládat se zbožím jako vlastník, resp. sice nabyl, ale byl povinen se registrovat k dani v členském státě původu zboží, či v členském státě konečného dodání zboží, musí nastínit v první řadě správce daně. Teprve následně se k nim může podrobněji vyjádřit správní soud.
[53] Teprve pokud počet dodání v řetězci je vyšší než počet přeprav překračujících hranici mezi členskými státy, popř. celní hranici EU, je třeba jednotlivé přepravy přiřadit některým z dodání v řetězci a rozlišit, která dodání jsou lokální a podléhají DPH, a která jsou od DPH osvobozena. (…)
[57] Pokud jde o rozložení důkazního břemene v daňovém řízení, to je ustálenou judikaturou Nejvyššího správního soudu popisováno následně (viz rozsudek ze dne 19. 1. 2017, čj. 1 Afs 87/2016-45): „Daňové řízení je tedy postaveno na zásadě, že každý daňový subjekt má povinnost daň přiznat, tzn. že nese břemeno tvrzení, a povinnost svá tvrzení doložit, tzn. že nese břemeno důkazní. Svá tvrzení daňový subjekt prokazuje zejména svým účetnictvím a jinými povinnými evidencemi a záznamy (srov. rozsudky ze dne 30. 1. 2008, čj. 2 Afs 24/2007-119, č. 1572/2008 Sb. NSS, ze dne 16. 7. 2009, čj. 1 Afs 57/2009-83, nebo ze dne 8. 7. 2010, čj. 1 Afs 39/2010-124).
[71] Daňový subjekt unese své důkazní břemeno, pokud předloží správci daně účetnictví splňující požadavky stanovené zákonem č. 563/1991 Sb., o účetnictví, ve znění pozdějších předpisů, zejména pokud jde o jeho správnost, úplnost, průkaznost a srozumitelnost. Současně je však třeba respektovat soulad skutečného stavu se stavem formálně právním (rozsudek ze dne 26. 1. 2011, čj. 5 Afs 24/2010-117). I když daňový subjekt předloží formálně bezvadné účetní doklady, správce daně může vyjádřit pochybnosti týkající se věrohodnosti, průkaznosti, správnosti či úplnosti účetnictví a jiných povinných záznamů. V tomto ohledu správce daně tíží důkazní břemeno ve vztahu k důvodnosti jeho pochyb. Správce daně nemá povinnost prokázat, že údaje o určitém účetním případu jsou v účetnictví daňového subjektu zaznamenány v rozporu se skutečností, je však povinen prokázat, že o souladu se skutečností existují vážné a důvodné pochyby (srov. výše uvedený rozsudek čj. 2 Afs 24/2007-119).
[72] Pokud správce daně shora uvedené skutečnosti prokáže, důkazní břemeno přechází zpět na daňový subjekt, který je povinen doložit pravdivost svých tvrzení a průkaznost, věrohodnost a správnost účetnictví ve vztahu k danému obchodnímu případu, popř. svá tvrzení korigovat. Tyto skutečnosti bude daňový subjekt prokazovat zpravidla jinými důkazními prostředky než vlastním účetnictvím (srov. výše zmiňované rozsudky čj. 1 Afs 39/2010-124, či čj. 2 Afs 24/2007-119).
[73] Ve vztahu k dani z přidané hodnoty Nejvyšší správní soud ustáleně judikuje, že ani doklady se všemi požadovanými náležitostmi nemusí být dostatečným podkladem pro uznání nároku na odpočet, není-li zároveň prokázáno, že k uskutečnění zdanitelného plnění opravdu došlo (rozsudek ze dne 16. 3. 2010, čj. 1 Afs 10/2010-71). Aby mohla být daňovému dokladu přisouzena důkazní hodnota ve smyslu § 73 odst. 1 zákona o DPH, musí odrážet i faktickou stránku věci, tj. přijetí zdanitelného plnění. Daňový subjekt musí prokázat nejenom to, že k uskutečnění plnění opravdu došlo, ale i to, zda toto plnění uskutečnila osoba (plátce daně), která je jako poskytovatel plnění uvedena v dokladu, který daňový subjekt k prokázání svého tvrzení předkládá (rozsudek ze dne 30. 8. 2005, čj. 5 Afs 188/2004-63). Pokud správci daně vzniknou pochybnosti ohledně správnosti určitého daňového dokladu, resp. pochybnosti o uskutečnění zdanitelného plnění, daňový doklad shora uvedenou důkazní hodnotu ztrácí a nárok na odpočet daně je třeba prokázat jinými způsoby předvídanými daňovým řádem (výše uvedený rozsudek čj. 1 Afs 10/2010-71).“
[58] Pokud jde dále o důsledky neunesení důkazního břemene, ty závisí na povaze tvrzené a prokazované skutečnosti. Prokazuje-li daňový subjekt své tvrzení, že přijal určité zdanitelné plnění a nárokuje k němu odpočet daně, důsledkem neunesení důkazního břemene je závěr, že zde nárok na odpočet není, protože takové zdanitelné plnění daňový subjekt nepřijal. Tvrdí-li, že uskutečnil dodání do jiného členského státu, jež je osvobozeno od DPH, a toto své tvrzení neprokáže, pak je takové plnění třeba považovat za zdanitelné plnění. V takové situaci totiž zůstává nesporné, že plnění proběhlo (to správce daně nerozporuje), a spor se zde vede pouze o splnění podmínek pro osvobození od DPH.
[59] S ohledem na skutečnost, že daňové řízení není koncentrováno, daňový subjekt může v průběhu daňového řízení svá tvrzení měnit. Změna tvrzení daňového subjektu v průběhu daňového řízení (včetně změny oproti tvrzením uplatněným prostřednictvím daňového přiznání) může podle okolností podrývat důvěryhodnost nově uplatňovaných tvrzení a jím předkládaných účetních záznamů a povinných evidencí a sama může být v řadě případů dostačující pro to, aby správce daně oprávněně dospěl z hlediska § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu k závěru, že skutečnosti tvrzené daňovým subjektem je třeba prokázat jinak a že z údajů v účetnictví nelze vycházet. To však nic nemění na tom, že v případě změny tvrzení oproti daňovému přiznání daňový subjekt není povinen nést důkazní břemeno k původnímu tvrzení. Nové tvrzení je přitom s ohledem na formulaci § 92 odst. 3 daňového řádu povinen prokazovat jen tehdy, jestliže tvrdí takovou skutečnost, která by musela být v daňovém přiznání vykázána. Neunese-li důkazní břemeno k novému tvrzení, z daňového řádu nelze dovodit, že by se mělo za podklad pro stanovení daně považovat původní tvrzení v daňovém přiznání.
[60] S ohledem na neúplnost taxativního výčtu okolností, k nimž tíží důkazní břemeno daňový subjekt (§ 92 odst. 3 daňového řádu) a správce daně (§ 92 odst. 5 daňového řádu), zde však zůstává určitá skupina okolností, u nichž zákon rozložení důkazního břemene výslovně neupravuje. Ve vztahu k nim tak nezbývá než uzavřít, že se na ně vztahuje zásada materiální pravdy a že je to správce daně, jemuž zákon v obecnosti uložil na bedra (§ 92 odst. 2, resp. § 1 odst. 2 daňového řádu) zjistit rozhodné skutečnosti pro správné stanovení daně co nejúplněji, kdo musí k jejich zjištění obstarat potřebné důkazní prostředky, a to případně i za pomoci výzvy směřované daňovému subjektu či jiným osobám (§ 92 odst. 4, § 93 odst. 4 či § 96 odst. 1 daňového řádu), a kdo nese odpovědnost za jejich úplné zjištění.
(…)