Bezprostřední zahájení daňové kontroly po ukončení postupu k odstranění pochybností ve smyslu § 89 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, nepředstavuje nezákonný zásah správce daně v situaci, v níž správce daně shledá nutnost pokračovat v dokazování v rámci daňové kontroly, a nikoliv již v rámci postupu k odstranění pochybností, z důvodu přetrvávajících pochybností o správnosti daňové povinnosti daňového subjektu a předpokládaného časově náročnějšího dokazování.
[11] V rámci meritorního posouzení žaloby se soud neztotožnil s názory žalobkyně o tom, že jí žalovaný nesdělil relevantní pochybnosti ohledně daňových tvrzení ke zdaňovacím obdobím září a říjen 2014. Z výzvy ze dne 18. 11. 2014, která se vztahovala ke zdaňovacímu období září 2014, a z výzvy ze dne 5. 1. 2015, která se vztahovala ke zdaňovacímu období říjen 2014, jež byly učiněny v rámci postupu k odstranění pochybností ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu, prokazatelně vyplývá, že obě výzvy obsahovaly relevantní pochybnosti správce daně o tvrzeních žalobkyně v jejích daňových tvrzeních.
Za tyto relevantní pochybnosti soud ve shodě se žalovaným považuje ohledně zdaňovacího období září 2014 okolnost, že přijatá zdanitelná plnění, ze kterých žalobkyně uplatňovala nárok na odpočet daně, byla poskytována společností Tintarella, a. s., která je nekontaktní a nepodává daňová přiznání; dále že žalobkyně za toto zdaňovací období nepřiznává žádná uskutečněná zdanitelná plnění s nárokem na odpočet daně, přičemž žalobkyně dosud neprokázala, jak jí přijatá zdanitelná plnění od společnosti Tintarella souvisí s její ekonomickou činností; a dále že žalobkyně v daňovém přiznání neuvádí svoji ekonomickou činnost a zároveň uplatňuje plnění osvobozená od daně bez nároku na odpočet daně.
Ohledně zdaňovacího období říjen 2014 za dané relevantní pochybnosti soud ve shodě se žalovaným považuje jednak okolnost, že hodnota přijatých zdanitelných plnění převyšuje výši uskutečněných plnění a jednak okolnost, že žalobkyně v daňovém přiznání neuváděla svoji hlavní ekonomickou činnost, v důsledku čehož není zřejmé, zda plnění na vstupu byla skutečně přijata a použita pro její ekonomickou činnost. Obě výzvy (rovněž jako výzva vztahující se ke zdaňovacímu období srpen 2014, jak soud rozvede níže) tak obsahovaly konkrétní pochybnosti správce daně o správnosti daňových přiznání žalobkyně tak, jak předpokládá § 89 odst. 1 daňového řádu.
Tomu pak odpovídal i následný postup správce daně, který byl souladný i s judikaturou správních soudů (k tomu srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 1. 2017, čj. 4 Afs 182/2016-18: Pochybností ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu, se rozumí i „případy, kdy správce daně má v rukou silné důkazy, na základě nichž lze s vysokou pravděpodobností, ne-li dokonce s praktickou jistotou, očekávat závěr o nesprávnosti tvrzení daňového subjektu. I pro takovou situaci poskytuje postup k odstranění pochybností procesní rámec, v němž může daňový subjekt na takové podklady reagovat a buď uznat své pochybení, nebo naopak poskytnout informace a důkazy, které mohou na případ vrhnout jiné světlo, eventuálně i vyvrátit do té chvíle zdánlivě přesvědčivá zjištění správce daně.“) (…)
[11] V rámci meritorního posouzení žaloby se soud neztotožnil s názory žalobkyně o tom, že jí žalovaný nesdělil relevantní pochybnosti ohledně daňových tvrzení ke zdaňovacím obdobím září a říjen 2014. Z výzvy ze dne 18. 11. 2014, která se vztahovala ke zdaňovacímu období září 2014, a z výzvy ze dne 5. 1. 2015, která se vztahovala ke zdaňovacímu období říjen 2014, jež byly učiněny v rámci postupu k odstranění pochybností ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu, prokazatelně vyplývá, že obě výzvy obsahovaly relevantní pochybnosti správce daně o tvrzeních žalobkyně v jejích daňových tvrzeních. Za tyto relevantní pochybnosti soud ve shodě se žalovaným považuje ohledně zdaňovacího období září 2014 okolnost, že přijatá zdanitelná plnění, ze kterých žalobkyně uplatňovala nárok na odpočet daně, byla poskytována společností Tintarella, a. s., která je nekontaktní a nepodává daňová přiznání; dále že žalobkyně za toto zdaňovací období nepřiznává žádná uskutečněná zdanitelná plnění s nárokem na odpočet daně, přičemž žalobkyně dosud neprokázala, jak jí přijatá zdanitelná plnění od společnosti Tintarella souvisí s její ekonomickou činností; a dále že žalobkyně v daňovém přiznání neuvádí svoji ekonomickou činnost a zároveň uplatňuje plnění osvobozená od daně bez nároku na odpočet daně. Ohledně zdaňovacího období říjen 2014 za dané relevantní pochybnosti soud ve shodě se žalovaným považuje jednak okolnost, že hodnota přijatých zdanitelných plnění převyšuje výši uskutečněných plnění a jednak okolnost, že žalobkyně v daňovém přiznání neuváděla svoji hlavní ekonomickou činnost, v důsledku čehož není zřejmé, zda plnění na vstupu byla skutečně přijata a použita pro její ekonomickou činnost. Obě výzvy (rovněž jako výzva vztahující se ke zdaňovacímu období srpen 2014, jak soud rozvede níže) tak obsahovaly konkrétní pochybnosti správce daně o správnosti daňových přiznání žalobkyně tak, jak předpokládá § 89 odst. 1 daňového řádu. Tomu pak odpovídal i následný postup správce daně, který byl souladný i s judikaturou správních soudů (k tomu srov. např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 1. 2017, čj. 4 Afs 182/2016-18: Pochybností ve smyslu § 89 odst. 1 daňového řádu, se rozumí i „případy, kdy správce daně má v rukou silné důkazy, na základě nichž lze s vysokou pravděpodobností, ne-li dokonce s praktickou jistotou, očekávat závěr o nesprávnosti tvrzení daňového subjektu. I pro takovou situaci poskytuje postup k odstranění pochybností procesní rámec, v němž může daňový subjekt na takové podklady reagovat a buď uznat své pochybení, nebo naopak poskytnout informace a důkazy, které mohou na případ vrhnout jiné světlo, eventuálně i vyvrátit do té chvíle zdánlivě přesvědčivá zjištění správce daně.“) (…)
[13] V daném případě z obsahu předloženého správního spisu přitom nevyplývá, že by žalobkyně odstranila výše popsané pochybnosti správce daně, které se vztahovaly ke zdaňovacím obdobím září a říjen 2014. Ve vztahu ke zdaňovacímu období srpen 2014 je třeba podotknout, že žalobkyně v žalobě v tomto směru nijak nerozporovala, že by žalovanému neměly vzniknout relevantní pochybnosti tak, jak je uvedl ve své výzvě k odstranění pochybností ze dne 17. 10. 2014, tj. okolnost, že přijatá zdanitelná plnění, ze kterých žalobkyně uplatňovala nárok na odpočet daně, byla poskytována společností Tintarella, která je nekontaktní a nepodává daňová přiznání; a okolnost, že ohledně zdanitelných plnění deklarovaných žalobkyní jako dodání do jiného členského státu, a to plátci Piotr N., bylo zjištěno, že tento plátce neplní své daňové povinnosti.
[14] Za tohoto skutkového stavu žalovaný legitimně u žalobkyně následně v rámci ústního jednání, které se uskutečnilo dne 17. 3. 2015, ukončil postup k odstranění pochybností týkajících se daně z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen, září a říjen 2014 a namísto toho přikročil k bezprostřednímu zahájení daňové kontroly za identická zdaňovací období, a to v rozsahu přetrvávajících pochybností. Postup žalovaného v tomto směru nepředstavoval žádný nezákonný zásah, jak dovozovala žalobkyně.
[15] Bezprostředním zahájením daňové kontroly po ukončení postupu k odstranění pochybností v situaci, v níž správce daně shledá nutnost pokračovat v dokazování v rámci daňové kontroly, a nikoliv již v rámci postupu k odstranění pochybností z důvodu přetrvávajících pochybností o správnosti daňové povinnosti daňového subjektu s předpokladem časově náročnějšího dokazování, se přitom opakovaně zabýval Nejvyšší správní soud. V rozsudku ze dne 22. 12. 2015, čj. 4 Afs 238/2015-29, Nejvyšší správní soud výslovně dovodil, že správce daně není případným návrhem daňového subjektu na pokračování dokazování ve smyslu § 90 odst. 2 daňového řádu věty druhé vázán, když daňovou kontrolu může správce daně zahájit na základě vlastního uvážení s tím, že není nutno vždy poskytovat 15denní lhůtu pro podání případného návrhu daňového subjektu na pokračování dokazování ve smyslu § 90 odst. 2 daňového řádu věty druhé.
[16] Pokud posléze žalovaný dne 15. 4. 2015 přikročil k rozšíření rozsahu předmětné daňové kontroly daně z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen, září a říjen 2014, a to v plném rozsahu předmětu kontroly, neshledal soud ani v tomto postupu žalovaného nezákonný zásah, jak dovozovala žalobkyně.
[17] Žalobkyně by měla brát v potaz skutečnost, že správce daně může v intencích § 85 odst. 3 daňového řádu rozšířit rozsah daňové kontroly i na ověřování skutečností dosud neověřovaných. Povinností správce daně je pak v těchto případech ve smyslu § 87 odst. 1 daňového řádu, dříve než začne provádět daňovou kontrolu s rozšířenějším rozsahem, náležitě vymezit rozšiřovaný rozsah daňové kontroly a o této skutečnosti vyrozumět kontrolovaný subjekt. Této povinnosti žalovaný zjevně dostál, když o svém záměru provádět daňovou kontrolu s rozšířenějším rozsahem včetně jakého rozsahu – v daném případě v plném rozsahu předmětu kontroly – náležitě vyrozuměl zástupce žalobkyně při ústním jednání, které se uskutečnilo dne 15. 4. 2018. Svůj postup žalovaný přitom dle názoru soudu racionálně zdůvodnil svými pochybnostmi o stanovení daně jako celku ve správné výši s ohledem na dosavadní průběh daňového řízení a dosavadní učiněné poznatky. Žalobkyně se mýlí, pokud dovozuje, že žalovaný, aby legitimně mohl přikročit k rozšíření rozsahu daňové kontroly, byl povinen jí sdělit zcela nové pochybnosti o správnosti jejích daňových tvrzení. Žádnou takovouto „novou povinnost tvrzení“ zákonodárce nekoncipoval, a proto soud námitky žalobkyně v tomto směru vyhodnotil jako nedůvodné.
[18] V daném případě nesporně předmětná daňová kontrola byla pro žalobkyni zásahem do jejích veřejných subjektivních práv, ovšem šlo o zásah zákonný. Soud neshledal, že by žalovaný vůči žalobkyni postupoval svévolně a v rozporu se zásadami proporcionality a předvídatelnosti výkonu veřejné moci a že by nepřípustně svými úkony v daňovém řízení sledoval toliko cíl zamezit vrácení nadměrného odpočtu žalobkyni. Správce daně byl oprávněn pozdržet vrácení nadměrného odpočtu, který nárokovala žalobkyně, jelikož prokázal existenci relevantních pochybností ohledně údajů uvedených žalobkyní v jejích daňových přiznáních k dani z přidané hodnoty za zdaňovací období srpen, září a říjen 2014. S ohledem na uplatněné žalobní námitky, které převážně spočívaly v polemice žalobkyně o tom, že správce daně nedisponoval relevantními pochybnostmi, soud považuje za vhodné směrem k žalobkyni ještě připomenout, že z aktuální a konstantní jednotné judikatury správních soudů včetně Nejvyššího správního soudu vyplývá, že správce daně nemusí při zahájení daňové kontroly u právnické osoby disponovat konkrétním podezřením či pochybnostmi o řádném plnění kontrolované daňové povinnosti – viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 10. 2009, čj. 8 Afs 46/2009-46, č. 1983/2010 Sb. NSS. Postup správce daně vůči žalobkyni nebyl v rozporu se závěry obsaženými ve stanovisku Ústavního soudu zn. Pl. ÚS-st. 33/11 a rovněž ani s rozhodnutími Nejvyššího správního soudu, jichž se nepříhodně dovolávala žalobkyně.