Pravidlo o stavení běhu prekluzivní lhůty po dobu řízení před správním soudem podle § 41 s. ř. s. se ve vztahu ke lhůtě pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně podle § 44a odst. 8 zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech, ve znění účinném do 29. 12. 2011 (nyní § 44a odst. 11 tohoto zákona), nepoužije.
1. Promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst. 1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky.
V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu.
Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení.
Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.
2. Lhůta pro výkon rozhodnutí, na základě kterého byla uložena správní sankce, činí tři roky. Tato lhůta běží ode dne, kdy rozhodnutí nabude právní moci.
Přerušení a pozastavení se řídí odpovídajícími pravidly vnitrostátního práva.
2. Lhůta pro výkon rozhodnutí, na základě kterého byla uložena správní sankce, činí tři roky. Tato lhůta běží ode dne, kdy rozhodnutí nabude právní moci.
Přerušení a pozastavení se řídí odpovídajícími pravidly vnitrostátního práva.
3. Členské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.
[36] Nařízení č. 2988/95 používá odlišné pojmosloví než rozpočtová pravidla. „Promlčecí doba pro zahájení stíhání “ nebo pro „stíhání “ či „uložení sankce “ podle čl. 3 odst. 1 nařízení má povahu prekluzivní lhůty (srov. rozsudek NSS čj. 5 Afs 4/2021-66, bod 28). Tento článek dopadá nejen na řízení, jehož účelem je uložení sankce trestní povahy, ale i na řízení směřující k uložení správního opatření ve smyslu čl. 4 nařízení (k tomu srov. např. rozsudky Soudního dvora ze dne 29. 1. 2009, Josef Vosding Schlacht-, Kühl- und Zerlegebetrieb a další, C-278/07 až C-280/07, bod 22, nebo ze dne 7. 4. 2022, IFAP, C-447/20 a C-448/20, bod 70). Lhůty upravené v čl. 3 nařízení se tudíž uplatní i ve vztahu k oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, který svou povahou není sankcí (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 11. 2020, čj. 3 Afs 92/2018-32, bod 36), nýbrž správním opatřením. Přímo z čl. 3 odst. 1 prvního a čtvrtého pododstavce nařízení dále vyplývá, že lhůta pro vydání rozhodnutí („uložení sankce“) skončí uplynutím 8 let od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, ledaže se podle práva členského státu uplatní delší lhůta, jak to předpokládá čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95.
[37] Stěžovatel tvrdí, že takovouto delší lhůtou je prekluzivní lhůta stanovená v § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel. S tím souvisí druhá rozhodná právní otázka, zda se tato lhůta staví podle § 41 s. ř. s. Podle tohoto zvláštního ustanovení o běhu některých lhůt stanoví-li zvláštní zákon ve věcech přestupků, kárných nebo disciplinárních nebo jiných správních deliktů […] lhůty pro zánik odpovědnosti, popřípadě pro výkon rozhodnutí, tyto lhůty po dobu řízení před soudem podle tohoto zákona neběží. To platí obdobně o lhůtách pro zánik práva ve věcech daní, cel, poplatků, odvodů, záloh na tyto příjmy a odvodů za porušení rozpočtové kázně, které jsou příjmem státního rozpočtu, státních finančních aktiv nebo rezervních fondů organizačních složek státu, rozpočtů územních samosprávných celků, nebo státních fondů nebo Národního fondu, a o promlčecích dobách ve věci náhrady škody nebo nemajetkové újmy způsobené při výkonu veřejné moci podle zvláštního zákona.
[38] Pokud by se prekluzivní lhůta podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel nestavěla, byl by její poslední den jednoznačně určen uplynutím doby 10 let, která by počala běžet od 1. ledna roku následujícího po roku, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně. Jinak tomu ale bude při použití § 41 s. ř. s. V takovém případě by určení jejího posledního dne záviselo na tom, zda v jejím průběhu bylo vedeno řízení před správním soudem.
V.b Prekluzivní lhůta podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel se nestaví podle § 41 s. ř. s.
[39] Přestože podstatou napadeného rozsudku krajského soudu je první z uvedených dvou otázek, její zodpovězení by vzhledem k délce prekluzivních lhůt čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 a podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel mělo význam jen za předpokladu, že se ve vztahu k prekluzivní lhůtě podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel uplatní § 41 s. ř. s. Pouze při použití tohoto ustanovení by se totiž tato lhůta neuplatnila přede dnem nabytí právní moci žalobou napadeného rozhodnutí stěžovatele.
[40] Byla-li by rozhodnou lhůta podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, její poslední den by se při pochybení žalobkyně spočívajícím v porušení podmínky nepřekročit 30% podíl subdodavatelsky zajišťovaných prací z celkového objemu stavebních nákladů akce ve dnech 26. 8. 2011, 26. 9. 2011 a 31. 10. 2011 odvíjel od posledně uvedeného dne. Tato jednání představovala opakovanou nesrovnalost ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 (rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 1. 2007, Vonk Dairy Products, C-279/05, bod 44). V případě druhého pochybení, které spočívalo v zadání prací v jednacím řízení bez uveřejnění, aniž by k tomu byly splněny zákonné podmínky, by byl rozhodný den 29. 4. 2012. Platí však, že oběma platebními výměry (s přihlédnutím k jejich následným změnám) byl žalobkyni vyměřen odvod za porušení rozpočtové kázně vždy ve vztahu k oběma pochybením současně (jedním výměrem za obě pochybení ve vztahu k finančním prostředkům ze Státního fondu životního prostředí, druhým výměrem za obě pochybení ve vztahu k finančním prostředkům z rozpočtu Evropské unie). Pro posouzení zákonnosti platebních výměrů je tedy rozhodné plynutí lhůty, která počala plynout dříve, tedy dne 31. 10. 2011. Posledním dnem prekluzivní lhůty 8 let by tedy byl 31. 10. 2019 a rozhodnutí stěžovatele ze dne 30. 6. 2022, stejně jako jím potvrzené rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 22. 3. 2022, by byla vydána až po jejím uplynutí.
[41] Stejný následek by nastal i při použití prekluzivní lhůty podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel, jestliže by nebylo možné použít § 41 s. ř. s. V takovém případě by tato lhůta začala plynout dne 1. 1. 2012 a oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně by zaniklo dne 1. 1. 2022.
[42] Krajský soud se použitelností § 41 s. ř. s. nezabýval, byť tato právní otázka byla předestřena žalobkyní v její žalobě. Tuto právní otázku považoval za nadbytečnou, neboť dospěl k závěru o použitelnosti kratší prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Nejvyšší správní soud nicméně zastává názor, že nejdříve je třeba provést výklad zákonné úpravy, tedy vztahu § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel a § 41 s. ř. s., z něhož teprve vyplyne, zda má krajským soudem provedený výklad čl. 3 odst. 1 nařízení pro posuzovanou věc vůbec význam. Nejde jen o zachování posloupnosti jednotlivých právních otázek rozhodných pro řešení věci, od níž by při jednoznačné unijní úpravě prekluzivní lhůty bylo možné upustit. Nejvyšší správní soud také zohlednil, že v současnosti je před Soudním dvorem pod číslem C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica vedeno řízení o jím položených předběžných otázkách v jiné věci, které se týkají výkladu čl. 3 odst. 1 a 3 nařízení č. 2988/95 (usnesení NSS ze dne 31. 7. 2024, čj. 10 Afs 82/2024-52).
[43] Předběžné otázky, které položil Nejvyšší správní soud, zní:
1) Umožňuje nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství,
a) vnitrostátní úpravu, která ve smyslu čl. 3 odst. 3 tohoto nařízení stanoví delší lhůtu pro rozhodnutí ve věci (zde desetiletou), než která vyplývá z čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení, aniž by současně výslovně stanovila také samostatnou lhůtu pro zahájení řízení, tak jak ji upravuje ve svém čl. 3 odst. 1 pododstavec první nařízení 2988/95?
b) členskému státu jako počátek lhůty pro vydání rozhodnutí určit – namísto okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo – první den následujícího kalendářního roku?
[…]
3) Je třeba v případě nesrovnalostí ve smyslu čl. 1 odst. 1 nařízení 2988/95, které vyvstaly při financování záměrů souvisejících s některou z politik Unie a v návaznosti na dotace poskytnuté částečně z unijních zdrojů a částečně ze zdrojů rozpočtu členského státu, postupovat jen podle nařízení 2988/95 (včetně lhůt a definic), tedy vztáhnout nařízení na nesrovnalost v celém jejím rozsahu? Nebo je třeba takto postupovat jen ve vztahu k oddělitelné části dotace poskytnuté z unijních zdrojů, a ve vztahu k oddělitelné části poskytnuté z rozpočtu členského státu naopak postupovat podle vnitrostátního předpisu?
[44] Uvedené předběžné otázky se týkají právního posouzení, které provedl krajský soud, a Nejvyšší správní soud by v případě, že by na jejich posouzení záviselo rozhodnutí ve věci, své řízení přerušil a vyčkal na jejich zodpovězení Soudním dvorem. Tento postup však, jak bude uvedeno níže, nebyl nezbytný. Je tomu tak z toho důvodu, že na prekluzivní lhůtu podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel se podpůrně použije právní úprava lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, která použití § 41 s. ř. s. vylučuje.
[45] Nejvyšší správní soud se v minulosti zabýval obsahem a účelem zvláštního ustanovení § 41 s. ř. s. V průběhu jím stanoveného stavení běhu lhůty „lhůta neběží, stojí a pouze [se] procesně posouvá uplynutí prekluzivní lhůty, a to při zachování její časové dotace i dalších výše zmíněných klíčových prvků prekluze v podobě určení jejího počátku či přetržení “. Účelem přijetí tohoto ustanovení „bylo reagovat na poznatky předchozí praxe v rámci správního soudnictví a nově stanovit stavení některých lhůt po dobu soudního řízení tak, aby se již nestávalo, že po zrušení správního rozhodnutí soudem nebude mít správní orgán dostatek časového prostoru pro provedení nového řízení a vydání rozhodnutí, případně že již nebude mít prostor žádný, protože k uplynutí prekluzivní lhůty dojde ještě v průběhu samotného soudního řízení “. Tím měl být zajištěn „klid v běhu “ některých lhůt (rozsudek NSS ze dne 31. 5. 2012, čj. 9 Afs 72/2011-218, č. 2676/2012 Sb. NSS; tomu odpovídá také zvláštní část důvodové zprávy k navrhovanému § 40 s. ř. s., Poslanecká sněmovna, 3. volební období, 1998-2002, sněmovní tisk 1080/0). Stavení běhu prekluzivní lhůty podle § 41 s. ř. s. se vztahuje na běh subjektivních i objektivních lhůt (rozsudek NSS ze dne 15. 12. 2005, čj. 1 Afs 130/2004-90).
[46] Ustanovení § 41 s. ř. s. se vztahovalo na lhůtu pro vyměření daně podle § 47 zákona č. 337/1992, o správě daní a poplatků, který byl účinný do 31. 12. 2010. Tento zákon však byl k 1. 1. 2011 nahrazen daňovým řádem, který obsahuje úplnou právní úpravu vylučující použití tohoto ustanovení soudního řádu správního. Je tomu tak s ohledem na § 148 odst. 4 písm. a) daňového řádu, který stanoví, že lhůta pro stanovení daně neběží po dobu řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem. Zároveň je stanovena prekluzivní lhůta v § 148 odst. 5 daňového řádu, podle něhož lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1 (tj. od okamžiku, kdy se odvod za porušení rozpočtové kázně stal splatným). Jak vyplývá ze systematiky § 148 daňového řádu, toto ustanovení v odstavci 4 nejprve připouští stavení běhu lhůty, následně ale v odstavci 5 i ve vztahu k němu stanoví nejdelší možnou délku prekluzivní lhůty, kterou již nelze stavět ani přerušovat (blíže k tomuto výkladu srov. rozsudek NSS čj. 9 Afs 72/2011-218). Toto omezení se podle § 148 odst. 6 a 7 daňového řádu neuplatní pouze v případě pravomocného rozhodnutí o spáchání daňového trestného činu, nebo pro účely zániku trestnosti daňového trestného činu z důvodu účinné lítosti (srov. usnesení rozšířeného senátu ze dne 5. 2. 2025, čj. 1 Afs 231/2022-44, č. 4670/2025 Sb. NSS, bod 46).
[47] Vyloučení použití § 41 s. ř. s. se týkalo i lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, která počala plynout před účinností daňového řádu. Výjimkou byly pouze případy, v nichž bylo ještě před tímto okamžikem zahájeno řízení před soudem. Takové řízení je totiž ve smyslu § 264 odst. 4 věty druhé daňového řádu právní skutečností, která má vliv na běh prekluzivní lhůty a která nastala přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona. Jeho účinky se proto posuzují podle dosavadních právních předpisů, tedy podle zákona o správě daní a poplatků, který použití § 41 s. ř. s. nevylučoval (srov. rozsudek rozšířeného senátu ze dne 1. 11. 2023, čj. 9 Afs 95/2021-64, č. 4543/2024 Sb. NSS, body 28 až 31).
[48] Rozpočtová pravidla neobsahují úplnou úpravu správy odvodu za porušení rozpočtové kázně, a tudíž není-li v nich obsaženo zvláštní pravidlo, podle § 4 daňového řádu se podpůrně použije daňový řád. To platí také pro úpravu lhůty pro vyměření tohoto odvodu podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel, která je zvláštní úpravou vůči lhůtě pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu. Zvláštní úprava podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel se nicméně omezuje na stanovení počátku a délky uvedené lhůty. Jde-li o možnost prodloužení, přerušení nebo stavení, v úvahu by přicházelo použití pravidel podle § 148 odst. 2 až 4 daňového řádu, nikoli však i § 41 s. ř. s., který se z důvodu podpůrného použití daňového řádu nevztahuje na lhůtu pro stanovení daně ani na lhůtu pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně. Není dán žádný důvod, pro který by se měl s ohledem na použitelnost daňového řádu uplatnit ke každé z těchto lhůt odlišný režim. Nic na tom nemění ani skutečnost, že vymezení lhůty pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně jako nejdelší možné fakticky vylučuje, aby mělo na její délku vliv případné prodloužení, přerušení nebo stavení podle § 148 odst. 2 až 4 daňového řádu. Stanovení této lhůty jako objektivní brání i podpůrnému použití kratší subjektivní lhůty podle § 148 odst. 1 daňového řádu (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 10. 2014, čj. 7 As 117/2014-29). Lhůta pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně je stejně jako lhůta pro stanovení daně podle § 148 odst. 5 daňového řádu nepřekročitelná (srov. rozsudek NSS ze dne 27. 5. 2024, čj. 3 Afs 113/2022-36, bod 34).
[49] Lze uzavřít, že pravidlo o stavení běhu prekluzivní lhůty po dobu řízení před správním soudem podle § 41 s. ř. s. se ve vztahu ke lhůtě pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel (nyní § 44a odst. 11 rozpočtových pravidel, v účinném znění) nepoužije. Z tohoto důvodu není podstatné, zda se v posuzované věci uplatní prekluzivní lhůta podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 nebo prekluzivní lhůta podle § 44a odst. 8 rozpočtových pravidel, ani zda je v tomto ohledu nutno rozlišovat mezi tím, zda jde o odvod za porušení rozpočtové kázně do státního fondu nebo do Národního fondu. Při jakémkoli posouzení těchto otázek by platilo, že již Odvolací finanční ředitelství vydalo dne 22. 3. 2022 v přezkumném řízení rozhodnutí nově stanovující výši odvodů za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty. Právní názor krajského soudu o zániku oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, na němž je založen napadený rozsudek, je podle Nejvyššího správního soudu správný, byť z jiných důvodů. Tím je opodstatněn závěr, že napadený rozsudek není nezákonným. Nejvyšší správní soud se za této situace již nezabýval ostatními námitkami stěžovatele, neboť by to bylo nadbytečné.