2 Afs 4/2024

2 Afs 4/2024- 58 - text 2 Afs 4/2024 - 66 pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně Evy Šonkové a soudců Tomáše Kocourka a Sylvy Šiškeové v právní věci žalobkyně: Wassa s. r. o., se sídlem Bělá 100, Mírová pod Kozákovem – Bělá, zastoupená Mgr. Jakubem Hajdučíkem, advokátem se sídlem Sluneční nám. 2588/14, Praha 5, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutím žalovaného ze dne 3. 5. 2023, č. j. 11598/23/5000-10612-713127, č. j. 11599/23/5000-10612-713127 a č. j. 11600/23/5000-10612-713127, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem – pobočky v Liberci ze dne 13. 12. 2023, č. j. 59 Af 11/2023-52, takto:

I. Rozsudek Krajského soudu v Ústí nad Labem – pobočky v Liberci ze dne 13. 12. 2023, č. j. 59 Af 11/2023-52, a rozhodnutí žalovaného ze dne 3. 5. 2023, č. j. 11598/23/5000-10612-713127, č. j. 11599/23/5000-10612-713127 a č. j. 11600/23/5000-10612-713127, se ruší a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni náhradu nákladů řízení o žalobě a částečnou náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti v celkové výši 54 232,50 Kč k rukám jejího zástupce Mgr. Jakuba Hajdučíka, advokáta, a to do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

III. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni zbývající náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti ve výši, která bude určena v samostatném usnesení.

IV. Žalovaný nemá právo na náhradu nákladů řízení o žalobě ani o kasační stížnosti.

Odůvodnění:

I. Vymezení věci

[1] Žalobkyně v roce 2014 obdržela v rámci tří projektů dotace od Ministerstva průmyslu a obchodu (dále jen „poskytovatel dotace“) na nákup technologií a softwaru za účelem inovace její kartonové výroby, a to v celkové výši 56 129 436 Kč.

[2] Konkrétně se jednalo o rozhodnutí o poskytnutí dotace ze dne 21. 1. 2014, č. j. 76-13/4.1IN04-1098/14/61200, ve znění opravného rozhodnutí č. j. 76-13/4.1IN04-1098/14/61200 a dodatku č. 1 č. j. D1/76-13.4.1IN04-1098/14/61200, ve výši maximálně 50 % způsobilých výdajů a absolutní částce 19 834 000 Kč ze strukturálních fondů na projekt s názvem „Inovace výroby výztuh kartonových obalů – Wassa s. r. o.“ (dále „projekt č. 1“). Rozhodnutím ze dne 20. 11. 2014, č. j. 27-14/2.2RV03-3521/14/61200, byla žalobkyni poskytnuta dotace ve výši maximálně 35 % způsobilých výdajů a absolutní částce 17 500 000 Kč ze strukturálních fondů na projekt s názvem „Rozšíření a modernizace výroby z plastkartonu, plastů a pěn – Wassa s.r.o.“ (dále „projekt č. 2“).

Konečně rozhodnutím o poskytnutí dotace ze dne 22. 4. 2014, č. j. 27-14/2.2RV03-2367/14/61200, ve znění dodatku č. 1 č. j. D1/27-14/2.2RV03-2367/14/61200, byla žalobkyni přiznána dotace ve výši maximálně 40 % způsobilých výdajů a absolutní částce 18 800 000 Kč ze strukturálních fondů na projekt s názvem „Modernizace technologií pro výrobu a zpracování obalových materiálů – Wassa s. r. o.“ (dále „projekt č. 3“). Ani v jednom z projektů žalobkyně nečerpala dotaci ve výši více než 50 % způsobilých výdajů, nebyla proto tzv. dotovaným subjektem ve smyslu § 2 odst. 3 zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách.

[3] Finanční úřad pro Liberecký kraj (dále „správce daně“) na základě daňové kontroly zahájené dne 8. 2. 2018 shledal u všech tří projektů řadu porušení právních předpisů a platebními výměry ze dne 21. 9. 2022, č. j. 1224046/22/2600-31471-507495, č. j. 1224059/22/2600-31471-507495 a č. j. 124065/22/2600-31471-507426, vyměřil žalobkyni odvody za porušení rozpočtové kázně do Národního fondu (ve výši 19 630 000 Kč v souvislosti s projektem č. 1, ve výši 17 498 106 Kč v souvislosti s projektem č. 2 a ve výši 18 799 180 Kč v souvislosti s projektem č. 3, celková částka odvodu tak činila 55 927 286 Kč). Odvolání žalobkyně proti uvedeným rozhodnutím správce daně žalovaný v záhlaví označenými rozhodnutími zamítl a rozhodnutí správce daně potvrdil.

[4] Souběžně bylo proti žalobkyni a dalším dvěma obviněným vedeno trestní řízení pro zločiny zkrácení daně, poplatku a podobné povinné platby, poškození finančních zájmů Evropské unie a dotačního podvodu. Rozsudkem Krajského soudu v Hradci Králové ze dne 3. 9. 2020, sp. zn. 9 T 7/2019, byla žalobkyně uvedenými zločiny shledána vinnou a byl jí uložen peněžitý trest ve výši 2 000 000 Kč a trest zákazu přijímání dotací a subvencí na dobu 4 let. Dále byla žalobkyni uložena povinnost společně a nerozdílně s ostatními obžalovanými nahradit škodu poškozenému poskytovateli dotace ve výši 56 129 436 Kč. K odvolání žalobkyně a jednoho ze spoluobviněných Vrchní soud v Praze rozsudkem ze dne 26.

4. 2022, sp. zn. 12 To 13/2021, zrušil rozsudek Krajského soudu v Hradci Králové ve výrokové části pod bodem II, v celém výroku o trestu a ve výroku o náhradě škody, a to ohledně žalobkyně i dalších obžalovaných. Vrchní soud v Praze nově rozhodl tak, že vedle zločinu zkrácení daně, poplatku a jiné podobné povinné platby shledal žalobkyni vinnou zvlášť závažným zločinem poškození finančních zájmů Evropské unie podle § 260 odst. 1, odst. 5 zákona č. 40/2009 Sb., trestní zákoník, uložil jí úhrnný peněžitý trest ve výši 1 000 000 Kč a trest zákazu přijímání dotací a subvencí na dobu 2 let a povinnost společně a nerozdílně s ostatními spoluobžalovanými nahradit škodu poškozenému, tj. České republice, Ministerstvu průmyslu a obchodu, ve výši 56 129 436 Kč.

[5] Proti rozhodnutím orgánů finanční správy se žalobkyně bránila žalobou, kterou krajský soud v záhlaví uvedeným rozsudkem zamítl. V rozporu s názorem žalobkyně dospěl k závěru, že stanovení odvodu za porušení rozpočtové kázně navzdory trestním soudem uložené povinnosti nahradit škodu způsobenou trestnými činy v rámci adhezního řízení je nejen možné, ale také systémově správné. Ve svém posouzení krajský soud vycházel ze zákonné úpravy porušení rozpočtové kázně. Povinnost k odvodu za porušení rozpočtové kázně vzniká ze zákona již okamžikem porušení, vydání platebního výměru nepodléhá diskreci správce daně. Správce daně nezkoumá ani zavinění porušitele, závažnost porušení dotačních podmínek posuzuje pouze ve vztahu k výši odvodu. Dále krajský soud konstatoval, že zákon č. 280/2009 Sb., daňový řád, neobsahuje žádné ustanovení, které by bránilo zahájení daňového řízení v případě, že je vedeno trestní řízení. V posuzované věci se dle krajského soudu neuplatní § 101 odst.

4 daňového řádu, obsahující zásadu ne bis in idem, neboť se vztahuje pouze na daňová řízení. Ustanovení § 106 odst. 1 daňového řádu obsahuje taxativní výčet důvodů pro zastavení řízení, mezi nimiž není vedení trestního ani adhezního řízení. Krajský soud má za to, že dle judikatury trestních soudů se daňové nároky zpravidla v adhezním řízení nepřiznávají, pokud tak však obecné soudy učinily, není úkolem správních soudů, aby jejich rozhodnutí přezkoumávaly. Nastalý střet dvou exekučních titulů je třeba řešit až ve vykonávacím řízení, kde žalobkyně může namítat, že jeden z nich byl již splněn. Nad rámec uvedeného má krajský soud za to, že nemožnost stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, který je podkladem pro uložení penále, by vedla k nesystémovému zvýhodnění osob, proti kterým je vedle daňové kontroly a daňového řízení vedeno i trestní řízení.

II. Argumentace účastníků řízení

[6] Proti rozsudku krajského soudu podala žalobkyně (stěžovatelka) kasační stížnost z důvodů, které podřadila pod § 103 odst. 1 písm. a) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (s. ř. s.).

[7] Podle stěžovatelky nemohou nárok na vrácení finančních prostředků řešit dvě organizační složky státu nezávisle na sobě, protože důsledkem by mohla být existence vzájemně rozporných meritorních rozhodnutí. Stěžovatelka nesouhlasí s názorem krajského soudu, že § 101 odst. 4 daňového řádu se omezuje pouze na daňová řízení, a má za to, že když trestní soud rozhodne o vrácení prostředků z dotace, brání toto ustanovení daňovému orgánu učinit totéž. Dále stěžovatelka tvrdí, že posuzovaná situace naplňuje hypotézu § 106 odst. 1 písm. e) daňového řádu [zjevně měla však na mysli písm. f) – pozn. NSS], tedy že se řízení stalo bezpředmětným, a má být zastaveno.

Závěr krajského soudu, že střet dvou exekučních titulů je třeba řešit až ve vykonávacím řízení, odporuje dle stěžovatelky rozhodnutí rozšířeného senátu sp. zn. 2 Afs 81/2004, podle něhož námitkami proti exekučnímu příkazu nelze brojit proti samotnému exekučnímu titulu. Odkaz krajského soudu na provázanost odvodu za porušení rozpočtové kázně a penále je dle stěžovatelky v rozporu s rozhodnutím rozšířeného senátu sp. zn. 9 Afs 4/2018, dle kterého penále nepřipadá v úvahu tam, kde byl již daňový subjekt potrestán podle trestního práva.

Závěrem stěžovatelka poukazuje na rozhodnutí velkého senátu trestního kolegia Nejvyššího soudu sp. zn. 15 Tdo 832/2016, dle kterého daňové a trestní řízení tvoří jeden koherentní celek. Stěžovatelka má za to, že když už jednou byla postižena podle trestního práva, tak již nemůže být postižena trestní sankcí podle práva daňového. Trestní soudy ve věci stěžovatelky rozhodly jako první, řízení o odvodu za porušení rozpočtové kázně se tak stalo bezpředmětným.

[8] Žalovaný se ve vyjádření ke kasační stížnosti ztotožnil se závěry krajského soudu a navrhl její zamítnutí. Připomíná, že poškozeným v rámci adhezního řízení je poskytovatel dotace, zatímco platební výměr na odvod za porušení rozpočtové kázně vydává správce daně, a dále upozorňuje na rozdíly mezi náhradou škody v adhezním řízení a odvodem za porušení rozpočtové kázně.

Žalovaný rovněž rozporuje stěžovatelkou odkazovanou judikaturu a dovozuje, že ani jedno z citovaných rozhodnutí se na posuzovanou věc nevztahuje. K výkladu § 106 daňového řádu namítá, že předměty adhezního řízení a řízení o porušení rozpočtové kázně nejsou totožné, není tedy důvodná námitka stěžovatelky, že daňové řízení se vydáním rozhodnutí v adhezním řízení stane bezpředmětným. Porušení rozpočtové kázně není správním deliktem a uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně není trestní sankcí. Hlavním cílem odvodu za porušení rozpočtové kázně je navrátit zpět do státního rozpočtu prostředky, které nebyly využity k určenému účelu a v souladu s podmínkami, které stát či Evropská unie pro čerpání těchto prostředků stanovily. Žalovaný uzavírá, že adhezní řízení jako součást trestního řízení a řízení o odvodu za porušení rozpočtové kázně jsou zcela nezávislá a mohou být vedena současně.

III. Postup Nejvyššího správního soudu před rozhodnutím o věci samé

[9] Nejvyšší správní soud (NSS) v průběhu řízení zjistil, že usnesením ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024-52, položil desátý senát NSS Soudnímu dvoru Evropské unie (Soudní dvůr) předběžné otázky týkající se výkladu čl. 3 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“), konkrétně délky a běhu lhůt pro zahájení řízení a vydání rozhodnutí ve věci nesrovnalostí při čerpání dotací. Po předběžném projednání NSS dospěl k závěru, že odpověď Soudního dvora na položené otázky je pro tuto věc relevantní, a proto řízení do jeho rozhodnutí přerušil.

[10] Soudní dvůr rozhodl o předložených otázkách rozsudkem ze dne 27. 11. 2025, ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica (dále „rozsudek ve věci Mikroregion Porta Bohemica“). Vzhledem k tomu, že důvod přerušení vydáním tohoto rozsudku Soudního dvora pominul, NSS rozhodl, že se v řízení pokračuje a dal účastníkům řízení možnost vyjádřit se k jeho dopadu na posuzovanou věc.

[11] Stěžovatelka v návaznosti na rozsudek Soudního dvora uplatnila námitku prekluze. Ve vztahu k rozhodnutí žalovaného č. j. 11598/23/5000-10612-713127, kterým byl potvrzen platební výměr ze dne 21. 9. 2022, č. j. 1224046/22/2600-31471-507495 (dále „rozhodnutí žalovaného č. 1“), uvádí, že dle žalovaného došlo k nesrovnalosti č. 1 tím, že stěžovatelka vyhlásila výběrové řízení tak, aby nabídku na předmět zakázky mohl podat pouze vítězný dodavatel, který pořídil předmětné technologie od subdodavatele a se kterým se na tomto postupu stěžovatelka předem dohodla.

K vyhlášení výběrového řízení došlo dne 4. 12. 2013, čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 proto uplynula dne 4. 12. 2017. Nesrovnalost však byla stěžovatelce sdělena až dne 8. 4. 2022 přípisem správce daně. Nesrovnalost č. 2 měla spočívat v uzavření smlouvy s vítězným zájemcem, aniž by se sešla hodnotící komise pro výběr dodavatele, přičemž k uzavření této smlouvy došlo dne 27. 1. 2014. Čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení tedy uplynula dne 27.

1. 2018, nesrovnalost však byla stěžovatelce sdělena až dne 8. 4. 2022. K nesrovnalosti č.

3, nedovolenému osobnímu propojení stěžovatelky s vítězným zájemcem, došlo uzavřením smlouvy s vítězným dodavatelem dne 27. 1. 2014. K uplynutí čtyřleté prekluzivní lhůty pro zahájení řízení tedy došlo dne 27. 1. 2018, nesrovnalost však byla stěžovatelce sdělena dne 8. 4. 2022. K nesrovnalosti č. 4, spočívající ve značném navýšení pořizovací ceny, došlo dle stěžovatelky uzavřením smlouvy dne 27. 1. 2014, čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení tedy uplynula dne 27. 1. 2018, nesrovnalost však byla stěžovatelce sdělena dne 8. 4. 2022. K uvedenému stěžovatelka dodává, že k uplynutí prekluzivní lhůty došlo dokonce před samotným zahájením daňové kontroly dne 8. 2. 2018.

[12] Ve vztahu k rozhodnutí žalovaného č. j. 11599/23/5000-10612-713127, kterým byl potvrzen platební výměr ze dne 21. 9. 2022, č. j. 1224059/22/2600-31471-507495 (dále „rozhodnutí žalovaného č. 2“), stěžovatelka upozorňuje na pět nesrovnalostí, u nichž všech podle ní uplynula čtyřletá prekluzivní lhůta k zahájení řízení předtím, než jí byly nesrovnalosti formálně sděleny. Obdobně ve vztahu k rozhodnutí žalovaného č. j. 11600/23/5000-10612-713127, kterým byl potvrzen platební výměr ze dne 21. 9.

2022, č. j. 1224065/22/2600-31471-507426 (dále „rozhodnutí žalovaného č. 3“), stěžovatelka uvádí, že správcem daně byly identifikovány čtyři nesrovnalosti, u nichž všech uplynula čtyřletá prekluzivní lhůta pro zahájení řízení dříve, než jí byly nesrovnalosti formálně sděleny. Ke všem třem napadeným rozhodnutím žalovaného stěžovatelka souhrnně uvádí, že částečně paralelně probíhající trestní řízení zakončené rozsudkem Vrchního soudu v Praze sp. zn. 12 To 13/2021 ze dne 26. 4. 2022 nemělo na výše uvedené prekluzivní lhůty ve smyslu čl.

3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 žádný vliv, protože řízení o odvodu za porušení rozpočtové kázně nebylo rozhodnutím orgánů finanční správy pozastaveno ve smyslu čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95.

[13] Žalovaný ve svém vyjádření reagujícím na rozsudek Soudního dvora ve věci Mikroregion Porta Bohemica uvádí, že respektuje závěry rozsudku i aplikační přednost nařízení č. 2988/95 před zákonem č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla). Ve vyjádření rekapitulovaná zjištění správce daně ve vztahu k projektům č. 1, 2 a 3 jsou totožná s rekapitulací stěžovatelky, žalovaný však nesouhlasí s tvrzeními stěžovatelky stran plynutí jednotlivých prekluzivních lhůt a ve svém vyjádření překládá odlišná data vzniku nesrovnalostí, jakož i zahájení řízení, k němuž dle žalovaného došlo zahájením daňové kontroly dne 8.

2. 2018. Ve vztahu k projektu č. 1 žalovaný namítá, že v případě zjištění č. 1 a 2 se jednalo o pochybení, která nastala ještě předtím, než bylo vydáno rozhodnutí o poskytnutí dotace č. 1 dne 21. 1. 2014. V tomto případě tak lze dle žalovaného počátek běhu prekluzivní lhůty ve smyslu čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 počítat od data, kdy rozhodnutí o poskytnutí dotace č. 1 bylo vydáno, tedy od 21. 1. 2014. Co se týká zjištění č. 3, došlo dle žalovaného k porušení unijního práva dnem uzavření smlouvy s dodavatelem dne 27.

1. 2014. Poslední pochybení (zjištění č.

4) spočívalo ve zjištění nezpůsobilosti výdajů, kdy stěžovatelka podala žádost o platbu ve dnech 6. 5. 2014, 10. 7. 2014 a 22. 1. 2015. Prekluzivní lhůta tak dle žalovaného začala běžet dne 22. 1. 2015, tj. ode dne, kdy došlo k poslednímu protiprávnímu jednání této opakované nesrovnalosti. Na obdobných principech pak žalovaný staví své vyjádření ohledně vzniku nesrovnalostí ve vztahu k projektům č. 2 a 3. Dochází proto k závěru, že prekluzivní lhůty byly zachovány u nesrovnalosti č. 5 projektu č. 2.

[14] V replice k vyjádření žalovaného (druhém doplnění kasační argumentace) stěžovatelka uvádí, že z rozsudku Soudního dvora ve věci Mikroregion Porta Bohemica vyplývá pouze to, že § 44a odst. 9, resp. 11 rozpočtových pravidel je v rozporu s unijním právem. Podle stěžovatelky je proto otázkou, zda nemá být použit § 148 odst. 1 daňového řádu, který představuje obecnou právní úpravu ve vztahu k rozpočtovým pravidlům a který zakotvuje tříletou prekluzivní lhůtu pro stanovení daně. Stěžovatelka dále nesouhlasí s názorem žalovaného, že by se počátek běhu prekluzivní lhůty ohledně nesrovnalosti spočívající v nezpůsobilých výdajích měl odvíjet až od žádosti stěžovatelky o platbu, a dodává, že tento názor již odmítl i NSS, např. v rozsudcích ze dne 15.

2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, a ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98. Žádosti o platbu nemohou být nesrovnalostí ve smyslu unijního práva, neboť se jedná o dovolené jednání. Stěžovatelka rovněž rozporuje, že by zahájení daňové kontroly představovalo úkon, který přerušuje běh prekluzivní lhůty podle § 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95. Má za to, že takový úkon musí příjemci dotace dostatečně přesně vymezit operace, kterých se týkají podezření na nesrovnalosti. Stěžovatelka tvrdí, že k takovému úkonu došlo teprve přípisem správce daně ze dne 31.

3. 2022. Uzavírá, že všechna tři napadená rozhodnutí žalovaného byla vydána po marném uplynutí obecné tříleté prekluzivní lhůty, napadený rozsudek je proto v celém rozsahu nezákonný. Stěžovatelka rovněž navrhla, aby NSS nařídil ve věci jednání nebo zvolil jiný procesní postup, který by jí umožnil se alespoň jednou vyjádřit k právnímu náhledu soudu na řešení otázky prekluze, aby se předešlo překvapivému rozhodnutí.

IV. Posouzení Nejvyšším správním soudem

[15] Kasační stížnost je přípustná a lze ji projednat.

[16] Nejvyšší správní soud se nejprve zabýval námitkou prekluze práva orgánů finanční správy vyměřit odvod za porušení rozpočtové kázně, kterou sice stěžovatelka uplatnila až v řízení o kasační stížnosti, správní soudy jsou však k prekluzi povinny přihlížet z úřední povinnosti (srov. např. rozsudek NSS ze dne 13. 9. 2024, č. j. 4 Afs 376/2023-67, bod 83, a zde citovaný nález Ústavního soudu ze dne 29. 4. 2010, sp. zn. III. ÚS 1341/08). Teprve poté, co si soud učiní závěr ohledně plynutí prekluzivní lhůty, je namístě zabývat se dalšími námitkami. Dojde-li totiž soud k závěru, že prekluzivní lhůta uplynula, pozbývá smyslu věcné vypořádání ostatních námitek. IV.1. Právní úprava a obecná východiska

[17] V posuzované věci je třeba zohlednit, že dotace byly plně poskytnuty ze strukturálních fondů Evropské unie (viz v odst.

[2] citovaná rozhodnutí o poskytnutí dotace ze dne 21. 1. 2014, č. l. 103, ze dne 22. 4. 2014, č. l. 104, a ze dne 20. 11. 2014, č. l. 105 spisu správce daně a tamtéž citované opravné rozhodnutí, č. l. 97 spisu správce daně). Podle judikatury Soudního dvora se prekluzivní lhůty zakotvené v čl. 3 nařízení č. 2988/95 vztahují na nesrovnalosti, které mohou poškodit finanční zájmy Unie (rozsudek ve věci Mikroregion Porta Bohemica, bod 35). Netřeba přitom připomínat, že nařízení Evropské unie je podle čl.

288 druhého pododstavce Smlouvy o fungování Evropské unie přímo aplikovatelným právním předpisem, který má obecnou působnost, je závazné a přímo použitelné ve všech členských státech, a musí mu tedy ustoupit taková ustanovení vnitrostátního právního předpisu, která jsou s ním v rozporu (srov. rozsudek ze dne 9. 3. 1978, ve věci C-106/77, Simmenthal, bod 14). Žalovaný i krajský soud tak pochybili, když se aplikací prekluzivních lhůt zakotvených v čl. 3 nařízení č. 2988/95 vůbec nezabývali, a aprobovali tak závěr správce daně, který případnou prekluzi práva na vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně posuzoval pouze podle § 44a odst. 11 rozpočtových pravidel, podle kterého odvod a penále lze vyměřit do 10 let od 1.

ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně (viz stanovisko správce daně k odvolání ze dne 21. 11. 2022, str. 2, poř. č. 1 správního spisu žalovaného). Vzhledem k přímé aplikaci nařízení na posuzovanou věc neobstojí ani názor stěžovatelky, že by bylo namístě aplikovat obecnou úpravu prekluze v § 148 odst. 1 daňového řádu.

[18] Podle č. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 „[n]esrovnalostí“ se rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje.

[19] Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 [p]romlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

[20] Podle čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 [č]lenské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

[21] Podle čl. 6 odst. 1 nařízení č.

2988/95 [a]niž jsou dotčena správní opatření a sankce Společenství přijaté na základě odvětvových předpisů existujících ke dni vstupu tohoto nařízení v platnost, může být uložení peněžní sankce, jako je správní pokuta, pozastaveno rozhodnutím příslušného orgánu, bylo-li proti dotyčné osobě zahájeno za stejné činy trestní řízení. Pozastavení správního řízení přerušuje běh promlčecí doby stanovené v článku 3.

[22] Úvodem je třeba vyjasnit, že ačkoli čl. 3 nařízení č. 2988/95 označuje lhůty jako „promlčecí“, ze znění citovaného ustanovení, jakož i z jeho teleologického výkladu vyplývá, že jde o lhůty prekluzivní (rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, č. 4333/2022 Sb. NSS, bod 28; obdobně též stanovisko generálního advokáta Manuela Campos Sánchez-Bordony ze dne 8. 9. 2016, ve věci C-584/15, Glencore Céréales France, body 24 až 26).

[23] Dále z ustálené judikatury Soudního dvora vyplývá, že čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 se uplatní jak na nesrovnalosti vedoucí k uložení jedné ze správních sankcí uvedených v čl. 5 tohoto nařízení, tak na nesrovnalosti, které jsou předmětem správního opatření podle čl. 4 nařízení, jehož cílem je odnětí neoprávněně získané výhody, avšak nevykazuje povahu sankce (srov. rozsudky Soudního dvora ze dne 29. 1. 2009, ve spojených věcech C-278/07 až C-280/07, Josef Vosding Schlacht-, Kühl- und Zerlegebetrieb a další, bod 22, ze dne 17.

9. 2014, ve věci C-341/13, Cruz & Companhia, bod 45, či ze dne 11. 6. 2015, ve věci C-52/14, Pfeifer & Langen II, bod 23). V rozsudku ze dne 3. 9. 2015, ve věci C-383/14, Sodiaal International, body 26 až 33, pak Soudní dvůr toto pravidlo potvrdil i ve vztahu k osmileté prekluzivní lhůtě pro vydání rozhodnutí, když dospěl k závěru, že ačkoli je v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení č. 2988/95 použit pouze termín „sankce“, musí být vykládán v tom smyslu, že „nejzazší“ lhůta tímto ustanovením stanovená se uplatní nejen v případě stíhání nesrovnalostí vedoucího k uložení správních sankcí ve smyslu čl.

5 tohoto nařízení, ale i na stíhání vedoucí k přijetí správních opatření ve smyslu čl. 4 nařízení. Lhůty upravené v čl. 3 nařízení č. 2988/95 se tudíž uplatní i ve vztahu k oprávnění stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, který svou povahou není sankcí, nýbrž správním opatřením (srov. rozsudek NSS ze dne 30. 11. 2020, č. j. 3 Afs 92/2018-32, bod 36).

[24] V již zmíněném rozsudku ve věci Mikroregion Porta Bohemica Soudní dvůr dospěl, vedle odpovědi na třetí otázku, která není v této věci relevantní, k následujícím závěrům: za prvé, čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že „členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty“. Za druhé, že čl. 3 odst. 3 nařízení č.

2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že „brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila“.

[25] Z citovaného rozhodnutí Soudního dvora pro posuzovanou věc vyplývá, že pokud příslušné vnitrostátní orgány nestanovily prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení o odvodu za porušení rozpočtové kázně (slovy unijního normotvůrce zahájení stíhání), která by se lišila od lhůty uvedené v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, musí k zahájení nutně dojít ve čtyřleté lhůtě stanovené v tomto ustanovení (bod 27 rozsudku ve věci Mikroregion Porta Bohemica). A dále, pokud členský stát nevyužil možnosti zakotvit delší prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení, činí absolutní promlčecí lhůta pro vydání rozhodnutí dvojnásobek lhůty zakotvené v čl.

3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, tedy osm let (bod 28 rozsudku ve věci Mikroregion Porta Bohemica). K okamžiku počátku běhu prekluzivní lhůty Soudní dvůr uvedl, že lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila, nikoli, jak stanoví česká vnitrostátní úprava, od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně (bod 32 rozsudku ve věci Mikroregion Porta Bohemica).

[26] S ohledem na aplikační přednost nařízení před vnitrostátním právem je třeba počátek běhu prekluzivní lhůty odvíjet od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, tedy od okamžiku, kdy došlo k porušení unijních či vnitrostátních předpisů přispívajících k zajištění řádného řízení projektů financovaných z unijních finančních prostředků (ohledně závěru, že pojem nesrovnalost se vztahuje i na vnitrostátní předpisy, viz rozsudek Soudního dvora ze dne 26. 5. 2016, ve spojených věcech C-260/14 a C-261/14, Judetul Neamt, bod 37) a kumulativně došlo k ohrožení či poškození rozpočtu Unie (rozsudek Soudního dvora ze dne 6.

10. 2015, ve věci C-59/14, Ernst Kollmer, body 24 a 32). Pro závěr o nesrovnalosti ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 tedy postačí pouhá potencialita poškození unijního rozpočtu. Ke vzniku nesrovnalosti není třeba, aby příjemci dotace byly dotační prostředky vyplaceny, stačí, pokud mu byly přiznány (rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, bod 25). V tomto ohledu se tedy unijní výklad pojmu „nesrovnalost“ liší od vnitrostátního výkladu, který ke vzniku porušení rozpočtové kázně vyžaduje nejen přiznání, nýbrž též i vyplacení dotace (viz usnesení rozšířeného senátu ze dne 18.

4. 2017, č. j. 6 Afs 270/2015-48, č. 3579/2017 Sb. NSS, bod 67).

V případě, že správce daně uložil příjemci dotace povinnost odvodu za porušení rozpočtové kázně za více nesrovnalostí, je třeba určit počátek běhu prekluzivní lhůty pro každou nesrovnalost zvlášť (rozsudky NSS ze dne 10. 2. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025-78, bod 28, či ze dne 31. 3. 2026 č. j. 10 Afs 82/2024-133, bod 31).

[27] Nesrovnalost je pokračující nebo opakovaná ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95, pokud se jí dopustí hospodářský subjekt, jenž těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, kterými se porušuje stejné ustanovení práva Společenství (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 1. 2007, ve věci C-279/05, Vonk Dairy Products BV, bod 41). Pojem „nesrovnalost, která skončila“, jenž je uveden v čl. 3 odst. 1 druhém pododstavci nařízení č. 2988/95, musí být proto chápán tak, že odkazuje na den, kdy skončila poslední operace tvořící tutéž opakovanou nesrovnalost (již citovaný rozsudek Soudního dvora ve věci C-52/14, bod 66).

V rozsudku ze dne 21. 12. 2011, ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, de l’Outre mer, des Collectivités territoriales et de l’Immigration, bodě 58, dospěl Soudní dvůr k závěru, že porušení unijních pravidel při realizaci dotované akce, které poškozuje, resp. může poškodit unijní rozpočet, „přetrvává během celé doby provádění smlouvy protiprávně uzavřené mezi poskytovatelem služeb a příjemcem této dotace, takže taková nesrovnalost musí být považována za ‚pokračující nesrovnalost‘ ve smyslu čl.

3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95“.

[28] S ohledem na rozsudek Soudního dvora ve věci C-465/10 proto NSS v rozsudku ze dne 19. 6. 2024, č. j. 3 Afs 248/2023-135, bod 38, a již citovaném rozsudku č. j. 10 Afs 82/2024-133, bod 31, dospěl k závěru, že u porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek příjemcem dotace při uzavírání smlouvy na akci dotovanou z unijního rozpočtu trvá toto porušení po celou dobu následného provádění smlouvy, a jedná se proto o tzv. pokračující nesrovnalost. Z důvodu vázanosti NSS výkladem unijních předpisů ze strany Soudního dvora proto neobstojí přístup k počítání počátku běhu prekluzivních lhůt obsažený v již citovaném rozsudku NSS č. j. 1 Afs 138/2025-78, bodech 29 a 30, který považuje porušení unijních předpisů při uzavírání smlouvy na dotovanou akci za jednorázovou nesrovnalost a odvíjí počátek běhu prekluzivních lhůt od uzavření smlouvy, resp. dodatku ke smlouvě.

[29] Osmiletá prekluzivní lhůta pro vydání rozhodnutí stanoví absolutní hranici prekluze stíhání nesrovnalosti: „úkony příslušného orgánu týkající se vyšetřování nebo stíhání, které byly oznámeny dané osobě v souladu s třetím pododstavcem [čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 - doplněno NSS], nepřerušují dobu stanovenou ve čtvrtém pododstavci téhož odstavce“ (již citovaný rozsudek C-52/14, bod 74).Tato absolutní prekluzivní lhůta přispívá k zajištění právní jistoty hospodářských subjektů tím, že brání tomu, aby prekluze stíhání nesrovnalosti mohla být donekonečna oddalována opakovanými úkony způsobujícími přerušení běhu prekluzivní lhůty (srov. rozsudek ze dne 6. 2. 2025, ve věci C-42/24, Emporiki Serron – Emporias kai Diathesis Agrotikon Proionton, bod 40).

S ohledem na uvedené proto judikatura NSS též dospěla k závěru, že pravidlo o stavení běhu prekluzivní lhůty po dobu řízení před správním soudem podle § 41 s. ř. s. se ve vztahu k osmileté prekluzivní lhůtě pro vydání rozhodnutí podle čl. 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec nařízení č. 2988/95 neuplatní (srov. již citovaný rozsudek č. j. 5 Afs 4/2021-66, body 52 a 53). IV.2. Počátek a běh prekluzivních lhůt v posuzovaném případě

[30] V posuzované věci, jak shodně uvedli stěžovatelka a žalovaný, správce daně identifikoval čtyři zjištění porušení podmínek poskytnuté dotace spojená s realizací projektu č. 1 (diskriminační stanovení předmětu zakázky při vyhlášení výběrového řízení, nesprávný postup při výběru vítězného dodavatele, nedovolené osobní propojení mezi vítězným dodavatelem a stěžovatelkou a nezpůsobilé výdaje spočívající v umělém navýšení pořizovací ceny), pět zjištění v souvislosti s projektem č. 2 (diskriminační stanovení předmětu zakázky při vyhlášení výběrového řízení, nesplnění technických parametrů nabídkou vítězného dodavatele, nesprávný postup při výběru vítězného dodavatele, nedovolené zapojení zaměstnanců stěžovatelky do vypracování nabídky vítězného dodavatele a nezpůsobilé výdaje spočívající v umělém navýšení pořizovací ceny) a čtyři zjištění u projektu č. 3 (diskriminační stanovení předmětu zakázky při vyhlášení výběrového řízení, nesprávný postup při výběru vítězného dodavatele, nedovolené osobní propojení mezi vítězným dodavatelem a stěžovatelkou a nezpůsobilé výdaje spočívající v umělém navýšení pořizovací ceny).

[31] Ohledně odvodu za porušení rozpočtové kázně v rámci realizace projektu č. 1, uloženého platebním výměrem č. j. 1224046/22/2600-31471-507495 a potvrzeného rozhodnutím žalovaného č. 1, lze k plynutí prekluzivních lhůt konstatovat následující závěry (stran konkrétních skutkových okolností a termínů viz zpráva o daňové kontrole ze dne 19. 9. 2022, č. j. 1218486/22/2600-31471-507495, č. l. 27 spisu správce daně). Správcem daně byla v rámci daňové kontroly identifikována dvě porušení rozpočtové kázně.

Konkrétně, za prvé, diskriminačním stanovením předmětu zakázky, nesprávným postupem při výběru vítězného dodavatele a nedovoleným osobním propojením vítězného dodavatele a stěžovatelky (kontrolní zjištění č. 1 až 3) došlo k porušení ustanovení hlavy I, čl. II, bodu 2 písm. d) Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace, dle kterého je příjemce dotace povinen „postupovat při výběru dodavatelů v souladu se zákonem č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „Zákon o veřejných zakázkách“) nebo podle Pravidel pro výběr dodavatelů, která tvoří přílohu PODMÍNEK“.

Ve smyslu výše citovaného rozsudku C-465/10 se jedná o porušení pravidel při uzavírání smlouvy na akci dotovanou z unijního rozpočtu, které trvá po celou dobu následného provádění smlouvy, a musí být kvalifikováno jako tzv. pokračující nesrovnalost. Druhé porušení rozpočtové kázně spočívalo dle správce daně v porušení ustanovení hlavy I, čl. III, bodu 2 Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace, dle kterého lze za způsobilé výdaje uznat pouze ty výdaje projektu, jež splňují podmínky uvedené v Pravidlech způsobilosti výdajů č. j.

35815/12/61100, která jsou přílohou Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace. Podle citovaných pravidel musí způsobilé výdaje splňovat obecné principy způsobilosti výdajů z hlediska času, umístění a účelu a musejí být vynaloženy v souladu se zásadami hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti. Stěžovatelka se tedy dopustila porušení podmínek dotace, když za pořízené technologie (v několika splátkách) zaplatila cenu několikanásobně vyšší, než jaká byla cena, za kterou vítězný dodavatel technologie pořídil od subdodavatelů.

[32] Vzhledem k takto správcem daně identifikovaným porušením rozpočtové kázně dospěl NSS k závěru, že z hlediska stanovení počátku běhu prekluzivních lhůt se v případě prvního porušení rozpočtové kázně jedná o tzv. pokračující nesrovnalost, která skončila dovršením plnění kupní smlouvy ve smyslu citovaného rozsudku Soudního dvora C-465/10, tedy posledním dodáním pořizovaných technologií dne 29. 12. 2014 (viz str. 14 zprávy o daňové kontrole). Druhé porušení rozpočtové kázně představuje tzv. opakovanou nesrovnalost, neboť nezpůsobilé výdaje byly stěžovatelkou vynaloženy v několika splátkách, konkrétně ve dnech 21.

2., 24. 2., 28. 4., 3. 6. a 6. 6. 2014 (viz str. 41 zprávy o daňové kontrole). Nesrovnalost tedy vznikla poslední provedenou platbou dne 6. 6. 2014. Vzhledem k tomu, že rozhodnutí o poskytnutí dotace na projekt č. 1 bylo vydáno ex ante, tj. dne 21. 1. 2014, počaly prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 běžet ode dne 29. 12. 2014 v případě první nesrovnalosti a ode dne 6. 6. 2014 v případě druhé nesrovnalosti.

[33] Mechanismus určení počátku běhu prekluzivních lhůt je obdobný i u projektů č. 2 a 3. Ze zprávy o daňové kontrole ze dne 19. 9. 2022, č. j. 1218497/22/2600-31471-507495 (č. l. 16 spisu správce daně), jakož i z rozhodnutí žalovaného č. 2 vyplývá, že jednáním popsaným zjištěními č. 1 až 4 došlo k prvnímu porušení rozpočtové kázně spočívajícímu v protiprávně vybraném dodavateli [ustanovení hlavy I, čl. II, bodu 2 písm. d) Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace] a jednáním identifikovaným zjištěním č. 5 k druhému porušení rozpočtové kázně spočívajícímu v nezpůsobilých výdajích (ustanovení hlavy I, čl.

III, bodu 2 Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace). V případě prvního porušení rozpočtové kázně se jedná o tzv. pokračující nesrovnalost, která skončila posledním dodáním pořizovaných technologií dne 1. 6. 2015 (viz str. 14 zprávy o daňové kontrole). Druhé porušení rozpočtové kázně představuje tzv. opakovanou nesrovnalost. Nezpůsobilé výdaje byly stěžovatelkou vynaloženy v několika splátkách, konkrétně ve dnech 24. 2., 25. 2., 8. 4., 13. 4., 15. 4., 20. 4. a 22. 4. 2015 (str. 52 zprávy o daňové kontrole), nesrovnalost tedy nastala poslední provedenou platbou dne 22.

4. 2015. Vzhledem k tomu, že rozhodnutí o poskytnutí dotace na projekt č. 2 bylo vydáno ex ante, tj. dne 20. 11. 2014, počaly prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 běžet ode dne 1. 6. 2015 v případě první nesrovnalosti a ode dne 22. 4. 2015 v případě druhé nesrovnalosti.

[34] Ze zprávy o daňové kontrole ze dne 19. 9. 2022, č. j. 1221051/22/2600-31471-507426 (č. l.

6 spisu správce daně), jakož i z rozhodnutí žalovaného č. 3 vyplývá, že jednáními popsanými zjištěními č. 1 až 3 došlo k prvnímu porušení rozpočtové kázně spočívajícímu v protiprávně vybraném dodavateli [ustanovení hlavy I, čl. II, bodu 2 písm. d) Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace] a jednáním identifikovaným zjištěním č. 4 k druhému porušení rozpočtové kázně spočívajícímu v nezpůsobilých výdajích (ustanovení hlavy I, čl. III, bodu 2 Podmínek rozhodnutí o poskytnutí dotace). V případě prvního porušení rozpočtové kázně se jedná o tzv. pokračující nesrovnalost, která skončila posledním dodáním pořizovaných technologií dne 14.

3. 2015 (viz str. 12 zprávy o daňové kontrole). Druhé porušení rozpočtové kázně představuje tzv. opakovanou nesrovnalost. Nezpůsobilé výdaje byly stěžovatelkou vynaloženy v několika splátkách, konkrétně ve dnech 20. 8., 21. 8., 26. 8., 27. 8., 29. 8. a 13. 10. 2014 (str. 41 zprávy o daňové kontrole), nesrovnalost tedy nastala poslední provedenou platbou dne 13. 10. 2014. Vzhledem k tomu, že rozhodnutí o poskytnutí dotace na projekt č. 3 bylo vydáno ex ante, tj. dne 22. 4. 2014, počaly prekluzivní lhůty podle čl.

3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 běžet ode dne 14. 3. 2015 v případě první nesrovnalosti a ode dne 13. 10. 2014 v případě druhé nesrovnalosti.

[35] K zahájení řízení o odvodu za porušení rozpočtové kázně při realizaci všech tří dotovaných projektů (tedy zahájení stíhání slovy nařízení č. 2988/95) došlo zahájením daňové kontroly dne 8. 2. 2018 (viz protokol o zahájení daňové kontroly ze dne 8. 2. 2018, č. j. 161768/18/2600-31471-507495, č. l. 98 spisu správce daně). Podle ustálené judikatury NSS pokud před zahájením daňové kontroly nebylo zahájeno daňové řízení, nelze dojít k jinému právnímu závěru než takovému, že úkonem, jímž je zahájena daňová kontrola, je současně vždy i zahájeno daňové řízení (rozsudek ze dne 13.

8. 2009, č. j. 7 Afs 57/2009-100, ve vztahu k daňovému řádu viz rozsudek ze dne 15. 6. 2016, č. j. 6 Afs 76/2016-33, bod 15). Za zahájení stíhání ve smyslu čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 ostatně považuje zahájení daňové kontroly i judikatura NSS k prekluzi práva na odvod za porušení rozpočtové kázně (srov. např. již citované rozsudky č. j. 1 Afs 138/2025-78, body 29 a 30, a č. j. 10 Afs 82/2024-133, bod 29). Neobstojí proto tvrzení stěžovatelky, že k přerušení lhůty k zahájení stíhání došlo až přípisem správce daně ze dne 8.

4. 2022 (resp. 31. 3. 2022, jak uvádí v druhém doplnění kasační stížnosti), neboť v té době již bylo řízení o odvodu za porušení rozpočtové kázně zahájeno. S ohledem na uvedené proto NSS uzavírá, že čtyřletá lhůta pro zahájení řízení podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 byla zachována ve vztahu ke všem nesrovnalostem u všech tří projektů. Konkrétně u projektu č. 1 uplynula čtyřletá lhůta pro zahájení řízení dne 29. 12. 2018 (nesrovnalost č. 1) a dne 6. 6. 2018 (nesrovnalost č. 2), tedy až po zahájení řízení dne 8.

2. 2018; u projektu č. 2 dne 1. 6. 2019 (nesrovnalost č. 1) a 22. 4. 2019 (nesrovnalost č. 2) a u projektu č. 3 dne 14. 3. 2019 (nesrovnalost č. 1) a dne 13. 10. 2018 (nesrovnalost č. 2).

[36] Pokud jde o osmiletou lhůtu pro vydání rozhodnutí podle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95, je třeba připomenout, že podle ustálené judikatury Soudního dvora se jedná o lhůtu absolutní, která nemůže být žádnými úkony přerušena (v poslední době potvrzeno v rozsudku Mikroregion Porta Bohemica, bodě 20). NSS má proto za to, že k jejímu dodržení musí být, obdobně jako při posuzování prekluze dle vnitrostátní úpravy, rozhodnutí orgánů finanční správy v právní moci (srov. v obecné rovině usnesení rozšířeného senátu ze dne 23.

10. 2007, č. j. 9 Afs 86/2007-161, č. 1542/2008 Sb. NSS). Vydání (nepravomocného) rozhodnutí by totiž nutně muselo být v souladu s č. 3 odst. 1 třetím pododstavcem nařízení č. 2988/95 úkonem, který její běh přeruší (a lhůta začne běžet znovu). Napadená rozhodnutí žalovaného č. 1 až 3 byla všechna vydána dne 3. 5. 2023 a nabyla právní moci dne 5. 5. 2023. Ve vztahu k projektu č. 1 proto došlo k prekluzi práva na vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně, neboť osmiletá lhůta pro vydání rozhodnutí uplynula před právní mocí napadeného rozhodnutí žalovaného č. 1, a to konkrétně dne 29.

12. 2022 (nesrovnalost č. 1) a dne 6. 6. 2022 (nesrovnalost č. 2). K prekluzi práva na vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně došlo rovněž u projektu č. 3, neboť osmiletá lhůta pro vydání rozhodnutí uplynula před právní mocí napadeného rozhodnutí žalovaného č. 3, a to konkrétně dne 14. 3. 2023 (nesrovnalost č. 1) a 13. 10. 2022 (nesrovnalost č. 2). U projektu č. 2 došlo k prekluzi ve vztahu k nesrovnalosti č. 2, neboť osmiletá lhůta pro vydání rozhodnutí uplynula dne 22. 4. 2023. Ve vztahu k nesrovnalosti č. 1 byla osmiletá lhůta pro vydání rozhodnutí zachována, neboť uplynula až dne 1.

6. 2023. IV.3. Vliv souběžného trestního řízení

[37] Vzhledem k tomu, že souběžně s řízením o odvodu za porušení rozpočtové kázně bylo proti stěžovatelce za stejné jednání vedeno i trestní řízení, musel se NSS zabývat i vlivem tohoto řízení na běh prekluzivních lhůt pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně. V obecné rovině platí, že správní řízení o správním opatření či sankci ve smyslu nařízení č. 2988/95 a trestní řízení o trestném činu poškozování finančních zájmů Evropské unie probíhají na sobě nezávisle, přičemž správní orgány vedoucí správní řízení založené na unijním právu nemohou svou liknavost či neefektivitu odůvodnit probíhajícím trestním řízením (rozsudek Tribunálu ze dne 10.

10. 2012, ve věci T-158/09, Řecko v. Komise, body 82 až 84, potvrzený rozsudkem Soudního dvora ze dne 7. 11. 2013, ve věci C-547/12 P). Soudní dvůr vyslovil, že pokud souběžně probíhá trestní řízení týkající se stejného subjektu a stejného porušení právních předpisů, pak jeho dopady do správního řízení založeného na unijním právu obsahuje čl. 6 odst. 1 až 4 nařízení č. 2988/95 (rozsudek velkého senátu Soudního dvora ze dne 5. 6. 2012, ve věci C-489/10, Bonda, bod 35).

[38] Ustanovení čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95 Soudní dvůr Evropské unie vykládá tak, že se použije pouze na sankce podle čl. 5 nařízení č. 2988/95, a nikoli na správní opatření podle čl.

4 téhož nařízení, přičemž k pozastavení řízení z důvodu probíhajícího trestního řízení musí dojít výslovným úkonem správního orgánu, který vede některé ze správních řízení uvedených v čl. 5 nařízení č. 2988/95 (srov. rozsudek Tribunálu ze dne 15. 4. 2011, ve věci T-297/05, IPK International v. Komise, bod 160, který nebyl napaden opravným prostředkem; obdobně též již citovaný rozsudek Tribunálu ve věci T-158/09, bod 85). V posuzované věci se nejedná o správní řízení o uložení sankce podle čl. 5 nařízení č. 2988/95, nýbrž o správní řízení směřující k odnětí neoprávněně získané výhody ve smyslu čl. 4 téhož nařízení. Správce daně ostatně žádné rozhodnutí, jímž by zamýšlel pozastavit řízení z důvodu paralelně probíhajícího trestního řízení, nepřijal, a žalovaný to ani nenamítá. Na uvedených závěrech nemění nic ani skutečnost, že v rámci trestního řízení byla stěžovatelce uložena povinnost náhrady škody vzniklé jednáním poškozujícím finanční zájmy Evropské unie.

[39] Lze tedy uzavřít, že správní řízení směřující k odnětí neoprávněně získané výhody ve smyslu čl. 4 nařízení č. 2988/95 a trestní řízení jsou dvě na sobě nezávislá řízení sloužící k ochraně odlišných veřejných zájmů a sledující odlišné cíle. Bylo by proto v rozporu s principem efektivní kontroly čerpání peněžních prostředků Evropské unie, pokud by správní orgány mohly odůvodnit prodlévání ve svém postupu odkazem na činnost orgánů činných v trestním řízení. Stavení osmileté prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí zakotvené v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení č. 2988/95 v důsledku úkonů učiněných v trestním řízení, o jehož vlivu na řízení o nesrovnalosti správní orgán nepřijal žádné stanovisko, by rovněž bylo v rozporu s principem právní jistoty příjemců dotace.

[40] Závěrem NSS doplňuje, že se nezabýval otázkou, zda zahájení úkonů trestního řízení dne 19. 10. 2016 pod č. j. KRPL-102720-722/TČ-2016-180080-MŠ (viz č. l. 97 spisu správce daně) mohlo vést k přerušení běhu čtyřleté prekluzivní lhůty pro zahájení řízení ve smyslu čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95, neboť tato lhůta byla zachována, její případné přerušení tak není pro posouzení věci rozhodující. IV.4. Dopad prekluze práva na vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně na posuzované řízení

[41] Nejvyšší správní soud uzavírá, že v případě všech nesrovnalostí, jež byly předmětem rozhodnutí žalovaného č. 1 a 3, a nesrovnalosti č. 2 projektu č. 2 došlo k prekluzi práva na vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně předtím, než byla napadená rozhodnutí vydána a nabyla právní moci. Prekluze práva na uložení odvodu za porušení rozpočtové kázně je přitom vadou natolik závažnou, že brání věcnému přezkoumání žalobou napadených rozhodnutí i rozsudku krajského soudu. Vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně po uplynutí prekluzivní lhůty je proto zapotřebí považovat za nezákonné, k čemuž měl krajský soud přihlédnout z úřední povinnosti. Jelikož tak neučinil, došlo v řízení o žalobě k vadě, která měla za následek nezákonné rozhodnutí o věci samé. Tím byl naplněn důvod kasační stížnosti uvedený v § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s.

[42] S ohledem na toliko částečnou nezákonnost rozhodnutí žalovaného č.

2 (z důvodu prekluze) se NSS zabýval otázkou jeho dělitelnosti. V případě, že by bylo napadené rozhodnutí č. 2 dělitelné, mohl by jej soud zrušit pouze ve vztahu k prekludované části odvodu a ve zbytku se zabývat meritorním vyřešením sporné otázky.

[43] Částečně zrušit napadené rozhodnutí je možné v rozsahu jen některých výroků, případně i ve vztahu k pouze některým prvostupňovým rozhodnutím. Při přezkumu daňových rozhodnutí totiž kasační soud již dovodil, že dokonce v případě, kdy je zamítnuto několik odvolání proti platebním výměrům jedním výrokem, je „možné prostřednictvím čísel jednacích jednotlivých rozhodnutí správce daně jednoznačně vymezit, která část výroku rozhodnutí žalovaného se zrušuje, respektive která rozhodnutí správce daně se zrušují“ (rozsudek ze dne 20. 9. 2022, č. j. 4 Afs 306/2020-70, bod 42).

[44] Nicméně v nyní posuzovaném případě došlo platebním výměrem, a v návaznosti na něho i napadeným rozhodnutím č. 2, k vyměření souhrnné částky odvodu do Národního fondu za všechna pochybení (zjištění č. 1 až 5) dohromady, proto soud nemůže zrušit napadené rozhodnutí žalovaného č. 2 jen v části týkající se zjištění č. 5 (tedy nesrovnalosti č. 2 spočívající v nezpůsobilých výdajích), u kterého ke dni právní moci napadeného rozhodnutí č. 2 prekluzivní lhůta uplynula. Nezbývá tedy než zrušit napadené rozhodnutí žalovaného č. 2 celé.

V. Závěr a náklady řízení

[45] Nejvyšší správní soud z výše uvedených důvodů shledal kasační stížnost důvodnou, a napadený rozsudek krajského soudu proto dle § 110 odst. 1 věty první (před středníkem) s. ř. s. zrušil. Jelikož již v řízení před krajským soudem byly dány důvody pro zrušení rozhodnutí správního orgánu [§ 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s.], zrušil NSS i rozhodnutí žalovaného a vrátil mu věc k dalšímu řízení (§ 78 odst. 4 s. ř. s.). V něm se bude žalovaný řídit závazným právním názorem vysloveným v tomto rozsudku.

[46] Nejvyšší správní soud nevyslyšel návrh stěžovatelky, aby věc pouze vrátil krajskému soudu k novému posouzení nebo nařídil ústní jednání, neboť skutkový stav nebyl sporný a NSS se pouze vyslovil k právnímu posouzení projednávané věci. Tento rozsudek není ve vztahu k účastníkům řízení překvapivý, neboť jim soud dal prostor doplnit svá vyjádření v návaznosti na rozsudek Soudního dvora ve věci Mikroregion Porta Bohemica a k posuzovaným otázkám již existuje bohatá judikatura NSS a Soudního dvora (k tomu viz body [22] až [29] tohoto rozsudku).

[47] Podle § 110 odst. 3 věty druhé s. ř. s. v případě, že NSS zruší rozhodnutí žalovaného, rozhodne o nákladech řízení o kasační stížnosti i o nákladech řízení před krajským soudem. Podle § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s. má úspěšná stěžovatelka právo na náhradu důvodně vynaložených nákladů proti žalovanému, který neměl ve věci úspěch.

[48] Stěžovatelce náleží náhrada za zaplacené soudní poplatky – 9 000 Kč za podání žaloby (proti třem rozhodnutím žalovaného) a 5 000 Kč za podání kasační stížnosti. V řízení o žalobě i kasační stížnosti byla stěžovatelka zastoupena advokátem. Pro určení výše nákladů na zastoupení v řízení před krajským soudem se užije vyhláška č.

177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění do 31. 12. 2024, neboť veškeré úkony byly učiněny před dnem nabytí účinnosti novely advokátního tarifu provedené vyhláškou č. 258/2024 Sb. (srov. čl. II vyhlášky č. 258/2024 Sb.). V řízení před krajským soudem učinil zástupce stěžovatelky tři úkony právní služby, a to: převzetí a přípravu zastoupení, sepsání správní žaloby a účast na jednání konaném dne 13. 12. 2023 [§ 11 odst. 1 písm. a), d) a g) advokátního tarifu].

K uvedenému NSS upřesňuje, že podle ustálené judikatury jestliže soud v rámci jednoho řízení přezkoumává více správních rozhodnutí, zohlední u výpočtu náhrady nákladů řízení při určení odměny za jeden úkon právní služby § 12 odst. 3 advokátního tarifu, a to jak v případě, kdy žalobce napadl více správních rozhodnutí samostatnými žalobami, které posléze soud spojil ke společnému projednání, tak v případě, kdy žalobce více správních rozhodnutí napadl pouze jednou společnou žalobu (srov. rozsudek NSS ze dne 30.

1. 2025, č. j. 3 As 94/2023-33, bod 39). Podle § 12 odst. 3 advokátního tarifu při spojení věcí ke společnému projednání tvoří tarifní hodnotu součet tarifních hodnot spojených věcí, zde tedy 3 x 50 000 Kč, celkem 150 000 Kč. Odměna zástupce stěžovatelky za jeden úkon právní služby tedy činí podle § 7 advokátního tarifu 7 100 Kč, celkem tedy 21 300 Kč. Stěžovatelka má dále právo na paušální náhradu hotových výdajů ve výši 900 Kč (300 Kč za každý úkon – viz § 13 odst. 4 advokátního tarifu). Celkem zástupci stěžovatelky náleží odměna za právní služby ve výši 22 200 Kč. Zástupce stěžovatelky je plátcem daně z přidané hodnoty (DPH), soud proto zvýšil náhradu nákladů zastoupení o částku odpovídající této dani.

Po připočtení daně odměna za zastupování před krajským soudem činí 26 862 Kč. Náhrada nákladů řízení před krajským soudem tedy činí, po přičtení soudních poplatků, celkem 35 862 Kč.

[49] V řízení o kasační stížnosti učinil zástupce stěžovatelky jeden úkon právní služby (sepsání kasační stížnosti) přede dnem nabytí účinnosti novely advokátního tarifu provedené vyhláškou č. 258/2024 Sb., a tudíž se odměna za něj stanoví podle advokátního tarifu ve znění účinném do 31. 12. 2024 (čl. II vyhlášky č. 258/2024 Sb.), a jeden úkon (sepsání doplnění kasační stížnosti včetně dodatku reagujícího na vyjádření žalovaného, tj. repliky) po nabytí účinnosti novely advokátního tarifu. Výpočet tarifní hodnoty v řízení o kasační stížnosti v situaci, kdy bylo předmětem řízení před krajským soudem více rozhodnutí žalovaného (a tedy otázka aplikace § 12 odst. 3 advokátního tarifu, ve znění do 31.

12. 2024, i na řízení o kasační stížnosti), je v současné době posuzován rozšířeným senátem (předkládací usnesení ze dne 4. 3. 2024, č. j. 10 Afs 60/2022-46), a proto NSS nemohl o výši odměny za úkon učiněný v řízení o kasační stížnosti před účinností novely č. 258/2024 Sb. zatím rozhodnout. Při stanovení výše odměny za úkon učiněný za účinnosti advokátního tarifu v aktuálním znění vycházel NSS z § 7 ve spojení s § 10b odst. 5 advokátního tarifu ve znění účinném od 1. 1.

2025, podle něhož „[v]e věcech žalob, kasačních stížností a dalších právních věcí projednávaných podle soudního řádu správního, jde-li o rozhodnutí vydané správcem daně, se považuje za tarifní hodnotu a) výše peněžitého plnění nebo cena věci anebo práva, nejvýše však částka 500 000 Kč, nebo b) částka 113 000 Kč, nelze-li hodnotu věci nebo práva vyjádřit v penězích nebo lze-li ji zjistit jen s nepoměrnými obtížemi.“ Výše peněžitého plnění v posuzované věci (částka 55 927 286 Kč představující odvod za porušení rozpočtové kázně) převyšuje 500 000 Kč, odměna za jeden úkon právní služby proto činí 10 300 Kč. K odměně za jeden úkon právní služby je třeba připočíst paušální částku náhrady hotových výdajů podle § 13 odst. 4 advokátního tarifu, která činí 300 Kč za úkon učiněný před účinností novely č. 258/2024 Sb. a 450 Kč za úkon učiněný po 1.

1. 2025. Celková výše odměny za zastupování v řízení o kasační stížnosti, která je určitelná již nyní (tj. náhrada hotových výdajů za oba úkony právní služby a odměna za úkon učiněný po 1. 1. 2025), tedy činí 11 050 Kč, po připočtení DPH 13 370,50 Kč. Na náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti lze již nyní stěžovatelce přiznat i náhradu za zaplacený soudní poplatek (5 000 Kč).

[50] S ohledem na imperativ včasné ochrany práv účastníků řízení NSS proto nyní stěžovatelce přiznal tu část náhrady nákladů za řízení před správními soudy, která je určitelná už nyní a činí, včetně náhrady soudních poplatků, celkem 54 232,50 Kč. Tuto částku je žalovaný povinen zaplatit stěžovatelce do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám jejího zástupce Mgr. Jakuba Hajdučíka, advokáta (§ 149 odst. 1 zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, ve spojení s § 64 s. ř. s.). O zbývající výši náhrady za zastupování v řízení o kasační stížnosti rozhodne soud samostatným usnesením poté, co se k dané otázce vysloví rozšířený senát (srov. např. rozsudek ze dne 5. 2. 2026, č. j. 1 As 157/2025-72, bod 48).

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné. V Brně dne 31.

března 2026 Eva Šonková předsedkyně senátu