2 Afs 41/2024

2 Afs 41/2024- 51 - text  2 Afs 41/2024 - 56 pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Tomáše Kocourka a soudkyň Evy Šonkové a Sylvy Šiškeové v právní věci žalobkyně: obec Nezabylice, se sídlem Hořenec 6, Nezabylice, zast. doc. JUDr. Mgr. Janou Tlapák Navrátilovou, Ph.D., advokátkou, se sídlem Prvního pluku 206/7, Praha 8, proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství, se sídlem Těšnov 65/17, Praha 1, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 19. 7. 2022, č. j. MZE-54407/2021-14113, o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 16. 1. 2024, č. j. 15 A 78/2022-57, takto:

I. Kasační stížnost se zamítá. II. Žalovaný je povinen zaplatit žalobkyni náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti ve výši 22 518,10 Kč k rukám její zástupkyně doc. JUDr. Mgr. Jany Tlapák Navrátilové, Ph.D., advokátky, do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku. III. Žalovaný nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. Odůvodnění:

I. Přehled dosavadního řízení

[1] Žalobkyně požádala dne 7. 11. 2011 Státní zemědělský intervenční fond (dále jen „SZIF“) o dotaci z Programu rozvoje venkova na projekt spočívající v obnově a rozvoji občanského vybavení a služeb v obci Nezabylice (rekonstrukce kulturního domu, úprava a dovybavení mateřské školy, rekonstrukce budovy obecního úřadu a parkoviště). Dne 24. 5. 2012 uzavřela žalobkyně se SZIF dohodu o poskytnutí dotace na tento projekt, v níž byl sjednán termín předložení žádosti o proplacení výdajů 3. 10. 2012. Tento termín byl následně posunut k žádosti žalobkyně na 30. 11. 2012. Dne 29. 11. 2012 podala žalobkyně žádost o proplacení výdajů ve výši 5 139 065 Kč. Tato žádost byla dne 4. 4. 2013 schválena a dne 12. 4. 2013 byla dotace proplacena. Poskytnuté prostředky byly vyplaceny částečně ze zdrojů Evropské unie, částečně z národních zdrojů.

[2] SZIF vyrozuměl dne 9. 5. 2016 žalobkyni o zahájení řízení o vrácení části dotace ve výši 552 792 Kč. V průběhu řízení byl v návaznosti na rozhodnutí trestních soudů oznámením ze dne 19. 5. 2021 upřesněn předmět řízení tak, že vzhledem k závažnosti jednání má být vrácena dotace v plné výši (tj. částka 5 139 065 Kč). Rozhodnutím ze dne 23. 8. 2021, č. j. SZIF/2021/0501132, SZIF uložil žalobkyni povinnost vrátit finanční prostředky ve výši poskytnuté dotace (5 139 065 Kč). Důvodem vrácení dotace byla skutečnost, že žalobkyně přiložila k žádosti o proplacení dotace položkový rozpočet, který neodpovídal skutečnosti, čímž porušila pravidla, jimiž se stanovují podmínky pro poskytování dotace na projekty PRV ČR na období 2007-2013.

Podle nich musí být žádost o proplacení založena na skutečně prokázaných výdajích. Žalobkyně však ve své žádosti o proplacení výdajů předstírala, že byl zhotoven nový zahradní domek v areálu mateřské školy označený jako „sdružený domeček na nářadí s pergolou 6 x 4 m“. K tomu SZIF odkázal na rozhodnutí trestních soudů, jimiž byla starostka žalobkyně uznána vinnou z přečinu dotačního podvodu podle § 212 odst. 1 a 4 zákona č. 40/2009 Sb., trestní zákoník, a přečinu poškození finančních zájmů Evropské unie podle § 260 odst. 1 a 3 trestního zákoníku.

[3] Proti rozhodnutí SZIF se žalobkyně bránila odvoláním, které žalovaný v záhlaví označeným rozhodnutím zamítl a prvostupňové rozhodnutí potvrdil.

[4] Žalobkyně se žalobou podanou k Městskému soudu v Praze (dále jen „městský soud“) domáhala zrušení rozhodnutí žalovaného. Městský soud žalobě vyhověl a rozhodnutí žalovaného i SZIF zrušil.

[5] Městský soud se zabýval výlučně otázkou zániku práva státu požadovat vrácení dotace. Aplikoval evropskou úpravu, neboť dotace byla poskytnuta částečně z finančních prostředků České republiky a částečně z finančních prostředků Evropské unie. Podle městského soudu uplynula osmiletá prekluzivní lhůta pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci ve smyslu čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení Rady č. 2988/95, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“).

Tato lhůta plyne od okamžiku, kdy dojde k nesrovnalosti. V této věci nastala nesrovnalost nejpozději dne 29. 11. 2012, kdy žalobkyně předložila žádost o proplacení dotace spolu s položkovým rozpočtem, který neodpovídal skutečnosti. Od tohoto okamžiku začala běžet lhůta pro zahájení řízení o vrácení dotace i lhůta pro vydání rozhodnutí. Řízení o povinnosti vrátit dotaci bylo zahájeno dne 9. 5. 2016, tedy ve čtyřleté prekluzivní lhůtě. Osmiletá prekluzivní lhůta pro vydání rozhodnutí uplynula dne 29.

11. 2020. SZIF vydal prvostupňové rozhodnutí až dne 24. 8. 2021, tedy po uplynutí prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí, a proto byla rozhodnutí správních orgánů vydána v rozporu se zákonem.

[6] Žalovaný argumentoval, že došlo k pozastavení řízení podle čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95, neboť správní řízení bylo přerušeno kvůli trestnímu stíhání starostky žalobkyně. To má za následek stavení prekluzivní lhůty. Podle městského soudu by však mohl tento následek nastat pouze v situaci, kdy by byla trestně stíhána samotná žalobkyně, nikoliv její starostka. Není ani pravdou, že by žalobkyně nemohla být stíhána. Žalobkyně je sice územně samosprávným celkem, ale při žádosti o dotaci jednala v samostatné působnosti. Ostatně vůči žalobkyni bylo trestní stíhání zahájeno. Stalo se tak však až po uplynutí prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí.

II. Obsah kasační stížnosti, vyjádření žalobkyně a dalších podání

[7] Proti rozsudku městského soudu podal žalovaný (dále též „stěžovatel“) kasační stížnost, jejíž důvody podřadil pod § 103 odst. 1 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“).

[8] Podle stěžovatele nedošlo k prekluzi práva státu vydat rozhodnutí o povinnosti vrátit finanční prostředky.

[9] Městský soud nesprávně určil počátek běhu prekluzivní lhůty. Vznik nesrovnalosti, který je rozhodný pro počátek běhu prekluzivní lhůty, je třeba odvozovat až od proplacení dotace. Prekluzivní lhůta tedy začala plynout až dne 12. 4. 2013. Nesrovnalost vznikne okamžikem, kdy došlo jak k jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, které představuje porušení unijního práva, tak k poškození rozpočtů Evropské unie nebo rozpočtů Evropskou unií spravovaných.

Prekluzivní lhůta tedy začne plynout okamžikem, kdy nastane poslední z těchto okolností [viz rozsudek Soudního dvora Evropské unie (dále jen „SDEU“) ze dne 6. 10. 2015 ve věci C-59/14 Kollmer, body 25 a 26].

[10] Městský soud dále nezohlednil právní úpravu prekluze obsaženou v § 11a odst. 1 zákona č. 256/2000 Sb., o Státním zemědělském intervenčním fondu a o změně některých dalších zákonů (dále jen „zákon o SZIF“), ve znění účinném od 1. 11. 2017, která byla účinná v době vydání rozhodnutí. Podle tohoto ustanovení činí prekluzivní lhůta pro zahájení řízení 10 let ode dne vyplacení dotace. Tím stát využil možnost prodloužit prekluzivní lhůtu vyplývající z evropského práva (viz čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95). Podle zákona č. 265/2017 Sb., kterým došlo k novelizaci zákona o SZIF, platí, že neuplynula-li doposud prekluzivní lhůta, dochází k jejímu prodloužení. Toto prodloužení lhůty neodporuje ani obecným právním zásadám (viz rozsudek SDEU ze dne 2. 3. 2019 ve věci C-584/15 Glencore Céréales France, bod 73). Řízení o vrácení dotace bylo zahájeno dne 9. 5. 2016, tedy v prekluzivní lhůtě. V prekluzivní lhůtě pro zahájení řízení byla věc také pravomocně rozhodnuta.

[11] Stěžovatel nesouhlasí s výkladem městského soudu, že ke stavení prekluzivní lhůty podle čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95 dojde pouze v situaci, kdy je trestní řízení zahájeno proti žadateli. Pojem dotyčná osoba nelze vykládat pouze pomocí doslovného výkladu. Je nutno zohlednit i jeho smysl a účel, podle něhož je třeba pod tento pojem zahrnout i osobu, která za žadatele jedná, neboť předmětem trestního řízení je stále poskytnutá dotace a jednání osoby, které je žadateli přičitatelné.

[12] Žalobkyně ve vyjádření ke kasační stížnosti navrhla, aby ji Nejvyšší správní soud zamítl. Městský soud správně určil počátek běhu prekluzivní lhůty. Ke vzniku nesrovnalosti se nevyžaduje, aby byl poškozen rozpočet Evropské unie. Postačí, že je ohrožen (viz čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95). K ohrožení rozpočtu Evropské unie došlo již předložením žádosti o proplacení výdajů. Prekluzivní lhůta proto začala běžet ode dne podání žádosti, tedy od 29. 11. 2012. I kdyby však prekluzivní lhůta začala běžet až od 12. 4. 2013, osmiletá prekluzivní lhůta pro vydání rozhodnutí by stejně uplynula dříve, než SZIF vydal rozhodnutí.

[13] Stěžovatelem zmíněnou desetiletou prekluzivní lhůtu v této věci nelze použít. Řízení bylo zahájeno dne 9. 5. 2016, zákon č. 295/2017 Sb., kterým mělo k prodloužení prekluzivní lhůty dojít, nabyl účinnosti až dne 1. 11. 2017. Podle čl. VII zákona č. 295/2017 Sb. se přitom řízení zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona dokončí podle dosavadních právních předpisů.

[14] Co se týká stavení prekluzivní lhůty v důsledku probíhajícího trestního řízení, které bylo vedeno proti starostce žalobkyně, odkázala žalobkyně na odůvodnění napadeného rozsudku.

[15] Stěžovatel ve svém podání ze dne 10. 4. 2025 poukázal na to, že lhůta upravená v § 11a odst. 1 zákona o SZIF, ve znění zákona č. 265/2017 Sb., vylučuje, aby došlo k rozštěpení režimu prekluze v případě, kdy je část dotace poskytnuta z prostředků Evropské unie a část z národních zdrojů.

[16] Žalobkyně v podání ze dne 8. 5.

2025 poukázala na to, že vzhledem k přechodnému ustanovení čl. VII zákona č. 265/2017 Sb. nelze na danou věc novelizované znění § 11a odst. 1 zákona o SZIF užít.

[17] V návaznosti na rozsudek SDEU ze dne 27. 11. 2025 ve věci C-539/24 Mikroregion Porta Bohemica žalobkyně ve vyjádření ze dne 8. 12. 2025 uvedla, že není přípustné užít odlišná pravidla prekluze na jednu a tutéž nesrovnalost podle toho, zda se dotýká unijní či národní části financování. Na nesrovnalost jako celek je nutno aplikovat nařízení č. 2988/95. SDEU potvrdil, že osmiletá prekluzivní lhůta je opravdu lhůtou absolutní, kterou nelze překročit. Členský stát sice může stanovit délku lhůty pro zahájení řízení odlišně od nařízení č. 2988/95, což se ale v projednávané věci nestalo. Prodloužená desetiletá lhůta upravená v § 11a odst. 1 zákona o SZIF platí až od 1. 11. 2017.

[18] Stěžovatel ve vyjádření ze dne 11. 12. 2025 poukázal na to, že podle rozsudku SDEU ve věci Kollmer dojde k nesrovnalosti splněním dvou podmínek. Jednou z nich je poškození rozpočtu Evropské unie, které nastane dnem rozhodnutí o konečném přiznání výhody, čímž se městský soud nezabýval, stejně jako Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85. V režimu Programu rozvoje venkova představuje uzavření dohody o poskytnutí dotace podmíněný titul (expektaci) a k vyplacení prostředků dochází až po realizaci projektu a po schválení žádosti o platbu.

Do okamžiku tohoto schválení a výplaty může být žádost o platbu neschválena a očekávaná dotace nemusí být vyplacena. Stěžovatel netvrdí, že by nesrovnalost vždy musela být vázána na výplatu dotace, nicméně u již vyplacené dotace a nápravných postupů směřujících k odnětí neoprávněně získané výhody je poškození rozpočtu vázáno na „konečné přiznání výhody“ (resp. nejpozději na výplatu). Z rozsudku SDEU ve věci Mikroregion Porta Bohemica plyne, že členský stát nemůže upravit počátek běhu prekluzivní lhůty odchylně od nařízení č. 2988/95, lhůta podle nařízení vždy plyne od nesrovnalosti.

To však neznamená, že by se počátek lhůty musel vždy odvíjet od předložení chybných výkazů, resp. údajů (tj. nikoliv až od vyplacení dotace). Naopak z rozsudku SDEU ve věci Kollmer plyne, že musí být naplněny dvě podmínky, z nichž jednou je poškození rozpočtu Evropské unie. V posuzované věci přestavuje „konečné přiznání výhody“ výplata, což plně koresponduje s § 11a odst. 1 zákona o SZIF, takže nedochází k žádnému posunu počátku lhůty, jenž by byl v rozporu s nařízením č. 2988/95. Pokud by Nejvyšší správní soud shledal, že nesrovnalost nastala před výplatou dotace, neznamená to, že by byl § 11a odst. 1 zákona o SZIF celý nepoužitelný.

Případná kolize s nařízením by se týkala pouze slov „den vyplacení“, pokud by tento den nebyl dnem vzniku nesrovnalosti. Není však důvodu „odstavit“ i tu část tohoto ustanovení, která se týká délky lhůty (slova „nejpozději do 10 let“). Právě tato část představuje materiální obsah využití oprávnění členského státu podle čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95.

[19] Žalobkyně ve vyjádření ze dne 9. 2. 2026 uvedla, že z čl. 1 odst. 2 nařízení č.

2988/95 vyplývá, že za nesrovnalost je třeba považovat každé porušení unijního předpisu, a to i takové, které přestavuje jen hrozbu poškození rozpočtu Evropské unie. Žalobkyně souhlasí se závěry rozsudku NSS č. j. 4 Afs 52/2023-85, které podporuje i rozsudek SDEU ve věci Kollmer, podle nějž postačí možné poškození zájmů, nikoliv tedy stěžovatelem zmiňované konečné přiznání výhody. III. Posouzení kasační stížnosti

[20] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil zákonné náležitosti kasační stížnosti a konstatoval, že byla podána včas, osobou oprávněnou, proti rozhodnutí, proti němuž je kasační stížnost ve smyslu § 102 s. ř. s. přípustná, a za stěžovatele jedná pověřená osoba splňující podmínku dle § 105 odst. 2 s. ř. s. Poté Nejvyšší správní soud zkoumal důvodnost kasační stížnosti dle § 109 odst. 3 a 4 s. ř. s., v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů. Neshledal přitom vady podle § 109 odst. 4 s. ř. s., k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti.

[21] Kasační stížnost není důvodná.

[22] Podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 promlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. V případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Promlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

[23] Podle čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 členské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

[24] Nejvyšší správní soud podotýká, že byť nařízení č. 2988/95 označuje lhůty jako „promlčecí“, ze znění čl. 3 odst. 1, jakož i z jeho teleologického výkladu je třeba dovodit, že tyto lhůty mají povahu lhůty prekluzivní. Článek 3 odst. 1 tohoto nařízení obsahuje v prvním pododstavci prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace a ve čtvrtém pododstavci prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (viz rozsudek NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, č. 4333/2022 Sb. NSS, body 28 a 31).

[25] Pod pojem stíhání (týkající se nesrovnalosti), k jehož zahájení stanovuje čl. 3 odst. 1 první pododstavec nařízení č. 2988/95 čtyřletou prekluzivní lhůtu, je dle judikatury třeba zahrnout jednak řízení, jejichž účelem je uložení sankce (viz čl. 5 tohoto nařízení), jednak řízení, jejichž výsledkem je uložení správního opatření podle čl. 4 tohoto nařízení (k tomu viz např. rozsudky SDEU ze dne 29. 1. 2009 ve spojených věcech C-278/07 až C-280/07 Josef Vosding Schlacht-, Kühl- und Zerlegebetrieb a další, ze dne 17. 9.

2014 ve věci C-341/13 Cruz & Companhia či ze dne 11. 6. 2015 ve věci C-52/14 Pfeifer & Langen II). Toto ustanovení se tedy uplatní jak na nesrovnalosti vedoucí k uložení správní sankce ve smyslu čl. 5 nařízení č. 2988/95 (např. správní pokuty), tak na nesrovnalosti, které jsou předmětem správního opatření ve smyslu čl. 4 tohoto nařízení, jehož cílem je odnětí neoprávněně získané výhody, avšak nevykazuje povahu sankce (viz rozsudek SDEU ze dne 3. 9. 2015 ve věci C-383/14 Sodiaal International a rozsudek NSS ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85).

[26] Nejvyšší správní soud dále poznamenává, že v rozsudku ve věci Mikroregion Porta Bohemica SDEU vyjasnil, že v případě, je-li poskytnutá dotace financována částečně ze zdrojů Evropské unie a částečně z národních zdrojů, užije se čl. 3 nařízení č. 2988/95 na „celou“ nesrovnalost, aniž je třeba uplatnit odlišná pravidla prekluze, pokud jsou touto nesrovnalostí dotčeny i finanční zájmy členských států. Stěžovateli nelze přisvědčit v tom, že uvedený rozsudek není pro posuzovanou věc významný, neboť § 11a odst. 1 zákona o SZIF, jenž podle stěžovatele tuto otázku řeší výslovně, ve znění účinném v době, kdy započaly plynout prekluzivní lhůty, uvedenou otázku neupravoval.

[27] V návaznosti na závěry SDEU ve věci Mikroregion Porta Bohemica je tak zřejmé, že při posuzování prekluze práva státu na vrácení dotace je třeba postupovat výlučně v režimu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 a v části, kde to uvedené nařízení připouští (viz čl. 3 odst. 3), podle vnitrostátní právní úpravy, pokud existuje, resp. je na daný případ aplikovatelná s ohledem na svoji časovou působnost.

[28] Judikatura SDEU dovodila, že členské státy se mohou v souladu s čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 odchýlit pouze od délky lhůty pro zahájení stíhání upravené v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci tohoto nařízení. Naopak nemohou odchylně upravit okamžik, od nějž tato lhůta plyne, neboť v tomto ohledu jim nařízení takovou možnost nezakládá (viz rozsudek ze dne 6. 2. 2025 ve věci C-42/24 Emporiki Serron a rozsudek ve věci Mikroregion Porta Bohemica). Členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší prekluzivní lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta upravená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, nemůže stanovit absolutní prekluzivní lhůtu podle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce téhož nařízení, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty (rozsudek ve věci Mikroregion Porta Bohemica).

[29] Zákon o SZIF, ve znění účinném do 31. 12. 2014, stanovil v § 11a odst. 1, že jestliže příjemce dotace nesplnil některou z podmínek, na které je poskytnutí dotace vázáno, je povinen poskytnutou dotaci vrátit SZIF a zároveň zaplatit penále. Při vrácení dotace a placení penále SZIF postupuje podle přímo použitelného předpisu Evropských společenství, upravujícího prováděcí pravidla pro podmíněnost, odlišení a integrovaný administrativní a kontrolní systém. Podle odst. 3 téhož ustanovení vrácení dotace a penále SZIF uloží rozhodnutím, vymáhá je a činí ostatní opatření představující jejich správu.

Řízení o vrácení dotace SZIF zahájí nejpozději v kalendářním roce následujícím po prvotním zjištění nesrovnalosti podle přímo použitelného předpisu Evropských společenství. V odst. 5 téhož ustanovení pak bylo stanoveno, že na postup podle odstavců 1 až 3 se nepoužijí rozpočtová pravidla.

[30] Výše uvedené znění zákona bylo účinné v době uzavření dohody o poskytnutí dotace, podání žádosti o proplacení výdajů i vyplacení dotace (tj. v každém případě v době vzniku nesrovnalosti). Upravovalo lhůtu pro zahájení řízení o vrácení dotace i okamžik, od nějž se tato lhůta odvíjí (odst. 3), a to v obou částech v rozporu s čl. 3 odst. 1 prvním pododstavcem ve spojení s čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95. Délka lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace dle § 11a odst. 3 věty druhé zákona o SZIF byla kratší, než jakou stanoví nařízení č. 2988/95, přičemž toto nařízení dává členským státům možnost lhůtu prodloužit, nikoliv zkrátit.

Dále stanovilo odchylně okamžik, od nějž lhůta plyne, což nařízení č. 2988/95 neumožňuje. Ustanovení § 11a odst. 3 věty druhé zákona o SZIF tak vůbec nebylo možné užít (podrobně viz rozsudek NSS ze dne 9. 8. 2018, č. j. 9 Afs 280/2017-57). Prekluzivní lhůta pro zahájení řízení o vrácení dotace i prekluzivní lhůta pro vydání rozhodnutí se proto v době účinnosti této vnitrostátní úpravy řídily v plném rozsahu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95.

[31] Ustanovení § 11a zákona o SZIF bylo následně s účinností od 1. 1. 2015 novelizováno zákonem č. 179/2014 Sb. Podle jeho odst. 1 v případě neoprávněné platby dotace kryté zcela nebo zčásti prostředky z rozpočtu Evropské unie postupuje SZIF podle přímo použitelného předpisu Evropské unie a podle tohoto zákona. Podle jeho odst. 9 při rozhodování o vrácení dotace a o povinnosti zaplatit penále podle odst. 1 až 7 má SZIF postavení orgánu veřejné správy; zákon o rozpočtových pravidlech se nepoužije.

[32] Toto časové znění § 11a zákona o SZIF vůbec neupravovalo jakýkoliv aspekt lhůt obsažených v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, jenž se tak uplatnil výlučně. V důsledku přijetí zákona č. 179/2014 Sb. se tedy na pravidlech, jimiž se řídí prekluze práva státu na vrácení dotace, nic nezměnilo. Lze dodat, že lhůta pro zahájení řízení o vrácení dotace dle § 11a odst. 2 zákona o SZIF se týkala pouze dotací poskytnutých výhradně z národních zdrojů, na něž se tak nevztahovalo nařízení č. 2988/95.

[33] V tomto období, tj. po nabytí účinnosti zákona č. 179/2014 Sb., bylo dne 9. 5. 2016 zahájeno řízení o vrácení dotace. Délka lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace i počátek, od nějž plyne, byly po celou dobu od uzavření dohody o poskytnutí dotace až do zahájení řízení o vrácení dotace upraveny výlučně čl. 3 odst. 1 pododstavcem prvním nařízení č. 2988/95 (viz body [30] a [32] výše). Aniž by bylo nezbytné rozhodnout spor mezi žalobkyní a stěžovatelem o to, kdy přesně došlo k nesrovnalosti, tedy zda se tak stalo již podáním žádosti o proplacení výdajů dne 29. 11. 2012, nebo až vyplacením dotace dne 12. 4. 2013, je zřejmé, že řízení o vrácení dotace bylo tak či tak zahájeno ve lhůtě 4 let od vzniku nesrovnalosti. Městský soud tedy dospěl ke správnému závěru, že řízení o vrácení dotace (slovy nařízení č.

2988/95 stíhání) bylo zahájeno ve lhůtě dle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95.

[34] Dále tak je třeba posoudit, zda rozhodnutí o vrácení dotace bylo vydáno ve lhůtě dle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95, která představuje absolutní (nepřekročitelnou) lhůtu. Tato lhůta přitom činí dvojnásobek lhůty pro zahájení stíhání (tj. pro zahájení řízení o vrácení dotace). Pokud by byla tato otázka posuzována pouze na základě zákona o SZIF, ve znění účinném do 31. 12. 2014, resp. do 31. 10. 2017, je v návaznosti na výše uvedené zřejmé, že délka lhůty dle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 činila 8 let a plynula rovněž od vzniku nesrovnalosti.

I v tomto případě platí, že není rozhodné, zda nesrovnalost nastala již dne 29. 11. 2012, nebo až dne 12. 4. 2013, neboť osmiletá absolutní lhůta by skončila v každém případě před vydáním rozhodnutí o vrácení dotace, a to buď dne 29. 11. 2020, nebo dne 12. 4. 2021. Rozhodnutí o vrácení dotace vydal SZIF až dne 23. 8. 2021, přičemž se stalo definitivním teprve rozhodnutím žalovaného o odvolání, jež nabylo právní moci dne 20. 7. 2022.

[35] Pro posouzení věci jsou tedy klíčové dvě otázky, k nimž se upínají i kasační námitky stěžovatele. První otázkou je, zda se na věc užije § 11a odst. 1 zákona SZIF ve znění zákona č. 295/2017 Sb. Druhou otázkou je, zda běh lhůty dle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 byl pozastaven v důsledku trestního stíhání starostky žalobkyně podle čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95.

[36] Zákonem č. 295/2017 Sb. byl s účinností od 1. 11. 2017 novelizován § 11a zákona o SZIF tak, že do odst. 1 byla doplněna věta druhá, podle níž řízení o vrácení dotace SZIF zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení. Nezměněn zůstal odst. 9, podle nějž se zákon o rozpočtových pravidlech nepoužije.

[37] Ustanovení § 11a odst. 1 věta druhá zákona o SZIF, ve znění zákona č. 295/2017 Sb., stanoví na základě čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 delší lhůtu pro zahájení stíhání ve smyslu čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení (rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98, bod 48). Délka lhůty je 10 let, v důsledku čehož by činila lhůta dle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 20 let, jak vyplývá z argumentace stěžovatele.

[38] Dříve, než Nejvyšší správní soud přistoupil k výkladu novelizovaného znění § 11a odst. 1 zákona o SZIF a posouzení jeho souladu s čl. 3 odst. 1 a 3 nařízení č. 2988/95, zabýval se tím, zda lze tuto novou právní úpravu vůbec použít na posuzovanou věc.

[39] V obecné rovině lze poukázat na závěry rozsudku SDEU ve věci Glencore Céréales France, podle nichž je možné v době, kdy již plynou lhůty dle čl. 3 odst. 1 prvního a čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95, přijmout vnitrostátní úpravu delší lhůty dle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení, jestliže ke dni vstupu uvedené lhůty v platnost nejsou pohledávky již prekludovány, a to ani vzhledem k prvnímu pododstavci tohoto ustanovení, ani vzhledem k jeho čtvrtému pododstavci. Tato podmínka by byla v posuzované věci splněna, neboť ke dni 1. 11.

2017 dosud (i díky včasnému zahájení řízení o vrácení dotace) marně neuplynula ani jedna z lhůt upravených v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Legislativní prodloužení prekluzivní lhůty v jejím průběhu není a priori ani v rozporu s ústavním pořádkem České republiky (viz nález Ústavního soudu ze dne 15. 9. 2015, sp. zn. Pl. ÚS 18/14, body 40 až 42).

[40] Zákon č. 295/2017 Sb. obsahuje jediné přechodné ustanovení, které se týká novelizace zákona o SZIF, podle nějž řízení zahájená přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí podle dosavadních právních předpisů (čl. VII). Jedná se o standardně formulované přechodné ustanovení týkající se procesních pravidel. Z toho důvodu lze pochybovat, zda je možné pod něj podřadit otázku prekluze, která je zásadní především z hlediska práva hmotného (viz rozsudek NSS č. j. 5 Afs 4/2021-66, bod 22). Ve vztahu k obdobně formulovanému přechodnému ustanovení k dřívější novelizaci zákona SZIF, které mělo rovněž povahu procesního přechodného ustanovení, nicméně Nejvyšší správní soud shledal, že vylučuje užití nové úpravy prekluzivních lhůt v případě, že začaly plynout za účinnosti předchozí právní úpravy (bod 42 rozsudku č. j.

5 Afs 4/2021-66). Pokud by tedy přechodné ustanovení obsažené v čl. VII zákona č. 295/2017 Sb. z hlediska věcného dopadalo i na užití změny § 11a odst. 1 zákona o SZIF, nebylo by možné v souladu s ním v posuzovaném věci aplikovat novelizované znění tohoto ustanovení, neboť řízení bylo zahájeno před účinností zákona č. 295/2017 Sb., jež by tak bylo třeba dokončit podle dosavadních právních předpisů (tj. rozhodnutí o vrácení dotace vydat do 8 let od nesrovnalosti).

[41] V případě, že by vzhledem k hmotněprávní povaze prekluzivních lhůt bylo třeba dospět k závěru, že se na tuto otázku přechodné ustanovení obsažené v čl. VII zákona č. 295/2017 Sb. z hlediska jeho věcného rozsahu (toliko procesního charakteru) neužije (srov. rozsudek NSS ze dne 9. 11. 2017, č. j. 10 Afs 206/2017-39, body 29 až 33), nevztahovalo by se k aplikaci nového znění § 11a odst. 1 zákona o SZIF vůbec žádné přechodné ustanovení.

[42] Neexistuje-li přechodné ustanovení, které by řešilo střet staré a nové právní úpravy, je výklad fakticky ponechán na soudech a na obecných pravidlech intertemporality. Ústavní soud vymezil obecná východiska pro řešení těchto situací v nálezu ze dne 4. 2. 1997, sp. zn. Pl. ÚS 21/96. V něm uvedl, že „obecně v případech časového střetu staré a nové právní normy platí nepravá retroaktivita tj. od účinnosti nové právní normy se i právní vztahy, vzniklé podle zrušené právní normy, řídí právní normou novou.

Vznik právních vztahů, existujících před nabytím účinnosti nové právní normy, právní nároky, které z těchto vztahů vznikly, jakož i vykonané právní úkony, se řídí zrušenou právní normou“. Přes toto obecné východisko jsou nicméně soudy v případě absence explicitních přechodných ustanovení povinny přijmout takový výklad, který více šetří smysl a podstatu základního práva. Opačný interpretační či aplikační postup znamená porušení čl. 4 odst. 4 Listiny základních práv a svobod, a je proto ve svém důsledku výkladem retroaktivním (viz nálezy Ústavního soudu ze dne 30.

4. 2019, sp. zn. II.

ÚS 2843/18, a ze dne 26. 3. 2025, sp. zn. I. ÚS 3241/24). S ohledem na to se Ústavní soud opakovaně vyslovil proti řešení absence výslovného přechodného ustanovení podle pravidel nepravé retroaktivity a upřednostnil prospektivní působení nové hmotněprávní úpravy (k příkladům viz nález sp. zn. I. ÚS 3241/24).

[43] Judikatura Nejvyššího správního soudu vychází z toho, že pro účely určení právní úpravy, podle které je nezbytné na prekluzi nahlížet, se obecně vychází z okamžiku, kdy nastala skutečnost určující počátek běhu prekluzivní lhůty (rozsudky NSS ze dne 19. 2. 2009, č. j. 1 Afs 15/2009-105, ze dne 31. 5. 2012, č. j. 9 Afs 72/2011-218, a č. j. 5 Afs 4/2021-66). Je-li poté, co začne plynout prekluzivní lhůta, přijata právní úprava, která mění pravidla pro běh a délku prekluzivní lhůty, nelze tuto novou úpravu při absenci výslovného přechodného ustanovení použít na již běžící prekluzivní lhůtu, pokud je to v neprospěch adresáta veřejné správy.

Takové řešení vyžaduje ochrana legitimního očekávání adresátů veřejné správy, kteří v době vzniku své povinnosti mohli předvídat, kdy a na základě jakých skutečností právo státu zanikne (viz rozsudek NSS č. j. 10 Afs 206/2017-39, zejména body 45 až 47). Třebaže tyto závěry byly formulovány ve vztahu k daňové povinnosti a prekluzivní lhůtě dle § 148 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, není žádného důvodu neaplikovat je i na případ povinnosti vrátit dotaci. I v tomto případě platí, že řešení střetu staré a nové právní úpravy bez výslovného přechodného ustanovení musí šetřit smysl a podstatu základních práv (právo vlastnit majetek a ochrana legitimního očekávání).

Cílem prekluzivních lhůt dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 je zajistit právní jistotu hospodářských subjektů, kteří musí být schopny určit, které z jejich operací jsou již definitivní a které mohou být stále předmětem stíhání (rozsudek SDEU ze dne 24. 6. 2004 ve věci C-278/02 Handlbauer a rozsudky SDEU ve věcech Pfeifer & Langen II a Glencore Céreéales France).

[44] Nejvyšší správní soud tedy shrnuje, že absence výslovného přechodného ustanovení týkajícího se hmotněprávních otázek, popř. alespoň délky a běhu prekluzivní lhůty, které by bylo obsaženo v zákoně č. 295/2017 Sb., má za následek, že tímto zákonem novelizovaný § 11a odst. 1 zákona o SZIF nelze vztáhnout na posuzovanou věc, v níž počala běžet prekluzivní lhůta před účinností tohoto zákona.

[45] Stěžovatel se sice domáhal užití § 11a odst. 1 zákona o SZIF, ve znění zákona č. 295/2017 Sb., na projednávaný případ, ovšem ani v návaznosti na vyjádření žalobkyně, jež poukazovala na přechodné ustanovení čl. VII zákona č. 295/2017 Sb., nepředestřel žádnou vlastní argumentaci, kterou by použitelnost nové právní úpravy podepřel. Nejvyšší správní soud tak nad rámec výše uvedeného nemá co k této otázce dodat.

[46] Dále se Nejvyšší správní soud zabýval otázkou, zda nedošlo ke stavení prekluzivní lhůty upravené v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení č. 2988/95 v důsledku zahájení trestního řízení vůči dotyčné osobě v souladu s čl. 6 odst. 1 tohoto nařízení. Stěžovatel má za to, že za dotyčnou osobu ve smyslu uvedeného ustanovení je třeba považovat též starostku žalobkyně.

[47] Podle čl.

6 odst. 1 nařízení č. 2988/95, aniž jsou dotčena správní opatření a sankce Společenství přijaté na základě odvětvových předpisů existujících ke dni vstupu tohoto nařízení v platnost, může být uložení peněžní sankce, jako je správní pokuta, pozastaveno rozhodnutím příslušného orgánu, bylo-li proti dotyčné osobě zahájeno za stejné činy trestní řízení. Pozastavení správního řízení přerušuje běh promlčecí doby stanovené v článku 3.

[48] Tribunál Evropské unie vykládá čl. 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95 tak, že se použije pouze na sankce podle čl. 5 tohoto nařízení, nikoliv na správní opatření podle čl. 4, přičemž k pozastavení řízení z důvodu probíhajícího trestního řízení musí dojít výslovným úkonem správního orgánu, který vede některé ze správních řízení uvedených v čl. 5 nařízení (viz rozsudek ze dne 15. 4. 2011 ve věci T-297/05 IPK International v. Komise).

[49] Tomu odpovídá i systematický výklad celého čl. 6 nařízení č. 2988/95. Podle jeho odst. 3 je-li trestní řízení ukončeno, obnovuje se pozastavené správní řízení, ledaže by to vylučovaly obecné právní zásady. Podle odst. 4 téhož ustanovení, je-li správní řízení obnoveno, zajistí správní orgán, aby byla uložena sankce, která je přinejmenším rovnocenná sankci stanovené v předpisech Společenství, přičemž mohou být vzaty v úvahu všechny sankce, které soudní orgány uložily stejné osobě za stejné činy.

[50] Čl. 6 odst. 3 nařízení č. 2988/95 tedy výslovně počítá s tím, že po ukončení trestního řízení se pozastavené správní řízení již nemusí obnovit. Čl. 6 odst. 4 nařízení č. 2988/95 přikazuje, aby v rámci obnoveného správního řízení byla zohledněna sankce, kterou uložily soudní orgány stejné osobě za stejné činy. Z toho je zřejmé, že smyslem čl. 6 nařízení č. 2988/95 je zákaz dvojího potrestání za stejný čin. Tomu odpovídá i preambule nařízení č. 2988/95, v níž jsou uvedeny důvody, pro něž bylo nařízení přijato.

Jedním z nich je stanovení pravidel za účelem zabránění souběhu peněžních sankcí Společenství a vnitrostátních trestních sankcí ukládaným stejným osobám za stejné činy, a to s ohledem na obecnou zásadu spravedlnosti, zásadu proporcionality a s přihlédnutím k zásadě zákazu dvojího trestu. Je zjevné, že tato část preambule se vztahuje právě k čl. 6 tohoto nařízení. V obou částech jsou používány obdobné formulace (stejné osobě za stejné trestné činy). Žádné jiné ustanovení nařízení č. 2988/95 by navíc nebylo schopné dvojímu trestání zamezit.

[51] Z výše uvedeného vyplývá, že čl. 6 nařízení č. 2988/95 se z hlediska věcného vztahuje pouze na správní sankce ve smyslu čl. 5 téhož nařízení, nikoliv na správní opatření ve smyslu čl. 4 tohoto nařízení (shodně rozsudek NSS ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 4/2024-58, body 38 a 39). Smyslem správních opatření dle čl. 4 nařízení č. 2988/95 není potrestat hospodářský subjekt, nýbrž mu odejmout neoprávněně získanou výhodu, a to jako v posuzovaném případě uložením povinnosti vrátit vyplacenou dotaci. Článek 6 odst. 1 nařízení č. 2988/95 se tak v posuzované věci neužije. Trestní řízení vedené proti starostce žalobkyně nemohlo vyvolat účinky stavení prekluzivní lhůty dle čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č.

2988/95, a to ačkoliv SZIF řízení o vrácení dotace formálně přerušil. Za této situace by bylo nadbytečné zabývat se tím, zda lze trestní stíhání starostky žalobkyně považovat za trestní řízení vedené vůči dotyčné osobě, neboť by to nemohlo nic změnit na výše uvedeném závěru.

[52] Stěžovateli tedy nelze přisvědčit, že má být v posuzovaném případě aplikován § 11a odst. 1 zákona SZIF, ve znění zákona č. 295/2017 Sb., ani že běh prekluzivní lhůty upravené v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení č. 2988/95 byl pozastaven kvůli vedení trestního řízení proti starostce žalobkyně. Městský soud proto dospěl ke správnému závěru, že o povinnosti vrátit dotaci bylo rozhodnuto po uplynutí lhůty upravené v čl. 3 odst. 1 čtvrtém pododstavci nařízení č. 2988/95, která činila 8 let a plynula od vzniku nesrovnalosti, tedy po zániku práva státu požadovat vrácení dotace.

[53] Jak Nejvyšší správní soud již výše vyložil, vzhledem ke konkrétním okolnostem této věci není právě učiněný závěr o vydání rozhodnutí po prekluzi závislý na rozřešení sporu, kdy přesně nastala nesrovnalost, tedy zda se tak stalo již předložením žádosti o platbu, nebo až vyplacením dotace. Za této situace se Nejvyšší správní soud touto otázkou nezabýval, neboť to není potřebné ani pro další postup stěžovatele po zrušení jeho rozhodnutí městským soudem.

IV. Závěr a náklady řízení

[54] Na základě výše uvedeného dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 věty druhé s. ř. s. zamítl.

[55] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti soud rozhodl podle úspěchu ve věci v souladu s § 60 odst. 1 větou první ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatel v řízení nebyl úspěšný, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Toto právo má naopak procesně úspěšná žalobkyně, jíž v řízení o kasační stížnosti vznikly náklady spočívající v nákladech na zastoupení advokátem. Tyto náklady tvoří odměna zástupkyně žalobkyně za jeden úkon právní služby učiněný před 1. 1. 2025 (sepis vyjádření ke kasační stížnosti) a tři úkony právní služby učiněné po 1.

1. 2025 [sepis vyjádření ze dne 8. 5. 2025, ze dne 8. 12. 2025 a ze dne 9. 2. 2026; všechny úkony lze podřadit pod § 11 odst. 1 písm. d) vyhlášky Ministerstva spravedlnosti č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif)]. Za úkon právní služby provedený před 1. 1. 2025 náleží zástupkyni žalobkyně odměna ve výši 3 100 Kč a paušální náhrada hotových výdajů ve výši 300 Kč [§ 7 bod 5 ve spojení s § 9 odst. 4 písm. d) a § 13 odst. 1 a 4 advokátního tarifu, ve znění účinném do 31.

12. 2024]. Za každý z úkonů provedených po 1. 1. 2025 náleží zástupkyni žalobkyně odměna ve výši 4 620 Kč a paušální náhrada hotových výdajů ve výši 450 Kč (§ 7 odst. 5 ve spojení s § 9 odst. 5 a § 13 odst. 1 a 4 advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025). Pro doplnění Nejvyšší správní soud uvádí, že jelikož SZIF ani stěžovatel nepostupovali při vydávání napadeného rozhodnutí jako správce daně, neužije se pro určení tarifní hodnoty úkonu právní služby § 10b odst. 5 advokátního tarifu, ve znění účinném od 1.

1. 2025.

Jelikož zástupkyně žalobkyně vykonává advokacii jako společník obchodní korporace zřízené za tímto účelem, která je plátkyní daně z přidané hodnoty, náleží mezi náklady žalobkyně i náhrada této daně (§ 57 odst. 2 s. ř. s.), která činí 21 % z částky 18 610 Kč, tj. 3 908,10 Kč. Celková výše náhrady nákladů řízení přiznaná žalobkyni tak činí 22 518,10 Kč. Náhradu nákladů řízení je stěžovatel povinen uhradit k rukám zástupkyně žalobkyně (§ 149 zákona č. 99/1963 Sb., občanský soudní řád, užitý na základě § 64 s. ř. s.) ve lhůtě 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné. V Brně dne 9.

dubna 2026 Tomáš Kocourek předseda senátu