4 Afs 70/2025

4 Afs 70/2025- 51 - text

4 Afs 70/2025-55

pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Jiřího Pally a soudců Mgr. Aleše Roztočila a Mgr. Petry Weissové v právní věci žalobkyně: HP Systém s.r.o., IČ 48026425, se sídlem Roháčova 145/14, Praha 3, zast. Mgr. Tomášem Kudějem, advokátem, se sídlem Plzeňská 395, Dýšina, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, o žalobě proti rozhodnutí žalovaného ze dne 20. 9. 2022, č. j. 35439/22/5300-22441-711776, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 20. 2. 2025, č. j. 11 Af 15/2022-153,

I. Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 20. 2. 2025, č. j. 11 Af 15/2022-153, se zrušuje.

II. Rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne 20. 9. 2022, č. j. 35439/22/5300-22441-711776, se zrušuje a věc se vrací žalovanému k dalšímu řízení.

III. V řízení o kasační stížnosti a o žalobě proti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství ze dne ze dne 20. 9. 2022, č. j. 35439/22/5300-22441-711776, je žalovaný povinen zaplatit žalobkyni náhradu nákladů řízení ve výši 58.167 Kč do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku k rukám advokáta Mgr. Tomáše Kuděje.

[1] Žalovaný rozhodnutím ze dne 20. 9. 2022, č. j. 35439/22/5300-22441-711776, podle § 116 odst. 1 písm. a) zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „daňový řád“), a zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o daní z přidané hodnoty“), změnil dodatečné platební výměry Finančního úřadu pro hlavní město Prahu ze dne 15. 9. 2021, č. j. 7437471/21/2003-52522-105744, č. j. 7440082/21/2003-52522-105744, č. j. 7440204/21/2003-52522-105744, č. j. 7440357/21/2003-52522-105744, č. j. 7463392/21/2003-52522-105744, č. j. 7465937/21/2003-52522-105744, č. j. 7472669/21/2003-52522-105744, č. j. 7478004/21/2003-52522-105744, č. j. 7479779/21/2003-52522-105744, č. j. 7480214/21/2003-52522-105744, č. j. 7480593/21/2003-52522-105744, č. j. 7480793/21/2003-52522-105744, č. j. 7481107/21/2003-52522-105744, č. j. 7481257/21/2003-52522-105744 a č. j. 7481511/21/2003-52522-105744, tak, že žalobkyni byla doměřena daň z přidané hodnoty (dále jen „DPH“) za leden 2017 ve výši 504.741 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 100.948 Kč, za únor 2017 ve výši 460.872 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 92.174 Kč, za březen 2017 ve výši 598.932 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 119.786 Kč, za duben 2017 ve výši 320.235 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 64.047 Kč, za květen 2017 ve výši 249.915 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 49.983 Kč, za červen 2017 ve výši 387.150 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 77.430 Kč, za červenec 2017 ve výši 177.099 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 35.419 Kč, za srpen 2017 ve výši 284.098 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 56.819 Kč, za září 2017 ve výši 372.988 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 74.597 Kč, za říjen 2017 ve výši 315.833 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 63.166 Kč, za listopad 2017 ve výši 278.817 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 55.763 Kč, za prosinec 2017 ve výši 249.231 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 49.846 Kč, za leden 2018 ve výši 650.559 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 130.111 Kč, za únor 2018 ve výši 630.084 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 126.016 Kč a za duben 2018 ve výši 338.898 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 67.779 Kč. Dále žalovaný uvedeným rozhodnutím podle § 116 odst. 1 písm. c) daňového řádu a zákona o dani z přidané hodnoty zamítl odvolání proti dodatečnému platebnímu výměru Finančního úřadu pro hlavní město Prahu ze dne 15. 9. 2021, č. j. 7481412/21/2003-52522-105744, kterým byla žalobkyni doměřena daň z přidané hodnoty za březen 2018 ve výši 820.294 Kč a stanovena povinnost uhradit penále ve výši 168.058 Kč.

[2] Podle závěru obou daňových orgánů žalobkyně neprokázala faktické přijetí plnění služeb spočívajících v náboru zaměstnanců, dodání pracovních oděvů a obuvi, školení, výuce českého jazyka, přepravě, ubytování a stravování zaměstnanců, tlumočnické službě, zajištění IT služeb, tisku reklamních brožur a letáků, zajištění nových akvizic, pronájmu areálu pro firemní akci, správě a úpravě webových stránek, realizaci dětského dne a zajištění prezentace na dni otevřených dveří, které měly žalobkyni poskytnout obchodní korporace AAFS NOVO CZ, s.r.o., Adecia Capital s.r.o., Anselm Build s.r.o., Hepra Corporation s.r.o., PA&T - Profile Analyses & Training s.r.o., PE-INVEST s.r.o. a destacar s.r.o.

[3] Městský soud v Praze (dále jen „městský soud“) rozsudkem ze dne 20. 2. 2025, č. j. 11 Af 15/2022-153, žalobu proti tomuto rozhodnutí o odvolání zamítl. Dospěl totiž k závěru, že místní šetření provedené Finančním úřadem pro Jihočeský kraj (dále jen „správce daně“) dne 12. 6. 2018 nepřekročilo meze vyhledávací činnosti, v důsledku čehož jím nebyla materiálně zahájena daňová kontrola, prekluzivní lhůta pro doměření daně počala běžet od jejího zahájení dne 4. 10. 2018, a žalobkyni tak byly dodatečnými platebními výměry ze dne 15. 9. 2021, které jí byly oznámeny o pět dní později, doměřeny daňové povinnosti ve lhůtě stanovené v § 148 daňového řádu. Dále podle městského soudu oznámení o ukončení daňové kontroly a zpráva o ní se nestaly nicotnými v důsledku rozhodnutí o navrácení lhůty k vyjádření k výsledkům kontrolního zjištění a žalobkyně neunesla své důkazní břemeno ohledně faktického přijetí sporných plnění.

II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného

[4] Proti tomuto rozsudku městského soudu podala žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) včasnou kasační stížnost. V jejím doplnění učiněném v měsíční lhůtě stanovené ve výzvě soudu uvedla, že ji podává z důvodu uvedeného v § 103 odst. 1 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“).

[5] Stěžovatelka konkrétně namítla, že zákonná tříletá lhůta pro doměření daní počala běžet dne 12. 6. 2018, kdy se uskutečnilo místní šetření. V jeho rámci si totiž správce daně v rozporu s ustanoveními § 78 odst. 3 a § 80 odst. 1 daňového řádu opatřil značné množství podkladů včetně kompletního účetnictví za předmětná zdaňovací období a dotazoval se na konkrétnosti a detaily její podnikatelské činnosti, které byly směřovány zcela určitým směrem. Tento postup znamenal zastřenou daňovou kontrolu, jak vyplývá z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 31. 5. 2017, č. j. 4 Afs 14/2017-36. Navíc místní šetření se odehrálo v sídle finančního úřadu, a nikoli v prostorách patřících či užívaných daňovým subjektem, ve kterých by měl být tento úkon primárně prováděn, což je zřejmé ze znění § 81 odst. 1 a § 82 odst. 2 daňového řádu. V důsledku této skutečnosti byl oslaben správcem daně uvedený rozsah a účel místního šetření, které ve skutečnosti nahrazovalo zahájení daňové kontroly. Rovněž nelze opominout značný rozsah podkladů vyžádaných před místním šetřením, z čehož lze usuzovat, že mu předcházela vlastní vyhledávací činnost. Ta přitom mohla být rozsáhlejší, neboť daňový spis evidentně obsahuje další interní písemnosti, do nichž nebyla oprávněna nahlédnout. Správce daně tedy v rámci místního šetření nerealizoval vyhledávací činnost a při ní toliko „nemapoval terén“, nýbrž „šel najisto“ po konkrétních skutečnostech, dokladech a činnosti daňového subjektu. O záměru učinit daňovou kontrolu tak rozhodl dlouho před jejím formálním zahájením a do této doby shromažďoval a hodnotil příslušné podklady. O tom svědčí i protokol o místním šetření ze dne 12. 6. 2018, z něhož vyplývá jednoznačné zaměření správce daně k ověření a kontrole obchodních aktivit daňového subjektu za zdaňovací období leden 2017 až březen 2018. Ostatně pokud by správce daně nehodnotil a nekontroloval získané podklady, nemohl by vymezit předmět daňové kontroly úzce specificky ohledně druhu poskytovaného plnění a jednotlivých dodavatelů a zdaňovacích období. Dále stěžovatelka odkázala na rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 4. 2006, č. j. 1 Afs 60/2005-130, ze dne 1. 3. 2022, č. j. 7 Afs 231/2021-31, ze dne 15. 3. 2022, č. j. 7 Afs 39/2020-29, a ze dne 6. 12. 2024, č. j. 10 Afs 16/2024-82, a uzavřela, že daňová kontrola byla zahájena již dne 12. 6. 2018, a proto jí byly daňové povinnosti doměřeny po marném uplynutí prekluzívní lhůty.

[6] Stěžovatelka také namítla, že v důsledku vyhovění její žádosti o navracení lhůty k vyjádření k výsledkům kontrolního zjištění a stanovení nové lhůty se staly nicotnými oznámení o ukončení daňové kontroly, zpráva o daňové kontrole, dodatečné platební výměry i rozhodnutí žalovaného. Uvedená vada totiž nepochybně vedla ke zkrácení jejích práv způsobem, který zásadně ovlivnil rozhodnutí daňových orgánů obou stupňů. Proto nemohla být zhojena postupem správce daně, který jí vyjádření k výsledkům kontrolního zjištění doručil společně s rozhodnutími o doměření daně. Jeho pochybení mohlo být napraveno jen zrušením oznámení o ukončení daňové kontroly a vydáním oznámení nového po doplnění tvrzení ve vyjádření daňového subjektu.

[7] S ohledem na tyto skutečnosti stěžovatelka navrhla zrušení rozsudku městského soudu i rozhodnutí žalovaného nebo zrušení napadeného rozsudku a vrácení věci městskému soudu k dalšímu řízení.

[8] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že v projednávané věci správce daně před formálním zahájením daňové kontroly důkazní prostředky, byť ve větším rozsahu, pouze shromažďoval, avšak nikterak je nehodnotil ani neprověřoval, takže postupoval výlučně v zákonných a judikaturou stanovených mantinelech místního šetření v rámci vyhledávací činnosti. Proto lhůta pro stanovení daně nemohla začít běžet již od provedení místního šetření, nýbrž počala plynout až okamžikem zahájení daňové kontroly. Kasační námitka, podle níž jsou součástí daňového spisu další písemnosti, je nepřípustná, neboť ji stěžovatelka neuplatnila v žalobě, ač tak učinit mohla. Navíc v rámci žalobního řízení byl předložen kompletní spisový materiál. Místní šetření se konalo v sídle finančního úřadu kvůli předání většího množství dokladů a tímto postupem nebyly překročeny meze vyhledávací činnosti. I kdyby oznámení o ukončení daňové kontroly a zpráva o daňové kontrole byly zvláštním typem rozhodnutí, nemohlo mít navrácení lhůty k vyjádření k výsledkům kontrolního zjištění za následek jejich nicotnost, neboť ta je vyhrazena těm nejzávažnějším vadám rozhodnutí, jak vyplývá ze znění § 105 odst. 2 daňového řádu. Navíc navrácením lhůty v předešlý stav bylo stěžovatelce dodatečně umožněno se vyjádřit k výsledkům kontrolního zjištění a byť nebylo stanovisko správce daně k jejímu vyjádření ohledně výsledků kontrolního zjištění obsaženo ve zprávě o daňové kontrole, bylo předmětem samostatného podání, v němž byla argumentace daňového subjektu vypořádána a které bylo doručeno spolu s dodatečnými platebními výměry. Uvedeným postupem tedy nemohla být stěžovatelka zkrácena na svých právech. S ohledem na tyto skutečnosti žalovaný navrhl zamítnutí kasační stížnosti.

III. Posouzení kasační stížnosti

[9] Nejvyšší správní soud přezkoumal napadený rozsudek v souladu s § 109 odst. 3 a 4 s. ř. s., podle nichž byl vázán rozsahem a důvody, jež stěžovatelka uplatnila v kasační stížnosti. Přitom neshledal vady uvedené v § 109 odst. 4 s. ř. s., k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti. Stěžovatelka v kasační stížnosti odkázala na § 103 odst. 1 písm. a) s. ř. s., avšak z jejího obsahu vyplývá, že ji podala rovněž z důvodu uvedeného v písmenu b) téhož ustanovení, neboť v ní namítla i vadu daňového řízení.

[10] Podle § 103 odst. 1 písm. a) s. ř. s., kasační stížnost lze podat pouze z důvodu tvrzené nezákonnosti spočívající v nesprávném posouzení právní otázky soudem v předcházejícím řízení. Podle § 103 odst. 1 písm. b) s. ř. s., kasační stížnost lze podat pouze z důvodu tvrzené vady řízení spočívající v tom, že skutková podstata, z níž správní orgán v napadeném rozhodnutí vycházel, nemá oporu ve spisech nebo je s nimi v rozporu, nebo že při jejím zjišťování byl porušen zákon v ustanoveních o řízení před správním orgánem takovým způsobem, že to mohlo ovlivnit zákonnost, a pro tuto důvodně vytýkanou vadu soud, který ve věci rozhodoval, napadené rozhodnutí správního orgánu měl zrušit; za takovou vadu řízení se považuje i nepřezkoumatelnost rozhodnutí správního orgánu pro nesrozumitelnost.

[11] Podle stěžejní kasační námitky zákonná tříletá lhůta pro doměření daní počala běžet ode dne 12. 6. 2018, kdy bylo provedeno místní šetření, neboť se jednalo o zastřenou daňovou kontrolu.

[12] Podle § 87 odst. 1 věty první daňového řádu, daňová kontrola je zahájena prvním úkonem správce daně vůči daňovému subjektu, při kterém je vymezen předmět a rozsah daňové kontroly a při kterém správce daně začne zjišťovat daňové povinnosti nebo prověřovat tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně.

[13] Podle § 148 odst. 3 daňového řádu, byla-li před uplynutím lhůty pro stanovení daně zahájena daňová kontrola, podáno řádné daňové tvrzení nebo oznámena výzva k podání řádného daňového tvrzení, běží lhůta pro stanovení daně znovu ode dne, kdy byl tento úkon učiněn.

[14] Ke zjištění tohoto okamžiku je klíčové rozlišit mezi vyhledávacím postupem správce daně, konkrétně jeho vyhledávací činností (§ 78 daňového řádu), a daňovou kontrolou samotnou jako postupem kontrolním (§ 85 a násl. daňového řádu). Vyhledávací činnost slouží k vyhledání důkazních prostředků, daňových subjektů a podkladových informací, takže se v zásadě jedná o „mapování terénu“ bez vlastního hodnocení získaných důkazních prostředků. Vyhledávat důkazní prostředky a daňové subjekty a zjišťovat plnění jejich povinností při správě daní může správce daně před zahájením daňového řízení či v jeho průběhu i bez součinnosti s daňovým subjektem, jak vyplývá například z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 3. 2024, č. j. 5 Afs 316/2023-41. Předmětem daňové kontroly jsou naproti tomu podle § 85 odst. 1 daňového řádu daňové povinnosti, tvrzení daňového subjektu nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně vztahující se k jednomu daňovému řízení. Oproti vyhledávací činnosti daňový řád připouští dokazování jen v rámci daňové kontroly (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 9. 2023, č. j. 6 Afs 59/2023-52, č. 4520/2023 Sb. NSS).

[15] Nejvyšší správní soud zároveň připomíná východiska svého rozsudku ze dne 20. 2. 2023, č. j. 10 Afs 455/2021-36, v němž hodnotil, zda správce daně prováděl aktivní činnost relevantní pro potřebu daňové kontroly již ke dni formálního zahájení daňové kontroly s tím, že „faktické úkony správce daně nemusí být bezprostředně spojeny s formálním zahájením daňové kontroly“. Poukázat lze i na jeho rozsudek ze dne 4. 10. 2024, č. j. 7 Afs 104/2024-27, v němž odlišil materiální a formální zahájení daňové kontroly. Otázka rozlišení vyhledávací činnosti a skryté daňové kontroly přitom vyžaduje komplexní posouzení konkrétních úkonů správce daně. Teprve na základě celkového zhodnocení všech okolností věci lze vyhodnotit, zda postup správce daně odpovídal vyhledávací činnosti, či zda již spadal do rámce daňové kontroly (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 6. 2. 2023, č. j. 5 Afs 287/2021-32).

[16] V protokolu o místním šetření ze dne 12. 6. 2018, č. j. 1551791/18/2208-60563-307334, byl jeho předmět vymezen jako ověření obchodních aktivit daňového subjektu za zdaňovací období leden 2017 až březen 2018. Stěžovatelka při něm předložila smlouvy, pokladní doklady, bankovní výpisy, faktury a zápočtové listy za uvedená zdaňovací období, které si správce daně zapůjčil za účelem provedení šetření. Dále stěžovatelka na základě předchozí komunikace se správcem daně mu předala v listinné podobě účetní deníky za rok 2017 a první čtvrtletí roku 2018, jakož i evidence pro účely DPH za roky 2017 a 2018. Zároveň přislíbila, že tyto účetní doklady zašle správci daně v elektronické podobě. Následně se správce daně stěžovatelky dotázal na její ekonomickou činnost, zda ji vykonává svými zaměstnanci nebo využívá externí pracovníky, kolik má zaměstnanců, jakým způsobem je získává, na jaký pracovní poměr je zaměstnává a jaký servis jim zajišťuje (např. ubytování, doprava, strava). Místní šetření probíhalo na Finančním úřadu pro hlavní město Prahu, Územní pracoviště pro Prahu 3, a trvalo necelé dvě hodiny. Doklady zapůjčené při místním šetření správce daně vrátil stěžovatelce zpět dne 18. 6. 2018, jak je zřejmé z protokolu č. j. 1586250/18/2208-00065-307265.

[17] V protokolu o zahájení daňové kontroly ze dne 4. 10. 2018, č. j. 2034392/18/2208-00065-307265, správce daně vymezil rozsah kontrolního postupu na nárok na odpočet daně na vstupu za zdaňovací období leden 2017 až květen 2018 na základě přijatých daňových dokladů od dodavatelů AAFS NOVO CZ, s.r.o., Adecia Capital s.r.o., Anselm Build s.r.o., Hepra Corporation s.r.o., NAZAR INVEST s.r.o., PA&T - Profile Analyses & Training s.r.o., PE-INVEST s.r.o. a destacar s.r.o. Za účelem prověření těchto tvrzení daňového subjektu si přitom kromě předložení účetních deníků a evidencí pro účely DPH v elektronické podobě vyžádal daňové doklady za duben a květen 2018 od uvedených dodavatelů, ostatní doklady k prokázání nároku na odpočet daně (smlouvy, objednávky, dodací listy) a ve vztahu ke společnostem NAZAR INVEST s.r.o., AAFS NOVO CZ, s.r.o. a PA&T - Profile Analyses & Training s.r.o. také kopie faktur a u první z nich také kopie jedné smlouvy o vyhledávání zaměstnanců.

[18] I když správce daně při místním šetření ze dne 12. 6. 2018 zjišťoval v obecné rovině okolnosti její obchodní činnosti, nepřekročil tím ještě meze vyhledávací činnosti. Daňový řád totiž ve znění § 78 odst. 1 předpokládá, že v rámci vyhledávací činnosti správce daně vyhledává důkazní prostředky a zjišťuje plnění povinností daňových subjektů při správě daní. Zjišťování údajů týkajících se majetkových, peněžních, zaměstnaneckých poměrů a dalších skutečností rozhodných pro správné zjištění, stanovení a placení daně přitom tvoří podstatnou část vyhledávací činnosti, jak vyplývá z ustanovení § 78 odst. 3 písm. b) daňového řádu. Proto takové úkony nelze považovat za materiální znaky provádění daňové kontroly (srov. naopak rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 17. 5. 2024, č. j. 5 Afs 47/2023-36, bod 23). Rovněž není podstatné, že si správce daně několik dalších takových podkladů vyžádal ještě před místním šetřením ze dne 12. 6. 2018, neboť podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 6. 2024, č. j. 10 Afs 340/2022-56, samotné množství vyhledávacích úkonů a jejich rozsah automaticky neznamená zahájení daňové kontroly. Dále z předloženého daňového spisu nelze usuzovat, že vyhledávací činnost uskutečněná před provedením místního šetření, která byla popsaná v napadeném rozsudku, mohla být ve skutečnosti rozsáhlejší. V uvedeném rozsahu tedy místní šetření ze dne 12. 6. 2018 nepřekročilo meze vyhledávací činnosti.

[19] Nicméně jak již bylo zmíněno, správce daně při uvedeném místním šetření převzal od stěžovatelky rovněž účetní deníky a evidence pro účely DPH, které z větší části zasahovaly do zdaňovacích období leden 2017 až květen 2018, ve vztahu k nimž byl v protokolu o zahájení daňové kontroly ze dne 4. 10. 2018 vymezen rozsah kontrolního postupu při prověřování nároku na odpočet daně na vstupu na základě přijatých daňových dokladů od vyjmenovaných dodavatelů stěžovatelky. Nejvyšší správní soud však v rozsudku ze dne 31. 5. 2017, č. j. 4 Afs 14/2017-36, označil za nepřípustné, aby správce daně ve výzvě učiněné v rámci vyhledávací činnosti požadoval takovou účetní a daňovou dokumentaci po daňovém subjektu za účelem provedení místního šetření na dani z příjmů za zdaňovací období roku 2012 a na dani z přidané hodnoty za zdaňovací období březen až prosinec 2012. Přitom s odkazem na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 7. 2005, č. j. 1 Afs 70/2004-80, týkající se rozdílnosti institutu místního šetření a institutu daňové kontroly uvedl, že správce daně s ohledem na vyžádání úplného účetnictví a daňové evidence „neprováděl žádné místní šetření u stěžovatele ve smyslu § 80 a násl. daňového řádu, naopak požadoval po něm takový rozsah informací a takovým postupem, který odpovídá daňové kontrole. Tímto chováním vybočil žalovaný ze zákonných mezí vyhledávací činnosti.“ Zároveň poukázal na skutečnost, že „mezi místním šetřením v rámci vyhledávací činnosti a daňovou kontrolou existuje podstatný rozdíl a správce daně není oprávněn si neomezeně vybírat mezi těmito postupy. Je zřejmé, že institut daňové kontroly, právě proto, že představuje kvalitativně intenzivnější zásah do práv daňového subjektu, obsahuje na druhé straně řadu ustanovení, která v rámci tohoto postupu garantují daňovým subjektům určitá práva: daňová kontrola se zahajuje formalizovaným úkonem správce daně vůči daňovému subjektu (§ 87 daňového řádu), s výsledkem kontroly musí správce daně daňový subjekt předepsaným způsobem seznámit a umožnit mu se ke zjištěním správce daně vyjádřit (§ 88 daňového řádu), daňovou kontrolu lze opakovat pouze ze zákonem stanovených důvodů (§ 85 odst. 5 daňového řádu), další práva daňového subjektu v průběhu daňové kontroly jsou zakotvena v § 86 odst. 2 daňového řádu. Naopak vyhledávací činnost takovýto přísný právní rámec nemá.“ Z rozsudku ze dne 31. 5. 2017, č. j. 4 Afs 14/2017-36, který byl publikován pod č. 3604/2017 Sb. NSS, vycházel Nejvyšší správní soud i v dalším rozsudku ze dne 1. 3. 2022, č. j. 7 Afs 231/2021-31. V něm také považoval za zastřenou daňovou kontrolu místní šetření, při kterém daňový subjekt k předchozí výzvě předložil správci daně úplné účetnictví spočívající ve veškerých dokladech týkajících se oprávněnosti odpočtu na výzkum a vývoj za zdaňovací období roků 2010, 2012, 2013 a 2014.

[20] Čtvrtý senát neshledává žádný důvod se od této jím započaté judikatury jakkoli odchýlit. Proto dospívá k závěru, že s ohledem na předání veškeré účetní a daňové evidence vztahující se k rozhodným zdaňovacím obdobím při místním šetření ze dne 12. 6. 2018 se již nejednalo o pouhé „mapování terénu“ v rámci vyhledávací činnosti, nýbrž o zahájení dokazování ve vztahu k daňovým povinnostem stěžovatelky. Tomu nasvědčuje i skutečnost, že se s ohledem na rozsah předložených dokumentů uskutečnilo v prostorách finančního úřadu, a nikoli daňového subjektu, a především že na základě prověření úplného účetnictví správce daně zjistil okruh dodavatelů, ve vztahu k nimž při formálním zahájení daňové kontroly ze dne 4. 10. 2018 zpochybnil uskutečnění zdanitelných plnění ve prospěch stěžovatelky za rozhodná zdaňovací období, která přitom téměř zcela totožně vymezil již v rámci předmětu místního šetření ze dne 12. 6. 2018. Proto již tímto úkonem byla materiálně zahájena daňová kontrola, v důsledku čehož lhůta pro stanovení daní stěžovatelce počala podle § 148 odst. 3 daňového řádu znovu běžet ode dne 12. 6. 2018, a nikoliv až dnem 4. 10. 2018, kdy byla daňová kontrola formálně zahájena. Jelikož podle obsahu předloženého daňového spisu nebyl v průběhu takto materiálně zahájené daňové kontroly ve tříleté prekluzívní lhůtě stanovené § 148 odst. 1 daňového řádu učiněn žádný úkon způsobující její přerušení, prodloužení či stavění, byly dodatečné platební výměry ze dne 15. 9. 2021 vydány a oznámeny po jejím marném uplynutí.

[21] Lze tedy shrnout, že městský soud posoudil uvedenou právní otázku nesprávně, v důsledku čehož byl naplněn důvod kasační stížnosti uvedený v § 103 odst. 1 písm. a) s. ř. s. Za této situace se již Nejvyšší správní soud nemusel zabývat naplněním důvodu podle písmena b) téhož ustanovení ke kasační námitce o nesprávném postupu po navrácení lhůty k vyjádření k výsledkům kontrolního zjištění.

IV. Závěr a náklady řízení

[22] S ohledem na všechny shora uvedené skutečnosti Nejvyšší správní soud rozsudek městského soudu podle § 110 odst. 1 věty první před středníkem s. ř. s. zrušil. Vzhledem k tomu, že městský soud by v novém žalobním řízení musel rozhodnutí žalovaného s ohledem na marné uplynutí prekluzívní lhůty pro doměření daní zrušit, dospěl Nejvyšší správní soud k závěru, že povaha věci umožňuje, aby o žalobě sám rozhodl. Proto podle § 110 odst. 2 písm. a), § 78 odst. 1 věty první a odst. 4 s. ř. s. současně se zrušením napadeného rozsudku zrušil pro nezákonnost také žalobou napadené rozhodnutí a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. V něm je odvolací daňový orgán v souladu s § 78 odst. 5 s. ř. s. použitým přiměřeně podle § 110 odst. 2 písm. a) s. ř. s. vázán výše vysloveným právním názorem Nejvyššího správního soudu.

[23] Výrok o náhradě nákladů řízení vychází z ustanovení § 60 odst. 1 věty první ve spojení s § 120 s. ř. s. a § 110 odst. 3 věty druhé téhož zákona. Stěžovatelka měla ve věci úspěch, a proto má vůči žalovanému právo na náhradu nákladů řízení, a to jak za řízení před městským soudem, tak v řízení o kasační stížnosti.

[24] Uplatněné náklady stěžovatelky tvoří zaplacený soudní poplatek za žalobu ve výši 3.000 Kč a zaplacený soudní poplatek za kasační stížnost ve výši 5.000 Kč.

[25] Dále je součástí nákladů stěžovatelky odměna jejího zástupce za dva úkony právní služby (převzetí a příprava zastoupení, podání žaloby) podle § 11 odst. 1 písm. a) a d) vyhlášky Ministerstva spravedlnosti č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění účinném do 31. 12. 2024 (advokátní tarif), ve spojení s § 15 advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025, která činí 2 x 3.100 Kč [§ 9 odst. 4 písm. d) a § 7 bod 5 advokátního tarifu, ve znění účinném do 31. 12. 2024], a dále za tři úkony právní služby (podání vyjádření v řízení o žalobě, účast na jednání před soudem, podání kasační stížnosti) podle § 11 odst. 1 písm. d) a g) advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025, která činí 3 x 10.300 Kč [§ 10b odst. 5 písm. a) a § 7 bod 6 advokátního tarifu, ve znění od 1. 1. 2025]. Zástupci stěžovatelky rovněž náleží paušální náhrada hotových výdajů za tyto právní úkony, tzn. 2 x 300 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu, ve znění účinném do 31. 12. 2024) a 3 x 450 Kč (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu, ve znění účinném od 1. 1. 2025).

[26] Zástupci stěžovatelky také náleží náhrada hotových výdajů v podobě cestovních výdajů při cestě z Dýšiny do Prahy (účast na jednání před soudem dne 20. 2. 2025) a zpět v celkovém rozsahu 182 km (2 x 91 km). Náhrada cestovních výdajů sestává ze základní náhrady v rozsahu 5,80 Kč za 1 km, tj. 1.055,60 Kč a z náhrady za spotřebované pohonné hmoty v rozsahu 34,70 Kč za 1 l motorové nafty. Z doloženého technického průkazu vozidla tov. zn. BMW, reg. zn. X, vyplývá kombinovaná spotřeba vozidla 7,2 l/100 km. Za spotřebované pohonné hmoty náleží náhrada v rozsahu 454,70 Kč. Celkem tedy za cestovní náhrady náleží 1.510,30 Kč. Sazba základní náhrady za 1 km jízdy a průměrná cena za 1 l použitého paliva byly stanoveny podle § 1 písm. b) a § 4 písm. c) vyhlášky č. 475/2024 Sb., o změně sazby základní náhrady za používání silničních motorových vozidel a stravného a o stanovení průměrné ceny pohonných hmot pro účely poskytování cestovních náhrad pro rok 2025. Zástupci stěžovatele také náleží náhrada za promeškaný čas v souvislosti s cestou k jednání u městského soudu v rozsahu 6 započatých půlhodin při sazbě 150 Kč za každou započatou půlhodinu [§ 14 odst. 1 písm. a) a odst. 3 advokátního tarifu], tedy celkem 900 Kč (údaje o vzdálenosti a času vyplývají z internetové stránky www.mapy.cz).

[27] Zástupce stěžovatelky doložil, že je plátcem daně z přidané hodnoty, jeho odměna a náhrada hotových výdajů se tudíž podle § 57 odst. 2 s. ř. s. zvyšuje o částku odpovídající této dani (21 %), a činí tak po zaokrouhlení 50.167 Kč.

[28] Náhrada nákladů řízení o žalobě a o kasační stížnosti tak činí celkem 58.167 Kč. Uvedenou částku je povinen žalovaný zaplatit k rukám zástupce stěžovatelky do 30 dnů od právní moci tohoto rozsudku.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.

V Brně dne 20. listopadu 2025

JUDr. Jiří Palla

předseda senátu

Právní věta

Plný text rozhodnutí