5 Afs 1/2026- 46 - text 5 Afs 1/2026 - 55 pokračování
[OBRÁZEK]
ČESKÁ REPUBLIKA
R O Z S U D E K
J M É N E M R E P U B L I K Y
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedkyně JUDr. Lenky Matyášové a soudců JUDr. Jakuba Camrdy a JUDr. Viktora Kučery v právní věci žalobce: SCHROM FARMS spol. s r. o. , se sídlem Velké Albrechtice 327, zast. JUDr. Sylvií Sobolovou, Ph.D., advokátkou, se sídlem Jungmannova 745/24, Praha, proti žalovanému: Ministerstvo zemědělství, se sídlem Těšnov 65/17, Praha, za účasti: Státní zemědělský intervenční fond, se sídlem Ve Smečkách 801/33, Praha, v řízení o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 16. 12. 2025, č. j. 11 A 98/2025-53, t a k t o :
Rozsudek Městského soudu v Praze ze dne 16. 12. 2025, č. j. 11 A 98/2025-53, s e z r u š u j e a věc s e v r a c í tomuto soudu k dalšímu řízení. O d ů v o d n ě n í :
[1] Žalobce se podanou žalobou domáhal zrušení rozhodnutí ministra zemědělství ze dne 2. 6. 2025, čj. MZE-39424/2025-11155, kterým ministr potvrdil usnesení Ministerstva zemědělství (dále „ministerstvo“) ze dne 1. 4. 2025, čj. MZE-21637/2024-14112; tím bylo rozhodnuto o zahájení přezkumného řízení o souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy.
[2] Na základě žádosti o dotaci reg. č. 17/005/0411e/780/002006, ze dne 28. 10. 2017, byla mezi žalobcem a Státním zemědělským intervenčním fondem (dále „Fond“) uzavřena dne 14. 8. 2018 Dohoda o poskytnutí dotace z Programu rozvoje venkova ČR (dále „Dohoda“) na projekt „Modernizace farmy Bílovec“, na základě které Fond dne 5. 11. 2018 žalobci vyplatil dotaci ve výši 1 599 600 Kč. Jediným společníkem žalobce byla společnost AGROFERT a. s., která jím byla rovněž ke dni uzavření Dohody; jediným akcionářem společnosti byl Ing. Andrej Babiš, který byl v období od 6. 12. 2017 do 17. 12. 2021 předsedou vlády České republiky. Dne 1. 2. 2017 založil Ing. Andrej Babiš svěřenské fondy AB private trust I a AB private trust II, do nichž dne 3. 2. 2017 vložil všechny své akcie společnosti AGROFERT a.s.
[3] Dne 9. 9. 2022 zahájil Fond se žalobcem řízení o vrácení dotace z důvodu zjištění (na základě auditních šetření Evropské komise zahájeného v lednu 2019; audit byl ukončen 8. 6. 2022), podle něhož mohla být Dohoda uzavřena v rozporu s § 4c zákona č. 159/2006 Sb., o střetu zájmů, ve znění rozhodném ke dni uzavření Dohody, podle něhož „ je zakázáno poskytnout dotaci podle právního předpisu upravujícího rozpočtová pravidla nebo investiční pobídku podle právního předpisu upravujícího investiční pobídky obchodní společnosti, ve které veřejný funkcionář uvedený v § 2 odst. 1 písm. c) nebo jím ovládaná osoba vlastní podíl představující alespoň 25% účasti společníka obchodní společnosti.“ Dále byl shledán možný rozpor s čl. 61 odst. 1 Nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU, Euratom) 2018/1046 ze dne 18. 7. 2018, kterým se stanoví finanční pravidla pro souhrnný rozpočet Unie, v platném znění.
[4] Rozhodnutím ze dne 14. 8. 2023, č. j. SZIF/2023/0572130, uložil Fond žalobci povinnost vrátit dotaci; proti tomuto rozhodnutí podal žalobce odvolání, které žalovaný zamítl rozhodnutím ze dne 20. 12. 2023, č. j. MZE-72282/2023-14112 a rozhodnutí Fondu potvrdil.
Žalobce proti uvedenému rozhodnutí podal správní žalobou, o níž rozhodl Městský soud v Praze (dále „městský soud“) rozsudkem ze dne 13. 11. 2024, č. j. 8 A 21/2024-140, tak, že žalobě vyhověl a napadená rozhodnutí zrušil, neboť dospěl k závěru, že je třeba nejdříve posoudit zákonnost Dohody (veřejnoprávní smlouvy), a žalovanému uložil, aby zahájil přezkumné řízení podle § 165 zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu, přičemž teprve poté (shledá-li žalovaný porušení předpisů při uzavření Dohody) je možno konstatoval nezákonnost Dohody a potažmo neoprávněnost platby dotace a rozhodnout o vrácení dotace. Proti tomuto rozsudku městského soudu žalovaný kasační stížnost nepodal.
[5] Následně usnesením ze dne 1. 4. 2025 žalovaný zahájil přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy, proti tomuto usnesení podal žalobce rozklad, neboť měl za to, že právo žalovaného zahájit přezkumné řízení prekludovalo již dne 14. 8. 2022.
[6] Ministr zemědělství rozhodnutím, které bylo předmětem soudního řízení před městským soudem (jehož rozsudek je nyní předmětem kasační stížnosti) rozkladu nevyhověl a usnesení o zahájení přezkumného řízení potvrdil. Shledal, že Ing. Andrej Babiš byl v případě obou fondů obmyšlenou osobou, přičemž účelem těchto fondů je jednak správa vyčleněných akcií společnosti AGROFERT a jejich prostřednictvím celé skupiny a následné vydání majetku ve svěřenských fondech zakladateli, a jednak ochrana zájmů zakladatele Ing.
Babiše. Vycházel přitom též ze závěrů Evropské komise (usnesení č. UMB/2019/003/CZ/COL ze dne 23. 2. 2021): „Vzhledem k výše zmíněným prvkům správy a řízení, zejména k tomu, že A. Babiš jmenoval všechny činitele, které může také odvolávat, lze situaci hodnotit tak, že má na svěřenské fondy přímý i nepřímý rozhodující vliv. Na základě tohoto hodnocení se útvary Komise domnívají, že A. Babiš prostřednictvím těchto svěřenských fondů nepřímo ovládá mateřskou společnost skupiny AGROFERT.“ Potvrdil závěry ministerstva, které se ztotožnilo se závěry Evropské komise, že se na Ing.
Babiše vztahoval § 4c zákona o střetu zájmů, v důsledku čehož veškeré dotace poskytnuté skupině AGROFERT po datu 1. 9. 2017 jsou s tímto ustanovením v rozporu, jestliže žádost o dotaci byla podána po tomto datu (28. 10. 2017) a dotace byla poskytnuta v době, kdy byl Ing. Babiš předsedou vlády ČR. Dále podotkl že sice § 4c zákona o střetu zájmů hovoří o právním předpisu upravujícím rozpočtová pravidla, nicméně s ohledem na smyslu tohoto ustanovení je za takový zákon nutno považovat rovněž zákon o SZIF, jak dovodila ve svých závěrech rovněž Evropská komise, a to s ohledem na vzájemnou provázanost rozpočtových pravidel a zákona o SZIF.
Poukázal na to, že dne 2. 1. 2018 nabylo účinnosti nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU Euratom) č. 2018/1046; podle jeho čl. 61 odst. 1 (střet zájmů) platí: „Účastníci finančních operací ve smyslu kapitoly 4 této hlavy a jiné osoby, včetně vnitrostátních orgánů na všech úrovních podílející se na plnění rozpočtu v přímém, nepřímém a sdíleném řízení, včetně příprav na tuto činnost, na auditu nebo na kontrole, se zdrží jakéhokoli jednání, které by mohlo uvést jejich zájmy o střetu se zájmy Unie.
Přijmou rovněž vhodná opatření, která u funkcí v rámci jejich odpovědnosti zamezí vzniku střetu zájmů a která řeší situace, jež lze objektivně vnímat jako střet zájmů.“ Potvrdil závěr ministerstva, že situace, kdy byl Ing. Babiš v době uzavření Dohody předsedou vlády ovládající fungování svěřenských fondů, spadá do situace střetu zájmů popsaných v čl. 61 nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU Euratom) č. 2018/1046.
[7] Ministr zemědělství v rozkladovém rozhodnutí neshledal důvodnou námitku stran nedodržení lhůty pro nařízení přezkumného řízení ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení Rady EU č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, v platném znění (dále „nařízení č. 2988/95“). Podotkl, že za nesrovnalost podle čl. 1 odst. 2 přímo použitelného nařízení č. 2988/95 je třeba považovat jakékoli porušení unijního předpisu, které vedlo nebo by mohlo vést k poškození rozpočtu EU. V posuzovaném případě spočívá tvrzená nesrovnalost v tom, že existuje pochybnost, zda žalobce již v době podání žádosti o dotaci splňoval podmínky pro její přiznání; pokud by bylo konstatováno, že porušení podmínek pro přiznání dotace existovalo již v tomto okamžiku, podle ustálené judikatury SDEU nelze za vznik nesrovnalosti považovat pouze samotné porušení, ale je třeba kumulativně hodnotit i okamžik, kdy došlo k poškození nebo ohrožení rozpočtu (rozsudek SDEU ze dne 6.
10. 2015, ve věci C-59/14, Ernst Kollmer Fleischimport, body 25, 26); v rozkladovém rozhodnutí ministr zemědělství potvrdil, že okamžikem, od kterého běží prekluzivní lhůty, je nutno rozumět v případě ex post vyplacených dotací až vyplacení finančních prostředků, nikoli uzavření Dohody, popř. podání žádosti (od takového okamžiku by se odvíjela pouze teoretická nesrovnalost); faktické a konečné poškození rozpočtu nastalo až vyplacením finančních prostředků.
[8] Ministr zemědělství setrval na závěru prvostupňového rozhodnutí, že lhůta počala běžet dne 5. 11. 2018 a pokud přezkumné řízení bylo zahájeno dne 1. 4. 2025, přičemž byly učiněny úkony, konkr. Prováděcí rozhodnutí Komise (EU) 2022/908 ze dne 8. 6. 2022 (dále „Prováděcí rozhodnutí Komise“), resp. oznámení o zahájení řízení o vrácení dotace ze dne 9. 9. 2022, které běh (4leté) lhůty stanovené v čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 přerušily, nedošlo k prekluzi a přezkumné řízení bylo zahájeno včas.
[9] V odůvodnění rozkladového rozhodnutí ministr zemědělství rovněž upozornil na to, že Česká republika využila možnosti stanovit si delší lhůty pro zahájení řízení o stíhání nesrovnalosti ve smyslu čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 a to v § 11a zákona č. 256/2000 S., o Státním zemědělském intervenčním fondu, ve znění pozdějších předpisů (dále „zákon o SZIF“); podotkl, že byť se v daném ustanovení hovoří o „řízení o vrácení dotace“, z hlediska eurokonformního a teleologického výkladu musí být tato úprava vykládána tak, že se vztahuje na veškerá řízení o nesrovnalostech podle čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. Jelikož čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 umožňuje stanovit členským státům delší lhůtu bez omezení typem správního zásahu, vztahuje se desetiletá lhůta stanovená v § 11a odst.
1 zákona o SZIF nejen na řízení o vrácení dotace, ale i na přezkum a odstranění veřejnoprávních aktů, které neoprávněné čerpání umožnily. Výklad opačný by byl v rozporu se zásadou efektivity unijního práva a vedl by k účelovému omezení ochrany rozpočtu EU. Právo zahájit přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy nebylo prekludováno, a to jak při použití samotného nařízení č. 2988/95, tak především při aplikaci prodloužené lhůty pro zahájení řízení stanovené v § 11a zákona o SZIF.
[10] Proti rozkladovému rozhodnutí podal žalobce žalobu, ve které namítl, že byl nesprávně určen počátek běhu prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení, tato lhůta byla mylně počítána ode dne vyplacení dotace a nikoli od uzavření Dohody; dále namítl, že nemohlo dojít k přerušení běhu prekluzívní lhůty úkonem, jenž vůbec nebyl schopen takové právní účinky vyvolat; Prováděcí rozhodnutí Komise za takový úkon nelze považovat, neboť to není a nebylo určeno konkrétním příjemcům dotací, neobsahuje odůvodnění ani neidentifikuje konkrétní podezření na nesrovnalosti, jeho obsahem je reálně pouze tabulka s částkami vyloučenými z unijního financování bez uvedení konkrétních příjemců dotací či dotčených projektů; oznámení o zahájení řízení o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci bylo vydáno až po uplynutí prekluzívní lhůty dne 9. 9. 2022.
[11] Správní orgán rovněž dle žalobce nesprávně vyložil i délku samotné prekluzívní lhůty; poukázal na skutečnost, že v dané věci není sporu o tom, že poskytnutá dotace měla být spolufinancována z prostředků Evropské unie a žalovaný tak byl povinen řídit se nařízením č. 2988/95; podle jeho článku 3 odst. 1 činí prekluzívní lhůta pro zahájení řízení o stíhání čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti. Tato lhůta je dle žalobce aplikovatelná i na přezkumné řízení. Žalovaný zahájením přezkumného řízení zahájil řízení o uložení správního opatření podle článku 4 nařízení č. 2988/95, a byl tak vázán čtyřletou prekluzívní lhůtou. Podle žalobce prekluzívní lhůta pro zahájení přezkumného řízení v dané věci marně uplynula dnem 14. 8. 2022, aniž byla přerušena jakýmkoliv úkonem způsobilým vyvolat takové následky.
[12] Žalobce dále podotkl, že oznámení o výši dotace ze dne 25. 10. 2018, respektive faktické vyplacení dotace dne 5. 11. 2018 nejsou rozhodnutím správního orgánu ve smyslu § 65 soudního řádu správního, protože nejde o rozhodnutí, které by zakládalo, měnilo, rušilo nebo závazně určovalo práva a povinnosti adresáta. Rozhodnutím o konečném přiznání výhody je podle žalobce Dohoda uzavřená dne 14. 8. 2018, která má povahu veřejnoprávní smlouvy a nahrazuje vydání správního rozhodnutí. Dále uvedl, že přezkumné řízení o souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy podle § 165 správního řádu nelze ani ve světle eurokonformního výkladu považovat za řízení o vrácení dotace ve smyslu § 11a zákona o SZIF, neboť podle tohoto zákona žalovaný vůbec nepostupuje, postupuje výhradně podle správního řádu, jehož žádné ustanovení upravující postup žalovaného v přezkumném řízení nestanoví odchylku od čtyřleté prekluzívní lhůty podle nařízení č. 2988/95.
[13] Městský soud konstatoval, že neobstojí názor žalovaného, že podmínkou vzniku nesrovnalosti je faktické vyplacení prostředků z dotace. Z formulace „nebo by mohl být poškozen“ jasně vyplývá, že za nesrovnalost je třeba považovat každé porušení unijního předpisu, které představuje i jen hrozbu poškození rozpočtu EU. Odkázal v této souvislosti na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, (bod 25): „Za nesrovnalost ve smyslu citovaného nařízení je nutno považovat porušení dotačních podmínek, kterým byl či případně mohl být poškozen rozpočet EU.
Z uvedeného tak vyplývá, že pro závěr o nesrovnalosti ve smyslu nařízení č. 2988/95 postačí pouhá potencialita poškození unijního rozpočtu. Nelze tak souhlasit s argumentací žalovaného, že teprve v okamžiku, kdy byly stěžovateli vyplaceny na jeho účet prostředky z předmětné dotace, byly naplněny zmíněné podmínky nesrovnalosti podle nařízení č. 2988/95.“ Za okamžik vzniku nesrovnalosti, pokud došlo k porušení unijního předpisu, je tak třeba dle městského soudu považovat uzavření Dohody (srov. bod 26 citovaného rozsudku), od něhož počíná běžet prekluzivní lhůta pro zahájení stíhání nesrovnalosti.
Takovým stíháním je nepochybně i řízení o přezkum veřejnoprávní smlouvy, jelikož zrušením veřejnoprávní smlouvy o poskytnutí dotace by žalobce pozbyl nárok na již přiznanou dotaci (to ostatně nezpochybňuje ani žalovaný). Městský soud konstatoval, že lhůta pro zahájení tohoto řízení s ohledem na článek 3 nařízení č. 2988/95 činí čtyři roky, neboť správní řád v § 165 žádnou lhůtu nestanoví a zároveň vylučuje použití lhůt dle § 96 a § 97.
[14] Městský soud nepřisvědčil žalovanému, že došlo k přerušení prekluzivní lhůty; konstatoval, že k tomu, aby byl určitý úkon způsobilý přerušit běh prekluzívní lhůty, musí podle článku 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95 kumulativně splňovat tyto podmínky: a) musí být vydán „příslušným orgánem“, b) musí být „oznámen dané osobě“, c) musí se „týkat vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti“. Městský soud k výkladu čl. 3 nařízení č. 2988/95 odkázal na rozsudek SDEU ze dne 11. 6. 2015, C-52/14 Pfeifer & Langen; podotkl, že orgánem příslušným ke stíhání nesrovnalosti týkající se Dohody je žalovaný, avšak úkon přerušující běh promlčecí doby mohl učinit i jiný orgán, byl-li příslušný k vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti.
Pokud by se muselo jednat o úkony orgánu příslušného ke „stíhání nebo vyšetřování“ nesrovnalosti (v anglické verzi rozsudku SDEU „concerning the investigation or legal proceedings“), použilo by nařízení právě tento termín, nikoli obecnější pojem „vyšetřování nebo řízení“ o nesrovnalosti. Stejně tak je logicky vyloučené, aby lhůtu stavěly jen úkony v rámci přezkumného řízení (jak se domnívá žalobce), protože tato lhůta je určující právě pro možnost zahájení tohoto přezkumného řízení.
Daný úkon ovšem musí souviset s konkrétní nesrovnalostí; účel lhůty (doby) by totiž „nebyl zcela naplněn, kdyby mohla být tato promlčecí doba přerušena jakýmkoliv úkonem kontroly obecné povahy ze strany vnitrostátní správy bez souvislosti s podezřením na nesrovnalosti týkající se dostatečně přesně vymezených operací“ (rozsudek SDEU ve věci C-728/21 ze dne 28. 6. 2022, bod 19). Komise i Fond byly orgány příslušné k vyšetřování dané nesrovnalosti. Úkony týkající se tohoto vyšetřování oznámil Fond žalobci sdělením o zahájení řízení o vrácení dotace ze dne 9. 9. 2022, tedy poté, co již marně uběhla čtyřletá lhůta pro zahájení přezkumu veřejnoprávní smlouvy. Lhůta pro zahájení stíhání ve smyslu nařízení č. 2988/95 tedy dle městského soudu nebyla přerušena sdělením Fondu ze dne 9. 9. 2022, neboť k datu zahájení přezkumného řízení tato lhůta již prekludovala.
[15] Pokud jde o vydání Prováděcího rozhodnutí Komise, městský soud poukázal na judikaturu SDEU, z níž vyplývá, že rozhodnutí Komise mají přímý účinek, pokud jsou dostatečně jasná, přesná a nepodmíněná. Členské státy jsou povinny nepoužít vnitrostátní předpisy, které by byly s rozhodnutím Komise v rozporu. Městský soud dospěl k závěru, že Prováděcí rozhodnutí Komise EU má přímý účinek, pokud je dostatečně určité a jasné; je závazné pro vnitrostátní orgány v plném rozsahu, avšak nemůže přerušit běh prekluzívní lhůty, pokud to výslovně neumožňuje vnitrostátní zákon.
S odkazem na rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98 (bod 53), a judikaturu SDEU městský soud stran otázky povahy úkonu způsobilého přerušit běh prekluzívní lhůty uzavřel, že Prováděcí rozhodnutí Komise nelze považovat za úkon, který by přerušil běh lhůty, neboť dostatečně přesně nevymezuje, kterých podezření na nesrovnalosti se má vyšetřování týkat. Městský soud přisvědčil žalobci, že Prováděcí rozhodnutí Komise je adresováno České republice, nikoli přímo žalobci, pro kterého z něj přímo neplynou žádné negativní následky.
[16] Městský soud konstatoval, že lhůta pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci ve smyslu čl. 3 odst. 1 čtvrtého pododstavce nařízení č. 2988/95 je absolutní hranicí, ve které musí správní orgány o povinnosti vrátit dotaci rozhodnout. Městský soud rovněž podotkl, že z judikatury SDEU vyplývá, že členské státy mohou využít svou pravomoc stanovit delší prekluzívní lhůtu podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95; tj. stanovit lhůtu pro zahájení řízení delší než 4 roky; v takovém případě činí lhůta pro vydání rozhodnutí ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého téhož nařízení dvojnásobek zvolené lhůty pro zahájení řízení. Městský soud dále uvedl, že je však otázkou, zda mohou členské státy využít svou pravomoc podle čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 tím způsobem, že přistoupí k uplatňování delší lhůty pro vydání rozhodnutí (ve smyslu čtvrtého pododstavce), aniž by současně uplatňovaly delší lhůtu pro zahájení řízení (ve smyslu prvního pododstavce).
Dle městského soudu z judikatury SDEU již jednoznačně nevyplývá, zda mohou členské státy uplatňovat delší lhůtu pro vydání rozhodnutí (ve smyslu čtvrtého pododstavce) nezávisle na lhůtě pro zahájení řízení (dle prvního pododstavce), či zda mohou uplatňovat delší lhůtu pro vydání rozhodnutí s ohledem na formulaci čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 pouze prostřednictvím prodloužení lhůty pro zahájení řízení (v takovém případě pak činí lhůta pro vydání rozhodnutí dvojnásobek). Městský soud poté uzavřel, že to však není pro posouzení důvodnosti žaloby podstatné, neboť správní orgány v případě žalobce nezahájily řízení o vrácení dotace před uplynutím prekluzívní lhůty.
S ohledem na výše uvedené dospěl soud k závěru, že žalovaný zahájil přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy po uplynutí prekluzívní lhůty, proto soud shledal žalobu důvodnou, napadené rozhodnutí zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení; jelikož lhůta pro zahájení řízení o povinnosti vrátit dotaci ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 byla prekludována, nemohly již správní orgány o povinnosti vrátit dotaci vést přezkumné řízení a rozhodovat, proto zrušil rovněž prvostupňové rozhodnutí.
[17] V kasační stížnosti žalovaný (dále „stěžovatel“) uplatnil námitku dle § 103 odst. 1 písm. d) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (s. ř. s.). Zdůrazňuje, že městský soud se vůbec nevypořádal s podstatnou právní otázkou, s to vztahem mezi § 11a zákona o SZIF a čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95; napadený rozsudek stojí (prakticky výlučně) na závěru, že právo stěžovatele zahájit přezkumné řízení podle § 165 správního řádu bylo prekludováno dle čtyřleté lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Žalovaný v napadeném správním rozhodnutí i ve vyjádření k žalobě přitom poukázal na to, že český zákonodárce využil možnosti čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 a stanovil delší lhůtu v § 11a odst. 1 zákona o SZIF, podle něhož „řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení“. Městský soud se touto argumentací nikterak nezabýval.
[18] Stěžovatel znovu uvádí, že čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 výslovně umožňuje členským státům uplatňovat pro zahájení řízení delší lhůtu než čtyřletou bez omezení na „typ správního zásahu“. Účelem je ochrana finančních zájmů EU; systematicky tedy nedává smysl, aby tatáž „nesrovnalost“ měla delší lhůtu v řízení o vrácení, ale kratší ve strukturálně souvisejícím přezkumu titulu (Dohody), který je předpokladem nápravy.
[19] Dle stěžovatele eurokonformní a teleologický výklad § 11a zákona o SZIF nutně vede k závěru, že desetiletá lhůta dopadá na veškerá řízení o nesrovnalostech ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95, včetně přezkumného řízení podle § 165 správního řádu, pokud je jeho účelem odstranění aktu, který umožnil neoprávněné čerpání prostředků. Napadený rozsudek městského soudu se však s otázkou relevance § 11a odst. 1 zákona o SZIF přezkoumatelným způsobem nevypořádal. Chybí zejména úvaha: 1) proč by prodloužený časový rámec, který je vnitrostátním provedením čl. 3 odst. 3 nařízení č.
2988/95, neměl být zohledněn při posouzení, zda stát mohl (a má) použít nápravné mechanismy vůči již vyplacené dotaci; 2) proč má být přezkum veřejnoprávní smlouvy (jakožto zásah do právního titulu vyplacené dotace) apriorně „oddělen“ od režimu vracení dotací (§ 11a zákona o SZIF) tak, že by vyloučení titulu bylo časově přísněji omezeno než vymáhání (což by vedlo k systémové nekonzistenci a k praktické neúčinnosti ochrany finančních zájmů Unie); 3) jaký význam má čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 pro výklad čl. 3 odst. 1 v situaci, kdy vnitrostátní zákonodárce výslovně prodloužil lhůtu u vyplacených dotací.
[20] Dle přesvědčení stěžovatele je městský soud povinen vypořádat se s podstatnou právní argumentací účastníka tak, aby bylo zřejmé, proč ji přijímá, či odmítá. Pokud klíčovou právní otázku (s významem pro výsledek) neřeší, zatěžuje rozhodnutí nepřezkoumatelností pro nedostatek důvodů. Toto navíc dle stěžovatele platí dvojnásob za situace, kdy to byl právě městský soud, který v předchozím rozsudku stěžovatele zavázal provést přezkumné řízení. Pokud je vnitrostátně stanovena delší lhůta pro uplatnění nápravných opatření u dotací krytých (zcela či zčásti) z rozpočtu EU, nelze bez dalšího uzavřít, že po 4 letech je jakýkoli postup správních orgánů vyloučen.
[21] Stěžovatel namítá, že městský soud pochybil, pokud implicitně oddělil přezkum veřejnoprávní smlouvy od režimu nápravy u vyplacených dotací. Jestliže § 11a odst. 1 zákona o SZIF výslovně stanoví, že : „v případě neoprávněné platby dotace kryté zcela nebo zčásti prostředky z rozpočtu Evropské unie postupuje Fond podle přímo použitelného předpisu Evropské unie a podle tohoto zákona. Řízení o vrácení dotace Fond zahájí nejpozději do 10 let ode dne jejího vyplacení“, je zjevné, že český zákonodárce považoval desetiletý horizont za přiměřený pro řešení „neoprávněných plateb“ ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Přezkum Dohody podle § 165 správního řádu je v posuzované věci prostředkem k odstranění právního titulu, na jehož základě byla dotace vyplacena.
[22] Stěžovatel rovněž nesouhlasí se závěrem městského soudu, že okamžikem vzniku „nesrovnalosti“ ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 je uzavření Dohody (14. 8. 2018), ani s tím, že od tohoto dne soud dovodil běh čtyřleté lhůty podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Takový výklad dle stěžovatele je v posuzované skutkové konfiguraci (již vyplacená dotace) nepřesný a vede k nepřiměřeně restriktivnímu omezení možnosti nápravy. Soudní dvůr Evropské Unie ve věci C-59/14 (Kollmer) vyložil, že „nesrovnalost“ vyžaduje dvě složky: porušení a poškození nebo možné poškození rozpočtu Unie; a že dies a quo je dnem poslední z událostí (bod 26). Současně SDEU zdůraznil, že k poškození dojde dnem rozhodnutí o konečném přiznání výhody (bod 32). Odkazem na tento bod, kde SDEU výslovně hovoří o „konečném přiznání dotčené výhody“, se městský soud nezabýval. Byť městský soud odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 15. 2. 2024, č. j.
4 Afs 52/2023-85, který sice citovaný rozsudek SDEU do jisté míry rozebírá, tak z rozsudku není nikterak patrno, že by se zabýval právě touto formulací, natož aby přesvědčivě odůvodnil, proč se SDEU, který by měl být nejvyšší autoritou při výkladu evropských předpisů, mýlí. Skutečnost, že určitý postup může vést k tomu, že hospodářský subjekt výhodu nezíská nebo ji pozbude, není sama o sobě určující pro počátek běhu lhůty. Takové následky má i standardní rozhodování o (ne)schválení žádosti o podporu či o (ne)proplacení žádosti o platbu v režimu ex post dotací: i tam může dojít k tomu, že žadatel „pozbude“ očekávanou dotaci, aniž by to automaticky znamenalo, že počátek běhu relevantních lhůt musí být bez dalšího vázán na nejranější procesní okamžik.
V režimu Programu rozvoje venkova je přitom typické, že uzavření Dohody představuje podmíněný titul (expektaci) a k vyplacení prostředků dochází až po realizaci projektu a po schválení žádosti o platbu; do okamžiku tohoto schválení a výplaty tak může být žádost (zcela či zčásti) neschválena a očekávaná dotace nemusí být vyplacena. V posuzované věci bylo oznámení o výši dotace č.j. SZIF/2018/0618033 vydáno dne 25. 10. 2018 a dotace byla vyplacena dne 5. 11. 2018. Dle stěžovatele v případě již vyplacené dotace a u nápravných postupů směřujících k odnětí neoprávněně získané výhody, je výklad dies a quo vázaný na „konečné přiznání výhody“ (resp. nejpozději na výplatu) přiměřený, koresponduje s judikaturou SDEU a lépe zachovává rovnováhu mezi právní jistotou a ochranou finančních zájmů EU.
[23] Stěžovatel rovněž podotýká, že je nezbytné posoudit, zda se v projednávané věci nejedná o pokračující nesrovnalost ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95. Šetřená nesrovnalost spočívá ve střetu zájmů, který není jednorázovým aktem, nýbrž trvajícím stavem, neboť po dobu výkonu veřejné funkce přetrvává překážka, aby byla dotace žalobci poskytnuta či ponechána. V takovém případě začíná běžet prekluzivní lhůta až ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V projednávané věci skončil relevantní střet zájmů nejdříve dnem 17. 12. 2021, kdy Ing. Andrej Babiš přestal vykonávat funkci předsedy vlády; prekluzivní lhůta by uplynula nejdříve 17. 12. 2025. Městský soud bez dalšího určil dies a quo již k datu uzavření Dohody, aniž by se s možností pokračující nesrovnalosti vypořádal; i z uvedeného důvodu je závěr městského soudu o prekluzi nesprávný.
[24] Stěžovatel nesouhlasí ani s tím, že by Prováděcí rozhodnutí Komise nemohlo přerušit běh lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Namítá, že městský soud uplatnil přepjatě formalistický výklad podmínek přerušení („oznámení dané osobě“ a „dostatečné vymezení operací“) a nezohlednil účel čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, tedy poskytnout hospodářskému subjektu možnost poznat, které operace již nemohou být stíhány. Prováděcí rozhodnutí Komise bylo zveřejněno dne 10. 6. 2022 a v příloze obsahuje u České republiky položku „Nezpůsobilý projekt“ (Rozvoj venkova, investice EZFRV – soukromí příjemci - 2019) s jednorázovou částkou –30 606,96 EUR. K Prováděcímu rozhodnutí byla dne 13. 6.
2022 zveřejněna tisková zpráva Fondu (předkládána jako příloha), která výslovně uvádí, že součástí vyloučených výdajů je poskytnutá dotace na projekt šetřený z důvodu střetu zájmů a že běží lhůta k napadení rozhodnutí. Stejně tak bylo uvedené i předmětem některých mediálních zpráv. Především však žalobce sám toto rozhodnutí Komise napadl žalobou u Tribunálu SDEU, což potvrzuje, že jej vnímal jako relevantní ve vztahu k vlastní situaci. Prováděcí rozhodnutí Komise bylo vnitrostátně komunikováno jako relevantní pro konkrétně šetřené projekty.
Za situace, kdy samo toto rozhodnutí bylo veřejné, byly k němu zveřejněny mediální zprávy, nadto žalobce jej i přímo zažaloval, má stěžovatel za to, že při výkladu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 je třeba zohlednit, že unijní auditní mechanismy a následná rozhodnutí Komise jsou formálně adresována členským státům, avšak materiálně směřují k identifikaci konkrétních nesrovnalostí a k nápravným opatřením. Přepjatý požadavek individuálního oznámení v každém případě může vést k nepřiměřené redukci účinnosti ochrany finančních zájmů Unie v situacích, kdy je adresát (příjemce) o riziku a podstatě nesrovnalosti prokazatelně informován, ostatně stejná úprava platí např. i v oblasti doručování, kdy, pokud i správní orgán do jisté míry pochybí při doručování, posuzuje se, jestli se účastník s danou písemností měl možnost seznámit.
[25] Žalobce ve vyjádření ke kasační stížnosti uvádí, že v řízení o vrácení dotace dle § 11a zákona o SZIF a v přezkumném řízení dle § 165 správního řádu se posuzují „typově odlišné nesrovnalosti“, předmětem řízení o vrácení dotace dle zákona o SZIF nemůže být posouzení zákonnosti veřejnoprávní smlouvy, ale pouze posouzení oprávněnosti platby dotace uskutečněné na základě tohoto právního titulu; to, zda Dohoda o poskytnutí dotace byla uzavřena v souladu s právními předpisy, může být posuzováno pouze v přezkumném řízení dle správního řádu. Dle žalobce zákonodárce v § 11a zákona o SZIF zamýšlel prodloužení lhůty pouze pro řízení o vrácení dotace, dle uvedeného ustanovení se v rámci přezkumného řízení vůbec nepostupuje. Městský soud v napadeném rozsudku jasně vysvětlil, proč je třeba aplikovat právě čtyřletou lhůtu dle nařízení č. 2988/95; jeho závěry považuje žalobce za jasné a přezkoumatelné.
[26] Žalobce k otázce počátku běhu prekluzívní lhůty odkázal na judikaturu SDEU a NSS, poukázal na to, že stěžovatel se ji snaží dezinterpretovat a dospívá k závěrům, které z ní nevyplývají. Odkazuje např. na rozsudek Tribunálu SDEU ze dne 6. 4. 2017 ve věci T-219/14, v němž se konstatuje: „Z ustálené judikatury plyne za přiznanou v okamžiku, kdy příslušné vnitrostátní orgány přijmou právně závazný akt, kterým se zavazují vyplatit dotčenou podporu.“; obdobně odkázal na závěry rozsudku Tribunálu ze dne 25. 1. 2018 ve věci T-818/14, či na rozsudek SDEU ze den 3. 7. 2025 ve věci C-653/23: „Podpora musí být považována za poskytnutou ve smyslu čl. 107 odst. 1 SFEU ke dni, kdy je právo na její obdržení uděleno příjemci podle použitelných vnitrostátních právních předpisů.“ V nyní posuzované věci představuje závazný právní akt, kterým se Fond zavázal vyplatit podporu, Dohoda ze dne 14. 8.
2018; samotné vyplacení dotace představuje již jen splnění závazku.; tomu odpovídá i judikatura Ústavního soudu, dle které má vydání rozhodnutí o poskytnutí dotace za následek vznik vymahatelné pohledávky příjemce dotace vůči jejímu poskytovateli (nález Ústavního soudu ze dne 16. 6. 2015, sp. zn. Pl. ÚS 121/14). Dodal, že k závěru, že lhůta běží od uzavření Dohody ostatně dospěl NSS v rozsudku ze dne 12. 9. 2025 ve věci Vodňanská drůbež, byť posuzoval případ, kdy dotace dosud vyplacena nebyla, výslovně s odkazem na rozsudek SDEU ve věci C-59/14, na který se stěžovatel stále odvolává, soud potvrdil, že v kontextu dohod o poskytnutí dotace uzavíraných v rámci Programu rozvoje venkova, z tohoto rozsudku vyplývá, že prekluzívní lhůta začala běžet již okamžikem uzavření dohody. Žalobce považuje za nepřípadnou argumentaci pokračující nesrovnalostí; tato námitka je předně opožděná, stěžovatel ji neuplatnil v řízení před městským soudem; nadto ji žalobce považuje za účelovou.
[27] Žalobce se rovněž zcela ztotožnil se závěry městského soudu stran úkonů přerušujících běh prekluzivní lhůty; poukázal na to, že obsahem prováděcího rozhodnutí Komise, kterého se stěžovatel dovolává, je pouze tabulka s částkami vyloučenými z unijního financování bez uvedení názvů konkrétních příjemců dotací či dotčených projektů; z takového dokumentu nemohlo být nikomu zřejmé, jakého subjektu či projektu se vyloučení financování týká. Prováděcí rozhodnutí Komise nemůže být aktem, který by byl způsobilý přerušit běh prekluzívní lhůty, neboť nebyl žalobci adresován a neobsahoval ani alespoň krátké odůvodnění týkající se jeho projektu. K argumentaci stěžovatele tiskovou zprávou Fondu ze dne 13. 6. 2022 poukázal žalobce na to, že se jedná o nepřípustný důkaz, neboť nebyl uplatněn v řízení před městským soudem; nadto ani v této zprávě Fondu nebyl dotační projekt nijak specifikován.
[28] Žalobce závěrem namítá, že fakt, že podal proti prováděcímu rozhodnutí Komise (EU) z opatrnosti žalobu k Tribunálu EU na věci nic nemění; nadto Tribunál EU v rozhodnutí ve věci T-507/22 uvedl, že Prováděcí rozhodnutí Komise (EU) ani nepředjímá, co se stane s dotací, kterou poskytl Fond a která byla částečně financována z příspěvku z EZFRV; má finanční následky pouze mezi EU a Českou republikou; nutně neznamená, že české orgány jsou povinny odebrat částku rovnající se příspěvku z EZFRV nebo celou dotaci poskytnutou na projekt žalobce; Prováděcí rozhodnutí Komise (EU) nemůže mít tudíž za důsledek ani přerušení prekluzivní lhůty. Žalobce trvá na tom, že k uplynutí prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení v daném případě došlo 14. 8. 2022, aniž by byla přerušena jakýmkoli úkonem způsobilým vyvolat takové právní následky. Navrhuje kasační stížnost zamítnout.
[29] Stěžovatel v replice k vyjádření žalobce zopakoval svoji argumentaci v kasační stížnosti, zdůraznil, že zrušení titulu (Dohody) v přezkumném řízení a uložení povinnosti vrátit již vyplacenou dotaci jsou dvě procesní cesty k dosažení téhož účelu: odstranit důsledky neoprávněného čerpání veřejných prostředků a uvést věc do stavu, který by nastal, kdyby k neoprávněnému poskytnutí/vyplacení dotace nedošlo, respektive nedošlo k uzavření Dohody. Dle stěžovatele nedává systematicky ani teleologicky smysl, aby se prekluzivní lhůta pro možnost provedení nápravy tak zásadně lišila pouze podle toho, zda správní orgán musí zvolit režim přezkumu veřejnoprávní smlouvy či režim vrácení dotace, a to zvláště tehdy, může‑li jít o totožné porušení podmínek poskytnutí dotace pouze s odlišným časovým umístěním: v extrémním případě může k porušení podmínek způsobilosti dojít den před uzavřením Dohody nebo den po jejím uzavření, přičemž materiálně jde o stejný typ nesrovnalosti a stejný dopad na rozpočet EU.
Připustit, aby v těchto prakticky totožných situacích běžely diametrálně odlišné prekluzivní režimy (4 roky vs. 10 let), by vedlo k nepřijatelně nahodilým výsledkům založeným jen na procesním „obalu“ a načasování, nikoli na povaze nesrovnalosti a jejích rozpočtových dopadech.
[30] Stěžovatel v obecné rovině neodporuje žalobci, že čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 je „výjimkou“ vyžadující restriktivní výklad, avšak zdůrazňuje, že zde nejde o extenzivní „vytváření“ výjimky soudem, nýbrž o situaci, kdy český zákonodárce výslovně desetiletý rámec stanovil (§ 11a odst. 1 zákona o SZIF). V takové situaci je povinností soudu s tímto normativním rozhodnutím přezkoumatelně vypořádat vztah k čl. 3 nařízení č. 2988/95. Napadený rozsudek tak neučinil.
[31] Stěžovatel dále poukazuje na to, že žalobcem odkazovaná judikatura Tribunálu EU a SDEU řeší odlišnou právní otázku (časové vymezení „poskytnutí podpory“), nikoli výklad pojmu „nesrovnalost“ a běh prekluzivních lhůt pro „stíhání“ ve smyslu čl. 1 a 3 nařízení č. 2988/95. Přenos závěrů z oblasti státní podpory do režimu nařízení č. 2988/95 proto nemůže být automatický a nevede bez dalšího k vyřešení otázky dies a quo v této věci. Nadto žalobce sám v bodě 28 vyjádření uvádí, že uzavřením dohody se nenároková dotace transformuje na podmíněný nárok příjemce na vyplacení při splnění podmínek; tím výslovně potvrzuje, že i při existenci právně závazného aktu jde o režim, v němž konečná realizace výhody závisí na splnění dalších podmínek. To podporuje závěr stěžovatele, že výklad dies a quo je třeba provést v kontextu nařízení č. 2988/95 a skutkové konfigurace, nikoli mechanickým odkazem na judikaturu k „poskytnutí podpory“.
[32] K argumentu žalobce o opožděnosti a účelovosti námitky stran pokračující nesrovnalosti, stěžovatel poukazuje na to, že se nejedná o žádné novum; skutkový základ je od počátku totožný: tvrzená nezpůsobilost žalobce z důvodu střetu zájmů. Otázka, zda jde o nesrovnalost jednorázovou, nebo pokračující, je právní kvalifikací výslovně předvídanou čl. 3 odst. druhým pododstavcem nařízení č. 2988/95.
Jde tedy o aspekt posouzení prekluze, kterou je soud povinen řešit z úřední povinnosti, tedy tuto námitku stěžovatel ani vznášet nemusel. Stěžovatel dodává, že vymezení okamžiku uzavření Dohody jako okamžiku, kdy se nesrovnalost projevila, nevylučuje, že stejná nesrovnalost může mít povahu trvajícího stavu.
[33] Stěžovatel nerozporuje, že samotné zveřejnění prováděcího rozhodnutí Komise (EU) v Úředním věstníku EU nemůže automaticky nahrazovat individuální oznámení každému příjemci; v projednávané věci však žalobce prokazatelně rozhodnutí identifikoval jako relevantní ve vztahu ke svému projektu tím, že je napadl žalobou u Tribunálu. Tato okolnost dokládá, že se rozhodnutí dostalo do jeho sféry a bylo vnímáno jako akt související s šetřenou nesrovnalostí. Stěžovatel závěrem zdůraznil, že stěžejní kasační argumentace (stran vyslovené prekluze) spočívá v posouzení vztahu § 11a zákona o SZIF a čl. 3 odst. 3 nařízení 2988/95 a s tím i související posouzení pokračující nesrovnalosti.
[34] Osoba zúčastněná na řízení ve vyjádření ke kasační stížnosti úvodem odkázala na relevantní předpisy EU, které stanoví obecná pravidla týkající se kontrol, správních opatření a sankcí postihujících nesrovnalosti, z nichž je třeba v případě dotací, které jsou Fondem poskytovány alespoň částečně z rozpočtu EU vycházet. Poukázala na judikaturu SDEU, dle které členské státy mohou v souladu s čl. 3 odst. 3. nařízení č. 2988/95 začít uplatňovat delší prekluzivní lhůty podle čl. 3 odst. 1. nařízení č. 2988/95 (tedy včetně delší prekluzivní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace), a to i v průběhu jejich běhu, pokud ke dni vstupu nové (delší) lhůty v platnost již nejsou dotčené pohledávky prekludovány.
Unijní normotvůrce totiž nezamýšlel sjednotit všechny lhůty použitelné v této oblasti na úrovni členských států. Český zákonodárce možnost uplatňovat delší prekluzivní lhůtu využil, když v § 11a odst. 1 zákona o SZIF; s účinností od 1. listopadu 2017 stanovil, že SZIF zahájí řízení o vrácení dotace nejpozději do deseti (10) let ode dne jejího vyplacení. Tato lhůta tak představuje zákonnou prekluzívní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení dotace.
[35] Osoba zúčastněná na řízení dále s odkazem na četnou judikaturu SDEU poukázala na to, že jakkoliv je na základě čl. 3 odst. 3. nařízení č. 2988/95 ponechána možnost stanovit delší prekluzivní lhůty, které se uplatní v případě nesrovnalosti poškozující finanční zájmy EU, musí takové lhůty dodržovat obecné zásady unijního práva, vč. zásady proporcionality. Dodržování této zásady konkrétně znamená, že uplatnění delší vnitrostátní prekluzívní lhůty podle čl. 3 odst. 3. nařízení č. 2988/95 nesmí zjevně překračovat meze toho, co je nezbytné k dosažení cíle ochrany finančních zájmů EU. Pokud by se použití prekluzívní lhůty podle právního řádu členského státu jevilo jako nepřiměřené z hlediska cíle ochrany finančních zájmů EU, musí být od takové úpravy odhlédnuto a uplatní se obecná prekluzívní lhůta podle nařízení č. 2988/95; viz odst.
[28] rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 18. března 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66. V této souvislosti podotkla, že SDEU ve své rozhodovací praxi mj.
připustil, že uplatnění desetileté prekluzívní lhůty vyplývající u ustanovení vnitrostátního práva za účelem dosažení ochrany finančních zájmů EU není v rozporu se zásadou proporcionality (viz rozsudek SDEU ze dne 17. září 2014 ve věci C-341/13 (Cruz & Companhia Lda v. Instituto de Financiamento da Agricultura e Pescas, body 60-61); z uvedeného lze dovozovat, že prodloužení lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace provedené českým zákonodárcem není v rozporu s principem proporcionality, pročež se uplatní namísto obecné prekluzívní lhůty podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95.
[36] Osoba zúčastněná uvedla, že řízení o vrácení dotace podle § 11a odst. 1 zákona o SZIF bylo zahájeno nepochybně včas (před uplynutím desetileté prekluzivní lhůty) bez ohledu na to, zda za okamžik vzniku nesrovnalosti ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 určující počátek běhu prekluzivní lhůty pro zahájení řízení je třeba považovat okamžik uzavření dohody o poskytnutí dotace (dne 14. 8. 2018) či až okamžik vyplacení dotace žalobci (5. l1. 2018), jak předvídá § 11a odst. 1 zákona o SZIF.
[37] Osoba zúčastněná na řízení podotkla, že SDEU v rámci své rozhodovací praxe konstatoval, že při uplatňování čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 „není namístě rozlišovat mezi správní sankcí a správním opatřením; toto ustanovení se uplatní jak na nesrovnalosti vedoucí k uložení správní sankce ve smyslu čl. 5 téhož nařízení (např. správní pokuty), tak na nesrovnalosti, které jsou předmětem správního opatření ve smyslu článku 4 uvedeného nařízení, jehož cílem je odnětí neoprávněně získané výhody, avšak nevykazuje povahu sankce (viz bod 27 posledně citovaného rozsudku Soudního dvora EU).
Opačný výklad by odporoval systematice […] čl. 3 odst. 1, jehož čtyři pododstavce tvoří jeden celek“. Článek 3 odst. 1 (ve spojení s čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95) musí být v kontextu závěrů SDEU podle názoru osoby zúčastněné na řízení vykládány takovým způsobem, že umožňují členským státům uplatňovat delší prekluzívní lhůtu pro zahájení řízení bez omezení na způsob správního zásahu. Pokud je tedy v případě žalobce jediným možným způsobem odnětí neoprávněně získané výhody (dotace) předchozí zrušení dohody o poskytnutí dotace v přezkumném řízení, je třeba prodloužení prekluzívní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace podle § 11a odst. 1 zákona o SZIF aplikovat i na přezkumné řízení podle § 165 správního řádu, a to přinejmenším v případech, kdy je řízení vedeno za účelem odstranění právního titulu, na jehož základě došlo k neoprávněnému přiznání, resp. vyplacení dotace.
Opačný výklad by totiž vedl k nelogickému závěru, kdy po uplynutí obecné čtyřleté prekluzívní lhůty podle čl. 3 odst. 1. prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 by (za předpokladu, že by do této doby nedošlo k zahájení přezkumného řízení) fakticky prekludovalo také právo Fondu na vrácení neoprávněné dotace. Přestože by totiž Fond byl oprávněn k zahájení řízení o vrácení dotace dle § 11a odst. 1 zákona o SZIF, nebyl by v praxi schopen dotaci získat zpět, neboť by již nemohl dosáhnout zrušení dohody o poskytnutí dotace.
Tento závěr přitom zjevně odporuje úmyslu zákonodárce, který za účelem zajištění účinné ochrany finančních zájmů EU zjevně zamýšlel dosáhnout prodloužení prekluzívní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace, jakož i pro veškeré příp. související procesy, a to jednotně pro všechny druhy dotací poskytovaných Fondem. Přijetí výkladu městského soudu by mělo za následek existenci různých režimů u jednotlivých druhů dotací poskytovaných Fondem z hlediska prekluzívní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace.
To by v konečném důsledku mohlo vést až ke snížení ochrany finančních zájmů EU. S ohledem na nepříliš propracované odůvodnění rozsudku nelze zcela vyloučit, že městský soud odmítl uplatňovat prodlouženou prekluzívní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení dotace dle § 11a odst. 1 zákona o SZIF na základě toho, že za okamžik vzniku nesrovnalosti určující počátek běhu lhůty pro zahájení řízení je třeba považovat okamžik uzavření dohody o poskytnutí dotace (tj. nikoliv okamžik jejího vyplacení, jak předvídá § 11a odst. 1 zákona o SZIF).
Rozdílný názor na určení okamžiku určující počátek běhu prekluzívní lhůty pro zahájení řízení nemůže mít podle názoru osoby zúčastněné na řízení za následek, že se k prodloužení dané lhůty vůbec nebude přihlížet. Takový přístup by bylo třeba považovat za excesivně formalistický.
[38] Pro účely určení počátku běhu prekluzívní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace je však třeba přihlédnout ke specifikům jednotlivých druhů dotací poskytovaných Fondem. V této souvislosti dle osoby zúčastněné na řízení stěžovatel správně upozornil na skutečnost, že v případě dotací poskytovaných Fondem na základě dohody o poskytnutí dotace (vč. dotace poskytnuté žalobci) představuje uzavření dohody „podmíněný titul (expektaci)“. K vyplacení dotace však dochází až po realizaci projektu dotčeným žadatelem o dotaci (vč. úhrady způsobilých výdajů z vlastních zdrojů) a následném schválení žádosti o platbu ze strany Fondu, přičemž Fond je oprávněn při naplnění stanovených podmínek snížit výši dotace až o 100 % a ukončit administraci žádosti.
Nejméně do okamžiku schválení žádosti o platbu ze strany Fondu tedy nedochází (ani k potenciálnímu) poškození rozpočtu EU, pročež nelze hovořit o tom, že by dotace byla „přiznána s konečnou platností“. Vzhledem k uvedenému je podle názoru osoby zúčastněné na řízení třeba za skutečnost určující počátek běhu prekluzívní lhůty pro zahájení řízení třeba považovat nejdříve okamžik schválení žádosti o platbu, k němuž došlo na základě oznámení o výši dotace ze dne 25. října 2018, č. j. SZIF/2018/0618033.
Na základě oznámení o zahájení řízení o vrácení dotace ze dne 9. září 2022, č. j. SZIF/2022/0573554, následně bezpochyby došlo k přerušení prekluzívní lhůty pro zahájení řízení o vrácení dotace dle čl. 3 odst. 1 třetího pododstavce nařízení č. 2988/95. I kdyby se tedy v případě žalobce uplatnila obecná čtyřletá prekluzívní lhůta podle čl. 3 odst. 1. prvního pododstavce nařízení č. 2988/95, nedošlo k jejímu marnému uplynutí. Osoba zúčastněná na řízení a priori poukazuje na to, že § 11a odst.
1 zákona o SZIF stanoví pro počátek běhu prekluzívní lhůty k zahájení řízení o vrácení dotace jako rozhodující okamžik jejího vyplacení. Právě v tomto okamžiku totiž nejpozději dochází ke vzniku nesrovnalosti ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 (tj. k možnému poškození rozpočtu EU). Určení počátku běhu prekluzívní lhůty k zahájení řízení o vrácení dotace podle § 11a odst. 1 zákona o SZIF tedy není v rozporu s čl. 3 odst.1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95, resp. se závěry rozhodovací praxe SDEU.
[39] Závěrem osoba zúčastněná na řízení dodává, že z Prováděcího rozhodnutí Komise ve spojení s všeobecnou známostí o existenci auditního šetření Evropské komise a jeho závěrech vůči Ing. Andreji Babišovi, resp. společnostem z koncernu AGROFERT a.s. lze bez větších potíží identifikovat dotaci dotčenou nesrovnalostí, jakož i skutečnost, že se tato nesrovnalost týká právě žalobce. Uvedené potvrzuje mj. to, že žalobce přistoupil k podání žaloby k SDEU. S přihlédnutím k popsaným specifickým okolnostem projednávané věci dle osoby zúčastněné na řízení Prováděcí rozhodnutí kumulativně splňuje podmínky, aby bylo možné jej považovat za způsobilé k přerušení běhu prekluzívní lhůty pro zahájení řízení podle čl. 3 odst. 1 nařízení 2988/95 (srovnej rozsudek SDEU ze dne 6. října 2015 ve věci C-59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und -export v. Hauptzollamt Hamburg-Jonas, bod 32). Osoba zúčastněná na řízení sdílí kasační námitky stěžovatele a navrhuje napadený rozsudek městského soudu zrušit.
[40] K vyjádření osoby zúčastněné na řízení zaslal žalobce repliku, ve které se ohradil proti tvrzení, že by měl být aplikován § 11a zákona o SZIF, neboť ve věci bylo rozhodováno o přezkumném řízení dle § 165 správního řádu; poukázal na to, že osoba zúčastněná na řízení stejně jako žalovaný napadený rozsudek dezinterpretují; soud nedospěl k závěru, že na řízení o vrácení dotace podle § 11a odst. 1 zákona o SZIF se uplatní obecná 4 letá lhůta dle nařízení č. 2988/95, dospěl k závěru, že tato obecná lhůta dopadá na přezkumné řízení dle správního řádu; dále setrval na své argumentaci v kasační stížnosti stran počátku běhu lhůty a její (ne)přerušení.
[41] Nejvyšší správní soud po konstatování včasnosti kasační stížnosti, jakož i splnění ostatních podmínek řízení posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů, přičemž zkoumal, zda rozsudek městského soudu netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.). Dospěl k závěru, že kasační stížnost je důvodná.
[42] Nejvyšší správní soud předesílá, že právu na spravedlivý proces odpovídá povinnost obecných soudů svá rozhodnutí řádně odůvodnit a v tom rámci se adekvátně, co do myšlenkových konstrukcí racionálně logickým způsobem vypořádat s argumentačními tvrzeními účastníky řízení uplatněnými. Těmto požadavkům však napadený rozsudek městského soudu nedostál.
[43] Soudní řád správní přiznává v § 36 účastníkům řízení rovné postavení, zaručuje jim právo vyjádřit se k předmětu řízení, právo být slyšen a na podporu svých tvrzení právo navrhovat provedení důkazů.
S právem žalovaného (zde stěžovatele) podávat soudu písemná vyjádření musí nedílně souviset povinnost soudu se s argumentací této osoby vypořádat. Bylo-li by tomu opačně, uvedené právo by bylo pouhou „prázdnou schránkou“ bez reciprocity ze strany soudu, čímž by bylo porušeno právo vyjádřit se podle čl. 38 odst. 2 Listiny základních práv a svobod. Není možné, aby se strana žalovaná mohla vyjádřit ve věci samé, aniž by městský soud k tomuto vyjádření přihlédl. Pokud judikatura dovodila, že soudy mají povinnost se náležitě vypořádat s návrhy osob zúčastněných na řízení (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 5.
12. 2017, č. j. 2 As 196/2016-123, rozsudky NSS ze dne 2. 8. 2012, č. j. 4 Ans 1/2012-61, ze dne 18. 6. 2015, č. j. 9 As 294/2014-114, ze dne 28. 5. 2015, č. j. 6 As 173/2014-186, ze dne 16. 3. 2021, č. j. 5 As 168/2018-107;), tím spíše nemohou pominout vyjádření účastníka řízení, nadto obsahuje-li toto vyjádření argumentaci rozhodnou pro posouzení ve věci zásadní otázky, jako je prekluze práva.
[44] Stěžovatel na využití možnosti prodloužení prekluzívní lhůty pro zahájení řízení ve smyslu čl 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 a vnitrostátní úpravu obsaženou v § 11a odst. 1 zákona o SZIF poukazoval jak ve svém rozhodnutí, tak ve vyjádření k žalobě. Městský soud v rámci posouzení délky prekluzívní lhůty pro zahájení přezkumného řízení k této argumentaci při svých úvahách nepřihlédl, aniž by dostatečně přezkoumatelným způsobem odůvodnil, proč má tuto argumentaci za lichou. Konstatoval, že k zahájení přezkumného řízení došlo po uplynutí prekluzívní lhůty, aniž by se s relevantní otázkou vnitrostátní úpravy vypořádal, resp. vypořádal se s ní položením si vlastní otázky [bod 53]: „Je však otázkou, zda mohou členské státy využít svou pravomoc podle čl.
3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 tím způsobem, že přistoupí k uplatňování delší lhůty pro vydání rozhodnutí (ve smyslu čtvrtého pododstavce), aniž by současně uplatňovaly delší lhůtu pro zahájení řízení (ve smyslu prvního pododstavce). Dle městského soudu z judikatury SDEU již jednoznačně nevyplývá, zda mohou členské státy uplatňovat delší lhůtu pro vydání rozhodnutí (ve smyslu čtvrtého pododstavce) nezávisle na lhůtě pro zahájení řízení (dle prvního pododstavce), či zda mohou uplatňovat delší lhůtu pro vydání rozhodnutí s ohledem na formulaci čl.
3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 pouze prostřednictvím prodloužení lhůty pro zahájení řízení (v takovém případě pak činí lhůta pro vydání rozhodnutí dvojnásobek)“. Městský soud poté, aniž by si na tuto otázku odpověděl, uzavřel, že to však není pro posouzení důvodnosti žaloby podstatné, neboť správní orgány v případě žalobce nezahájily řízení o vrácení dotace před uplynutím prekluzívní lhůty.
[45] S ohledem na výše uvedené dospěl městský soud k závěru, že stěžovatel zahájil přezkumné řízení o souladu Dohody s právními předpisy po uplynutí prekluzívní lhůty, proto shledal žalobu důvodnou a napadené rozhodnutí zrušil a jelikož lhůta pro zahájení řízení o povinnosti vrátit dotaci ve smyslu čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 byla dle městského soudu uplynula, zrušil rovněž prvostupňové rozhodnutí.
[46] Rozsudek městského soudu fakticky stojí na neodůvodněném a nepřezkoumatelném závěru, že právo stěžovatele zahájit přezkumné řízení podle § 165 správního bylo prekludováno dle čtyřleté lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95.
[47] Tyto závěry považuje Nejvyšší správní soud za zkratkovité a neodůvodněné. Nelze především přisvědčit městskému soudu, že zodpovězení výše nastolené otázky není pro posouzení žaloby podstatné. Nutno konstatovat, že vyslovené závěry mimo to učinil městský soud předčasně, pokud si a priori nevyřešil, o jakou lhůtu (pro zahájení stíhání) se vlastně jedná a jaká lhůta má být ve věci aplikována, tedy v jakém právním rámci má být zjištěný skutkový stav posuzován. Městský soud bez dalšího zřejmě vycházel z toho, že delší vnitrostátní lhůta stanovená v § 11a zákona o SZIF (10 let) je lhůta odpovídající lhůtě uvedené v pododstavci čtvrtém čl.
3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, tedy lhůtě dvojnásobné. Tato úvaha (kterou Nejvyšší správní soud však pouze dedukuje, neboť z napadeného rozsudku ji nelze seznat), však je mylná. Uvedené nařízení umožňuje v čl. 3 odst. 3 členským státům uplatnit delší lhůtu, než je uvedena v odst. 1 (4 roky) nebo v odst. 2 (3 roky). Lhůta stanovená v pododstavci čtvrtém je logicky odvozena (jakožto dvojnásobek) od lhůty stanovené v pododstavci prvním; jinými slovy, členské státy si nestanoví a ani nemohou stanovit přímo dvojnásobek nějaké lhůty, kterou by si vůbec nejdříve určily.
[48] Otázkou povahy lhůt dle čl. 3 nařízení č. 2988/95 se Nejvyšší správní soud detailně zabýval např. v rozsudku ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, na který soud i v nyní projednávané věci v podrobnostech odkazuje. V citovaném rozsudku mimo jiné uvedl:
„Čl. 3 nařízení č. 2988/95 v sobě obsahuje úpravu prekluzivních lhůt, pokud jde o zahájení řízení o vrácení poskytnuté dotace (odst. 1 první pododstavec), lhůtu pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (odst. 1 čtvrtý pododstavec), jakož i lhůtu pro výkon rozhodnutí o povinnosti vrátit dotaci (odst. 2 první pododstavec). Ze systematiky čl. 3 nařízení č. 2988/95 je zřejmé, že odstavec první jako celek (všechny jeho pododstavce) upravuje prekluzivní lhůty, pokud jde o samotné řízení, jehož výsledkem je vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci (jeho zahájení a ukončení); odstavec druhý pak obsahuje navazující úpravu týkající se prekluzivní lhůty pro výkon rozhodnutí. Oba zmiňované odstavce pak obsahují také vlastní úpravu přerušení a stavení (slovy nařízení pozastavení) prekluzivních lhůt. (…)
Pokud jde o prekluzivní lhůtu pro zahájení řízení, z výše citovaného čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 pro účely nyní projednávané věci vyplývá, že správní orgány mohou zahájit řízení o vrácení poskytnuté dotace do 4 let od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti; odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. Okamžikem, kdy došlo k nesrovnalosti, je nutno v nyní projednávané věci rozumět nejpozději okamžik právní moci rozhodnutí o poskytnutí dotace (27. 6.
2006), neboť nejpozději tímto došlo k porušení právního předpisu Společenství (Evropské unie) vyplývající z jednání stěžovatelky, v důsledku kterého mohl být poškozen souhrnný rozpočet Unie, a to formou neoprávněného výdaje. Jelikož samotné zalesnění půdy proběhlo předtím, než byla stěžovatelce poskytnuta dotace (šlo o poskytnutí dotace ex post), nejpozději právní mocí rozhodnutí o poskytnutí dotace vznikla v důsledku jednání stěžovatelky nesrovnalost mezi plochou deklarovanou k zalesnění a fakticky zalesněnou plochou. (…)
Pokud jde o prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci, tu stanovuje nařízení č. 2988/95 v čl. 3 odst. 1 ve čtvrtém pododstavci jako dvojnásobek lhůty pro zahájení řízení o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci. Jde tedy o dvojnásobek čtyřleté lhůty pro zahájení řízení, nevyužily-li členské státy možnosti uplatňovat lhůtu delší, jak umožňuje odst. 3 čl. 3 citovaného nařízení (viz výše). K povaze lhůty pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci se Soudní dvůr EU vyjádřil v již citovaném rozsudku ve věci Pfeifer & Langen II, když uvedl, že „ze znění i systematiky čl.
3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 vyplývá, že toto ustanovení ve čtvrtém pododstavci stanoví absolutní limit pro promlčení stíhání nesrovnalosti, přičemž toto promlčení nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby stanovené v prvním pododstavci téhož ustanovení, aniž příslušný orgán uložil sankci [rozhodl o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci, pozn. Nejvyššího správního soudu], s výjimkou případů, kdy bylo správní řízení podle čl. 6 odst. 1 tohoto nařízení pozastaveno“; důraz přidán Nejvyšším správním soudem.
Počátek prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí je nutné dle Soudního dvora s ohledem na neexistenci zvláštních pravidel přímo ve čtvrtém pododstavci určit podle předchozích pododstavců (bod 65 rozsudku ve věci Pfeifer & Langen II); lhůta pro vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci tak běží stejně jako lhůta pro zahájení řízení od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti.“
[49] Nejvyšší správní soud podotýká, že městský soud především pochybil, pokud přezkumné řízení vyčlenil z řízení o zahájení stíhání - ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Judikatura SDEU opakovaně dovodila, že pojem stíhání zahrnuje nejen sankční řízení ve smyslu čl. 5 nařízení č. 2988/95, nýbrž i řízení o správním opatření v podobě odnětí neoprávněné výhody ve smyslu čl. 4 téhož nařízení nemající povahu sankce (viz např. rozsudek SDEU ze dne 29. 1. 2009, ve spojených věcech C-278/07 až C-280/07, Josef Vosding Schlacht-, Kühl- und Zerlegebetrieb a další ; rozsudek ze dne 17.
9. 2014, ve věci C-341/13, Cruz & Companhia ; rozsudek ze dne 11. 6. 2015, ve věci C-52/14, Pfeifer & Langen II; rozsudek ze dne 3. 9. 2015, C-383/14, ve věci Sodiaal International; rozsudek ze dne 6. 2. 2025, ve věci C-42/42, Emporikii Serron AE -Emporias kai Diathesis Agrotikon Proionton; též viz rozsudky NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98, ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, či rozsudek ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66).
To ostatně konstatoval ve svém rozsudku i městský soud (nicméně závěry, k nimž následně dospěl, se liší).
[50] V rozsudku ve věci C-383/14, Sodiaal International (bod 26) SDEU výslovně uvedl, že při uplatňování čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 není namístě rozlišovat mezi správní sankcí a správním opatřením; toto ustanovení se uplatní jak na nesrovnalosti vedoucí k uložení správní sankce ve smyslu čl. 5 téhož nařízení (např. správní pokuty), tak na nesrovnalosti, které jsou předmětem správního opatření ve smyslu článku 4 uvedeného nařízení, jehož cílem je odnětí neoprávněně získané výhody, avšak nevykazuje povahu sankce (viz bod 27 posledně citovaného rozsudku Soudního dvora EU). Opačný výklad by odporoval systematice citovaného čl. 3 odst. 1, jehož čtyři pododstavce tvoří jeden celek. Těmto pododstavcům je proto dle Soudního dvora EU potřeba přisuzovat stejný rozsah působnosti tak, aby byla jeho systematika v souladu s obecnou systematikou prekluze zavedenou čl. 3 a cílem nařízení č. 2988/95, kterým je pro tento systém vytvořit koherentní rámec.
[51] Za stíhání nesrovnalosti ve smyslu uvedené unijní úpravy lze považovat také přezkumné řízení u veřejnoprávní smlouvy, o které se jednalo v nyní posuzované věci. Nejedná se sice přímo o řízení o vrácení již poskytnuté dotace (jakožto typické odnětí neoprávněné výhody), zrušením veřejnoprávní smlouvy (k jejímž přezkumu byl stěžovatel předchozím rozsudkem městského soudu zavázán) však došlo k tomu, že stěžovatel pozbyl nárok na vyplacení již přiznané dotace, a to v důsledku existence nesrovnalosti (porušení právního předpisu upravujícího střet zájmů) na základě které došlo k neoprávněnému vyplacení dotace a v důsledku toho k poškození unijního rozpočtu.
V tomto smyslu tak lze přezkumné řízení u veřejnoprávní smlouvy materiálně považovat za řízení směřující k uložení opatření či správní sankce ve smyslu čl. 4 a 5 nařízení 2988/95 (viz rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98). Žalobce z mylného názoru o „vyčlenění“ přezkumného řízení z řízení „hlavního“ (o stíhání, resp. vrácení dotace) vychází též ve své replice k vyjádření osoby zúčastněné na řízení.
[52] Jak vyplývá z čl. 4 nařízení č. 2988/95, „každá nesrovnalost vede zpravidla k odnětí neoprávněně získané výhody.“ Cestou vedoucí k tomuto odnětí (vrácení) je nepochybně i přezkumné řízení. Nelze konstatovat, že v přezkumném řízení je posuzována jiná nesrovnalost (jak dovozuje žalobce ve svém vyjádření a jak zřejmě usuzoval i městský soud). Ostatně není zřejmé, jaká jiná nesrovnalost (než střet zájmů) by měla být posuzována, resp. o jaké jiné nesrovnalosti by mělo být přezkumné řízení (slovy čl.
3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 „stíhání ) zahájeno a vedeno. Přezkumné řízení bylo zahájeno právě a jen z důvodu šetřené nesrovnalosti spočívající v porušení § 4c zákona o střetu zájmů), která vede v konečném důsledku k vrácení dotace. Skutečnost, že došlo ze strany Ing. Andreje Babiše k porušení § 4c zákona o střetu zájmů, byla již opakovaně potvrzena jak Komisí, tak judikaturou NSS i judikaturou Ústavního soudu (viz např. rozsudky NSS ze dne 12. 9. 2025, č. 1 Afs 59/2025-98, ze dne 14. 1. 2025, č. j.
1 Afs 172/2024-59, ze dne 20. 3.
2025, č. j. 10 Afs 269/2024-67, ze dne 31. 10. 2025, č. j. 5 Afs 140/2025-79; srov. Též např. recentní usnesení Ústavního soudu ze dne 11. 3. 2026, sp. zn. II. ÚS 3445/25, kterým byla odmítnuta stížnost proti posledně uvedenému rozsudku pátého senátu; Ústavní soud zde mimo jiné [bod 8] konstatoval: „Nynější věc se týká zrušení dotační smlouvy společnosti ze skupiny AGROFERT pro střet zájmů jejího zakladatele. Věc není ojedinělá, Ústavní soud se obdobnými případy jiných společností z téže skupiny a zastoupených toutéž právní zástupkyní již zabýval. Téměř totožné ústavní stížnosti Ústavní soud jako zjevně neopodstatněné odmítl v usneseních ze dne 17. 12. 2025, sp. zn. IV. ÚS 3359/25 a ze dne 5. 2. 2026 sp. zn. III. ÚS 3444/25.(…).“ V těchto usneseních Ústavní soud uvedl, že nespatřil pochybení ve výkladu pojmu „ovládání“, jímž se dospělo k závěru o faktickém vlivu Andreje Babiše na skupinu AGROFERT.
[53] Nejvyšší správní soud nesdílí závěr městského soudu, že řízení o souladu veřejnoprávní smlouvy s právními předpisy podle § 165 správního řádu ve smyslu eurokonformního výkladu nelze považovat za řízení o vrácení dotace ve smyslu § 11a zákona o SZIF. Sám městský soud v bodě [47] rozsudku uvedl, že ze systematiky čl. 3 nařízení č. 2988/95 je zřejmé, že odstavec první jako celek (všechny jeho pododstavce) upravuje prekluzívní lhůty, pokud jde o samotné řízení, jehož výsledkem je vydání rozhodnutí o povinnosti vrátit poskytnutou dotaci.
Právě k takovému výsledku směřovalo rozhodnutí o nařízení přezkumného řízení; jiný cíl (než vrácení dotace) totiž toto řízení samo o sobě by nemohlo mít, nemělo-li by vést právě k rozhodnutí o vrácení vyplacené dotace. To ostatně konstatoval sám městský soud v rozsudku ze dne 13. 11. 2024, č. j. 8 A 21/2024-140, jímž zrušil vydané rozhodnutí o vrácení dotace s tím, že je třeba nejprve v přezkumném řízení vyslovit nezákonnost Dohody, na jejímž základě k neoprávněné výplatě (unijních) prostředků došlo, teprve poté je možno rozhodnout o vrácení dotace.
Přezkum veřejnoprávní smlouvy tudíž považoval městský soud za „nástroj“ k odstranění nezákonného titulu (Dohody), který umožnil čerpání veřejných prostředků.
[54] Nejvyšší správní soud uzavírá, že v projednávané věci je a priori zásadní pro případné vypořádání ostatních námitek směřujících k určení okamžiku běhu lhůty, jakož i povaze možných ji přerušujících úkonů, postavit najisto, zda přezkumné řízení bylo zahájeno včas, či došlo k prekluzi práva. Zabývat se těmito otázkami je předčasné. Městský soud především posoudí v intencích judikatury SDEU týkající se výkladu čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 českou právní úpravu obsaženou v § 11a zákona o SZIF ve vztahu k čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95; Nejvyšší správní soud v této souvislosti poukazuje na rozsudek NSS ze dne 12. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98, v němž kasační soud nezpochybnil, že zákon o SZIF upravuje vlastní prekluzívní lhůtu pro zahájení řízení o vrácení dotace, kterou stanovuje v § 11a v délce 10 let. Městský soud na půdorysu úvah v uvedeném rozsudku přihlédne přitom zejména k faktu, že v nyní projednávané věci již došlo k vyplacení dotace.
Městský soud při posouzení věci rovněž nepomine judikaturu SDEU týkající se přiměřenosti délky prekluzivní lhůty; přihlédne rovněž k relevanci závěrů SDEU vyslovených k položené předběžné otázce (viz usnesení NSS ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024-52) ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica (především co se týče rozhodného okamžiku pro stanovení lhůty – viz bod 2 výroku rozhodnutí SDEU).
[55] Nejvyšší správní soud připomíná, že otázkou prekluze je správní soud povinen se zabývat z úřední povinnosti (srov. např. nález Ústavního soudu ze dne 26. 2. 2009, sp. zn. I. ÚS 1169/07, N 38/52 SbNU 387); přihlížet musí přitom ke všem zákonným aspektům, které jsou či mohou být pro posouzení prekluze významné. Městský soud hodnotil uplynutí lhůty, aniž by bral v potaz vnitrostátní právní předpis, nadto stanovení jejího počátku dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 posuzoval izolovaně, aniž by přihlížel k jeho pododstavci třetímu, konkr. nebral v potaz v daném případě skutečnosti ze spisu jednoznačně vyplývající svědčící o době trvání (pokračování) šetřené nesrovnalosti (střetu zájmů -§ 4c zákona o střetu zájmů).
[56] Nejvyšší správní soud konstatuje, že nevypořádal-li se městský soud ve svém rozsudku, jímž vyhověl žalobě, s námitkami žalovaného obsaženými ve vyjádření k žalobě, které měly na posouzení věci zásadní vliv, porušil tím § 36 odst. 1 s. ř. s. Chybějící vypořádání zásadních námitek žalovaného má za následek, že napadený rozsudek trpí nedostatkem důvodů rozhodnutí ve smyslu § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. Nejvyšší správní soud současně podotýká, že skutečnost, že se soud výslovně nevypořádá s obsahem vyjádření žalovaného, nemusí vždy automaticky způsobovat nepřezkoumatelnost jeho rozhodnutí, neboť postoj soudu k tvrzením žalovaného může být dostatečně zřejmý z toho, jaké závěry soud učinil ve vztahu k žalobním námitkám; to však není případ rozsudku v projednávané věci.
[57] Podle setrvalé judikatury Ústavního soudu patří povinnost soudů odůvodňovat svá rozhodnutí k základním principům, které představují součást práva na řádný proces podle čl. 36 odst. 1 Listiny základních práv a svobod, jakož i součást pojmu právního státu podle čl. 1 Ústavy České republiky, a vylučují libovůli při rozhodování. Z odůvodnění soudního rozhodnutí musí vyplývat vztah mezi skutkovými zjištěními a úvahami při hodnocení důkazů na straně jedné a právními závěry na straně druhé. Nepřezkoumatelné rozhodnutí neposkytuje dostatečné záruky o tom, že nebylo vydáno v důsledku libovůle a způsobem porušujícím ústavně zaručené právo na spravedlivý proces (srov. nález Ústavního soudu ze dne 20. 6. 1996, sp. zn. III. ÚS 84/94, nález Ústavního soudu ze dne 26. 6. 1997, sp. zn. III. ÚS 94/97, nález Ústavního soudu ze dne 21. 10. 2004, sp. zn. II. ÚS 686/02). Obdobné závěry lze nalézt rovněž v četné judikatuře Nejvyššího správního soudu.
[58] Nejvyšší správní soud, byť by dle obsahu spisu věc sám mohl posoudit, zrušil napadený rozsudek pro nepřezkoumatelnost spočívající v nedostatku důvodů (srov. rozsudek NSS ze dne 23. 6. 2014, č. j. 8 As 27/2013-93).
Opačný postup by mohl vést nepřípustně k překvapivému rozhodnutí; taková rozhodnutí Nejvyšší správní soud stejně jako Ústavní soud setrvale odmítá.
[59] Nejvyšší správní soud shledal kasační stížnost důvodnou, proto napadený rozsudek městského soudu dle § 110 odst. 1 s. ř. s. zrušil a věc vrátil městskému soudu k dalšímu řízení; v něm je vázán právním názorem vysloveným v tomto rozsudku a rovněž bude reflektovat závěry judikatury SDEU týkající se výkladu čl. 3 nařízení č. 2988/95. Městský soud v novém rozsudku rozhodne rovněž o nákladech řízení o kasační stížnosti. P o u č e n í : Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné. V Brně dne 10. dubna 2026 JUDr.
Lenka Matyášová předsedkyně senátu