Použití doktríny esenciálních výdajů nemůže mít v případě daně z přidané hodnoty místo, a to s ohledem na princip nároku na odpočet daně (§ 72 odst. 1 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty). V případě přidané hodnoty totiž nemusí nutně každý náklad představovat přijaté zdanitelné plnění, ze kterého by plynul nárok na odpočet daně, resp. nemusí být nutně na každé uskutečněné zdanitelné plnění vynaloženo přijaté zdanitelné plnění (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 21. 11. 2018, Vădan, C-664/16).
[26] Tvrzení stěžovatele, že by neunesení důkazního břemene ve vztahu k nároku na odpočet daně na vstupu již samo o sobě znamenalo nemožnost stanovení daně dokazováním, Nejvyšší správní soud nepřisvědčil. Skutečnost, že stěžovatel v daném případě neunesl své důkazní břemeno ohledně nároku na odpočet daně na vstupu, nemůže mít automaticky za následek rovněž zpochybnění zdanitelných plnění na výstupu v takové míře, že by nebylo možno stanovit daň dokazováním a bylo nutno stanovit daň pomůckami. Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 25. 2. 2016, čj. 4 Afs 87/2015-35, uvedl: „Pokud tedy daňový subjekt i přes širokou možnost, jak prokázat přijatá zdanitelná plnění, neunesl své důkazní břemeno, musí přijmout následky s tím spojené. Z povinnosti správce daně zároveň v takové situaci nevyplývá, že by měl při stanovení daňové povinnosti krátit odpovídajícím způsobem výši uskutečněných zdanitelných plnění. “ V nyní posuzovaném případě byl stěžovatel správcem daně a žalovaným opakovaně vyzýván k prokázání svého nároku na odpočet daně, na tuto povinnost však stěžovatel rezignoval, proto také nyní musí nést nepříznivé následky spojené s neunesením důkazního břemene, a nikoliv se dožadovat stanovení daně prostřednictvím pomůcek.
[27] Nejvyšší správní soud konstatuje, že zpochybnění přijatých zdanitelných plnění a následné neunesení důkazního břemene stěžovatelem není možno ztotožňovat s nemožností stanovit daň dokazováním, jak uvedl také Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku čj. 5 Afs 55/2012-43. Na rozdíl od stěžovatele se Nejvyšší správní soud nedomnívá, že v důsledku aplikace tohoto rozsudku by měl správce daně volnou ruku k doměřování odpočtů v případech, kdy by nebyla zpochybněna uskutečněná zdanitelná plnění. V tomto svém tvrzení stěžovatel záměrně opomíjí skutečnost, že aby mohlo dojít k doměření daně na základě odepření nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění, musí nejprve dojít k situaci, že daňový subjekt neunese své důkazní břemeno. Tuto skutečnost přitom nelze předpokládat u každého daňového subjektu, neboť ne každý daňový subjekt zcela rezignuje na své povinnosti shodně, jako stěžovatel. Dle Nejvyššího správního soudu veškeré pochybnosti, které vznikly v průběhu daňového řízení, byly zákonným způsobem identifikovány a sděleny stěžovateli, aby je tento mohl odstranit a unést tak své důkazní břemeno; správce daně řádně a dostatečně identifikoval své pochybnosti na základě stěžovatelem předložených dokladů a snažil se o jejich odstranění. Nejvyšší správní soud uzavírá, že skutečnost, že stěžovatel v důsledku své pasivity neunesl důkazní břemeno ve vztahu k prokázání nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění, nemůže být bez dalšího důvodem pro stanovení daně dle pomůcek.
[27] Nejvyšší správní soud konstatuje, že zpochybnění přijatých zdanitelných plnění a následné neunesení důkazního břemene stěžovatelem není možno ztotožňovat s nemožností stanovit daň dokazováním, jak uvedl také Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku čj. 5 Afs 55/2012-43. Na rozdíl od stěžovatele se Nejvyšší správní soud nedomnívá, že v důsledku aplikace tohoto rozsudku by měl správce daně volnou ruku k doměřování odpočtů v případech, kdy by nebyla zpochybněna uskutečněná zdanitelná plnění. V tomto svém tvrzení stěžovatel záměrně opomíjí skutečnost, že aby mohlo dojít k doměření daně na základě odepření nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění, musí nejprve dojít k situaci, že daňový subjekt neunese své důkazní břemeno. Tuto skutečnost přitom nelze předpokládat u každého daňového subjektu, neboť ne každý daňový subjekt zcela rezignuje na své povinnosti shodně, jako stěžovatel. Dle Nejvyššího správního soudu veškeré pochybnosti, které vznikly v průběhu daňového řízení, byly zákonným způsobem identifikovány a sděleny stěžovateli, aby je tento mohl odstranit a unést tak své důkazní břemeno; správce daně řádně a dostatečně identifikoval své pochybnosti na základě stěžovatelem předložených dokladů a snažil se o jejich odstranění. Nejvyšší správní soud uzavírá, že skutečnost, že stěžovatel v důsledku své pasivity neunesl důkazní břemeno ve vztahu k prokázání nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění, nemůže být bez dalšího důvodem pro stanovení daně dle pomůcek.
[28] Pokud se stěžovatel dovolává doktríny esenciálních výdajů, Nejvyšší správní soud konstatuje, že její použití nemůže mít v případě daně z přidané hodnoty místo, a to s ohledem na princip nároku na odpočet daně (viz např. rozsudek NSS ze dne 22. 3. 2023, čj. 6 Afs 214/2022-37, či ze dne 15. 11. 2022, čj. 7 Afs 139/2022-41). Stěžovatelem uváděná myšlenka, že jak zisk, tak DPH jsou rozdílové veličiny, je sice pravdivá, avšak stěžovatel nerozlišuje zásadní skutečnost, že pro vznik nároku na odpočet daně z přijatých zdanitelných plnění je nutno, aby tato přijatá plnění splňovala zákonné požadavky uvedené v § 72 odst. 1 zákona o dani z přidané hodnoty; tímto se zásadně liší přidaná hodnota a zisk, jakkoliv oboje jsou rozdílové veličiny. K dosažení zisku bude vždy potřebné vynaložit určité náklady, kterými jsou právě ony esenciální výdaje. Avšak v případě přidané hodnoty nemusí nutně každý náklad představovat přijaté zdanitelné plnění, ze kterého by stěžovateli plynul nárok na odpočet daně, resp. nemusí být nutně na každé uskutečněné zdanitelné plnění vynaloženo přijaté zdanitelné plnění. Obdobně se vyjádřil rovněž Soudní dvůr ve svém rozsudku ze dne 21. 11. 2018, Vădan, C-664/16: „Vzhledem ke všem předchozím úvahám je třeba na položené otázky odpovědět tak, že směrnice o DPH, a zejména její články 167 a 168, čl. 178 písm. a) a článek 179, jakož i zásady neutrality DPH a proporcionality, musí být vykládány v tom smyslu, že za takových okolností, jako nastaly ve věci v původním řízení, nelze osobě povinné k dani, která není schopna předložením faktur nebo jakýchkoli jiných dokladů prokázat částku DPH, kterou zaplatila na vstupu, přiznat nárok na odpočet DPH pouze na základě odhadu vyplývajícího ze znaleckého posudku, jejž si vyžádal vnitrostátní soud.“ Ve vztahu k tam zmiňovanému znaleckému posudku Soudní dvůr uvedl, že „[…]znalecký posudek [úlohou znalce bylo odhadnout částku odpočitatelné DPH na základě množství uskutečněných prací nebo pracovní síly využité uvedenou osobou povinnou k dani, jež jsou nezbytné k výstavbě budov, které pak tato osoba povinná k dani prodala] by nebyl způsobilý prokázat, že L. H. Vădan skutečně tuto daň zaplatil z plnění uskutečněných na vstupu pro účely výstavby těchto budov “. Jakkoliv se v tomto rozsudku Soudní dvůr vyjadřoval ke znaleckému posudku, mezi stanovením nároku na odpočet daně znaleckým posudkem a za použití esenciálních výdajů není zásadního rozdílu. Správce daně by při použití doktríny esenciálních výdajů de facto postupoval obdobně jako znalec a prostřednictvím srovnávací metody by stanovoval odčitatelnou daň na vstupu porovnáním s obdobnými subjekty, jak požaduje stěžovatel.