7 Afs 117/2025

7 Afs 117/2025- 92 - text  7 Afs 117/2025 - 96 pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

R O Z S U D E K

J M É N E M R E P U B L I K Y

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Milana Podhrázkého, soudce Davida Hipšra a soudkyně Jiřiny Chmelové v právní věci žalobkyně: KOLŠTEJN a.s., se sídlem Zborovská 814/19, Praha 5, zast. JUDr. Pavlem Pohorským, advokátem se sídlem Revoluční 767/25, Praha 1, proti žalovanému: Ministerstvo financí, se sídlem Letenská 525/15, Praha 1, o kasační stížnosti žalobce proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě – pobočky v Olomouci ze dne 13. 5. 2025, č. j. 65 Af 5/2022-147, takto:

I. Kasační stížnost se zamítá. II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení. Odůvodnění:

I. Vymezení věci

[1] Žalobkyně získala dotaci na úhradu způsobilých výdajů vzniklých při realizaci projektu „Rekonstrukce zámku Kolštejn na konferenčně-společenské centrum se stylovým 4* renesančním hotelem“, a to na základě smlouvy o poskytnutí dotace ze dne 16. 11. 2011. Poskytovatel dotace (Regionální rada regionu soudržnosti Střední Morava) jí přislíbil poskytnout finanční podporu v maximální výši 24 667 102,24 Kč (tedy 48,5 % způsobilých výdajů projektu). Fakticky žalobkyni poskytl 22 147 835,30 Kč.

[2] V návaznosti na prověření porušení rozpočtové kázně v rámci uvedeného projektu Úřad Regionální rady regionu soudržnosti Střední Morava (dále „správce daně“) žalobkyni uložil odvod za porušení rozpočtové kázně v rozsahu 100 % poskytnuté dotace. Učinil tak platebním výměrem ze dne 3. 2. 2020, č. j. OKN-PRK 54/2015, podle § 22 zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, ve znění účinném od 20. 2. 2015 (dále „malá rozpočtová pravidla“). Výši odvodu určil odkazem na přílohu č. 2 „Provádění finančních oprav v rámci ROP Střední Morava, verze 2.0“ (dále „pravidla pro výši odvodu“).

Odvod stanovil za porušení rozpočtové kázně jednáním popsaným v části III. platebního výměru spočívajícím konkrétně: (i) v neoprávněném nárokování nezpůsobilých nákladů (dodávky a stavební práce buď nebyly vůbec provedeny, nebo nebyly provedeny dle smluvního rozpočtu); (ii) v nedokončení projektu ve stanoveném termínu; (iii) ve zřízení zástavního práva k dotované nemovitosti bez souhlasu poskytovatele. Žalobkyně se proti rozhodnutí správce daně odvolala, žalovaný ale její odvolání zamítl a pouze ve výrocích změnil některé dílčí údaje (rozhodnutí žalovaného ze dne 5.

5. 2022, č. j. MF-7820/2022/1203-4).

[3] Žalobkyně proti rozhodnutí žalovaného podala žalobu ke Krajskému soudu v Ostravě – pobočce v Olomouci. Ten nejprve žalobě vyhověl a rozhodnutí žalovaného zrušil s tím, že výše odvodu nebyla individuálně odůvodněná a pouhý odkaz na kazuistiku v pravidlech pro výši odvodu nestačí (rozsudek Krajského soudu v Ostravě – pobočky v Olomouci ze dne 30. 1. 2024, č. j. 65 Af 5/2022-107). Tento rozsudek krajského soudu napadl žalovaný kasační stížností. Nejvyšší správní soud jí vyhověl a rozsudek krajského soudu zrušil (rozsudek ze dne 31. 1. 2025, č. j. 8 Afs 76/2024-40). Zavázal v něm krajský soud, aby znovu posoudil otázku přiměřenosti uloženého odvodu.

Správce daně může stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně odkazem na pravidla pro výši odvodu, právě k tomu vytvořená kazuistická metodika slouží. Individuální zdůvodnění je namístě v reakci na konkrétnost námitek příjemce dotace v rámci správního řízení. II. Rozhodnutí krajského soudu

[4] Druhým, v záhlaví označeným rozsudkem, krajský soud žalobu zamítl. Věnoval se v něm procesním vadám v postupu žalovaného, nepřezkoumatelnosti jeho rozhodnutí a přiměřenosti uloženého odvodu. Pro kasační stížnost je stěžejní posledně zmíněná část rozsudku.

[5] Správce daně postupoval, a mohl postupovat, podle pravidel pro výši odvodu. Ty obsahují jednotlivé kategorie porušení dotačních podmínek a přiřazují jim odpovídající sazbu odvodu, sazby jsou odstupňované podle závažnosti pochybení. Porušení (i) a (ii) správce daně posoudil jako „realizaci projektu v zásadním rozporu s předloženou žádostí“, za což pravidla pro výši odvodu umožňují stanovit 100% odvod, porušení (iii) podřadil pod položku „neoprávněně či bez souhlasu poskytovatele dotace zřízené zástavní právo a nebylo ani dodatečně požádáno RR SM o souhlas a dodatečně odsouhlaseno“, za které lze také uložit 100% odvod poskytnuté dotace.

Správce daně se u všech tří porušení držel pravidel pro výši odvodu a 100% odvod uložil. V odvolání žalobkyně brojila jen proti tomu, zda k porušení rozpočtové kázně vůbec došlo, nevěnovala se otázce přiměřenosti. Pokud by snad v nějaké pasáži odvolání přiměřenost odvodu zmínila, pak jen velmi obecně a bez věcného obsahu. Jelikož tedy žalobkyně nepřednesla žádnou argumentaci o přiměřenosti, byl odkaz žalovaného na položky v pravidlech pro výši odvodu v napadeném rozhodnutí dostatečný. Žalovaný nehodnotil možnost korekce odvodu, nicméně takovou povinnost z vlastní iniciativy neměl.

Žalobkyně namítala neoprávněnost odvodu za porušení (iii), protože společně s odvoláním požádala o dodatečné povolení zřízení zástavního práva, nicméně 100% odvod jí mohl být uložený i jen za každé porušení (i) a (ii) samostatně.

III. Obsah kasační stížnosti, vyjádření žalovaného a dalších podání účastníků

[6] Žalobkyně (stěžovatelka) podala proti druhému rozsudku krajského soudu kasační stížnost, kterou vícekrát doplnila. Postupně uplatnila dva okruhy námitek – jednak k otázce přiměřenosti odvodu za porušení rozpočtové kázně, a jednak k prekluzi práva stanovit takový odvod. Kasační stížnost považuje za přípustnou, jelikož vznáší argumenty, které v prvním řízení před Nejvyšším správním soudem přednést nemohla. Také v předchozím řízení nebyla stěžovatelkou, takže se na její kasační stížnost omezení v § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. nevztahuje (k tomu odkázala na usnesení ÚS ze dne 19. 5. 2015, sp. zn. II. ÚS 808/13).

[7] V prvním okruhu námitek stěžovatelka polemizuje se závěry krajského soudu o přiměřenosti uloženého odvodu. Závazný právní názor Nejvyššího správního soudu v dané věci byl nesprávný a předchozí judikaturu vyhodnotil nekomplexním způsobem. Rozsudek NSS ze dne 5. 3. 2024, č. j. 6 Afs 4/2023-80 a nález ÚS ze dne 18. 10. 2023, sp. zn. III. ÚS 1344/23 interpretoval nesprávně.

Judikát šestého senátu popisoval situaci, ve které správce daně uložil odvod jen 25 % a snížil ho oproti 100% odvodu stanovenému v metodice, právě v souladu se zásadou přiměřenosti. Nejvyšší správní soud v prvním rozsudku zcela vynechal některé body rozsudku šestého senátu a aplikoval jej, stejně jako citovaný nález Ústavního soudu, přesně v opačné situaci, než pro kterou byly určeny. Správní orgány ve svých rozhodnutí neučinily žádné úvahy o přiměřenosti odvodu, pouze odůvodnily, proč se jí vůbec nebudou zabývat. Přiměřeností odvodu se však musí zabývat automaticky, ne pouze v reakci na námitky účastníka řízení. Rozhodnutí žalovaného i správce daně jsou v této části nepřezkoumatelné.

[8] Ve druhém okruhu námitek stěžovatelka poukazuje na rozsudek Soudního dvora ze dne 27. 11. 2025, C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica. Podle něj ve věci odvodů za porušení rozpočtové káně nelze použít § 22 odst. 13 malých rozpočtových pravidel, ale čl. 3 odst. 1 nařízení Rady č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství, který stanovuje osmiletou prekluzivní lhůtu. Žalovaný stěžovatelce vytknul tři pochybení a u každého je třeba stanovit počátek běhu prekluzivní lhůty samostatně.

Tímto okamžikem má být jedině vznik primárních nesrovnalostí. Účastníci dotační smlouvu uzavřeli 16. 11. 2011, porušení (i) se stěžovatelka měla dopustit žádostmi o platby ze dne 30. 1. 2012, 30. 10. 2012, 31. 5. 2013, 14. 11. 2013 a 30. 4. 2014. K porušení (ii) došlo uplynutím dne, ke kterému měl být projekt dokončen a nebyl, tedy podle smlouvy 30. 6. 2015. V případě pochybení (iii) počala prekluzivní lhůta běžet dnem zřízení zástavního práva, tedy dne 23. 4. 2015. Žalovaný rozhodnutí vydal 5. 5.

2022, prekludovala se tedy všechna porušení spáchaná před 5. 5. 2014. Tím odpadají všechna pochybení pod bodem (i) a odvod mohl být stanovený jen za pochybení (ii) a (iii). Pak je třeba znovu posoudit přiměřenost uloženého odvodu. Jelikož byl stanoven ve výši 100 %, nemůže nyní obstát.

[9] Žalovaný považuje první okruh kasačních námitek za nepřípustný. I když stěžovatelka nepodala první kasační stížnost, stejně se v té nynější zabývá stejnou právní otázkou, která už byla kasačním soudem řešená. Stěžovatelka se mohla v prvním řízení před Nejvyšším správním soudem vyjádřit, ale neučinila tak. Námitka je nepřípustná i podle § 104 odst. 4 s. ř. s., jelikož nereaguje na to, co zaznělo v rozsudku krajského soudu. I kdyby ale přípustná byla, není důvodná. Krajský soud respektoval závazný právní názor a svůj rozsudek dostatečně odůvodnil. Žalovaný správně podřadil pochybení pod položky sazebníku a stěžovatel v rámci správního ani soudního řízení netvrdil a neprokázal skutečnosti, kvůli kterým by se měl odvod snížit.

[10] Prekluze porušení (i) podle žalovaného nenastala. Každá žádost o platbu představovala opakovanou nesrovnalost podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Jde o soubor podobných operací, které porušují stejná ustanovení nařízení. Prekluzivní lhůta běží v případě opakovaných nesrovnalostí ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila, a tím je den, kdy skončila poslední operace tvořící tutéž opakovanou nesrovnalost.

Nesrovnalost proto skončila až podáním Monitorovací zprávy/hlášení se závěrečnou žádostí o platbu dne 30. 6. 2015, kterou stěžovatelka ve své argumentaci nezmínila. O porušení (i) tedy žalovaná rozhodla v mezích prekluzivní lhůty. Navíc došlo k jejímu přerušení tím, že správce daně prováděl úkony a oznamoval jí je (zpráva o auditu i platební výměr obsahovaly vyčerpávající popis podezřelých operací, a tudíž přerušily běh prekluzivní lhůty). I pokud by ale bylo porušení (i) prekludované, odvod ve výši 100 % obstojí. Podle sazebníku totiž je možné za porušení (ii) a (iii) i samostatně uložit odvod v plné výši.

[11] Stěžovatelka v reakci na vyjádření žalovaného, podle něhož prekluze nenastala, předně uvedla, že v případě zjištěných neoprávněných nároků na proplacení výdajů nejde o pokračující ani opakované nesrovnalosti. Jde o nesrovnalosti samostatné, u nichž se též samostatně počítá běh prekluzivní lhůty. Tomu svědčí jak rozdílný skutkový základ žádostí, tak i judikatura. I kdyby se o samostatné nesrovnalosti nejednalo, prekluzivní lhůta uplynula ještě před vydáním rozhodnutí žalovaného. K porušení rozpočtové kázně dochází až okamžikem, kdy příjemce dotace obdrží prostředky na úhradu nákladů dotčených daným porušením (dle judikatury NSS), resp. ohrožení či poškození rozpočtu Unie, k čemuž nemůže dojít dříve, než je výhoda přiznána s konečnu platností (dle judikatury Soudního dvora).

Pro plynutí prekluzivní lhůty je tak podstatné datum poslední proplacené žádosti stěžovatelky (30. 4. 2014) a nikoliv její poslední žádosti (30. 6. 2015). Ta zůstala neproplacená (proplacení nebylo přiznáno, tedy nedošlo ke vzniku výhody). Liché jsou též jak závěry žalovaného stran existence okolností přerušujících prekluzivní lhůtu (osmiletá lhůta podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 je nepřekročitelná), tak stran hodnocení přiměřenosti uloženého odvodu (žalovaný zde nesprávně interpretuje závěry zrušujícího rozsudku NSS).

IV. Posouzení Nejvyšším správním soudem

[12] Nejvyšší správní soud posoudil kasační stížnost v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a zkoumal přitom, zda napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.). Jde o opakovanou kasační stížnost, která je až na stanovené výjimky nepřípustná. Vzhledem k tomu (a i s přihlédnutím k vyjádření žalovaného) se Nejvyšší správní soud předně zabýval otázkou přípustnosti vznesených námitek (§ 104 s. ř. s. a usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 22. 3. 2011, č. j. 1 As 79/2009-165). Dospěl k závěru, že první okruh kasačních námitek je nepřípustný, druhý je nedůvodný.

[13] Nejvyšší správní soud se předně neztotožnil s tvrzením stěžovatelky, že první kasační stížnost podával žalovaný, nyní ji podává ona (žalobkyně), a proto zde omezení v § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. neplatí (s poukazem na usnesení ÚS ze dne 19. 5. 2015, sp. zn. II. ÚS 808/13, bod 21). Naopak, omezení opakování stejných námitek se uplatní i v takovém případě. Za opakovanou kasační stížnost se považuje každá další kasační stížnost podaná v téže věci vedené u krajského soudu.

Byla-li určitá právní otázka Nejvyšším správním soudem plně vyřešená k předchozí kasační stížnosti někoho jiného, mohou i osoby odlišné od původního stěžovatele k této otázce v následné kasační stížnosti přípustně namítat jen to, že se krajský soud neřídil závazným právním názorem Nejvyššího správního soudu. Omezení dané v § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. se netýká odlišného stěžovatele podávajícího následnou kasační stížnost v případě, že k předchozí kasační stížnosti jiného stěžovatele se určitou námitkou (či právní otázkou) nemohl Nejvyšší správní soud zabývat a nezabýval se jí (nález ÚS ze dne 2. 7. 2019, sp. zn. III. ÚS 926/19, bod 23).

[14] Uvedený závěr platí navzdory odkazovanému usnesení Ústavního soudu, o který svou argumentaci stěžovatelka opírá. V prvé řadě jde „pouze“ o usnesení, kterým není ani sám Ústavní soud vázán a nemá na rozdíl od nálezů precedenční závaznost (za všechny nález ÚS ze dne 13. 11. 2007, sp. zn. IV. ÚS 301/05, bod 89). Proto je namístě následovat (později vydaný) shora citovaný nález, který otázku opakované stížnosti vykládá podrobněji a také obecně závazným způsobem. Současně ale také platí, že i citované usnesení Ústavního soudu lze číst ve stejném duchu, jako následný nález.

Pozdější judikatura totiž pasáž o možnosti opakované kasační stížnosti jiného účastníka řízení (nebo osoby zúčastněné na řízení) vykládá tak, že původně úspěšný účastník kasační stížnost sám nemohl podat a své vyjádření mohl směřovat pouze proti námitkám uplatněným někým jiným v první podané kasační stížnosti. Ustanovení o nepřípustnosti kasační stížnosti zakotvené v § 104 odst. 3 písm. a) s. ř. s. se tedy nepoužije pouze tehdy, pokud poté stěžovatel prezentuje své námitky poprvé a kasační soud se jimi v prvním řízení s ohledem na dispoziční zásadu nezabýval nebo zabývat nemohl (rozsudky NSS ze dne 27.

6. 2019, č. j. 8 Afs 180/2017-55, bod 19; ze dne 20. 10. 2023, č. j. 5 Afs 97/2022-56, bod 24; či ze dne 7. 3. 2024, č. j. 1 Ads 7/2024-39, body 23-24).

[15] První okruh kasačních námitek proto považuje Nejvyšší správní soud za nepřípustný právě pro jejich opakovanost. Stěžovatelka v kasační stížnosti v tomto ohledu v podstatě pouze vyjadřuje nesouhlas s prvním rozsudkem Nejvyššího správního soudu. Výslovně uvádí, že se Nejvyšší správní soud dopustil dezinterpretace předchozí judikatury a snaží se jeho právní názor vyvrátit. Proto i z vyjádření jí samotné je zřejmé, že brojí proti prvnímu, dnes ale již závaznému a neměnnému, rozsudku Nejvyššího správního soudu.

Ten již v tomto prvním rozsudku uzavřel, že správní orgány mohou uložit odvod s odkazem na příslušný sazebník a konkrétní sazbu (bod 17 rozsudku č. j. 8 Afs 76/2024-40). Stejně tak uvedl, že pokud správní orgány použijí sazebník, který už sám v sobě obsahuje posouzení přiměřenosti, není pak jejich úkolem z vlastní iniciativy zjišťovat další důvody přiměřenosti, ale mají tak činit především v návaznosti na argumentaci a konkrétní důvody uplatněné příjemcem dotace (bod 16 téhož rozsudku). Skutečnost, že se stěžovatelka neztotožňuje s právním posouzením věci, ale nemůže založit přípustnost kasační stížnosti, a tudíž nové projednání případu.

[16] Co se týká druhé námitky, ta přípustná je. Jde o námitku možné prekluze práva stanovit odvod za porušení rozpočtové kázně, kterou stěžovatelka uplatnila v návaznosti na nedávný (shora označený) rozsudek Soudního dvora ve věci Mikroregion Porta Bohemica. Právě posun v judikatuře soudů (a senátů), kterými je Nejvyšší správní soud vázán, může být důvodem pro přípustnost opakované kasační stížnosti v daném rozsahu (viz např. Kühn, Z., Kocourek, T., a kol.: Soudní řád správní. Komentář. Praha: Wolters Kluwer ČR, 2019 – komentář k § 104, str. 949). Prekluze představuje současně také potenciální nezákonnost, kterou by se Nejvyšší správní soud musel zabývat i z vlastní iniciativy. Druhá námitka však není důvodná.

[17] Stěžovatelce lze předně přisvědčit v tom, že Soudní dvůr v rozsudku ve věci Mikroregion Porta Bohemica na první položenou předběžnou otázku odpověděl tak, že pokud Česká republika nevyužila možnosti stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95, nemůže pak stanovit prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí, která by byla delší než 8 let (dvojnásobek čtyřleté lhůty). Jinými slovy, nařízení č. 2988/95 stanovuje v čl.

3 odst. 1 dvě prekluzivní lhůty (lze jen upřesnit, že evropská úprava hovoří o promlčecí lhůtě, jde však o lhůtu prekluzivní). Jednak lhůtu pro zahájení stíhání nesrovnalosti (viz první pododstavec tohoto ustanovení), která činí 4 roky od okamžiku, kdy k nesrovnalosti došlo. Dále čl. 3 odst. 1 ve čtvrtém pododstavci stanovuje prekluzivní lhůtu pro vydání rozhodnutí o postihu ze strany příslušného orgánu, která se rovná dvojnásobku lhůty pro zahájení stíhání nesrovnalosti, tj. činí 8 let. Uplynutím této lhůty zaniká právo příslušného orgánu postihnout příjemce dotace za to, že se dopustil nesrovnalosti v souvislosti s čerpáním dotace (viz rozsudky NSS ze dne 10.

2. 2026, č. j. 1 Afs 138/2025-78, bod 26, nebo ze dne 31. 3. 2026, č. j. 10 Afs 82/2024-133, body 26–28). Argumentace stěžovatelky v nyní projednávané věci směřuje právě k této druhé (osmileté) prekluzivní lhůtě.

[18] I ve shora citovaném rozsudku nicméně Soudní dvůr výslovně zmínil právní úpravu zakotvenou v čl. 3 odst. 1 první a druhý pododstavec nařízení č. 2988/95, která se týká opakovaných nebo pokračujících nesrovnalostí (odpověď na druhou předběžnou otázku). To, že prekluzivní lhůta pro vydání rozhodnutí nemůže být delší než 8 let, stanovuje přímo čl. 3 odst. 1 pododstavec čtvrtý nařízení 2988/95. Toto ustanovení nicméně obsahuje i pravidla pro opakování a pokračování v porušování dotačních podmínek. Konkrétně čl. 3 odst. 1 druhý a třetí pododstavec nařízení č. 2988/95 stanoví, že v případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila.

[19] V této souvislosti a v reakci na vyjádření žalovaného k doplnění kasační stížnosti stěžovatelka předně nesouhlasí s tím, že by zjištěné pochybení (i) bylo pokračující či opakovanou nesrovnalostí. K tomu, co je opakovaná či pokračující nesrovnalost se však Soudní dvůr již také vyjádřil.

Je jí je podle něj takové porušení, u kterého subjekt těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, kterými se porušuje stejné ustanovení práva EU (viz rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 1. 2007, C-279/05, Vonk Dairy Products, bod 41 a odpověď na předběžné otázky). Mezi takovými nesrovnalostmi musí být kromě typové podobnosti také časové pojítko. V tomto ohledu judikatura Soudního dvora požaduje pouze to, aby doba mezi jednotlivými nesrovnalostmi nepřesahovala promlčecí dobu stanovenou v čl.

3 odst. 1 prvním pododstavci, tedy čtyřletý rozestup. Z hlediska prekluzivní lhůty pak tyto operace tvoří jednu a tutéž pokračující nebo opakovanou nesrovnalost. Prekluzivní lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 v druhém pododstavci počíná běžet až ode dne, kdy tato celá nesrovnalost skončila. Jinými slovy, počíná běžet až od uskutečnění poslední operace, která v rámci opakované nebo pokračující nesrovnalosti nastane (rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 6. 2015, C-52/14, Pfeifer & Langen, body 62–74).

[20] Porušení (i) představuje podle Nejvyššího správního soudu v nyní projednávané věci právě opakovanou nesrovnalost. Jak již bylo výše uvedeno, spornou nesrovnalost [porušení (i)] zde představují stěžovatelkou podané neoprávněné „žádosti o platbu“ (neoprávněné nárokování proplacení výdajů). Takto je toto porušení vymezeno v napadených rozhodnutích správce daně i žalovaného a takové vymezení je v dané věci určující. Je sice pravdou, že žádosti stěžovatelky byly podávány jednotlivě a z logiky věci nejsou totožné (tedy slovy stěžovatelky mají odlišný „skutkový základ“).

To však neznamená, že uvedené žádosti nemohou být nesrovnalostmi opakovanými. Jak shora citovaný rozsudek Soudního dvora ve věci Vonk Diary Products v této souvislosti mimo jiné zdůraznil, nemůže být rozhodující, že určitá nesrovnalost se týká různých operací (v dané věci „zásilek“), neboť jinak by to podnítilo subjekty k hledání možností vyhnout se použití čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 (bod 42 odkazovaného rozsudku). V tomto ohledu je pak nutno v nyní projednávané věci odkázat na jednoznačný (a v textu zdůrazněný) závěr prvostupňového správního rozhodnutí, který z hlediska zjištěného pochybení (i) mezi jednotlivými žádostmi nerozlišuje.

Naopak souhrnně ve vztahu ke všem podaným žádostem tento závěr spočívá v tom, že „daňový subjekt v rámci předložených žádostí o platbu nárokoval k proplacení … výdaje, které nesplňovaly podmínku způsobilosti výdajů dle pravidel ROP Střední Morava“ (str. 22 platebního výměru). Stejně tak souhrnné (ve vztahu ke všem podaným žádostem) jsou i navazující závěry správce daně týkající se porušení konkrétních ustanovení smlouvy o poskytnutí dotace.

[21] Nejvyšší správní soud nepopírá východisko, podle něhož v případě, že správce daně uložil příjemci dotace povinnost odvodu za porušení rozpočtové kázně za více nesrovnalostí, je třeba určit počátek běhu prekluzivní lhůty pro každou nesrovnalost zvlášť (viz např. rozsudek NSS ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 26). To ostatně není v nynější věci v případě odlišení nesrovnalostí (i), (ii) a (iii) ani sporné.

Jde-li však o dílčí žádosti zohledněné v rámci nesrovnalosti (i), zde je situace jiná. Zjevně zde totiž existuje natolik úzká provázanost mezi jednotlivými (neoprávněnými) žádostmi o platbu, že je za více (samostatných) nesrovnalostí nelze považovat. Tato provázanost je i s ohledem na shora reprodukované závěry správce daně dána jak z hlediska věcného, tak časového. Jinak řečeno (slovy shora citované judikatury Soudního dvora) je zde naplněna jak podmínka podobnosti těchto „operací“, tak podmínka spočívající v porušení téhož právního ustanovení.

Jedná se o žádosti typově podobné. Stěžovatelka se v rámci téhož projektu opakovaně dopouštěla téže nesrovnalosti – žádala o úhradu nezpůsobilých výdajů (k opakovaným nesrovnalostem srov. též rozsudek č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 33). V tomto směru ostatně ani sama stěžovatelka kromě obecné zmínky o „odlišném skutkovém základu“ jednotlivých žádostí nepředestřela nic konkrétního k tomu, proč a na základě čeho by zde bylo nutno přes souhrnné závěry správce daně mezi jednotlivými žádostmi z hlediska posouzení povahy nesrovnalosti rozlišovat.

Pro úplnost pak lze dodat, že závěry stěžovatelkou v této souvislosti zmiňovaného rozsudku NSS ze dne 20. 6. 2014, č. j. 10 Afs 59/2023-38, který se primárně zabývá podáním přiznání k DPH, se týkají otázky (ne)dělitelnosti výroku správního rozhodnutí při jeho zrušení soudem. Rozsudek krajského soudu ze dne 18. 12. 2025, č. j. 65 Af 2/2024-66, na který stěžovatelka v této souvislosti též odkazuje, se pak k otázce opakované (pokračující) nesrovnalosti výslovně nevyjadřuje.

[22] V projednávané věci pak tedy zůstává sporné, kdy v případě porušení (i), které má povahu opakované nesrovnalosti, počala běžet prekluzivní lhůta podle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95. Jak již Nejvyšší správní soud výše vysvětlil, prekluzivní lhůta počíná běžet až od uskutečnění poslední operace, která v rámci opakované nebo pokračující nesrovnalosti nastane (viz bod [20] shora; srov. též rozsudek č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 33). Stěžovatelka v této souvislosti uvádí pět žádostí o platbu (ze dne 30.

1. 2012, 30. 10. 2012, 31. 5. 2013, 14. 11. 2013 a 30. 4. 2014). Z platebního výměru správce daně ovšem vyplývá, že jednání, v němž je spatřováno porušení rozpočtové kázně, se v dané věci týká šesti žádostí (viz např. přehled na str. 4-5 platebního výměru). Spor se s ohledem na datum rozhodnutí žalovaného (5. 5. 2022) konkrétně vede v dané věci o to, zda posuzovaná nesrovnalost skončila až v návaznosti na „Monitorovací zprávu/hlášení se závěrečnou žádostí o platbu“ ze dne 30. 6. 2015, jak se domnívá žalovaný, a tady jeho rozhodnutí bylo vydáno v rámci prekluzivní lhůty.

Podle stěžovatelky však v případě této (závěrečné) žádosti nedošlo ke vzniku žádné výhody ani povinnosti ke zpětnému odvodu (žádost nebyla proplacena, neboť správce daně její proplacení nepřiznal), a rozhodující tak je předchozí žádost podaná 30. 4. 2014.

[23] K této otázce Nejvyšší správní soud předně připomíná, že podle existující judikatury je s ohledem na aplikační přednost nařízení před vnitrostátním právem třeba počátek běhu prekluzivní lhůty odvíjet od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti, tedy od okamžiku, kdy došlo k porušení unijních či vnitrostátních předpisů přispívajících k zajištění řádného řízení projektů financovaných z unijních finančních prostředků a kumulativně došlo k ohrožení či poškození rozpočtu Unie. Pro závěr o nesrovnalosti ve smyslu čl.

1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 tedy postačí pouhá potencialita poškození unijního rozpočtu. Ke vzniku nesrovnalosti není třeba, aby příjemci dotace byly dotační prostředky vyplaceny, stačí, pokud mu byly přiznány (rozsudek č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 26). V tomto ohledu se tedy unijní výklad pojmu „nesrovnalost“ liší od vnitrostátního výkladu, který ke vzniku porušení rozpočtové kázně vyžaduje nejen přiznání, nýbrž též i vyplacení dotace (usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 18. 4. 2017, č. j. 6 Afs 270/2015-48, č. 3579/2017 Sb. NSS, bod 67).

[24] K argumentaci stěžovatelky, podle níž jí v návaznosti na závěrečnou žádost (ze dne 30. 6. 2015) poskytovatel žádné prostředky nepřiznal, Nejvyšší správní soud v prvé řadě uvádí, že smlouva o poskytnutí dotace v dané věci neupravuje institut „přiznání“ prostředků v návaznosti na jednotlivou podanou žádost ani nepředpokládá tomu jinak podobný postup (viz čl. 5 smlouvy označený jako „Zpracování žádostí o platbu a proplácení finančních prostředků“). Smlouva sice předpokládá kontrolu podané žádosti ze strany poskytovatele (mimo jiné včetně možnosti vrácení žádosti k doplnění či opravě).

Pokud však příjemce předloží kompletní a správnou žádost, poskytovatel bez dalšího poskytne požadované prostředky příjemci (čl. 5 bod 5 smlouvy). Již samotné vymezení předmětu smlouvy o poskytnutí dotace pak obsahuje závazek poskytovatele poskytnout dotaci na úhradu způsobilých výdajů (čl. 1 smlouvy). Právě podání (neoprávněných) žádostí o proplacení nákladů představuje v dané věci zjištěné porušení (i) a současně též aktivuje (za splnění předem daných podmínek) platbu smluvně „přiznané“ a předem zajištěné dotace (výhody).

Pokud by soud v nynější věci akceptoval argumentaci stěžovatelky a považoval za přiznání až samotné poskytnutí prostředků (viz shora), popíralo by to ve svém důsledku shora jasně vymezený rozdíl mezi podmínkou spočívající v potencialitě poškození unijního rozpočtu a trváním na podmínce spočívající ve vyplacení prostředků (tyto podmínky by fakticky splynuly). To by pak bylo i v rozporu se samotným čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. Nejvyšší správní soud v této souvislosti opětovně poukazuje na to, že sporná nesrovnalost v nynější věci spočívá v podání (neoprávněné) žádosti o proplacení (nezpůsobilých) nákladů.

Již podání takové žádosti tedy může představovat (a s ohledem na obsah smlouvy a okolnosti projednávané věci i představuje) ohrožení rozpočtu Unie. Lze dodat, že naplnění podmínky spočívající v porušení právního předpisu zde není sporné. Rozhodující v tomto směru není ani to, že stěžovatelka (jak sama zdůrazňuje) žádala o úhradu výdajů ex post.

Podle smlouvy o poskytnutí dotace totiž mohla žádat i o proplacení modifikované platby, tj. proplácení neuhrazených výdajů (čl. 5 bod 7 smlouvy).

[25] Na shora uvedených závěrech pak nic nemění ani odkaz stěžovatelky na rozsudek Soudního dvora ze dne 6. 10. 2015, ve věci C-59/14, Ernst Kollmer. Podle tohoto rozsudku (jeho bodu 32 a nikoliv 24, který stěžovatelka zmiňuje) k poškození ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 dojde až v den, kdy je přijato rozhodnutí o konečném přiznání výhody. Tento závěr se však týká odpovědi Soudního dvora na druhou z předběžných otázek, které byly v dané věci položeny, a vychází z toho, že již došlo k poškození ve smyslu čl.

1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. Toto ustanovení však za nesrovnalost označuje i jednání, v důsledku kterého by mohl být poškozen rozpočet Unie. Stěžovatelkou citovaný závěr týkající se (již shledaného a nesporného) poškození tedy není přenositelný na věc nyní projednávanou. Uvedený rozsudek naopak stvrzuje, že „skutečnost, že došlo k nesrovnalosti, od které začíná běžet promlčecí lhůta, předpokládá splnění dvou podmínek, a sice jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, které představuje porušení unijního právního předpisu, jakož i poškození nebo možného poškození rozpočtu Unie“ (bod 24), přičemž prekluzivní lhůta může běžet i ode dne, kdy „dojde k jednání nebo opomenutí, které představuje porušení unijního práva“ (bod 26).

Takovým jednáním je pak podle Nejvyššího správního soudu právě i podání neoprávněné žádosti o proplacení nákladů.

[26] Nad rámec výše uvedeného Nejvyšší správní soud k argumentaci stěžovatelky, se kterou se s ohledem na výše uvedené nemohl ztotožnit, ještě dodává, že částka 3 662 749,86 Kč, která jí byla vyplacena na základě páté žádosti, jejíž vliv na běh prekluzivní lhůty sama stěžovatelka akceptuje, jí byla poskytnuta (vyplacena) až dne 15. 5. 2014. K jejímu „přiznání“ (ve smyslu stěžovatelčiny argumentace) by tedy také došlo ještě v rámci shora zmíněné osmileté prekluzivní lhůty.

[27] Lze shrnout, že správce daně v dané věci zahájil řízení dne 14. 12. 2016 a jako prvostupňový správní orgán rozhodl dne 3. 2. 2020. Žalovaný pak rozhodl o odvolání stěžovatelky dne 5. 5. 2022 a své rozhodnutí téhož dne doručil stěžovatelce (toto datum je tedy rozhodné pro běh prekluzivní lhůty, viz např. rozsudek č. j. 2 Afs 4/2024-58, bod 36). S ohledem na shora uvedené je pak nutno vyjít z toho, že běh prekluzivní lhůty začal až dnem podání poslední žádosti o platbu (30. 6. 2015); teprve v důsledku tohoto úkonu lze mít za to, že skončila opakující se nesrovnalost (došlo k poslední typově stejné operaci porušující právní předpisy a ohrožující rozpočet EU).

Aniž by tedy bylo nutno zabývat se tím, zda žalovaným odkazované úkony v dané věci běh lhůty mohly přerušit, je zřejmé, že rozhodnutí žalovaného bylo vydáno ještě předtím, než osmiletá prekluzivní lhůta uplynula. Shodný závěr pak lze učinit i ve vztahu (stěžovatelkou nijak nezpochybněné) čtyřleté lhůtě pro zahájení stíhání (řízení).

[28] S ohledem na výše uvedené je pak již nadbytečné zabývat se i otázkou, zda by v dané věci odvod ve výši 100 % obstál i jen za shora popsaná porušení (ii) a (iii). V.

Závěr a náklady řízení

[29] Nejvyšší správní soud s ohledem na výše uvedené kasační stížnost dle § 110 odst. 1 poslední věty s. ř. s. zamítl.

[30] O náhradě nákladů řízení rozhodl v souladu s § 60 odst. 1 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka neměla ve věci úspěch, a nemá proto právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec úřední činnosti nevznikly.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné. V Brně dne 17. dubna 2026 Milan Podhrázký předseda senátu