8 Afs 9/2025- 50 - text
8 Afs 9/2025-55
pokračování
[OBRÁZEK]
ČESKÁ REPUBLIKA
ROZSUDEK
JMÉNEM REPUBLIKY
Nejvyšší správní soud rozhodl v senátu složeném z předsedy Pavla Molka a soudců Lenky Bursíkové (soudkyně zpravodajka) a Petra Mikeše v právní věci žalobkyně: Euro Pool System CZ s. r. o., se sídlem Golčova 486, Praha 4, zast. JUDr. Janou Fuksovou, advokátkou se sídlem Pobřežní 648/1, Praha 8, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 30. 5. 2024, č. j. 17429/24/5300-22442-713383, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 27. 11. 2024, č. j. 8 Af 12/2024-49,
I. Kasační stížnost se zamítá.
II. Žalobkyně nemá právo na náhradu nákladů řízení.
III. Žalovanému se náhrada nákladů řízení nepřiznává.
[1] NSS v této věci řešil otázku, zda správce daně postupoval správně, pokud žalobkyni vyzval k podání dodatečného daňového přiznání a následně jí doměřil daň po provedeném postupu k odstranění pochybností poté, co jí již dříve konkludentně doměřil daň na základě dodatečného daňového přiznání. Zabýval se zejména otázkou, do jaké míry musí správce daně zkoumat při konkludentním doměření daně správnost údajů uvedených v dodatečném daňovém přiznání.
[2] Žalobkyně je českou obchodní společností zaměřující se na poskytování pronájmu vratných obalů (přepravek) a souvisejících služeb v evropském dodavatelském řetězci. Žalobkyně v rámci svého podnikání spolupracuje s množstvím obchodních řetězců, mimo jiné se společností Tesco Stores ČR a.s. (dále jen „Tesco“).
[3] Tesco vystavilo žalobkyni daňový doklad č. 610331501 ze dne 12. 12. 2016 a daňový doklad č. 610335081 ze dne 25. 1. 2017 (oba dále jen „daňové doklady“), z nichž si žalobkyně uplatnila dne 20. 4. 2020 nárok na odpočet daně, a to formou dodatečného daňové přiznání k DPH za zdaňovací období říjen 2019, ve kterém nově uplatnila nárok na odpočet daně ve výši 2 624 121 Kč. Současně žalobkyně podala následné kontrolní hlášení za zdaňovací období říjen 2019. Spolu s dodatečným daňovým přiznáním a následným kontrolním hlášením zaslala žalobkyně Finančnímu úřadu pro hlavní město Prahu (správce daně) průvodní dopis. V něm označila daňové doklady od Tesco jejich číslem, základem daně a výší daně a uvedla, že dodatečné daňové přiznání a následné kontrolní hlášení za říjen 2019 podala z důvodu akruálního reportingu vůči nizozemské mateřské společnosti. Současně vyzvala správce daně k prověření nároku na odpočet z daňových dokladů, pokud nebude s uplatněným nárokem na odpočet souhlasit.
[4] Správce daně na základě dodatečného daňového přiznání vydal dne 1. 6. 2020 (konkludentně) dodatečný platební výměr (dále jen „dodatečný platební výměr 2020“), kterým doměřil daň tvrzenou žalobkyní, tj. ve výši -2 624 121 Kč.
[5] Dne 1. 6. 2022 správce daně zaslal žalobkyni výzvu k podání dodatečného daňového přiznání, protože mu vznikly pochybnosti o oprávněnosti nároku na odpočet daně z výše uvedených daňových dokladů. Podle správce daně žalobkyně uplatnila nárok až po uplynutí lhůty podle § 73 odst. 3 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty (dále jen „zákon o DPH“), ve znění účinném do 31. 12. 2024, která činila 3 roky. Na tuto výzvu žalobkyně reagovala podáním „nulového“ dodatečného daňového přiznání.
[6] Poté správce daně zahájil postup k odstranění pochybností, které nebyly odstraněny. Správce daně proto vydal dne 4. 1. 2023 další dodatečný platební výměr (dále jen „dodatečný platební výměr 2023“), kterým doměřil nárok na odpočet DPH, tak že jej snížil o nárok ve výši dodatečně tvrzené (a původně doměřené) daně. Rozdíl proti poslední známé dani při podání dodatečného daňového přiznání tedy činil 2 624 121 Kč. Současně stanovil žalobkyni povinnost uhradit penále ve výši 524 825 Kč.
[7] Odvolání žalobkyně zamítl žalovaný v záhlaví označeným rozhodnutím a dodatečný platební výměr 2023 potvrdil.
[7] Odvolání žalobkyně zamítl žalovaný v záhlaví označeným rozhodnutím a dodatečný platební výměr 2023 potvrdil.
[8] Žalobkyně podala proti rozhodnutí žalovaného žalobu k Městskému soudu v Praze, který ji v záhlaví označeným rozsudkem zamítl.
[9] Městský soud se ztotožnil s žalovaným, že uplatnění odpočtu znamená, že jej daňový subjekt nárokuje u správce daně v rámci daňového tvrzení, nikoli že si jej pouze započte v rámci „nějakého daňového tvrzení“. Žalobkyně měla nárok na odpočet deklarovat nejpozději do prosince 2019, resp. do ledna 2020. Pokud jej nárokovala až v dodatečném daňovém přiznání v dubnu 2020, učinila tak po lhůtě stanovené v § 73 odst. 3 zákona o DPH. Žalobkyně neuvádí, z jakého důvodu zvolila právě říjen 2019 a jak se tvrzený odpočet váže na toto období. Pokud si žalobkyně vzpomněla na odpočet v říjnu, měla dodatečné daňové přiznání s tímto odpočtem podat v říjnu 2019. Také správce daně je v případě nesprávně stanovené daně oprávněn zahájit daňovou kontrolu a doměřit daň z moci úřední pouze ve lhůtě pro stanovení daně. Na tomto závěru nic nemění ani tvrzení žalobkyně, že výslovně vyzvala správce daně k součinnosti v podobě prověření nároku na odpočet. Ve výzvě totiž nebylo uvedeno datum uskutečněného plnění, ani data daňových dokladů.
[10] Podle městského soudu žalobkyně uplatnila odpočet opožděně. Dodatečné daňové tvrzení podané v roce 2020, na jehož základě vydal správce daně dodatečný platební výměr 2020, bylo tedy nesprávné. Tuto vadu při výběru daní bylo nutno odstranit výzvou k dodatečnému přiznání daně podle § 145 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, následovanou výzvou k odstranění pochybností podle § 89 odst. 1 daňového řádu, nikoli přezkumem rozhodnutí podle § 121 a násl. téhož zákona. To vyplývá ze systematiky daňového řádu. Přezkum přichází v úvahu, jen je-li daňové tvrzení bezvadné. Účelem daňového řádu je vyměření a vybrání daní v souladu se zákonem. Jeho instituty mají vést k tomuto cíli. Výklad žalobkyně by vedl k závěru, že daňové subjekty by mohly podat vždy daňové přiznání s negativní daňovou povinností s doložením jiných listin, ze kterých by vyplýval opak, a pak se dovolávat toho, že je to správce daně, který má zjišťovat daňovou povinnost. Povinností daňového subjektu je správně uvést svou daňovou povinnost. Tomuto výkladu odpovídají i závěry odborné literatury. Pokud byla negativní daň stanovena nesprávně na základě daňových tvrzení žalobkyně, a nikoliv po provedené daňové kontrole, přezkumné řízení nepřichází v úvahu. Naopak nesprávné daňové tvrzení je nutno zhojit právě výzvou k dodatečnému daňovému tvrzení.
[10] Podle městského soudu žalobkyně uplatnila odpočet opožděně. Dodatečné daňové tvrzení podané v roce 2020, na jehož základě vydal správce daně dodatečný platební výměr 2020, bylo tedy nesprávné. Tuto vadu při výběru daní bylo nutno odstranit výzvou k dodatečnému přiznání daně podle § 145 odst. 2 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu, následovanou výzvou k odstranění pochybností podle § 89 odst. 1 daňového řádu, nikoli přezkumem rozhodnutí podle § 121 a násl. téhož zákona. To vyplývá ze systematiky daňového řádu. Přezkum přichází v úvahu, jen je-li daňové tvrzení bezvadné. Účelem daňového řádu je vyměření a vybrání daní v souladu se zákonem. Jeho instituty mají vést k tomuto cíli. Výklad žalobkyně by vedl k závěru, že daňové subjekty by mohly podat vždy daňové přiznání s negativní daňovou povinností s doložením jiných listin, ze kterých by vyplýval opak, a pak se dovolávat toho, že je to správce daně, který má zjišťovat daňovou povinnost. Povinností daňového subjektu je správně uvést svou daňovou povinnost. Tomuto výkladu odpovídají i závěry odborné literatury. Pokud byla negativní daň stanovena nesprávně na základě daňových tvrzení žalobkyně, a nikoliv po provedené daňové kontrole, přezkumné řízení nepřichází v úvahu. Naopak nesprávné daňové tvrzení je nutno zhojit právě výzvou k dodatečnému daňovému tvrzení.
[11] Za nedůvodnou měl městský soud i námitku nesprávně uloženého penále. Vznik penále zapříčinil prvotně chybný postup žalobkyně, která měla odpočet uplatnit ve tříleté zákonné lhůtě. Pokud tzv. „zkusila, zda jí to projde“, musí nést následky toho, že jí to neprošlo. To, že to žalobkyně zkusila, vyplývá právě z průvodního dopisu, ve kterém vysvětluje důvody pro podání dodatečného daňového přiznání, a z následného kontrolního hlášení za říjen 2019, na který se v žalobě odvolává a kterým se snažila přenést svou odpovědnost za správné daňové tvrzení na správce daně. Pokud by měla žalobkyně čisté úmysly, měla v tomto dopise explicitně napsat, že odpočty se týkají plnění uskutečněných v listopadu a prosinci roku 2016, popřípadě k dodatečnému daňovému přiznání tyto daňové doklady přiložit. Proto městský soud shodně se žalovaným uzavřel, že rozsudek NSS ze dne 9. 12. 2015, č. j. 10 Afs 105/2015-44, Hamé, na situaci žalobkyně nelze použít.
II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[11] Za nedůvodnou měl městský soud i námitku nesprávně uloženého penále. Vznik penále zapříčinil prvotně chybný postup žalobkyně, která měla odpočet uplatnit ve tříleté zákonné lhůtě. Pokud tzv. „zkusila, zda jí to projde“, musí nést následky toho, že jí to neprošlo. To, že to žalobkyně zkusila, vyplývá právě z průvodního dopisu, ve kterém vysvětluje důvody pro podání dodatečného daňového přiznání, a z následného kontrolního hlášení za říjen 2019, na který se v žalobě odvolává a kterým se snažila přenést svou odpovědnost za správné daňové tvrzení na správce daně. Pokud by měla žalobkyně čisté úmysly, měla v tomto dopise explicitně napsat, že odpočty se týkají plnění uskutečněných v listopadu a prosinci roku 2016, popřípadě k dodatečnému daňovému přiznání tyto daňové doklady přiložit. Proto městský soud shodně se žalovaným uzavřel, že rozsudek NSS ze dne 9. 12. 2015, č. j. 10 Afs 105/2015-44, Hamé, na situaci žalobkyně nelze použít.
II. Kasační stížnost a vyjádření žalovaného
[12] Žalobkyně (stěžovatelka) v kasační stížnosti předně namítá, že městský soud nevypořádal žalobní argumentaci, podle které správce daně nemohl stěžovatelce zpětně odebrat již jednou uznaný nárok na odpočet DPH, nedošlo-li k žádné změně skutečností, které byly správci daně dříve známé. Podle stěžovatelky správce daně jednal nezákonně, pokud jí nejprve nárok na odpočet uznal, ale následně změnil svůj právní názor, aniž došlo ke zjištění nových skutečností. To nemohlo jít k tíži stěžovatelky. Správce daně nezdůvodnil, proč změnil svůj názor ohledně přiznání nároku na odpočet DPH. Stěžovatelka nesouhlasí s tím, že spor panuje zejména ohledně posouzení lhůty pro uplatnění nároku na odpočet. Součástí posouzení dodatečného daňového přiznání mělo být i ověření splnění podmínek pro uplatnění nároku na odpočet. Již v roce 2020 měl správce daně k dispozici veškeré údaje (včetně data uskutečnění zdanitelných plnění), na jejichž základě mohl posoudit včasnost uplatněného nároku. V roce 2022 správce daně nedisponoval žádnými novými skutečnostmi, které by zdůvodňovaly změnu rozhodnutí z roku 2020. Změna právního názoru takovou skutečností není. Dodatečný platební výměr 2023 porušuje zásadu právní jistoty a nezákonně narušuje stěžovatelčino legitimní očekávání.
[13] Městský soud nespatřoval pochybení ani v tom, že stěžovatelka vyzvala v průvodním dopisu správce daně, aby v případě pochybností o správnosti uplatňovaného nároku na odpočet tento nárok prověřil. Stěžovatelka nezpochybňuje, že daňový subjekt je obecně povinen tvrdit svou daňovou povinnost. Daňové řízení však není založeno na samovyměření bez participace a posouzení daňového tvrzení správcem daně. I tzv. konkludentní vyměření či doměření daně musí ze strany správce daně vždy předcházet posouzení správnosti tvrzené daňové povinnosti.
[13] Městský soud nespatřoval pochybení ani v tom, že stěžovatelka vyzvala v průvodním dopisu správce daně, aby v případě pochybností o správnosti uplatňovaného nároku na odpočet tento nárok prověřil. Stěžovatelka nezpochybňuje, že daňový subjekt je obecně povinen tvrdit svou daňovou povinnost. Daňové řízení však není založeno na samovyměření bez participace a posouzení daňového tvrzení správcem daně. I tzv. konkludentní vyměření či doměření daně musí ze strany správce daně vždy předcházet posouzení správnosti tvrzené daňové povinnosti.
[14] Stěžovatelka nesouhlasí se závěrem městského soudu, že správce daně postupoval správně, pokud nezahájil přezkumné řízení. To slouží k nápravě rozhodnutí, která byla vydána v rozporu s právními předpisy. Správce daně původně přiznal nárok na odpočet na základě rozhodnutí, které později de facto označil za nezákonné. V takové situaci mu daňový řád ukládá zahájit přezkumné řízení. V tomto směru je povinnost správce daně jednoznačná a nemůže být nahrazena jiným postupem (výzvou k „dobrovolné“ změně již uplatněného pravomocně doměřeného nároku na odpočet a následným postupem k odstranění pochybností). Volbou nesprávného postupu správce daně zkrátil stěžovatelku na právech, která by měla v případě přezkumu původního rozhodnutí. Tento nezákonný postup rovněž nemohl prodloužit lhůtu podle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu.
[15] Stěžovatelka nesouhlasí ani s tím, že by nesla primární i sekundární odpovědnost za vznik penále. Vyměření penále nebylo důvodné, protože pochybil správce daně. Penále má motivační a sankční funkci. Pokud správce daně posoudil tutéž skutečnost dvakrát různě a rozdíl mezi poslední známou daní a nově doměřenou daní byl způsoben jednáním správce daně, odporuje uložení penále jeho smyslu a účelu. Ve stěžovatelčině případě bylo možno aplikovat rozsudek Hamé.
[16] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvádí, že městský soud jasně vysvětlil, že pro správné stanovení daně je zásadní lhůta pro stanovení daně, v jejímž rámci může dojít k revizi nesprávně stanovené daně. Touto lhůtou je z důvodu právní jistoty ohraničena možnost správce daně doměřit daň a naopak možnost daňového subjektu daň snížit. Stěžovatelka nemohla důvodně předpokládat, že daň stanovená dodatečným platebním výměrem 2020 je neměnná. Právní moc dodatečného platebního výměru není na překážku doměření daně. To je specifikum daňového řízení. Stěžovatelka v průvodním dopisu neuvedla podstatné informace (datum uskutečnění zdanitelného plnění), z nichž by bylo zřejmé, že daň nebyla tvrzena správně. Stěžovatelka k dodatečnému daňovému přiznání 2020 nepřiložila ani samotné daňové doklady. Apel stěžovatelky na prověření nároku nemůže mít za následek neměnnost stanovené daně. Daňový subjekt nemá úkolovat správce daně tam, kde na první pohled není žádná pochybnost stran tvrzené daně.
[16] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvádí, že městský soud jasně vysvětlil, že pro správné stanovení daně je zásadní lhůta pro stanovení daně, v jejímž rámci může dojít k revizi nesprávně stanovené daně. Touto lhůtou je z důvodu právní jistoty ohraničena možnost správce daně doměřit daň a naopak možnost daňového subjektu daň snížit. Stěžovatelka nemohla důvodně předpokládat, že daň stanovená dodatečným platebním výměrem 2020 je neměnná. Právní moc dodatečného platebního výměru není na překážku doměření daně. To je specifikum daňového řízení. Stěžovatelka v průvodním dopisu neuvedla podstatné informace (datum uskutečnění zdanitelného plnění), z nichž by bylo zřejmé, že daň nebyla tvrzena správně. Stěžovatelka k dodatečnému daňovému přiznání 2020 nepřiložila ani samotné daňové doklady. Apel stěžovatelky na prověření nároku nemůže mít za následek neměnnost stanovené daně. Daňový subjekt nemá úkolovat správce daně tam, kde na první pohled není žádná pochybnost stran tvrzené daně.
[17] Žalovaný souhlasí se stěžovatelkou, že daň je třeba stanovit ve správné výši i v rámci tzv. konkludentního stanovení. Pokud při konkludentním stanovení neměl žádné pochybnosti, a zjistil až později indicie, že daň nemusela být stanovena správně, mohl stěžovatelku vyzvat k podání dodatečného daňového přiznání. Při množství podání, která jsou správci daně měsíčně zasílána, není jiný postup ani myslitelný.
[18] Žalovaný se ztotožňuje s městským soudem, že neměl přistoupit k přezkumu dodatečného platebního výměru 2020 a že správným postupem bylo vydání výzvy k podaní dodatečného daňového přiznání a následně výzvy k odstranění pochybností. Rozhodnutí nebylo nezákonné vlivem změny právního názoru správce daně, jak se snaží naznačit stěžovatelka, ale kvůli opožděnému uplatnění odpočtu. Správce daně tvrzenou daň prověří, pokud mu vzniknou důvodné pochybnosti o správnosti tvrzené daně. V daném případě správce daně původně neměl pochybnosti o správnosti tvrzení uvedených v dodatečném daňovém přiznání podaném v roce 2020. Pokud byla daň stanovena nesprávně kvůli nesprávně tvrzené dani v dodatečném daňovém přiznání, zvolil správce daně zákonný postup. Podmínkou nařízení přezkumného řízení je nezákonnost rozhodnutí. V době vydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání existoval důvodný předpoklad budoucího doměření daně, nikoli jistota (nebylo zřejmé, zda stěžovatelka měla objektivní možnost uplatnit nárok na odpočet včas). Daň byla stanovena v zákonné lhůtě, která skončila dne 25. 11. 2024.
[19] Žalovaný souhlasí též s tím, že vznik penále zapříčinila sama stěžovatelka tím, že prvotně netvrdila daň správně. Stěžovatelka se mohla penále vyhnout, pokud by vyhověla výzvě k podání dodatečného daňového přiznání, uznala svůj nárok jako opožděný a snížila jej. Této možnosti však nevyužila.
III. Posouzení kasační stížnosti
[20] Kasační stížnost není důvodná.
[20] Kasační stížnost není důvodná.
[21] NSS se nejprve zabýval námitkou nepřezkoumatelnosti rozsudku městského soudu. Vlastní přezkum rozhodnutí soudu je totiž možný pouze za předpokladu, že se jedná o rozhodnutí srozumitelné, z jehož odůvodnění je zřejmé, jakými úvahami se soud řídil při hodnocení skutkových i právních otázek a jakým způsobem se vyrovnal s argumenty účastníků řízení. Nepřezkoumatelností je tedy třeba rozumět zejména takovou situaci, kdy soud opomene na námitku účastníka zcela (tedy i implicitně) reagovat (rozsudky NSS ze dne 17. 1. 2013, č. j. 1 Afs 92/2012-45, bod 28, či ze dne 29. 6. 2017, č. j. 2 As 337/2016-64, bod 74). Soudy nemají povinnost vypořádat se s každou dílčí námitkou, pokud proti tvrzení účastníka řízení postaví právní názor, v jehož konkurenci námitky jako celek neobstojí; takový postup shledal ústavně konformním i Ústavní soud (nález ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08, a rozsudky NSS ze dne 12. 3. 2015, č. j. 9 As 221/2014-43, bod 41, nebo ze dne 27. 2. 2019, č. j. 8 Afs 267/2017-38, bod 16). NSS rovněž poznamenává, že nesouhlas s odůvodněním napadeného rozsudku nezakládá jeho nepřezkoumatelnost (viz např. rozsudky NSS ze dne 29. 2. 2024, č. j. 10 As 285/2023-33, bod 22, či ze dne 4. 11. 2025, č. j. 10 As 196/2025-37, bod 14).
[22] Stěžovatelka tvrdí, že napadený rozsudek je nepřezkoumatelný, protože městský soud nevypořádal její argumentaci, podle které správce daně nemohl na základě nezměněných a v minulosti známých skutečností zpětně odebrat přiznaný (doměřený) nárok na odpočet DPH. Podle stěžovatelky se městský soud nezabýval námitkami týkajícími se procesních pochybení správce daně a jejich vlivem na možnost odebrání nároku na odpočet DPH.
[23] S tím NSS nesouhlasí. Městský soud se podstatou žalobní argumentace obsažené v daných námitkách podrobně zabýval zejména v bodech 24 až 37 napadeného rozsudku. Postup správce daně neměl za nezákonný. Zdůraznil, že daňové řízení je postaveno na povinnosti správného vyměření daně na základě správného tvrzení v daňovém přiznání. Stěžovatelka však svou daňovou povinnost tvrdila nesprávně. Pokud na základě těchto nesprávných tvrzení správce daně vydal dodatečný platební výměr, bylo nutno tuto vadu odstranit výzvou k podání dodatečného daňového tvrzení následovanou výzvou k odstranění pochybností, nikoli přezkumem rozhodnutí. Na posouzení zákonnosti postupu správce daně podle městského soudu nic nemění výzva stěžovatelky k součinnosti v podobě prověření dodatečně tvrzeného nároku na odpočet. V této výzvě totiž stěžovatelka neuvedla datum uskutečnění zdanitelného plnění, ani data daňových dokladů. Správce daně sice měl k dispozici následné kontrolní hlášení včetně údajů o daňových dokladech. Smyslem kontrolního hlášení ale je umožnit správci daně získat informace o vybraných transakcích uskutečňovaných plátci a ve spojení s dalšími údaji identifikovat rizikové obchodní řetězce odčerpávající neoprávněně finanční prostředky, nikoliv zjišťovat výši daňové povinnosti.
[23] S tím NSS nesouhlasí. Městský soud se podstatou žalobní argumentace obsažené v daných námitkách podrobně zabýval zejména v bodech 24 až 37 napadeného rozsudku. Postup správce daně neměl za nezákonný. Zdůraznil, že daňové řízení je postaveno na povinnosti správného vyměření daně na základě správného tvrzení v daňovém přiznání. Stěžovatelka však svou daňovou povinnost tvrdila nesprávně. Pokud na základě těchto nesprávných tvrzení správce daně vydal dodatečný platební výměr, bylo nutno tuto vadu odstranit výzvou k podání dodatečného daňového tvrzení následovanou výzvou k odstranění pochybností, nikoli přezkumem rozhodnutí. Na posouzení zákonnosti postupu správce daně podle městského soudu nic nemění výzva stěžovatelky k součinnosti v podobě prověření dodatečně tvrzeného nároku na odpočet. V této výzvě totiž stěžovatelka neuvedla datum uskutečnění zdanitelného plnění, ani data daňových dokladů. Správce daně sice měl k dispozici následné kontrolní hlášení včetně údajů o daňových dokladech. Smyslem kontrolního hlášení ale je umožnit správci daně získat informace o vybraných transakcích uskutečňovaných plátci a ve spojení s dalšími údaji identifikovat rizikové obchodní řetězce odčerpávající neoprávněně finanční prostředky, nikoliv zjišťovat výši daňové povinnosti.
[24] Rozsudek městského soudu tedy je plně přezkoumatelný. Není porušením práva na spravedlivý proces, jestliže soud nebuduje vlastní závěry na podrobné oponentuře a vyvracení každého žalobního tvrzení, pakliže proti nim postaví vlastní ucelený argumentační systém, který logicky vyloží tak, že podpora správnosti těchto závěrů je sama o sobě dostatečná (nález Ústavního soudu ze dne 12. 2. 2009, sp. zn. III. ÚS 989/08, nebo rozsudek NSS ze dne 4. 3. 2015, č. j. 8 Afs 71/2012-161). NSS podotýká, že nepřezkoumatelnost je nutno vyhradit výjimečným situacím a vykládat v jejím skutečném smyslu, tedy jako objektivní nemožnost přezkoumat určité rozhodnutí zejména pro nemožnost zjistit v něm jeho obsah nebo důvody, pro které bylo vydáno (usnesení rozšířeného senátu ze dne 5. 12. 2017, č. j. 2 As 196/2016-123, č. 3668/2018 Sb. NSS). Taková situace v projednávané věci nenastala. Byť na některé konkrétní námitky městský soud nereagoval výslovně, z odůvodnění napadeného rozsudku jako celku lze zjistit, že městský soud považoval procesní postup správce daně za souladný se zákonem. Městský soud dovodil, že správce daně konkludentně daň doměřil na základě nesprávných stěžovatelčiných tvrzení. V takovém případě bylo podle něj namístě vydat výzvu k podání dodatečného daňového přiznání a následně vést postup k odstranění pochybností.
[25] Ostatně sama stěžovatelka s těmito závěry v kasační stížnosti podrobně polemizuje, což by nebylo možné, pokud by nebyly zřejmé důvody, pro které městský soud žalobu zamítl. Námitka nepřezkoumatelnosti je tak spíše výrazem nesouhlasu stěžovatelky s odůvodněním napadeného rozsudku. Zda jsou závěry městského soudu správné, posoudí NSS dále.
[25] Ostatně sama stěžovatelka s těmito závěry v kasační stížnosti podrobně polemizuje, což by nebylo možné, pokud by nebyly zřejmé důvody, pro které městský soud žalobu zamítl. Námitka nepřezkoumatelnosti je tak spíše výrazem nesouhlasu stěžovatelky s odůvodněním napadeného rozsudku. Zda jsou závěry městského soudu správné, posoudí NSS dále.
[26] K podstatě sporu NSS připomíná, že správce daně dodatečným platebním výměrem 2020 doměřil stěžovatelce nárok na odpočet DPH plně v souladu s tím, jak jej tvrdila v dodatečném daňovém přiznání podaném v dubnu 2020. Šlo tedy o tzv. konkludentní doměření daně podle § 144 odst. 1 daňového řádu. Stěžovatelka je toho názoru, že správce daně měl již při tomto doměření zjistit z údajů obsažených v listinách doprovázejících dodatečné daňové přiznání, že nárok na odpočet DPH ze dvou daňových dokladů z roku 2016 stěžovatelka uplatňuje opožděně. Pokud to nezjistil a daň konkludentně doměřil, nemohl dva roky poté stěžovatelku vyzvat k podání dodatečného daňového přiznání a následně jí po provedeném postupu k odstranění pochybností doměřit DPH a stanovit povinnost uhradit penále z doměřené daně, ale měl podle ní vést přezkumné řízení.
[27] NSS souhlasí s městským soudem, že postup správce daně byl v souladu se zákonem.
[28] V daňovém řízení obecně platí tzv. zásada autoaplikace. To znamená, že daňový subjekt při běžném běhu věcí sám svou daň vypočte, podá daňové přiznání a daň zaplatí (usnesení rozšířeného senátu ze dne 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022-44, č. 4670/2025 Sb. NSS, bod 58). To vše činí na vlastní odpovědnost (např. rozsudky NSS ze dne 9. 1. 2013, č. j. 1 Aps 10/2012
20, či ze dne 9. 8. 2022, č. j. 7 Afs 37/2022
22, aj.).
[29] Pokud daňové orgány nemají konkrétní pochybnosti o správnosti tvrzené daňové povinnosti, bez dalšího ověřování vyměří (doměří) daň v souladu s tvrzeními daňového subjektu. V takovém případě je výsledkem nalézacího řízení (vyměřovacího či doměřovacího) vydání „konkludentního“ platebního výměru, v němž se výsledná daň neodchyluje od daně tvrzené daňovým subjektem.
[30] Neodchyluje-li se doměřovaná daň od daně dodatečně tvrzené daňovým subjektem, správce daně nemusí daňovému subjektu výsledek doměření oznamovat dodatečným platebním výměrem; to neplatí, pokud byl zahájen postup k odstranění pochybností. Dodatečný platební výměr správce daně pouze založí do spisu (§ 144 odst. 1 daňového řádu). Fakticky tedy dochází k akceptaci tvrzení uvedených daňovým subjektem.
[31] Naopak má-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, zahájí postup k jejich odstranění (§ 89 odst. 1 daňového řádu). Správce daně může také zahájit za účelem odstranění pochybností daňovou kontrolu (§ 89 odst. 4 daňového řádu). Cílem je správné zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady (§ 1 odst. 2 daňového řádu), a to při dodržení procesních pravidel (usnesení rozšířeného senátu ze 13. 2. 2024, č. j. 8 Afs 296/2020-133, č. 4581/2024 Sb. NSS, body 24 a násl.).
[31] Naopak má-li správce daně konkrétní pochybnosti o správnosti, průkaznosti nebo úplnosti podaného daňového tvrzení nebo jiné písemnosti předložené daňovým subjektem nebo o pravdivosti údajů v nich uvedených, zahájí postup k jejich odstranění (§ 89 odst. 1 daňového řádu). Správce daně může také zahájit za účelem odstranění pochybností daňovou kontrolu (§ 89 odst. 4 daňového řádu). Cílem je správné zjištění a stanovení daní a zabezpečení jejich úhrady (§ 1 odst. 2 daňového řádu), a to při dodržení procesních pravidel (usnesení rozšířeného senátu ze 13. 2. 2024, č. j. 8 Afs 296/2020-133, č. 4581/2024 Sb. NSS, body 24 a násl.).
[32] Judikatura se též opakovaně zabývala povahou konkludentního rozhodnutí o stanovení daně a postupy správce daně při jeho vydání. Vychází obecně z toho, že správce daně v případě konkludentního rozhodování daň žádným způsobem nezkoumá, nehodnotí, neposuzuje zákonnost výše základu daně, daně a jejich právního a skutkového základu. Správce daně v případě konkludentního stanovení daně nevykonává žádnou činnost (aktivitu). Naopak ke stanovení daně dojde bez jakéhokoliv jeho přičinění. Obecně nelze v případě konkludentního rozhodnutí dovozovat, že by tento typ rozhodnutí mohl být stižen nezákonností, ani to, že by ji bylo možno jakkoliv přičítat správci daně (rozsudek NSS ze dne 28. 8. 2014, č. j. 7 Afs 94/2014
53, č. 3260/2015 Sb. NSS). Jinými slovy řečeno, výsledek tohoto typu vyměření daně není odvislý od skutkových a právních úvah správce daně (obdobně též rozsudky NSS ze dne 25. 5. 2016, č. j. 3 Afs 190/2015
73, či ze dne 27. 11. 2019, č. j. 1 Afs 54/2019
25).
[33] Za chybné je proto nutno považovat základní stěžovatelčino východisko, že správce daně při konkludentním doměření daně na základě dodatečného daňového přiznání aplikoval určitý právní názor, který následně změnil (poté, co zjistil, kdy došlo k uskutečnění dotčených zdanitelných plnění). Konkludentní doměření daně totiž nebylo výsledkem žádného skutkového či právního posouzení skutečností tvrzených stěžovatelkou v dodatečném daňovém přiznání, ale výsledkem bezvýhradné akceptace těchto tvrzení ze strany správce daně. Z žádného ustanovení zákona nevyplývá správci daně povinnost provést skutkové a právní posouzení tvrzení obsažených v dodatečném daňovém přiznání. Z toho plyne též to, že konkludentní doměření daně nemohlo u stěžovatelky vyvolat legitimní očekávání v tom směru, že takto stanovená daň již nebude v budoucnu (samozřejmě v rámci běžící prekluzivní lhůty) dále prověřována prostřednictvím kontrolních postupů. Stejně tak nemusel správce daně při vydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání či výzvy k odstranění pochybností vysvětlovat, jaké nové skutečnosti zjistil oproti okamžiku, ke kterému byla daň konkludentně doměřena, neboť se věcně skutkovými a právními otázkami dosud nezabýval.
[33] Za chybné je proto nutno považovat základní stěžovatelčino východisko, že správce daně při konkludentním doměření daně na základě dodatečného daňového přiznání aplikoval určitý právní názor, který následně změnil (poté, co zjistil, kdy došlo k uskutečnění dotčených zdanitelných plnění). Konkludentní doměření daně totiž nebylo výsledkem žádného skutkového či právního posouzení skutečností tvrzených stěžovatelkou v dodatečném daňovém přiznání, ale výsledkem bezvýhradné akceptace těchto tvrzení ze strany správce daně. Z žádného ustanovení zákona nevyplývá správci daně povinnost provést skutkové a právní posouzení tvrzení obsažených v dodatečném daňovém přiznání. Z toho plyne též to, že konkludentní doměření daně nemohlo u stěžovatelky vyvolat legitimní očekávání v tom směru, že takto stanovená daň již nebude v budoucnu (samozřejmě v rámci běžící prekluzivní lhůty) dále prověřována prostřednictvím kontrolních postupů. Stejně tak nemusel správce daně při vydání výzvy k podání dodatečného daňového přiznání či výzvy k odstranění pochybností vysvětlovat, jaké nové skutečnosti zjistil oproti okamžiku, ke kterému byla daň konkludentně doměřena, neboť se věcně skutkovými a právními otázkami dosud nezabýval.
[34] Protože v případě konkludentního rozhodnutí s ohledem na shora citovanou judikaturu nelze obecně hovořit o jeho nezákonnosti (není zde žádné právní ani skutkové posouzení, které by mohlo být nezákonné), je mylný též stěžovatelčin argument, že správce daně měl namísto výzvy k podání dodatečného daňového přiznání podle § 145 odst. 2 daňového řádu a následného postupu k odstranění pochybností podle § 89 téhož zákona zahájit přezkumné řízení (resp. podat podnět k nařízení přezkoumání rozhodnutí podle § 121 odst. 3 daňového řádu). Jak vyplývá z § 121 odst. 1 daňového řádu, přezkumné řízení slouží k nápravě nezákonných rozhodnutí (vydaných v rozporu s právními předpisy). NSS však již výše vysvětlil, že v případě konkludentního rozhodnutí o jeho nezákonnosti nelze obecně vůbec hovořit. Zákonné podmínky pro nařízení jeho přezkoumání tak nebyly naplněny. Naopak, byly naplněny podmínky pro vydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu, která měla vliv na prodloužení prekluzivní lhůty podle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu. Ani tato námitka tedy není důvodná.
[34] Protože v případě konkludentního rozhodnutí s ohledem na shora citovanou judikaturu nelze obecně hovořit o jeho nezákonnosti (není zde žádné právní ani skutkové posouzení, které by mohlo být nezákonné), je mylný též stěžovatelčin argument, že správce daně měl namísto výzvy k podání dodatečného daňového přiznání podle § 145 odst. 2 daňového řádu a následného postupu k odstranění pochybností podle § 89 téhož zákona zahájit přezkumné řízení (resp. podat podnět k nařízení přezkoumání rozhodnutí podle § 121 odst. 3 daňového řádu). Jak vyplývá z § 121 odst. 1 daňového řádu, přezkumné řízení slouží k nápravě nezákonných rozhodnutí (vydaných v rozporu s právními předpisy). NSS však již výše vysvětlil, že v případě konkludentního rozhodnutí o jeho nezákonnosti nelze obecně vůbec hovořit. Zákonné podmínky pro nařízení jeho přezkoumání tak nebyly naplněny. Naopak, byly naplněny podmínky pro vydání výzvy podle § 145 odst. 2 daňového řádu, která měla vliv na prodloužení prekluzivní lhůty podle § 148 odst. 2 písm. a) daňového řádu. Ani tato námitka tedy není důvodná.
[35] Odlišná by byla situace v případě, kdy by správce daně tvrzení daňového subjektu obsažená v dodatečném daňovém přiznání neakceptoval (vznikly by mu pochybnosti ohledně těchto tvrzení), daň by konkludentně nedoměřil a prověřoval by tvrzení v rámci postupu k odstranění pochybností či daňové kontroly. Doměřil-li by daň až na základě výsledku těchto kontrolních postupů, nemohl by již (až na zákonem stanovené výjimky pro opakování daňové kontroly) ohledně téhož nároku na odpočet DPH opětovně vést kontrolní postup, neboť rozhodnutí ohledně konkrétní daňově relevantní skutečnosti vytvořilo překážku věci pravomocně rozhodnuté. Pokud již správce daně jednou určitou obchodní transakci prověřoval a rozhodl o ní, předpokládá se, že při prvním prověřování této okolnosti bylo postupováno s patřičným úsilím, odborností a profesionalitou za účelem zjištění všech podstatných skutečností (rozsudek NSS 18. 11. 2010, č. j. 5 Afs 8/2010-138). Za takové situace by pak skutečně vhodným prostředkem nápravy nezákonného rozhodnutí (které vzešlo z kontrolního postupu) bylo nařízení přezkoumání rozhodnutí. To ale není nynější případ, kdy správce daně daň nejprve doměřil konkludentně.
[36] Je pravdou, že shora citované judikatorní závěry týkající se postupu správce daně při konkludentním stanovení daně byly do jisté míry upřesněny a korigovány v rozsudku Hamé (na který opakovaně upozorňuje stěžovatelka) a v rozsudku ze dne 26. 10. 2017, č. j. 5 Afs 27/2017
45, č. 3646/2017 Sb. NSS, Sev.en EC.
[37] NSS v bodu 18 rozsudku Hamé uvedl, že závěru o tom, zda je možno doměřit daň podle daňového přiznání, musí předcházet úvaha správce daně; nejde o úkon, při kterém by správce daně jen mechanicky převzal údaje tvrzené daňovým subjektem. Zjednodušený způsob vyměření (doměření) daně podle § 144 odst. 1 daňového řádu je možný pouze tam, kde není pochyb o obsahu daňového přiznání a o jeho správnosti.
[37] NSS v bodu 18 rozsudku Hamé uvedl, že závěru o tom, zda je možno doměřit daň podle daňového přiznání, musí předcházet úvaha správce daně; nejde o úkon, při kterém by správce daně jen mechanicky převzal údaje tvrzené daňovým subjektem. Zjednodušený způsob vyměření (doměření) daně podle § 144 odst. 1 daňového řádu je možný pouze tam, kde není pochyb o obsahu daňového přiznání a o jeho správnosti.
[38] Rozsudek Hamé tedy zdůrazňuje skutečnost, že správce daně může konkludentně stanovit daň za předpokladu, že mu na základě podaného daňového tvrzení a dalších předložených listin nevzniknou na první pohled pochybnosti (o obsahu daňového tvrzení a jeho správnosti). V tom je plně v souladu se shora citovanou judikaturou. Na půdorysu konkrétních skutkových okolností daného případu pak NSS v tomto rozsudku za zjevnou chybu, kterou měl správce daně před konkludentním doměřením daně odhalit (a která v něm měla vyvolat pochybnosti), označil situaci, kdy daňový subjekt při vyplňování formuláře nově zjištěnou částku navyšující základ daně omylem odečetl od hodnoty na řádku 40, místo aby ji přičetl. Takto chybně vypočtená částka pak ovlivnila výsledek na dalších řádcích daňového přiznání. Z přílohy dodatečného daňového přiznání bylo zřejmé, že daňový subjekt chtěl zvýšit, nikoli snížit základ daně; způsob vyplnění formuláře byl s tímto jasným úmyslem v rozporu. Jednoduše řečeno, daňový subjekt si jen „popletl znaménka“. Nadto daňový subjekt sám správce daně informoval, že ve formuláři udělal chybu. Za této situace proto NSS dovodil, že správce daně neměl daň doměřit na základě dodatečného daňového přiznání, ale až na základě plánované daňové kontroly u daňového subjektu.
[39] Obdobně v rozsudku Sev.en EC NSS uvedl, že ke stanovení a vyměření daně postupem podle § 140 daňového řádu (tedy konkludentním vyměřením na základě řádného daňového přiznání, pozn. soudu) nemůže správce daně přistoupit automaticky, bez provedení jakékoli úvahy o tom, zda údaje v daňovém přiznání uvedené, respektive vyčíslenou daň, lze bez dalšího akceptovat a vyměřit. NSS zde dále mimo jiné uvedl, že „[p]okud např. daňový subjekt v daňovém přiznání uvede jako příjem ke zdanění půjčku či úvěr či jiný příjem, který není předmětem daně, či uvede příjem od daně osvobozený, který současně zdaní a odvede z takového plnění daň, nelze akceptovat postup správce daně, který bez dalšího takové přiznání, které zjevně obsahuje skutečnosti nezakládající vznik daňové povinnosti, stvrdí postupem dle § 140 daňového řádu a setrvá na tom, že daňový subjekt stíhá zákonná daňová povinnost, a ten po právu uhradil daň. Pokud zákonodárce takový způsob vyměření daně zavedl, je nutno jej aplikovat tak, aby byly šetřeny zásady spravedlivého procesu, zásadu zákonnosti nevyjímaje. Jinými slovy, pokud správce daně podrobí dani příjem, který dani nepodléhá, nebo bez dalšího setrvá na daňovým subjektem odvedené dani z takového plnění, lze konstatovat, že se na vzniku přeplatku podílel.“ (zdůraznění doplněno).
[39] Obdobně v rozsudku Sev.en EC NSS uvedl, že ke stanovení a vyměření daně postupem podle § 140 daňového řádu (tedy konkludentním vyměřením na základě řádného daňového přiznání, pozn. soudu) nemůže správce daně přistoupit automaticky, bez provedení jakékoli úvahy o tom, zda údaje v daňovém přiznání uvedené, respektive vyčíslenou daň, lze bez dalšího akceptovat a vyměřit. NSS zde dále mimo jiné uvedl, že „[p]okud např. daňový subjekt v daňovém přiznání uvede jako příjem ke zdanění půjčku či úvěr či jiný příjem, který není předmětem daně, či uvede příjem od daně osvobozený, který současně zdaní a odvede z takového plnění daň, nelze akceptovat postup správce daně, který bez dalšího takové přiznání, které zjevně obsahuje skutečnosti nezakládající vznik daňové povinnosti, stvrdí postupem dle § 140 daňového řádu a setrvá na tom, že daňový subjekt stíhá zákonná daňová povinnost, a ten po právu uhradil daň. Pokud zákonodárce takový způsob vyměření daně zavedl, je nutno jej aplikovat tak, aby byly šetřeny zásady spravedlivého procesu, zásadu zákonnosti nevyjímaje. Jinými slovy, pokud správce daně podrobí dani příjem, který dani nepodléhá, nebo bez dalšího setrvá na daňovým subjektem odvedené dani z takového plnění, lze konstatovat, že se na vzniku přeplatku podílel.“ (zdůraznění doplněno).
[40] I rozsudek Sev.en EC tedy nemožnost konkludentního stanovení daně váže na situace, kdy daňové tvrzení obsahuje natolik zjevné nesprávnosti, že je lze odhalit bez jakéhokoli hlubšího skutkového či právního posouzení (zde uvedení příjmů zjevně nepodléhajících zdanění). Nadto, jak již NSS upozornil v rozsudku ze dne 25. 7. 2024, č. j. 3 Afs 303/2022-43, rozsudek Sev.en EC se zabýval specifickou problematikou daně darovací, u níž s ohledem na konstrukci daně nebylo možné hovořit o autoaplikaci daňových předpisů. Vyšší odpovědnost za řádné vyčíslení výše daně darovací nesl správce daně především proto, že to byl právě on, kdo jako jediný daň vypočítával. Vyměření i doměření daně dle § 18 zákona č. 357/1992 Sb., o dani dědické, dani darovací a dani z převodu nemovitostí, bylo totiž výjimkou z pravidla stanovení daně na základě tzv. autoaplikace. Tuto odlišnost je třeba mít při aplikaci závěrů tohoto rozsudku vždy na paměti.
[41] V bodu 24 rozsudku č. j. 3 Afs 303/2022-43 pak NSS zdůraznil, že ne každé akceptování vadně tvrzené daně nutně představuje relevantní pochybení ze strany správce daně. Aby správcem daně akceptovaná vada uvedená v podaném daňovém přiznání mohla být v tomto ohledu relevantní, musela by být prima vista zjevná.
[42] Závěry obou těchto rozsudků je tedy nutno vykládat tak, že konkludentně stanovit daň nebude možné tehdy, obsahuje-li daňové tvrzení na první pohled (prima vista) zcela zjevné a jednoduše odhalitelné nesprávnosti či chyby takového rázu, které by měl správce daně bez nutnosti jakéhokoli podrobnějšímu zkoumání či právního posouzení odhalit (typicky zjevná chyba v počtech, zdanění příjmů od daně zjevně osvobozených apod.).
[43] Ač se stěžovatelka snaží tvrdit, že o takovou situaci šlo i v jejím případě, NSS s ní nesouhlasí.
[43] Ač se stěžovatelka snaží tvrdit, že o takovou situaci šlo i v jejím případě, NSS s ní nesouhlasí.
[44] Spolu s dodatečným daňovým přiznáním předložila správci daně průvodní dopis, v němž jako důvod pro dodatečné uplatnění nároku na odpočet ze dvou daňových dokladů obecně uvedla jen „akruální reporting vůči nizozemské mateřské společnosti“. Odkázala na následné kontrolní hlášení za říjen 2019 a dva daňové doklady, z nichž dodatečně nárokovala odpočet na DPH, které označila jen jejich číslem a uvedením základu daně a výše daně. Neuvedla žádné údaje, ze kterých by bylo možno byť implicitně odvodit, kdy jí na základě těchto daňových dokladů vznikl nárok na odpočet, a kdy tedy začala běžet lhůta pro uplatnění nároku na odpočet podle § 73 odst. 3 zákona o DPH. Respektive se mohlo zdát, že k uskutečnění daných plnění mohlo dojít v říjnu 2019, a právě proto je podáváno dodatečné daňové přiznání za toto období. Ani její apel v průvodním dopise, aby správce daně v případě, že mu vyvstanou pochybnosti o správnosti jejího postupu, zahájil postup k odstranění pochybností, není skutečností, která by správci daně měla bránit v konkludentním doměření daně. Případné pochybnosti by totiž mohly být důsledkem podrobnějšího zkoumání skutečností, které se na základě dodatečného přiznání, průvodního dopisu ani následného kontrolního hlášení na první pohled spornými zdát nemusely (a nebyly zcela zjevnou chybou či nesprávností ve smyslu shora uvedené judikatury, ale vyžadovaly již právní úvahu založenou na zkoumání konkrétních okolností).
[45] Pokud stěžovatelka opakovaně zdůrazňuje, že údaj o datu uskutečnění zdanitelných plnění podle dotčených daňových dokladů i datum jejich vydání vyplývaly z následného kontrolního hlášení (jeho podrobného výpisu), je nutno zdůraznit, že podrobný výpis následného kontrolního hlášení čítá celkem devatenáct stran a obsahuje údaje o stovkách zdanitelných plnění. Za takové situace nebylo povinností správce daně „párovat“ tvrzení uvedená v průvodním dopisu, v němž stěžovatelka uvedla pouze čísla faktur, s údaji v následném kontrolním hlášení a ověřovat, kdy došlo k uskutečnění zdanitelných plnění, na jejichž základě si stěžovatelka nárokovala nárok na odpočet, a uvážit již v této chvíli, zda tento nárok uplatňuje včas. To přesahuje judikaturou vymezené hranice hrubého posouzení dodatečného daňového tvrzení, které by se mělo omezit na odhalení skutečně jen zjevných nesprávností a chyb.
[45] Pokud stěžovatelka opakovaně zdůrazňuje, že údaj o datu uskutečnění zdanitelných plnění podle dotčených daňových dokladů i datum jejich vydání vyplývaly z následného kontrolního hlášení (jeho podrobného výpisu), je nutno zdůraznit, že podrobný výpis následného kontrolního hlášení čítá celkem devatenáct stran a obsahuje údaje o stovkách zdanitelných plnění. Za takové situace nebylo povinností správce daně „párovat“ tvrzení uvedená v průvodním dopisu, v němž stěžovatelka uvedla pouze čísla faktur, s údaji v následném kontrolním hlášení a ověřovat, kdy došlo k uskutečnění zdanitelných plnění, na jejichž základě si stěžovatelka nárokovala nárok na odpočet, a uvážit již v této chvíli, zda tento nárok uplatňuje včas. To přesahuje judikaturou vymezené hranice hrubého posouzení dodatečného daňového tvrzení, které by se mělo omezit na odhalení skutečně jen zjevných nesprávností a chyb.
[46] Přistoupením na stěžovatelčin požadavek, aby správce daně takto podrobně prověřoval správnost nárokovaného odpočtu, by byla popřena zmíněná zásada autoaplikace a fakticky paralyzována činnost daňových orgánů, které by již ve fázi konkludentního stanovení daně měly provádět podrobnou analýzu skutečností tvrzených daňovými subjekty. NSS nezpochybňuje stěžovatelčino tvrzení, že „primárním účelem kontrolních hlášení je ověření plnění daňových povinností“ (rozsudek NSS ze dne 20. 10. 2021, č. j. 1 Afs 423/2020-35, č. 4274/2022 Sb. NSS, na který poukazuje stěžovatelka). To ale nelze vykládat tak, že předložením (následného) kontrolního hlášení nastupuje automaticky povinnost správce daně podrobně prozkoumávat údaje uvedené v kontrolním hlášení a porovnávat je s tím, co je tvrzeno v (dodatečném) daňovém přiznání předtím, než konkludentně stanoví daň.
[47] S ohledem na shora uvedené není důvodná ani námitka, podle které neměl správce daně stanovit zákonnou povinnost hradit penále z doměřené daně. Povinnost uhradit penále vzniká daňovému subjektu podle daňového řádu [§ 251 odst. 1 písm. b)] ze zákona (Daňovému subjektu vzniká povinnost uhradit penále z částky doměřené daně tak, jak byla stanovena oproti poslední známé dani, ve výši 20 %, je-li snižován daňový odpočet). Zákon stanoví i jeho přesnou výši, na kterou správce daně nemá vliv. Jak soud vysvětlil výše, správce daně se v nyní posuzované věci svým postupem nijak nepodílel na vzniku rozdílu mezi poslední známou (v roce 2020 dodatečně doměřenou) a doměřenou daní (v roce 2023). Nelze tedy uvažovat ani o analogické aplikaci závěrů rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 19. 8. 2014, č. j. 22 Af 105/2012-36, č. 3154/2015 Sb. NSS, který řešil vliv nesprávného úředního postupu správce daně na výpočet pokuty podle § 250 odst. 1 daňového řádu.
[47] S ohledem na shora uvedené není důvodná ani námitka, podle které neměl správce daně stanovit zákonnou povinnost hradit penále z doměřené daně. Povinnost uhradit penále vzniká daňovému subjektu podle daňového řádu [§ 251 odst. 1 písm. b)] ze zákona (Daňovému subjektu vzniká povinnost uhradit penále z částky doměřené daně tak, jak byla stanovena oproti poslední známé dani, ve výši 20 %, je-li snižován daňový odpočet). Zákon stanoví i jeho přesnou výši, na kterou správce daně nemá vliv. Jak soud vysvětlil výše, správce daně se v nyní posuzované věci svým postupem nijak nepodílel na vzniku rozdílu mezi poslední známou (v roce 2020 dodatečně doměřenou) a doměřenou daní (v roce 2023). Nelze tedy uvažovat ani o analogické aplikaci závěrů rozsudku Krajského soudu v Ostravě ze dne 19. 8. 2014, č. j. 22 Af 105/2012-36, č. 3154/2015 Sb. NSS, který řešil vliv nesprávného úředního postupu správce daně na výpočet pokuty podle § 250 odst. 1 daňového řádu.
[48] V bodu 26 rozsudku Hamé NSS sice vyslovil, že „stanovenou daní“ ve smyslu § 144 daňového řádu může být jen daň stanovená na základě srozumitelného a vážného daňového tvrzení, které správce daně podrobí alespoň základní revizi, než je přijme za své. Ve stěžovatelčině případě bylo její dodatečné daňové přiznání srozumitelné a vážné, prosté zjevných chyb či omylů nebo vnitřních rozporů, které by měl správce daně na první pohled odhalit. Neotevřel se zde proto judikaturou připuštěný prostor pro následné doměření daně bez stanovení zákonné povinnosti hradit penále (bod 28 rozsudku Hamé). Ostatně, jak správně poukázal žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti, stěžovatelka se mohla povinnosti platit penále vyhnout reakcí na výzvu k podání dodatečného daňového přiznání podáním tohoto přiznání, v němž by původně nárokovaný odpočet dobrovolně snížila.
IV. Závěr a náklady řízení
[49] NSS dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná, proto ji podle § 110 odst. 1 věty poslední s. ř. s. zamítl.
[50] O náhradě nákladů řízení rozhodl podle § 60 odst. 1 věty první ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka v řízení úspěch neměla, a proto nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti žádné náklady nad rámec jeho běžné úřední činnosti nevznikly. NSS mu proto náhradu nákladů řízení nepřiznal.
P o u č e n í: Proti tomuto rozsudku n e j s o u opravné prostředky přípustné.
V Brně 22. ledna 2026
Pavel Molek
předseda senátu