I. Skutečnost, že správce daně stanovil a vyměřil daň postupem dle § 140 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu (aniž by daňovému subjektu oznámil výsledek vyměření daně platebním výměrem), sama o sobě nevylučuje následnou možnou aplikaci § 254 odst. 1 téhož zákona (přiznání úroku z neoprávněného jednání správce daně daňovému subjektu). II. Vyměřovací (§ 135 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu) a doměřovací řízení (§ 141 a násl. uvedeného zákona) nelze považovat za samostatná a oddělená dílčí řízení s odlišným předmětem; z hlediska § 1 odst. 2 téhož zákona tvoří jeden celek, tj. jedno nalézací daňové řízení, jehož cílem je správné stanovení daně. III. Specifická povaha nástrojů, kterými daňový řád připouští možnost změny (zrušení) daně (§ 141 a § 143 zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu), neznamená, že v důsledku jejich použití se nemůže jednat o změnu rozhodnutí o stanovení daně ve smyslu § 254 téhož zákona.
[35] Daňová povinnost je specifickým druhem určité právní povinnosti, která má svůj základ v hmotněprávním předpise (daňová povinnost vzniká např. okamžikem převodu, prodeje, dosažením příjmu atd.). Má svůj aspekt jak v rovině nalézací (daň tvrdit), tak i v rovině platební (daň zaplatit). Daňová povinnost tedy obecně vzniká okamžikem, kdy nastaly skutečnosti, které jsou podle zákona předmětem daně, nebo skutečnosti tuto povinnost zakládající. Daň je oproti tomu částka číselně odrážející daňovou povinnost, kterou je povinen daňový subjekt odvést do veřejného rozpočtu. Aby mohla být daň vyměřena, je nutno ji nejdříve stanovit. Kromě daně stanovené zná daňový řád ještě termín tvrzená daň, tj. daň, kterou uvedl daňový subjekt v daňovém přiznání. Z hlediska časové posloupnosti lze hovořit tedy o dani tvrzené – stanovené – vyměřené (dále popř. doměřené). Ke stanovení daně dochází v rámci nalézacího řízení, jehož výsledkem je vždy vydání rozhodnutí, tj. platebního výměru. Jak již bylo uvedeno výše, za správné stanovení daně je odpovědný správce daně; pouze správce daně, nikoli daňový subjekt, je rovněž tím, kdo je nadán veřejnou mocí autoritativně daň (v zákonné výši) vyměřit. Na tom nic nemění ani povinnost, kterou daňový řád v § 135 odst. 2 daňovému subjektu ukládá: „Daňový subjekt je povinen v řádném daňovém tvrzení sám vyčíslit daň a uvést předepsané údaje, jakož i další okolnosti rozhodné pro vyměření daně.“ Pokud tak daňový subjekt neučiní, nelze vinit správce daně ze vzniku případného přeplatku, a podmínky pro postup dle § 254 daňového řádu zpravidla nebudou naplněny.
[36] Vyměření daně je úkon správce daně, kterým je stvrzen základ daně a vyčíslena daň, popřípadě daňový odpočet, daňová ztráta či jiný způsob zdanění. Rozhodnutím (platebním výměrem) správce daně buď akceptuje tvrzení daňového subjektu v případě, že dospěje ke zjištění, že toto tvrzení odpovídá podle míry poznání v daném okamžiku jeho skutečné daňové povinnosti, anebo pokud na základě provedených zjištění správce daně zjistí, že tvrzená daň neodpovídá daňové povinnosti daného daňového subjektu, stanoví výslednou daň odlišně.
[37] Podle § 140 odst. 1 daňového řádu „[n]eodchyluje-li se vyměřovaná daň od daně tvrzené daňovým subjektem, správce daně nemusí daňovému subjektu výsledek vyměření oznamovat platebním výměrem; to neplatí, pokud byl zahájen postup k odstranění pochybností. Platební výměr správce daně založí do spisu.“ Podle odstavce 2 „[z]a den doručení platebního výměru daňovému subjektu se považuje poslední den lhůty pro podání daňového přiznání nebo vyúčtování, a bylo-li daňové přiznání nebo vyúčtování podáno opožděně, den, kdy došlo správci daně“. Daňový řád tedy zachovává obdobu tzv. „konkludentního“ vyměření daně pro případ, kdy správce daně akceptuje daň tvrzenou daňovým subjektem (viz dříve § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků). Nadále platí, že nemusí v takovém případě zasílat daňovému subjektu platební výměr, musí jej však již vždy vyhotovit.
[37] Podle § 140 odst. 1 daňového řádu „[n]eodchyluje-li se vyměřovaná daň od daně tvrzené daňovým subjektem, správce daně nemusí daňovému subjektu výsledek vyměření oznamovat platebním výměrem; to neplatí, pokud byl zahájen postup k odstranění pochybností. Platební výměr správce daně založí do spisu.“ Podle odstavce 2 „[z]a den doručení platebního výměru daňovému subjektu se považuje poslední den lhůty pro podání daňového přiznání nebo vyúčtování, a bylo-li daňové přiznání nebo vyúčtování podáno opožděně, den, kdy došlo správci daně“. Daňový řád tedy zachovává obdobu tzv. „konkludentního“ vyměření daně pro případ, kdy správce daně akceptuje daň tvrzenou daňovým subjektem (viz dříve § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků). Nadále platí, že nemusí v takovém případě zasílat daňovému subjektu platební výměr, musí jej však již vždy vyhotovit.
[38] Nejvyšší správní soud k otázce konkludentního vyměření a aplikaci § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků v rozsudku ze dne 25. 6. 2008, čj. 5 Afs 3/2008-81, mimo jiné konstatoval: „Konkludentnímu vyměření, resp. závěru o tom, zda se vyměřená daň odchyluje od daně uvedené v přiznání, či nikoli, musí totiž předcházet právě úvaha správce daně. Stav obdobný fikci je podmíněn kvalifikovaným konáním či nekonáním správce daně.“ V usnesení rozšířeného senátu ze dne 27. 7. 2010, čj. 5 Afs 92/2008–147, č. 2137/2010 Sb. NSS, Nejvyšší správní soud dále uvedl: „S ohledem na ekonomii a rychlost daňového řízení je zcela legitimní, aby zákon umožňoval pravidelně vyměřovat daň jen na základě daňového přiznání a bez vydání formálního rozhodnutí správcem daně a aby zároveň v podobě možnosti uplatnění kontrolních postupů za zákonem stanovených podmínek existovaly prostředky, jimiž správce daně ověří, že daňový subjekt svoji povinnost splnil řádně, a které již jen svojí samotnou existencí budou působit jako motivace k řádnému plnění daňových povinností a prevence krácení daně. Na druhé straně, pokud zákonodárce takový způsob vyměření zavede, je nutno jej vykládat a aplikovat tak, aby byly šetřeny zásady spravedlivého procesu a chráněna právní jistota daňového subjektu. Je tedy třeba, aby se daňovému subjektu dostalo či přinejmenším na základě jeho jednoduchého úkonu mohlo dostat rychle informace o tom, jak správce daně jeho daňové přiznání hodnotí, a zda tedy má daňovou povinnost za správně stanovenou, anebo zda ji hodlá podrobit důkladnějšímu prověřování.“
[38] Nejvyšší správní soud k otázce konkludentního vyměření a aplikaci § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků v rozsudku ze dne 25. 6. 2008, čj. 5 Afs 3/2008-81, mimo jiné konstatoval: „Konkludentnímu vyměření, resp. závěru o tom, zda se vyměřená daň odchyluje od daně uvedené v přiznání, či nikoli, musí totiž předcházet právě úvaha správce daně. Stav obdobný fikci je podmíněn kvalifikovaným konáním či nekonáním správce daně.“ V usnesení rozšířeného senátu ze dne 27. 7. 2010, čj. 5 Afs 92/2008–147, č. 2137/2010 Sb. NSS, Nejvyšší správní soud dále uvedl: „S ohledem na ekonomii a rychlost daňového řízení je zcela legitimní, aby zákon umožňoval pravidelně vyměřovat daň jen na základě daňového přiznání a bez vydání formálního rozhodnutí správcem daně a aby zároveň v podobě možnosti uplatnění kontrolních postupů za zákonem stanovených podmínek existovaly prostředky, jimiž správce daně ověří, že daňový subjekt svoji povinnost splnil řádně, a které již jen svojí samotnou existencí budou působit jako motivace k řádnému plnění daňových povinností a prevence krácení daně. Na druhé straně, pokud zákonodárce takový způsob vyměření zavede, je nutno jej vykládat a aplikovat tak, aby byly šetřeny zásady spravedlivého procesu a chráněna právní jistota daňového subjektu. Je tedy třeba, aby se daňovému subjektu dostalo či přinejmenším na základě jeho jednoduchého úkonu mohlo dostat rychle informace o tom, jak správce daně jeho daňové přiznání hodnotí, a zda tedy má daňovou povinnost za správně stanovenou, anebo zda ji hodlá podrobit důkladnějšímu prověřování.“
[39] Z výše uvedené judikatury, byť se týkala aplikace § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků, je zjevné, že ke stanovení a vyměření daně postupem dle § 140 daňového řádu (jehož textace je shodná se zněním § 46 odst. 5 zákona o správě daní a poplatků a jediný rozdíl je v povinnosti vyhotovit platební výměr) nemůže správce daně přistoupit automaticky a bez provedení jakékoli úvahy o tom, zda údaje v daňovém přiznání uvedené, resp. daň zde vyčíslenou, lze bez dalšího akceptovat a takto vyměřit, tedy mít za to, že daň se neodchyluje. Nelze proto souhlasit s názorem krajského soudu, že „správce daně daň žádným způsobem nezkoumá, nehodnotí, neposuzuje zákonnost výše základu daně, daně a jejich právního a skutkového základu. Nelze proto dovozovat, že by tento typ rozhodnutí mohl být stižen nezákonností, ani to, že by ji bylo možno přičítat správci daně.“
[40] Skutečnost, že správce daně stanoví a vyměří daň postupem dle § 140 daňového řádu, při respektování cíle správy daní, tak, jak je stanoven v § 1 odst. 2 daňového řádu a v základních zásadách správy daní, dle názoru Nejvyššího správního soudu nevylučuje následnou možnou aplikaci § 254 odst. 1 daňového řádu v případě vzniku přeplatku v důsledku pozdějšího (nižšího) doměření daně správcem daně.
[40] Skutečnost, že správce daně stanoví a vyměří daň postupem dle § 140 daňového řádu, při respektování cíle správy daní, tak, jak je stanoven v § 1 odst. 2 daňového řádu a v základních zásadách správy daní, dle názoru Nejvyššího správního soudu nevylučuje následnou možnou aplikaci § 254 odst. 1 daňového řádu v případě vzniku přeplatku v důsledku pozdějšího (nižšího) doměření daně správcem daně.
[41] Za vznik přeplatku při aplikaci § 140 odst. 1 daňového řádu správce daně nebude možno zpravidla vinit v případě, kdy daňový subjekt v daňovém přiznání neuvede veškeré údaje rozhodné pro správné stanovení daně; např. předmět daně řádně nespecifikuje, neuplatní si veškeré výdaje či výhody a odčitatelné položky, a učiní tak až následně například v dodatečném daňovém přiznání nebo při daňové kontrole. Přeplatek, který v takovém případě následně vznikne v důsledku skutkových změn, resp. následně prováděného dokazování, nelze přičítat nesprávnému postupu správce daně, který by odůvodňoval aplikaci § 254 daňového řádu.
[42] Již ne tak zcela jednoznačný závěr však lze učinit v případě nesprávného právního posouzení skutečností rozhodných pro správné stanovení daně v daňovém tvrzení daňovým subjektem uvedených. Za správnou aplikaci právního předpisu a výběr daně ve správné, tj. v zákonné výši, je odpovědný správce daně. Jak již bylo uvedeno výše, vyměřením daně správce daně stvrzuje výši daně, která náleží státu a o kterou se snižuje (má snížit) majetek daňového subjektu. Z tohoto pohledu nemůže být rozhodné, jakým způsobem či postupem, či v jakém „dílčím“ daňovém řízení tak správce daně učiní; rozhodné je pouze, zda postupoval při stanovení výše daně, kterou lze po daňovém subjektu požadovat, lege artis.
[43] Pokud např. daňový subjekt v daňovém přiznání uvede jako příjem ke zdanění půjčku či úvěr či jiný příjem, který není předmětem daně, či uvede příjem od daně osvobozený, který současně zdaní a odvede z takového plnění daň, nelze akceptovat postup správce daně, který bez dalšího takové přiznání, které zjevně obsahuje skutečnosti nezakládající vznik daňové povinnosti, stvrdí postupem dle § 140 daňového řádu a setrvá na tom, že daňový subjekt stíhá zákonná daňová povinnost, a ten po právu uhradil daň. Pokud zákonodárce takový způsob vyměření daně zavedl, je nutno jej aplikovat tak, aby byly šetřeny zásady spravedlivého procesu, zásadu zákonnosti nevyjímaje. Jinými slovy, pokud správce daně podrobí dani příjem, který dani nepodléhá, nebo bez dalšího setrvá na daňovým subjektem odvedené dani z takového plnění, lze konstatovat, že se na vzniku přeplatku podílel. (…)
[43] Pokud např. daňový subjekt v daňovém přiznání uvede jako příjem ke zdanění půjčku či úvěr či jiný příjem, který není předmětem daně, či uvede příjem od daně osvobozený, který současně zdaní a odvede z takového plnění daň, nelze akceptovat postup správce daně, který bez dalšího takové přiznání, které zjevně obsahuje skutečnosti nezakládající vznik daňové povinnosti, stvrdí postupem dle § 140 daňového řádu a setrvá na tom, že daňový subjekt stíhá zákonná daňová povinnost, a ten po právu uhradil daň. Pokud zákonodárce takový způsob vyměření daně zavedl, je nutno jej aplikovat tak, aby byly šetřeny zásady spravedlivého procesu, zásadu zákonnosti nevyjímaje. Jinými slovy, pokud správce daně podrobí dani příjem, který dani nepodléhá, nebo bez dalšího setrvá na daňovým subjektem odvedené dani z takového plnění, lze konstatovat, že se na vzniku přeplatku podílel. (…)
[47] S krajským soudem lze souhlasit v tom, že k tomu, aby byla naplněna podmínka, podle níž daňovému subjektu úrok dle § 254 daňového řádu náleží, nepostačí jakékoli zrušení či změna rozhodnutí, ale musí k němu dojít v souvislosti s autoritativním konstatováním nezákonnosti původního rozhodnutí, která je způsobena pochybením na straně správce daně. Pokud však krajský soud argumentuje tím, že platební výměry nebyly dosud „přezkumnou autoritou“ formálně změněny či zrušeny v řízení, v němž by byla konstatována jejich nezákonnost, a nebyla proto splněna zákonem stanovená podmínka pro vznik nároku na úrok z neoprávněného jednání správce daně, není zřejmé, z čeho tak dovozuje. Rozhodnutími žalovaného ze dne 26. 10. 2015 byly dodatečné platební výměry změněny a stěžovatelce bylo vyhověno; vznikl jí přeplatek ve výši 351 034 110 Kč. Postrádal-li krajský soud jakoukoli „přezkumnou autoritu“, nepochybně jí byl žalovaný. Nutno však připomenout, že ke změně původně nesprávně vyměřené daně měl přistoupit správce daně již v řízení doměřovacím; i v tomto řízení se bezesporu jedná o vrchnostenský „autoritativní“ úkon správce daně. O tom, že by ke změně mělo docházet pouze v přezkumném řízení, daňový řád nic neříká.
[47] S krajským soudem lze souhlasit v tom, že k tomu, aby byla naplněna podmínka, podle níž daňovému subjektu úrok dle § 254 daňového řádu náleží, nepostačí jakékoli zrušení či změna rozhodnutí, ale musí k němu dojít v souvislosti s autoritativním konstatováním nezákonnosti původního rozhodnutí, která je způsobena pochybením na straně správce daně. Pokud však krajský soud argumentuje tím, že platební výměry nebyly dosud „přezkumnou autoritou“ formálně změněny či zrušeny v řízení, v němž by byla konstatována jejich nezákonnost, a nebyla proto splněna zákonem stanovená podmínka pro vznik nároku na úrok z neoprávněného jednání správce daně, není zřejmé, z čeho tak dovozuje. Rozhodnutími žalovaného ze dne 26. 10. 2015 byly dodatečné platební výměry změněny a stěžovatelce bylo vyhověno; vznikl jí přeplatek ve výši 351 034 110 Kč. Postrádal-li krajský soud jakoukoli „přezkumnou autoritu“, nepochybně jí byl žalovaný. Nutno však připomenout, že ke změně původně nesprávně vyměřené daně měl přistoupit správce daně již v řízení doměřovacím; i v tomto řízení se bezesporu jedná o vrchnostenský „autoritativní“ úkon správce daně. O tom, že by ke změně mělo docházet pouze v přezkumném řízení, daňový řád nic neříká.
[48] Přiznáním úroku je postihováno negativní jednání (nezákonný postup) správce daně v rovině nalézací při stanovení daně; není přitom rozhodné, jakým způsobem či postupem, či v jakém „dílčím“ daňovém řízení (vyměřovacím či doměřovacím) tak správce daně učiní; rozhodné je pouze, zda při stanovení daně postupoval lege artis. Neobstojí tak názor žalovaného, potažmo krajského soudu, že rozhodnutím žalovaného byly zrušeny dodatečné platební výměry, kterými fakticky nebyla žádná daň stěžovatelce vyměřena a předepsána k úhradě, neboť tato byla stanovena ve výši nula, a že daň byla stanovena již v řízení vyměřovacím, a to na základě údajů uvedených stěžovatelkou. Ve věci je podstatné, že správce daně na původně nesprávně stanovené dani setrval. Nejvyšší správní soud nevidí rozdílu v tom, zda správce daně daň nesprávně vyměří či zda setrvá (v doměřovacím řízení) na dani daňovým subjektem nesprávně (v řádném daňovém přiznání) uvedené a uhrazené. V obou případech totiž dochází k nezákonnému odčerpání majetku daňového subjektu v podobě plnění (daně) ve výši, k němuž ze zákona není povinen, popř. mu daňová povinnost nevznikne vůbec.
[49] Účel daňového řízení lze vymezit shodně s cílem správy daní, tj. správně zjistit a stanovit daň a zabezpečit její úhradu. Zákon nevymezuje výslovně začátek daňového řízení, ale stanoví pouze jeho konec – tj. splnění daňové povinnosti. Předmět daňového řízení se posuzuje vždy samostatně, a to zpravidla každé zdaňovací období, popř. každá jednotlivá skutečnost zakládající vznik daňové povinnosti (u jednorázových daní). Každé zdaňovací období je de facto jedním daňovým řízením, které se může skládat z řízení vyměřovacího a řízení doměřovacího (přitom není vyloučeno ani vydání několika dodatečných platebních výměrů za jedno zdaňovací období při dodržení zákonných limitů). Nelze proto přisvědčit žalovanému a krajskému soudu, pokud dovozují, že vyměřovací a doměřovací řízení jsou samostatnými řízeními s rozdílným předmětem.
[49] Účel daňového řízení lze vymezit shodně s cílem správy daní, tj. správně zjistit a stanovit daň a zabezpečit její úhradu. Zákon nevymezuje výslovně začátek daňového řízení, ale stanoví pouze jeho konec – tj. splnění daňové povinnosti. Předmět daňového řízení se posuzuje vždy samostatně, a to zpravidla každé zdaňovací období, popř. každá jednotlivá skutečnost zakládající vznik daňové povinnosti (u jednorázových daní). Každé zdaňovací období je de facto jedním daňovým řízením, které se může skládat z řízení vyměřovacího a řízení doměřovacího (přitom není vyloučeno ani vydání několika dodatečných platebních výměrů za jedno zdaňovací období při dodržení zákonných limitů). Nelze proto přisvědčit žalovanému a krajskému soudu, pokud dovozují, že vyměřovací a doměřovací řízení jsou samostatnými řízeními s rozdílným předmětem.
[50] Skutečnost, že daňový řád (oproti zákonu o správě daní a poplatků) rozděluje daňové řízení do několika možných dílčích řízení, nic nemění na účelu a povaze daňového řízení. Daňové řízení trvá po celou dobu existence daňové povinnosti, tedy po dobu, po kterou lze daň stanovit (vyměřit a doměřit, a to i opakovaně) a vybrat. Nejvyšší správní soud nemůže přesvědčit úvahám žalovaného, jakož i krajského soudu, pokud vycházejí z předpokladů oddělitelnosti a samostatnosti jednotlivých dílčích řízení. Nalézací řízení, v němž dochází ke stanovení daně, zahrnuje jak řízení vyměřovací, tak řízení doměřovací, obě řízení směřují ke správnému stanovení daně (jedné daně za jedno zdaňovací období). Základem pro správné zjištění a stanovení daně je tedy jak řádné daňové tvrzení, tak i dodatečné daňové tvrzení podané daňovým subjektem. Nalézací řízení (tj. řízení vyměřovací i doměřovací) je ukončeno formálně právní mocí rozhodnutí o stanovení daně, materiálně lze jeho konec vymezit okamžikem, kdy se poslední známá daň stává konečnou a nelze ji již změnit, tj. uplynutím lhůty pro stanovení daně. Podle § 141 odst. 1 daňového řádu poslední známá daň je výsledná daň, jak byla správcem daně dosud pravomocně stanovena v dosavadním průběhu daňového řízení o této dani; zákon přitom nikterak nerozlišuje, v jakém dílčím řízení se tak stalo.
[51] Lze tak uzavřít, že z hlediska správného stanovení daně tvoří obě dílčí řízení jeden celek; je třeba vycházet především z toho, že správce daně stanoví daň za jedno zdaňovací období. Nic na tom nemění, je-li daň stanovena v součtu několika platebními výměry (resp. platebním a několika dodatečnými platebními výměry).
[51] Lze tak uzavřít, že z hlediska správného stanovení daně tvoří obě dílčí řízení jeden celek; je třeba vycházet především z toho, že správce daně stanoví daň za jedno zdaňovací období. Nic na tom nemění, je-li daň stanovena v součtu několika platebními výměry (resp. platebním a několika dodatečnými platebními výměry).
[52] V daňovém řízení se v případě doměření daně neuplatní překážka rei iudicatae typická pro správní řízení obecně. Právní moc dosavadních rozhodnutí o stanovení daně není jejímu doměření na překážku, možnost doměření daně je limitována pouze uplynutím lhůty pro stanovení daně (§ 148); platí samozřejmě i limity dané např. v rámci jednotlivých postupů – viz přípustnost opakované kontroly (viz § 85 odst. 5 daňového řádu). Jedná se o specifický postup výlučný pro daňový proces, kdy se po pravomocném rozhodnutí ve věci předpokládá ještě možnost nového rozhodnutí o případném zjištěném rozdílu daně. Kterýkoli později vydaný (dodatečný) platební výměr neruší platební výměry předchozí a neruší původně stanovenou daň, resp. nestanoví opět daňovou povinnost novou, ale pouze mění (v součtu) její výši.
[53] Nelze proto vycházet při posouzení důvodu vzniku přeplatku a případné aplikace § 254 daňového řádu pouze z faktu že daň byla stanovena toliko výlučně platebním výměrem, resp. postupem dle § 140 daňového řádu, nikoli však již dodatečným platebním výměrem. Byla–li dodatečným platebním výměrem stanovena daň ve výši 0, v součtu s původním stanovením daně, stěžovatelka uhradila nepochybně na dani více, než činila jeho zákonná povinnost. Argument, že žalovaný zrušil pouze dodatečný platební výměr, nikoli platební výměr, proto neobstojí, neboť daň nebyla stanovena v zákonné výši.
[54] Pro závěr o tom, zda daňovému subjektu náleží úrok dle § 254 daňového řádu z důvodu pochybení správce daně, je rozhodné pouze to, zda ke vzniku přeplatku došlo z důvodu nezákonnosti nebo nesprávného úředního postupu správce daně, nikoli již však nutně to, v jakém dílčím daňovém řízení se správce daně nezákonnosti dopustil. Dle § 254 odst. 1 daňového řádu „[d]ojde-li ke zrušení, změně nebo prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně z důvodu nezákonnosti nebo z důvodu nesprávného úředního postupu správce daně, náleží daňovému subjektu úrok z částky, která byla daňovým subjektem uhrazena na základě tohoto rozhodnutí nebo v souvislosti s tímto rozhodnutím.“
[54] Pro závěr o tom, zda daňovému subjektu náleží úrok dle § 254 daňového řádu z důvodu pochybení správce daně, je rozhodné pouze to, zda ke vzniku přeplatku došlo z důvodu nezákonnosti nebo nesprávného úředního postupu správce daně, nikoli již však nutně to, v jakém dílčím daňovém řízení se správce daně nezákonnosti dopustil. Dle § 254 odst. 1 daňového řádu „[d]ojde-li ke zrušení, změně nebo prohlášení nicotnosti rozhodnutí o stanovení daně z důvodu nezákonnosti nebo z důvodu nesprávného úředního postupu správce daně, náleží daňovému subjektu úrok z částky, která byla daňovým subjektem uhrazena na základě tohoto rozhodnutí nebo v souvislosti s tímto rozhodnutím.“
[55] Nejvyšší správní soud nemůže přisvědčit žalovanému v tvrzení, že v rozhodnutí o přeplatku nelze posuzovat zákonnost samotného stanovení daně. V obecné rovině s ním lze jistě souhlasit; nicméně právě okolnosti a postup správce daně při stanovení daně a jejím vyměření (doměření) jsou významné pro posouzení „míry zavinění“ správce daně za vznik přeplatku. Je třeba konstatovat, že jakkoli daňový řád již nepracuje s pojmem zaviněný přeplatek, jeho podstata tak, jak vyplývala z § 64 odst. 6 zákona o správě daní a poplatků, je stejná. Daňový řád zachoval svou povahou oba instituty obsažené v § 64 odst. 4, resp. 6 zákona o správě daní a poplatků; povinnost uhradit úrok z přeplatku pro případ, že správce daně přeplatek nevrátí ve stanovené lhůtě, zakotvil v § 155; úrok ze zaviněného přeplatku, resp. úrok z neoprávněného jednání správce daně, je zařazen v části zákona upravující následky porušení povinností při správě daně v § 254.
[56] Pokud úrok z prodlení je stanoven jako ekonomická náhrada za nedoplatky peněžních prostředků na daních, které musí veřejné rozpočty získávat z jiných zdrojů (viz § 252 daňového řádu), shodnou optikou je třeba nahlížet na úrok z částky, která byla daňovým subjektem uhrazena na základě rozhodnutí o stanovení daně, jež bylo později zrušeno, změněno či prohlášeno nicotným z důvodu nezákonnosti nebo nesprávného úředního postupu správce daně. Úrok by měl daňovému subjektu nahrazovat újmu spočívající v nemožnosti nakládat s finančními prostředky v důsledku nezákonného rozhodnutí či nesprávného úředního postupu správce daně. Jak konstatoval Nejvyšší správní soud např. v rozsudku ze dne 28. 8. 2014, čj. 7 Afs 94/2014–53, č. 3260/2016 Sb. NSS, „smyslem úroku je satisfakce osobám, které byly z titulu nezákonných rozhodnutí nebo nesprávného úředního postupu povinny uhradit finanční částky, které by jinak, nebýt nezákonného rozhodnutí, hradit nemusely“.
[56] Pokud úrok z prodlení je stanoven jako ekonomická náhrada za nedoplatky peněžních prostředků na daních, které musí veřejné rozpočty získávat z jiných zdrojů (viz § 252 daňového řádu), shodnou optikou je třeba nahlížet na úrok z částky, která byla daňovým subjektem uhrazena na základě rozhodnutí o stanovení daně, jež bylo později zrušeno, změněno či prohlášeno nicotným z důvodu nezákonnosti nebo nesprávného úředního postupu správce daně. Úrok by měl daňovému subjektu nahrazovat újmu spočívající v nemožnosti nakládat s finančními prostředky v důsledku nezákonného rozhodnutí či nesprávného úředního postupu správce daně. Jak konstatoval Nejvyšší správní soud např. v rozsudku ze dne 28. 8. 2014, čj. 7 Afs 94/2014–53, č. 3260/2016 Sb. NSS, „smyslem úroku je satisfakce osobám, které byly z titulu nezákonných rozhodnutí nebo nesprávného úředního postupu povinny uhradit finanční částky, které by jinak, nebýt nezákonného rozhodnutí, hradit nemusely“.
[57] Je třeba konstatovat, že daňový řád v § 254 odst. 1 nerozlišuje mezi zrušením a změnou rozhodnutí o stanovení daně. Nerozlišuje ani způsob či procesní prostředek, jakým např. ke změně výše daně dojde; zda v průběhu řízení doměřovacího, odvolacího či v rámci řízení o mimořádném opravném prostředku; tedy ani to, jaká, jak uvádí krajský soud, „přezkumná autorita“ poslední změnu daně provede. Zatímco v případě zrušení jí bude zpravidla odvolací orgán, v případě změny to může být i samotný správce daně, který se nezákonnosti dopustí při vyměření, resp. či doměření daně. Daňový řád obsahuje oproti správnímu řádu zcela zvláštní procesní instrumenty, jimiž může docílit změny stanovené a vyměřené daně (srov. § 141, § 143 daňového řádu). Argumentace krajského soudu, že doměřovací řízení není přezkumným řízením k řízení vyměřovacímu, o čemž nelze pochybovat, je tak zcela nepřípadná. Jak již bylo uvedeno výše, daňové řízení trvá po celou dobu existence daňové povinnosti, tedy po dobu, po kterou lze daň stanovit (tedy vyměřit nebo doměřit). I když existuje rozhodnutí, které nabylo formálně právní moci, daňový subjekt i správce daně mohou činit další zákonem předjímané úkony k nalezení změny poslední známé daně, a tedy k zahájení a provedení dalšího dílčího řízení vedeného za účelem doměření daně (dílčí řízení v rámci řízení nalézacího přitom tvoří materiálně jeden celek, a jak bylo uvedeno výše, jejich cílem je správné stanovení daně za příslušné zdaňovací období). Existence možnosti doměřit daň je ve vztahu k obecným opravným prostředkům specifickým nástrojem, jímž lze změnit (doplnit) výsledek již pravomocně ukončeného (dílčího) řízení [viz též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 3. 2016, čj. 6 Afs 79/2015–39, č. 3398/2016 Sb. NSS]. Jejich specifická povaha sama o sobě neznamená, že v důsledku jejich použití se nemůže jednat o změnu rozhodnutí ve smyslu § 254 daňového řádu. (…)