4 Afs 189/2024 – Nejvyšší správní soud

4 Afs 189/2024- 43 - text

4 Afs 189/2024-49

pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Jiřího Pally a soudců JUDr. Štěpána Výborného a JUDr. Tomáše Herce v právní věci žalobkyně: Quantcom, a. s., sídlem Křižíkova 36a/237, Praha 8, zastoupena Mgr. Andreou Stachovou, advokátkou, sídlem Valentinská 92/3, Praha 1, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, sídlem Masarykova 427/31, Brno, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 18. 9. 2023, č. j. 30658/23/5200 11433

713211, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 27. 8. 2024, č. j. 3 Af 14/2023 49,

I. Kasační stížnost se zamítá.

II. Žádný z účastníků řízení nemá právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.

[1] Finanční úřad pro hlavní město Prahu (dále též „správce daně“) dodatečnými platebními výměry ze dne 19. 11. 2021 doměřil žalobkyni (původně jako společnosti Dial Telecom, a. s.) daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2016 vyšší o částku 3.513.670 Kč a za zdaňovací období roku 2017 vyšší o částku 607.430 Kč; současně žalobkyni uložil penále z doměřené daně. Správce daně na základě daňové kontroly vedené Finančním úřadem pro Jihočeský kraj, Územní pracoviště v Písku (dále též „správce daně”), neakceptoval žalobkyní uplatněný odpočet na podporu výzkumu a vývoje, protože v kontrolovaných projektech výzkumu a vývoje nedostatečně vymezila způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektů a dosažených výsledků dle § 34c odst. 1 písm. f) zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů (dále jen „zákon o daních z příjmů“). Projekty vztahující se ke zdaňovacímu období 2016 navíc vykazovaly formální nedostatky spočívající v neprůkazně vedených oddělených evidencích mzdových nákladů dle § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů.

[2] Žalobou napadeným rozhodnutím žalovaný zamítl odvolání žalobkyně a dodatečné platební výměry potvrdil.

[3] Žalobu proti rozhodnutí žalovaného zamítl Městský soud v Praze (dále jen „městský soud“) nyní napadeným rozsudkem.

[4] Městský soud konstatoval, že žalobou napadené rozhodnutí je srozumitelné, jsou v něm obsaženy právní úvahy, na jejichž základě žalovaný posoudil stěžejní otázky, a je opřeno o dostatek relevantních důvodů. Námitce nepřezkoumatelnosti žalovaného rozhodnutí proto nepřisvědčil.

[5] K věcným námitkám městský soud uvedl, že žalobkyniny projekty nesplnily jednu ze zákonem vyžadovaných náležitostí, protože neobsahovaly pravidla definovaná pro jejich hodnocení. Způsob kontroly a hodnocení postupů řešení projektů a dosažených výsledků byl upraven pouze obecně. Absenci tohoto požadavku nebylo možno nahradit běžnými kontrolními mechanismy zavedenými v obchodní společnosti.

[6] Žalovaný podle městského soudu také oprávněně zpochybnil jako celek evidenci mzdových nákladů ve zdaňovacím období 2016. Žalobkyně při ocenění mzdových nákladů tyto náklady stanovila na jednotlivé pracovníky na bázi jejich průměrné hodinové sazby daného roku a nikoli na bázi platné hodinové sazby v daném měsíci. Žalobkyně byla povinna vést takovou oddělenou evidenci mzdových nákladů, která by byla přehledná a jednoznačně prokazovala oprávněnost použití uplatňovaných mzdových nákladů na výzkum a vývoj, což neučinila. II. Podání účastníků řízení

[7] Proti rozsudku městského soudu podává žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) kasační stížnost.

[8] Stěžovatelka namítá nepřezkoumatelnost žalobou napadeného rozhodnutí, protože žalovaný založil své rozhodnutí na vnitřně rozporné a vzájemně se popírající argumentaci při selektivním výběru skutečností zkoumaných v rámci daňové kontroly, aniž by se vypořádal s tím, proč ke stěžovatelkou uvedeným a doloženým skutečnostem nepřihlédl. Žalovaný neuvedl, proč považuje odvolací námitky za liché, mylné nebo vyvrácené. Rozhodnutí žalovaného bylo vedeno záměrem neuznat uplatněné odpočty a nikoli snahou o objektivní zjištění skutečností. Městský soud rovněž napadený rozsudek zatížil nepřezkoumatelností, neboť obdobně nereagoval na žalobní argumentaci a pominul námitku zneužití správního uvážení rozhodujícím správním orgánem. Městský soud pouze citoval judikaturu, aniž by zjišťoval, zda je přiléhavá na projednávaný případ a zda jsou stěžovatelčiny výtky opodstatněné.

[9] K věcným námitkám stěžovatelka předesílá, že záměrem zákonodárce byla motivace k výzkumné činnosti, namísto toho však dochází k zahlcování výzkumu a vývoje takovou měrou administrativního balastu a nepřiměřeným formalistickým přístupem ze strany daňových orgánů, že se zamýšlený benefit stává přítěží.

[10] Stěžovatelka nesouhlasí se závěrem daňových orgánů a městského soudu, že způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektů byl uveden pouze obecně. Je nezbytné hodnotit náležitosti projektu a jeho podobu jako celek jednak v kontextu fungování konkrétního daňového subjektu, a především v souvislosti s okamžikem vzniku projektu a jeho zpracováním. V projektu nemusí být uveden zcela exaktní a detailně popsaný způsob jeho vyhodnocení. Nároky správce daně jsou přehnané a nemají zákonnou oporu, protože definice zákonného požadavku na uvedení „způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků“ je sama o sobě velmi obecná. Daňový subjekt nemůže z této obecné definice zcela konkrétně a bezchybně dovodit, co vše má v projektu uvést, a to ještě před jeho samotným zahájením. Z daných projektů je předpokládaný způsob realizace kontrolní a hodnotící činnosti jasně patrný, v rozsahu a formě zcela přiměřené jak charakteru a podstatě dotčených projektů, tak s přihlédnutím k legislativnímu požadavku prospektivnosti daných dokumentů. Stěžovatelka považuje za naprosto nežádoucí formálně nastavit pravidla a formálně jim následně vyhovět, pokud se ve výzkumné činnosti počítá jen reálný pokrok a dosažení skutečných cílů. Další dokumenty prokazující strukturu stěžovatelky a pravidla subordinace a kontroly osvětlovaly, proč byly některé skutečnosti ve vlastních projektech uvedeny stroze a bez dalšího upřesnění.

[11] Městský soud se rovněž ve vypořádání námitek k (ne)vedení oddělené evidence nákladů nevěnoval meritu věci, nýbrž převzal argumentaci žalovaného a odkázal na ustálenou judikaturu. Konkrétní forma, způsob provedení, ani podoba oddělené evidence nákladů není zákonem nijak stanovena. Evidenci nákladů a jejich oprávněnost nelze posuzovat jako neprůkaznou jen proto, že správce daně preferuje jinou metodiku, aniž by stěžovatelka či jakýkoli jiný subjekt daně mohl tuto preferenci předvídat před započetím projektu. Požadavek na evidenci na analytických účtech jde nad rámec zákona a nad rámec metodického pokynu. V případě sporu o právní výklad aplikovaného ustanovení zákona o daních z příjmů je nezbytné vycházet z principu in dubio mitius, resp. in dubio pro liberate. Neexistuje žádný důvod, proč by vyúčtování mzdových nákladů (ač vedených v rámci oddělené evidence) nemělo pracovat s metodikou založenou na ročním vyúčtování. Stěžovatelka opakuje, že právně závazný postup výpočtu v kontrolovaných zdaňovacích obdobích neexistoval a dosud ani neexistuje. Požadavek městského soudu, že „má být každý jednotlivý náklad v oddělené evidenci nákladů jednotlivě propojen s jednotlivými účetními případy zaúčtovanými na základě jednotlivých účetních dokladů“, je u nákladů typu mezd, tj. osobních nákladů, zcela v rozporu s běžnými účetními postupy i s prostou „selskou“ logikou. Realizace tohoto požadavku by znamenala nutnost účtovat předpisy mezd nejen pro každého zaměstnance jednotlivě, ale dokonce je účtovat vždy dvojmo.

[12] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti považuje napadený rozsudek za přezkoumatelný a věcně správný. Žalovaný uvádí, že uvedení způsobu kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků je jednou z jeho zákonných náležitostí. Oddělená evidence nákladů na výzkum a vývoj od ostatních výdajů dle § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů je nutná, aby bylo zcela jasné, jaké náklady a kolik jich bylo na výzkum a vývoj vynaloženo. Zákon stanovuje daňovým subjektům uplatňujícím odčitatelnou položku na výzkum a vývoj povinnost vést oddělenou evidenci takto odečítaných výdajů, která bude navazovat na řádně vedené účetnictví, na skutečné počty odpracovaných hodin na jednotlivých projektech konkrétními zaměstnanci a na další rozhodné skutečnosti. III. Posouzení věci Nejvyšším správním soudem

[13] Nejvyšší správní soud přezkoumal napadený rozsudek městského soudu v rozsahu kasační stížnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.). Ve věci rozhodl bez nařízení jednání za podmínek vyplývajících z § 109 odst. 2 s. ř. s.

[14] Kasační stížnost není důvodná.

[15] Nejvyšší správní soud nejprve posoudil, zda je rozsudek městského soudu přezkoumatelný. Nepřezkoumatelný rozsudek zpravidla vůbec nenabízí prostor k úvahám o námitkách věcného charakteru, a je tudíž nezbytné jej zrušit.

[16] Za nepřezkoumatelné (pro nedostatek důvodů) lze označit zejména takové rozhodnutí, v němž soud zcela opomene vypořádat některou z uplatněných námitek (viz například rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 18. 10. 2005, č. j. 1 Afs 135/2004 73, č. 787/2006 Sb. NSS, či ze dne 8. 4. 2004, č. j. 4 Azs 27/2004 74), resp. pokud z jeho odůvodnění není zřejmé, proč soud nepovažoval za důvodnou právní argumentaci a proč námitky účastníka považuje za liché, mylné nebo vyvrácené, a to zejména tehdy, jde li o právní argumentaci, na níž je postaven základ žaloby (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 7. 2005, č. j. 2 Afs 24/2005 44, č. 689/2005 Sb. NSS).

[17] Nejvyšší správní soud považuje rozsudek městského soudu za přezkoumatelný. Povinnost orgánů soudní moci svá rozhodnutí řádně odůvodnit nelze interpretovat jako požadavek na detailní odpověď na každou jednotlivou dílčí námitku; podstatné je, aby se soud vypořádal se všemi námitkami základními (viz např. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 11. 2015, č. j. 2 Afs 143/2015 71). Těmto požadavkům městský soud dostál, neboť z napadeného rozsudku vyplývá, proč stěžovatelkou uplatněný daňový odpočet na podporu výzkumu a vývoje považoval za neoprávněný. Nevypořádání dílčích žalobních tvrzení nezpůsobuje nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku. Stěžovatelka má pravdu, že rozsudek městského soudu je v určitých pasážích poměrně obecný, pro jeho přezkoumatelnost je však klíčové, že obsahuje zřetelný právní závěr, že způsob kontroly a hodnocení projektů a dosažených výsledků byl stěžovatelkou upraven pouze obecně a že evidence mzdových nákladů ve zdaňovacím období 2016 neodpovídala požadavkům zákona o daních z příjmů. Městský soud takto reagoval na základní stěžovatelčiny žalobní námitky a vypořádal je dílem vlastní právní úvahou a dílem souhlasem se závěry žalovaného rozhodnutí. Tento postup nezpůsobuje nepřezkoumatelnost rozsudku, protože skutečnost, že se krajský soud do velké míry ztotožní se závěry a úvahami žalovaného správního orgánu či na ně v některých částech v souladu se zásadou hospodárnosti a ekonomie řízení odkáže, samo o sobě nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku nemůže založit (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 7. 2007, č. j. 8 Afs 75/2005 130, č. 1350/2007 Sb. NSS, či ze dne 29. 5. 2013, č. j. 2 Afs 37/2012 47). To vše za předpokladu, že ve svých úvahách zřetelně reaguje na žalobní námitky a samotné správní rozhodnutí je přezkoumatelné (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2018, č. j. 5 Afs 60/2017 60, č. 3705/2018 Sb. NSS).

[18] Rozhodnutí žalovaného Nejvyšší správní soud považuje rovněž za přezkoumatelné, neboť obsahuje důvody, pro které stěžovatelčiny projekty nesplnily podmínky § 34b odst. 1 a § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů. Stěžovatelka sice obecně uvádí, že „žalovaný založil své rozhodnutí na vnitřně rozporné a vzájemně se potírající argumentaci při selektivním – tendenčně zaměřeném výběru skutečností zkoumaných v rámci daňové kontroly“, neuvádí ovšem žádné konkrétní pasáže žalobou napadeného rozhodnutí, které považuje za nedostatečně či nesrozumitelně odůvodněné. Nejvyšší správní soud považuje za příznačné a nikoli nežádoucí, že žalovaný své rozhodnutí založil na tvrzeních, která korespondovala s jím vyřčenými závěry. Pro přezkoumatelnost rozhodnutí je zásadní, že žalovaný reagoval a vypořádal stěžovatelkou uplatněné odvolací námitky (viz s. 10 a násl. odvolacího rozhodnutí). Nesouhlas stěžovatelky s právním názorem žalovaného (či městského soudu) a s odůvodněním napadených rozhodnutí nezpůsobuje jejich nepřezkoumatelnost (srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 4. 2010, č. j. 8 As 11/2010 163, či ze dne 6. 12. 2016, č. j. 7 As 179/2016 37).

[19] Věcnou podstatou sporu je otázka, zda stěžovatelka splnila zákonné požadavky na uplatnění odečitatelné položky na podporu výzkumu a vývoje.

[20] Podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů od základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.

[21] Smyslem citovaného ustanovení je podpora výzkumu a vývoje prováděná vlastními pracovníky v rámci jednoho podnikatelského subjektu (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 7. 2018, č. j. 1 Afs 97/2018 41, bod 35). Jedná se o významný nástroj k „povzbuzení“ výzkumu a vývoje, protože náklady, které daňové subjekty uplatňují zpravidla jako náklady vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů (§ 24 odst. 1 zákona o daních z příjmů), se stanou ještě odčitatelnou položkou až do výše 100 % (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 12. 2019, č. j. 1 Afs 429/2018 41, č. 3977/2020 Sb., bod 50).

[22] Odpočet na podporu výzkumu a vývoje tedy představuje výjimku ze základního daňového principu, podle nějž jeden výdaj lze v základu daně uplatnit u téhož poplatníka pouze jednou. Jedná se de facto o daňový bonus. Tato skutečnost však implikuje zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání jeho oprávněnosti. Jde li o nadstandardní benefit, musí daňový subjekt vycházet z toho, že po něm může být požadováno prokázání splnění i všech nadstandardních povinností s tímto benefitem spojených (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 52, bod 19). Uvedené se týká doložení vývojové činnosti, tj. že dosáhl závěrů (výsledků, poznatků, znalostí), které jsou oproti stávající úrovni poznatků a dovedností v daném oboru pro něj nové a dosud nevyužívané, ale také splnění všech dalších formálních náležitostí vyžadovaných zákonem.

[23] Lpění na splnění formálních podmínek odpočtu se v prvé řadě týká písemného projektu výzkumu a vývoje, který není dokumentem samoúčelným, ale slouží jako základní a ucelený dokument, jímž daňový subjekt prokazuje nárok na uplatnění odpočtu od základu daně. Projekt výzkumu a vývoje musí být vypracován formálně bezchybně (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 5. 2020, č. j. 8 Afs 72/2018 52, bod 19). Pokud poplatník na základě předložených důkazních prostředků neprokáže, že projekt obsahoval všechny zákonné náležitosti, jedná se o nedostatek, který bez dalšího znamená, že správce daně uplatněný odpočet vyloučí ze základu daně v plné výši. Správce daně v této situaci již dále není povinen zabývat se věcnou náplní činností ve výzkumu a vývoji, neposuzuje prvek novosti ani technickou nejistotu (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016 51, body 40 42).

[24] V projednávané věci je v prvé řadě spornou otázka, zda stěžovatelčiny projekty řádně vymezily způsob jejich kontroly a hodnocení postupu jejich řešení a dosažených výsledků.

[25] Podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů projektem výzkumu a vývoje se rozumí dokument, ve kterém poplatník před zahájením řešení projektu výzkumu a vývoje vymezí svou činnost ve výzkumu a vývoji podle zákona upravujícího podporu výzkumu a vývoje a který obsahuje způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků.

[26] Z citovaného ustanovení vyplývá, že daňový subjekt musí v písemném projektu výzkumu a vývoje stanovit, jak bude probíhat jeho kontrola a hodnocení. Tento požadavek není naplněn, pokud se projekt o způsobu kontroly a hodnocení nezmiňuje, anebo tak činí zcela nedostatečně, tedy nestanoví, jakým způsobem a na základě jakých kritérií bude po věcné stránce hodnoceno, zda a do jaké míry byl projekt úspěšný (viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 21. 7. 2022, č. j. 8 Afs 170/2020 49, č. 4379/2022 Sb. NSS). Požadavky na uvedení způsobu kontroly a hodnocení v písemném projektu jsou opodstatněny zkoumáním prospektivnosti daného projektu, jak správně upozorňuje sama stěžovatelka. Pokud by totiž daňový subjekt uvedl v písemném projektu pouze obecné, nekonkrétní formy způsobu kontroly a následně předložil dokumenty mající prokazovat kontrolu a hodnocení projektů, které by neměly žádný odraz v písemném projektu výzkumu a vývoje, mohla by taková skutečnost zpochybnit prospektivnost samotného projektu (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 4. 2023, č. j. 7 Afs 63/2021 54).

[27] V příslušné pasáži projektu proto musí být způsob kontroly a hodnocení rozepsán takovým způsobem, aby správce daně mohl ověřit, zda kontrola podle daného plánu skutečně proběhla a jak bylo naloženo s jejími výsledky. Musí být konkrétně uvedeno, kdy, kým a jakým způsobem budou výstupy projektu hodnoceny. Dále musí být zřejmé, za splnění jakých podmínek by byl projekt považován za úspěšný. Tyto nedostatky nelze zhojit pouhým odkazem na stanovené cíle jednotlivých projektů (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 3. 2024, č. j. 9 Afs 215/2023 39, bod 29). Nejvyšší správní soud takto považuje za nedostatečné vymezení způsobu kontroly a hodnocení, není li zřejmé, jakými vnitřními procedurami bude kontrola prováděna, jaký vývojový tým bude hodnotit postupy při řešení projektu, ani zda bude kontrola prováděna jen na konci, anebo i v jiných fázích řešení projektu (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 6. 2023, č. j. 10 Afs 16/2021 74).

[28] Nejvyšší správní soud souhlasí s městským soudem, že shora předestřeným požadavkům žádný z přezkoumávaných projektů nedostál.

[29] V projektech Optimalizace a modernizace sítě, Vývoj a nasazování produktu pro domácnosti, Billing mezinárodního hlasového provozu, Přechod na evidenci projektů stěžovatelka ke kontrole a hodnocení projektů toliko uvedla, že „projekt je rozdělen do následujících etap a kontroly výsledků se provádějí po těchto krocích“ a doplnila tabulku, v níž jsou uvedeny čísla a názvy etap a doba jejich trvání. Z těchto obecných konstatování nelze seznat bližší informace o tom, jak bude kontrola probíhat, kým bude prováděna, jaké budou o kontrole pořízeny záznamy a jakým způsobem budou hodnoceny zjištěné výsledky. Konkrétní pravidla, podle kterých měly být projekty kontrolovány a hodnoceny, absentují. Nejvyšší správní soud tedy souhlasí s městským soudem a žalovaným, že takto vymezený způsob kontroly není dostatečně konkrétní pro naplnění požadavku § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů.

[30] V projektu Provider security (Zvýšení bezpečnosti sítě) stěžovatelka vymezila způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků následovně: „Společnost Dial Telecom a.s. se řídí standardními postupy tak, aby zabezpečila, že vývoj nových produktů a postupů je realizován strukturovaným a plánovaným způsobem. Aktivity společnosti v oblasti VaV jsou realizovány v ohraničených projektech s dokumentační podporou. Průběh a výsledky projektů jsou vyhodnocovány na pravidelných týdenních schůzkách managementu a vedoucích projektů. Projekt je rozdělen do následujících etap a kontroly výsledků se provádějí po těchto krocích.“ Následuje výčet devíti etap tohoto projektu, včetně popisu jednotlivých etap. Nejvyšší správní soud opakuje výše uvedené, že je povinností daňového subjektu, aby v projektové dokumentaci uvedl způsob kontroly a hodnocení projektu takovým způsobem, aby bylo zřejmé, jaký mechanismus bude při kontrole a hodnocení použit, kým bude kontrola prováděna (nikoli konkrétní jméno, ale např. pracovní pozice apod.), jakož i s jakou četností bude kontrola prováděna s ohledem na fáze jednotlivých projektů. Stěžovatelce lze přisvědčit, že z vymezeného způsobu kontroly a hodnocení projektu vyplývá, kdo měl kontrolu provádět (management a vedoucí projektů) a zčásti, byť nepříliš jednoznačně, i v jakých intervalech tak měl činit (týdenní schůzky, resp. po jednotlivých etapách projektu). Z projektu však nevyplývá nic konkrétního o samotném obsahu kontroly a hodnocení. Projekt nevymezuje, podle jakých pravidel (kritérií, metodiky) se mělo po věcné stránce hodnotit, zda a do jaké míry bylo řešení projektu úspěšné. Rozdělení kontrolního procesu na části dle jednotlivých etap projektu nevyjadřuje metodiku (ani způsob) kontroly, ale toliko její rozsah (viz shodně rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 2. 10. 2025, č. j. 1 Afs 341/2024 29, bod 27).

[31] Nejvyšší správní soud ve shora citovaném rozsudku č. j. 8 Afs 170/2020 49 připustil, že konkrétní pravidla kontroly a hodnocení mohou být zjistitelná i z průběžného hodnocení řešení projektů, ani tato možnost však v případě projektu Provider security (Zvýšení bezpečnosti sítě) nevedla ke zjištění dostatečně konkrétních kontrolních a hodnoticích mechanismů. Půlroční průběžné zprávy o projektu obsahovaly heslovitý popis dosažených cílů a výstupů a výčet řešených/překonaných technických nejistot za dané období. Z těchto průběžných zpráv, které mnohdy v rámci hodnocení dosažených cílů a výstupů v podstatě pouze heslovitě parafrázují původně vymezenou náplň jednotlivých etap projektů, nelze dovodit, že by kontrola proběhla na základě předem stanovených pravidel, podle nichž stěžovatelka po věcné stránce hodnotila, zda a do jaké míry byl projekt úspěšný. K průběžným půlročním zprávám nebyla přiložena ani žádná další dokumentace vypracovaná v rámci průběžné kontroly, z níž by tyto informace vyplývaly. Navíc Nejvyšší správní soud podotýká, že hodnotící zprávy k tomuto projektu vznikaly v pravidelných půlročních intervalech, nikoli v intervalech předvídaných projektem, a v hodnotících zprávách je uveden pouze vedoucí projektu. Nevyplývá z nich, že byly skutečně posouzeny či schváleny managementem společnosti, jak předpokládal projekt, případně kdo a na základě jakých kritérií dílčí výsledky prezentoval a hodnotil. Zmatečnost a nejasnost těchto zpráv a způsobu hodnocení navíc potvrzuje, že ve zprávách o průběhu projektů je vždy uváděno hodnocení dodržování harmonogramu projektů, přestože projekt Provider security (Zvýšení bezpečnosti sítě) v projektové dokumentaci žádný harmonogram neurčil. Ze všech těchto důvodů obstojí závěry městského soudu a žalovaného, že tento projekt dostatečně nevymezil způsob jeho kontroly a hodnocení.

[32] Stejné platí také pro projekty Rozšíření funkcí interního IS NEPI, Pilotní síťová řešení a Softswitch Dial Telecom, v nichž byl způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu a dosažených výsledků obdobně vymezen tak, že „společnost Dial Telecom a.s. se řídí vnitřními procedurami tak, aby zabezpečila, že její aktivity jsou vedeny strukturovaným a plánovaným způsobem. Aktivity společnosti v oblasti VaV jsou realizovány v ohraničených projektech s dokumentační podporou. Průběh a výsledky projektů jsou vyhodnocovány na pravidelných týdenních schůzkách managementu a vedoucího projektu. Hlavním hlediskem sledování projektu je omezení rizik a dokončení klíčových částí projektu do konce roku 2014 (resp. 2013 či 2012 v). K tomuto hledisku je přihlédnuto i v případě, že by bylo nutné upravit sled jednotlivých aktivit.“ I v těchto projektech následuje výčet etap projektu výzkumu a vývoje s tím že „kontroly výsledků se provádějí po těchto krocích“. Podobně jako projektu Provider security (Zvýšení bezpečnosti sítě) představuje takovéto vymezení kontroly a hodnocení výsledků spíše obecný příslib, že se uskuteční nějaká kontrola a hodnocení, aniž by však byla uvedena jakákoli konkrétní pravidla, na jejichž základě kontrola a hodnocení proběhne. Odkaz na jednotlivé fáze projektů alespoň do určité míry naznačuje, jaká kritéria budou během kontroly a hodnocení sledována, činí tak ale značně nekonkrétně a ve svém důsledku nedostatečně. Nejvyšší správní soud opakuje, že nedostatky nelze zhojit pouhým odkazem na stanovené cíle jednotlivých projektů, neboť vymezení cílů projektu je samostatnou náležitostí projektu výzkumu a vývoje, která primárně slouží jinému účelu než vymezení způsobu kontroly a hodnocení projektu (srov. rozsudek Nejvyšší správního soudu ze dne 24. 11. 2017, č. j. 10 Afs 77/2017 53, body 24 a 25). Stejné platí pro toliko heslovitý odkaz na jednotlivé etapy projektu, protože ani z nich samotných nelze dovodit, jak bude jejich naplnění hodnoceno a kontrolováno. I v případě těchto projektů tedy stěžovatelka přistoupila k vymezení způsobu kontroly a hodnocení (jakož i k nim samotným) čistě formalisticky, což neodpovídá smyslu zákonného požadavku, aby ještě před zahájením řešení projektu byl vymezen způsob jeho kontroly a hodnocení. Ani tyto stěžovatelčiny projekty proto nesplňují náležitost podle § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů.

[33] Nejvyšší správní soud připouští, že právní úprava sama o sobě nepředchází nejasnostem, zda je vymezení kontroly a způsobu vyhodnocení výsledků v projektové dokumentaci v jednotlivých případech provedeno dostatečně konkrétně. To ostatně není ani z povahy věci možné – a to pro nekonečnou množinu v úvahu připadajících různých plánů a záměrů vývoje a výzkumu v různých oborech. Již z prostého jazykového výkladu § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů je však bez jakýchkoli pochybností zřejmé, že způsob kontroly a hodnocení musí být v projektové dokumentaci vymezen konkrétně. Tento výklad není extenzivní ani nezakládá závislost na subjektivní úvaze správce daně. Pokud by se nejednalo o konkrétní požadavek, mohl by zákonodárce dané ustanovení formulovat jako povinnost daňového subjektu učinit prohlášení, že bude provádět kontrolu a hodnocení projektu (jakýmkoliv způsobem). Takový požadavek by se však zcela míjel se smyslem a účelem celého procesu výzkumu a vývoje, protože by nebylo možno transparentně posoudit, zda projekt splnil požadavky na něj kladené stran vytyčených cílů (viz shodně již citovaný rozsudek č. j. 1 Afs 341/2024 29).

[34] Stěžovatelce lze přisvědčit potud, že zákon nepožaduje zcela exaktní a detailně popsaný způsob vyhodnocení projektu, na straně druhé však vyžaduje určení jeho konkrétního způsobu kontroly a hodnocení. Tomuto požadavku stěžovatelka nedostála, neboť jí formulované způsoby kontroly byly obecné a nevyplývaly z nich kritéria či parametry, které měly být u jednotlivých etap hodnoceny. Nejvyšší správní soud proto nesouhlasí se stěžovatelkou, že způsob realizace kontrolní a hodnotící činnosti je jasně patrný, v rozsahu a formě zcela přiměřené charakteru a podstatě dotčených projektů. Městský soud ani daňové orgány po stěžovatelce nepožadovaly, aby dopodrobna naplánovala veškerou kontrolní činnost, nýbrž aby uvedla, za splnění jakých podmínek budou projekty (a jejich jednotlivé etapy) považovány za úspěšné, což neučinila. Neobstojí stěžovatelčin obecný poukaz na běžné a evidentní pravidla a mechanismy její obchodní činnosti, neboť v této úvaze pomíjí zvýšené nároky kladené na daňový subjekt k prokázání oprávněnosti odpočtu na podporu výzkumu a vývoje tak, aby projekt byl prospektivním dokumentem a aby a priori konkretizoval, jakým způsobem proběhne kontrola a hodnocení. Tento požadavek není přehnaný, nýbrž odpovídá shora vymezeným principům, za nichž může daňový subjekt uplatnit odečitatelnou položku na podporu výzkumu a vývoje. Stejně tak neobstojí stěžovatelčino tvrzení, že pouze pokud by projekty neobsahovaly údaje o způsobu kontroly a hodnocení postupu, byl by postup daňových orgánů správný. Zákonným požadavkům nedostojí rovněž obecné a nekonkrétní vymezení kontrolní a hodnotící činnosti.

[35] K námitce přehnaného formalismu Nejvyšší správní soud opakuje, že obecný důraz na splnění formálních náležitostí stanovených zákonem o daních z příjmů pro odpočet na podporu výzkumu a vývoje není samoúčelný či formalistický. Formální náležitosti projektu výzkumu a vývoje zákonodárce spojil s nárokem na odpočet, který je svou povahou pro daňové subjekty výhodný a atraktivní, což odůvodňuje, aby požadavky na splnění podmínek takového odpočtu byly přísnější. Stěžovatelka se proto nemůže důvodně dovolávat přehnaného formalismu ve výkladu městského soudu, neboť bylo její povinností pro úspěšné uplatnění nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje, aby jí předložené projekty splnily veškeré formální náležitosti stanovené zákonem o daních z příjmů. Nedostály li požadavku vyplývajícímu z § 34c odst. 1 písm. f) zákona o daních z příjmů, nemohly daňové orgány než dospět k závěru, že stěžovatelka uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje v rozporu se zákonem a je nezbytné jí tento odpočet odepřít.

[36] Nejvyšší správní soud dále uvádí, že daňové orgány ani soudy nejsou povinny zkoumat podstatu realizovaných projektů, včetně jejich existence, smyslu či technologického přínosu (slovy stěžovatelky reálný pokrok a dosažení skutečných cílů), pokud projekt nesplnil obsahové požadavky. Teprve dostojí li projekt formálním požadavkům zákona, zkoumají daňové orgány také materiální stránku věci, tj. zda činnost daňového subjektu splnila parametry výzkumu a vývoje a její vědecký či technologický přínos (viz shodně rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 22. 11. 2024, č. j. 2 Afs 295/2023 40). Proto ani kasační soud neposuzoval věcnou podstatu projektů stěžovatelky, neboť jejich výsledky nebyly pro posouzení věci rozhodné.

[37] Druhým důvodem pro odepření stěžovatelkou uplatněných odpočtů na podporu výzkumu a vývoje byl u nákladů uplatněných ve zdaňovacím období roku 2016 způsob vedení oddělené evidence mzdových nákladů. Nejvyšší správní soud se kasačními námitkami vztahujícímu se k tomuto porušení zákona o daních z příjmů rovněž zabýval, přestože ani jejich důvodnost by nemohla nic změnit na závěrech daňových orgánů. Pro neuznání odčitatelné položky uplatněné na podporu výzkumu a vývoje postačí nesplnění, byť jen jedné ze zákonem stanovených formálních podmínek (k tomu srov. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021 57, či ze dne 29. 8. 2024, č. j. 6 Afs 76/2024 42).

[38] Podle § 34b odst. 1 zákona o daních z příjmů výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které ... jsou výdaji (náklady) na dosažení zajištění a udržení příjmů a jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).

[39] Nejvyšší správní soud již v rozsudku ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016 51, na který v projednávané věci odkázal i městský soud, konstatoval, že smyslem oddělené evidence je „vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady)“.

[40] Daňové orgány dospěly k závěru, že stěžovatelka neprokázala vedení oddělené evidence nákladů zajišťující přesné a prokazatelné ocenění osobních nákladů vynaložených na výzkum a vývoj ve smyslu § 34b zákona o daních z příjmů. Stěžovatelka sice vedla evidenci odpracovaných hodin pracovníků podílejících se na projektech výzkumu a vývoje, ocenění mzdových nákladů však stanovila na bázi průměrné hodinové sazby daného roku a nikoli na bázi platné hodinové sazby v daném měsíci. Tyto závěry městský soud akceptoval a dovodil, že stěžovatelčin nesprávný postup vedl ke zkreslení výše mzdových údajů. Nejvyšší správní soud se se závěry daňových orgánů a městského soudu ztotožňuje.

[41] Z judikatury Nejvyššího správního soudu vyplývá, že daňový subjekt je povinen „vést podrobnou evidenci nákladů (výdajů), z nichž bude patrné, kolik hodin strávil který zaměstnanec prací na jednotlivých projektech. Jakkoliv s sebou takový postup nese vyšší administrativní zatížení stěžovatele, je třeba mít na zřeteli, že odpočet nákladů (výdajů) na výzkum a vývoj podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů představuje jisté beneficium, a pokud má stěžovatel zájem z něj těžit, musí splnit striktní podmínky stanovené zákonodárcem“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 11. 2020, č. j. 1 Afs 270/2020 26). Dostatečnost evidencí je třeba posuzovat s ohledem na jejich smysl a účel spočívající v zobrazení úplného soupisu všech nákladů vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu a výzkumu, přičemž je zkoumána v každém jednotlivém případu s ohledem na individuální skutkové okolnosti každé věci (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 1. 2025, č. j. 4 Afs 215/2024 37, bod 37).

[42] Nejvyšší správní soud uznává, že nelze a priori vymezit přesný obraz toho, jak má dostatečná evidence vypadat (slovy stěžovatelky není dána závazná podoba vedené evidence). Osobní mzdové náklady ovšem musí být v evidenci zachyceny tak, aby odpracované hodiny daného pracovníka byly přiřaditelné ke konkrétnímu projektu výzkumu a vývoje a aby bylo možné evidované výdaje jednoznačně propojit s jednotlivými účetními doklady. Daňový subjekt musí předložit takové důkazy, ze kterých lze poměrně snadno spočítat mzdové náklady na jednotlivé projekty (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 11. 2022, č. j. 10 Afs 62/2021 48 bod 11 a 15).

[43] V nynější věci stěžovatelka předložila evidenci, ze které bylo jednoznačné, kolik hodin v každém měsíci na každém projektu odpracovali uvedení zaměstnanci. V předložené evidenci však nebyly uvedeny skutečné mzdové náklady jednotlivých zaměstnanců ve vztahu k jednotlivým projektům, protože stěžovatelka výši mzdových nákladů na projekty určila pouze jejím dopočítáním z celoročních průměrných hodnot osobních nákladů těchto zaměstnanců. Mzdový náklad vypočtený pouze na bázi ročního průměru ale nemůže v úplnosti odpovídat zaúčtovanému osobnímu nákladu a nejedná se o osobní náklady prokazatelně skutečně vynaložené na realizaci projektů výzkumu a vývoje. Nejvyšší správní soud souhlasí s městským soudem a daňovými orgány, že v důsledku tohoto postupu nebylo zaručeno, že byla vedena evidence těchto nákladů tak, aby do odpočtu byly zahrnuty pouze náklady prokazatelně vynaložené na výzkum a vývoj. Stěžovatelkou provedený způsob ocenění osobního mzdového nákladu nevyjadřuje skutečně vynaložené mzdové náklady v jednotlivém měsíci, a mzdové náklady tak nemohly být jednotlivě propojeny s účetními případy.

[44] Správnost výše uvedených úvah dokládají již správcem daně uvedené konkrétní příklady, u nichž ocenění mzdových nákladů v oddělené evidenci neodpovídalo ocenění jednotlivých účetních případů. Takto u Ing. J. Š. byly osobní náklady za leden 2014 zaúčtovány v ocenění hodinovou sazbou ve výši 546,20 Kč, v oddělené evidenci nákladů však byl souhrn odpracovaných hodin tohoto zaměstnance na projekty výzkumu a vývoje za měsíc leden oceněn částkou 684,68 Kč na 1 odpracovanou hodinu. Obdobně hodinový osobní náklad Ing. I. L. v lednu 2014 činil dle účetnictví 509,78 Kč, v oddělené evidenci nákladů však byla každá hodina Ing. I. L. věnovaná projektům výzkumu a vývoje ohodnocena částkou 1.200,79 Kč. Neprůkaznost stěžovatelkou vedené mzdové evidence podporuje také skutečnost, že stejným způsobem stěžovatelka vypočítávala hodinou sazbu zaměstnanců i u těch projektů, které skončily již v průběhu roku. U projektu Pilotní síťová řešení takto byly poslední odpracované hodiny na projekt evidovány za červenec roku 2014, přesto však stěžovatelka osobní náklady na tento projekt ocenila celoročními průměry osobních nákladů zaměstnanců z roku 2014. Výši nákladů na realizaci projektů výzkumu a vývoje v tomto případě bezesporu nedůvodně ovlivňovala výše osobních nákladů v měsících, ve kterých se daný pracovník na realizaci dotčeného projektu vůbec nepodílel. Teprve v roce 2017 stěžovatelka za každý jednotlivý měsíc správně sledovala a evidovala jak počet odpracovaných hodin na projektech výzkumu, tak i měsíční osobní náklad jednotlivých pracovníků.

[45] Nejvyšší správní soud souhlasí se stěžovatelkou, že je na volbě daňového subjektu, jak požadavek zákona na vedení oddělení evidence nákladů vyřeší, vždy je však nezbytné, aby zpracovávaná evidence naplnila účel § 34b zákona o daních z příjmů, kterým je vytvoření evidence, z níž bude dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Evidence mzdových nákladů vypočtených na základě průměrné hodinové sazby daného roku a nikoli na bázi platné hodinové sazby v daném měsíci neumožňuje propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady). Nejedná se tudíž o evidenci osobních nákladů prokazatelně skutečně vynaložených na realizaci projektů výzkumu a vývoje. Do této evidence nejsou již z podstaty zahrnuty skutečně vynaložené mzdové náklady. Nejvyšší správní soud nevidí důvod zpochybňovat tvrzení správce daně, že pokud hodnoty odpracovaných hodin celkem, odpracovaných hodin na projektech výzkumu a vývoje a měsíční sazby osobních nákladů během roku významně fluktuují, nemůžou hodnoty oceněné na bázi ročního aritmetického průměru odpovídat skutečně vynaloženým a zaúčtovaným nákladům.

[46] Tvrzení stěžovatelky, že nárok na daňový odpočet je součástí daňového přiznání v rámci ročního zúčtovacího období, takže neexistuje žádný důvod, proč by vyúčtování mzdových nákladů nemělo pracovat s metodikou založenou na ročním vyúčtování, neobstojí, neboť pomíjí základní účel vedení oddělené evidence nákladů na podporu výzkumu a vývoje, kterým je identifikace výdajů a možnost propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady). Stejně tak není důvodná stěžovatelčina námitka, že použití ročního průměru může být více vypovídající a férovější, neboť eliminuje dočasné výkyvy. Tato úvaha nic nemění na skutečnosti, že stěžovatelkou vedené evidence neprezentovaly skutečné ocenění skutečně vynaložených mzdových nákladů. Důvodnost této kasační námitky nezakládá ani stěžovatelkou tvrzená skutečnost, že daňovými orgány požadovaná evidence je v rozporu s běžnými účetními postupy. Pro danou věc jsou rozhodná citovaná ustanovení zákona o daních z příjmů a naplnění jejich smyslu a účelu, jak je vymezil a konkretizoval Nejvyšší správní soud ve své judikatuře, nikoli stěžovatelkou tvrzené běžné účetní postupy (shodně viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 7. 2025, č. j. 21 Afs 21/2025 34). Daňové orgány neodmítly strukturu, tedy formu a podobu jeho oddělených evidencí, ale pouze nedostatečnost a nesprávnost informací, které stěžovatelka do těchto evidencí zanášela. Lze pouze zopakovat, že odpočet nákladů (výdajů) na výzkum a vývoj podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů představuje jisté beneficium, a pokud měla stěžovatelka zájem z něj těžit, musela splnit striktní podmínky stanovené zákonodárcem. Konečně ani dovolávání se principu in dubio mitius, resp. in dubio pro liberate v tomto případě neobstojí, protože povinnost vést oddělenou evidenci plyne přímo ze zákona o daních z příjmů, aniž by bylo možno shledat nejasnosti ve výkladu aplikovaných ustanovení tohoto zákona.

[47] Pro úplnost Nejvyšší správní soud dodává, že stěžovatelkou odkazovaný pokyn Ministerstva financí D 288 není obecně závazným předpisem (jedná se o interní normativní instrukci, která představuje pokyn nadřízeného orgánu vůči orgánu služebně podřízenému), pročež z něj nelze dovozovat povinnosti daňového subjektu nad rámec zákona. Z tohoto důvodu lze také uvedený pokyn použít pouze jako výkladové vodítko v mezích, v nichž je souladný se zněním zákona o daních z příjmů (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 10. 2006, č. j. 8 Afs 3/2005 5). Požadavek na vedení dostatečně průkazné oddělené evidence nákladů (jakož i náležité vymezení způsobu sledování projektu a jeho kontroly) však vyplývá přímo ze zákona. Nejvyšší správní soud proto neshledal důvodnými stěžovatelčiny poukazy na nejasnost tohoto metodického pokynu. IV. Závěr a náklady řízení

[48] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 poslední věty s. ř. s. zamítl.

[49] O náhradě nákladů řízení o kasační stížnosti bylo rozhodnuto podle § 60 odst. 1 a 7 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Žalobkyně jako stěžovatelka neměla ve věci úspěch, nemá proto právo na náhradu nákladů řízení. Žalovaný sice měl ve věci plný úspěch, nevznikly mu však žádné náklady nad rámec běžné úřední činnosti. Nejvyšší správní soud proto rozhodl tak, že se mu náhrada nákladů řízení nepřiznává.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné (§ 53 odst. 3 s. ř. s.). V Brně dne 12. listopadu 2025

JUDr. Jiří Palla

předseda senátu

Plný text rozhodnutí