6 As 121/2025

6 As 121/2025- 62 - text

6 As 121/2025 - 70

pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedkyně senátu Veroniky Juřičkové a soudců Filipa Dienstbiera a Václava Štencla v právní věci žalobců: a) Spokojené díly z.s., sídlem Foglarova 1817/57, Kuřim, b) Občané Malhostovic za Optimalizovanou D43, z.s., sídlem Malhostovice 152, Malhostovice, oba zastoupeni Mgr. Lenkou Kotulkovou, advokátkou, sídlem Kopečná 241/20, Brno, c) Děti Země

Klub za udržitelnou dopravu, sídlem Körnerova 219/2, Brno, zastoupený JUDr. Petrou Humlíčkovou, Ph.D., advokátkou, sídlem Vodičkova 704/36, Praha 1, proti žalovanému: Ministerstvo životního prostředí, sídlem Vršovická 1442/65, Praha 10, za účasti: I) Občané za ochranu kvality bydlení a životního prostředí v Troubsku, z.s., sídlem Hodakova 582/27, Troubsko, II) Ochránci Brněnské přehrady a okolí, z.s., sídlem Laštůvkova 729/25, Brno, III) Spolek Obchvat, z.s., sídlem Stojanova 766/7, Znojmo, IV) Občané za ochranu kvality bydlení v Brně

Kníničkách, Rozdrojovicích a Jinačovicích, z.s., sídlem U Luhu 246/18, Brno, V) Ředitelství silnic a dálnic s. p., sídlem Čerčanská 2023/12, Praha 4, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 11. 3. 2025, č. j. MZP/2024/240/2035, o kasační stížnosti osoby zúčastněné na řízení V proti rozsudku Krajského soudu v Brně ze dne 11. 7. 2025, č. j. 29 A 27/2025

237,

I. Kasační stížnost osoby zúčastněné na řízení V se zamítá.

II. Osoba zúčastněná na řízení V a žalovaný nemají právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.

III. Osoba zúčastněná na řízení V je povinna zaplatit každému ze žalobců a) a b) náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti ve výši 4 383 Kč (celkem 8 766 Kč), a to do jednoho měsíce od právní moci tohoto rozsudku k rukám zástupkyně žalobců a) a b) Mgr. Lenky Kotulkové, advokátky.

IV. Osoba zúčastněná na řízení V je povinna zaplatit žalobci c) náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti ve výši 5 070 Kč, a to do jednoho měsíce od právní moci tohoto rozsudku k rukám zástupkyně žalobce c) JUDr. Petry Humlíčkové, Ph.D., advokátky.

V. Osoby zúčastněné na řízení I až IV nemají právo na náhradu nákladů řízení o kasační stížnosti.

[1] Osoba zúčastněná na řízení V podala žádost o udělení výjimky ze základních podmínek ochrany sedmnácti zvláště chráněných druhů živočichů podle § 56 zákona č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, v souvislosti se záměrem přestavby křižovatky I/43 MÚK Kuřim, východ. Přílohou žádosti bylo mj. hodnocení vlivu zamýšleného zásahu na chráněné zájmy dle § 67 zákona o ochraně přírody a krajiny (dále jen „biologické hodnocení“). Krajský úřad Jihomoravského kraje, odbor životního prostředí (dále jen „prvostupňový správní orgán“), rozhodnutím ze dne 20. 6. 2024, č. j. JMK 77591/2024, žádosti vyhověl a výroky I až IV povolil výjimky pro vymezené skupiny bezobratlých živočichů, ptáků, obojživelníků, plazů a savců podle § 56 odst. 1, odst. 2 písm. c) a odst. 7 zákona o ochraně přírody a krajiny ze zákazů a základních podmínek ochrany zvláště chráněných druhů živočichů podle § 50 zákona o ochraně přírody a krajiny při dodržení celkem šestnácti stanovených podmínek.

[2] Proti rozhodnutí prvostupňového správního orgánu podala odvolání řada spolků včetně žalobců a), b) a c). Žalovaný v odvolacím řízení dospěl k závěru, že stavbou záměru dojde ke škodlivému zásahu do biotopů a populací některých druhů zvláště chráněných živočichů. Tento zásah nicméně nebude dle žalovaného nepřiměřený a významný. Žalovaný v záhlaví označeným rozhodnutím nahradil výroky I až IV prvostupňového rozhodnutí z důvodu jejich upřesnění. Uznal také odvolací námitku, že mezi podmínkami povolené výjimky chybělo časové vymezení kontrol. Připojil proto podmínku č. 17, která stanovila, v jakých fázích realizace záměru dojde ke kontrole stanovených podmínek. Ve výroku také zohlednil změny předpisů, které souvisely s přijetím zákona č. 283/2021 Sb., stavební zákon. Ve zbytku žalovaný prvostupňové rozhodnutí potvrdil.

[3] Žalobci a) a b) společně podali proti rozhodnutí žalovaného žalobu. Proti rozhodnutí žalovaného se samostatnou žalobou bránil také žalobce c). Krajský soud v Brně spojil žaloby ke společnému projednání a rozhodnutí a rozsudkem označeným v záhlaví rozhodnutí žalovaného zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. V odůvodnění rozsudku krajský soud poukázal na skutečnost, že obdobným záměrem přestavby křižovatky I/43 Podlesí – obchvat, která se nachází v blízkosti nyní posuzovaného záměru a je společně s ním součástí programu odstranění dopravních závad na komunikaci I/43 (s navazujícími stavbami I/43 MÚK Podlesí a I/43 MÚK Lipůvka), se již Nejvyšší správní soud ve věci totožných účastníků zabýval v nedávném rozsudku ze dne 4. 4. 2025, č. j. 10 As 3/2025

143. Krajský soud tak s ohledem na obdobné skutkové okolnosti a věcnou souvislost obou záměrů, jakož i shodnou žalobní argumentaci vycházel ze závěrů vyslovených v uvedeném rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143, v němž Nejvyšší správní soud uzavřel, že pokud na základě výsledku zjišťovacího řízení neproběhlo posouzení EIA, je namístě klást vyšší nároky na správní orgány rozhodující o výjimce. V takovém případě sice orgány ochrany přírody nemají možnost předložený záměr upravit či změnit, ale jsou povinny žádost o výjimku zamítnout, pokud žadatel o výjimku neprokáže, že záměr v předložené podobě je z hlediska tvrzeného veřejného zájmu jediným uspokojivým řešením, tj. že jiné řešení, které by srovnatelně naplnilo tvrzení veřejný zájem a zároveň by nemělo žádné nebo by mělo menší dopady na chráněné druhy, neexistuje.

[3] Žalobci a) a b) společně podali proti rozhodnutí žalovaného žalobu. Proti rozhodnutí žalovaného se samostatnou žalobou bránil také žalobce c). Krajský soud v Brně spojil žaloby ke společnému projednání a rozhodnutí a rozsudkem označeným v záhlaví rozhodnutí žalovaného zrušil a věc vrátil žalovanému k dalšímu řízení. V odůvodnění rozsudku krajský soud poukázal na skutečnost, že obdobným záměrem přestavby křižovatky I/43 Podlesí – obchvat, která se nachází v blízkosti nyní posuzovaného záměru a je společně s ním součástí programu odstranění dopravních závad na komunikaci I/43 (s navazujícími stavbami I/43 MÚK Podlesí a I/43 MÚK Lipůvka), se již Nejvyšší správní soud ve věci totožných účastníků zabýval v nedávném rozsudku ze dne 4. 4. 2025, č. j. 10 As 3/2025

143. Krajský soud tak s ohledem na obdobné skutkové okolnosti a věcnou souvislost obou záměrů, jakož i shodnou žalobní argumentaci vycházel ze závěrů vyslovených v uvedeném rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143, v němž Nejvyšší správní soud uzavřel, že pokud na základě výsledku zjišťovacího řízení neproběhlo posouzení EIA, je namístě klást vyšší nároky na správní orgány rozhodující o výjimce. V takovém případě sice orgány ochrany přírody nemají možnost předložený záměr upravit či změnit, ale jsou povinny žádost o výjimku zamítnout, pokud žadatel o výjimku neprokáže, že záměr v předložené podobě je z hlediska tvrzeného veřejného zájmu jediným uspokojivým řešením, tj. že jiné řešení, které by srovnatelně naplnilo tvrzení veřejný zájem a zároveň by nemělo žádné nebo by mělo menší dopady na chráněné druhy, neexistuje.

[4] Krajský soud připomněl, že v projednávané věci osoba zúčastněná na řízení V podala žádost podle § 56 odst. 1 zákona o ochraně přírody a krajiny o kvalifikovanou výjimku ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů, neboť některé dotčené druhy jsou předmětem ochrany podle unijního práva. V takovém případě může orgán ochrany přírody povolit výjimku pouze tehdy, je

li dán některý z výslovně uvedených důvodů, jestliže neexistuje jiné uspokojivé řešení a jestliže povolovaná činnost neovlivní dosažení či udržení příznivého stavu druhu z hlediska ochrany. Krajský soud vycházel z toho, že správní orgány v reakci na uplatněné odvolací námitky (spočívající v poukazu žalobců právě na možnou odlišnou podobu křižovatky představující menší a šetrnější zásah do přírody, a tedy ono jiné uspokojivé řešení) ve vydaných rozhodnutích vysvětlovaly prokázání neexistence jiného uspokojivého řešení buď odkazem na závěry zjišťovacího řízení, anebo tautologicky konstatováním, že „stavba je řešena v jedné variantě, čímž byla prokázána neexistence jiného uspokojivého řešení“. V situaci, kdy neproběhlo posouzení EIA, měl žalovaný dle krajského soudu ověřit, zda osoba zúčastněná na řízení V jako žadatel o výjimku dostatečně vysvětlila a doložila, proč jako nejvhodnější řešení vybrala variantu křižovatky v navržené podobě, a pokud to neučinila, měl ji žalovaný vyzvat k vyjádření, vysvětlení, případně k doložení, proč není a nemůže být jiným uspokojivým řešením právě varianta zmiňovaná žalobci (např. protože není reálná a uskutečnitelná a z jakých konkrétních důvodů, nebo protože nenaplní veřejný zájem v takové míře jako předložená varianta, nebo bude mít srovnatelné či vážnější dopady, anebo by sice měla menší dopady, ty by však byly ve zřetelném nepoměru k výši realizačních nákladů, stavebně technickým komplikacím nebo urbanisticky nežádoucím důsledkům, aj., které by s sebou žalobci tvrzená varianta nesla). Dle krajského soudu tak k prozkoumání žalobci tvrzené existence jiného uspokojivého řešení adekvátním způsobem nedošlo. Pochybení krajský soud shledal také v případě námitky žalobce c), který požadoval výslovně stanovit podmínku vedení tzv. ekologického deníku. Žalobce c) vysvětlil rozdíl mezi ekologickým a stavebním deníkem. Žalovaný však dle krajského soudu námitku vypořádal nedostatečně (a tedy nepřezkoumatelně) pouze stručným konstatováním, že ekologický deník by byl ve vztahu ke stavebnímu deníku evidencí duplicitní. Dle krajského soudu se tak žalovaný s podstatou odvolací argumentace nevypořádal.

[4] Krajský soud připomněl, že v projednávané věci osoba zúčastněná na řízení V podala žádost podle § 56 odst. 1 zákona o ochraně přírody a krajiny o kvalifikovanou výjimku ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů, neboť některé dotčené druhy jsou předmětem ochrany podle unijního práva. V takovém případě může orgán ochrany přírody povolit výjimku pouze tehdy, je

li dán některý z výslovně uvedených důvodů, jestliže neexistuje jiné uspokojivé řešení a jestliže povolovaná činnost neovlivní dosažení či udržení příznivého stavu druhu z hlediska ochrany. Krajský soud vycházel z toho, že správní orgány v reakci na uplatněné odvolací námitky (spočívající v poukazu žalobců právě na možnou odlišnou podobu křižovatky představující menší a šetrnější zásah do přírody, a tedy ono jiné uspokojivé řešení) ve vydaných rozhodnutích vysvětlovaly prokázání neexistence jiného uspokojivého řešení buď odkazem na závěry zjišťovacího řízení, anebo tautologicky konstatováním, že „stavba je řešena v jedné variantě, čímž byla prokázána neexistence jiného uspokojivého řešení“. V situaci, kdy neproběhlo posouzení EIA, měl žalovaný dle krajského soudu ověřit, zda osoba zúčastněná na řízení V jako žadatel o výjimku dostatečně vysvětlila a doložila, proč jako nejvhodnější řešení vybrala variantu křižovatky v navržené podobě, a pokud to neučinila, měl ji žalovaný vyzvat k vyjádření, vysvětlení, případně k doložení, proč není a nemůže být jiným uspokojivým řešením právě varianta zmiňovaná žalobci (např. protože není reálná a uskutečnitelná a z jakých konkrétních důvodů, nebo protože nenaplní veřejný zájem v takové míře jako předložená varianta, nebo bude mít srovnatelné či vážnější dopady, anebo by sice měla menší dopady, ty by však byly ve zřetelném nepoměru k výši realizačních nákladů, stavebně technickým komplikacím nebo urbanisticky nežádoucím důsledkům, aj., které by s sebou žalobci tvrzená varianta nesla). Dle krajského soudu tak k prozkoumání žalobci tvrzené existence jiného uspokojivého řešení adekvátním způsobem nedošlo. Pochybení krajský soud shledal také v případě námitky žalobce c), který požadoval výslovně stanovit podmínku vedení tzv. ekologického deníku. Žalobce c) vysvětlil rozdíl mezi ekologickým a stavebním deníkem. Žalovaný však dle krajského soudu námitku vypořádal nedostatečně (a tedy nepřezkoumatelně) pouze stručným konstatováním, že ekologický deník by byl ve vztahu ke stavebnímu deníku evidencí duplicitní. Dle krajského soudu se tak žalovaný s podstatou odvolací argumentace nevypořádal.

[5] Krajský soud také shledal pochybení spočívající v nedostatečně vymezených podmínkách výjimky. V této souvislosti dospěl k závěru, že do § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny nebyla řádně transponována úprava obsažená ve směrnici Rady 92/43/EHS ze dne 21. 5. 1992 o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (dále jen „směrnice o stanovištích“). Tato směrnice stanoví zvýšenou ochranu některých živočichů chráněných dle unijního práva, mj. omezení v odebírání a držení těchto živočichů. Článek 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích zakládá možnost odchýlit se od ochrany těchto živočichů, avšak pouze v případě odebírání a držení omezeného a příslušnými orgány stanoveného počtu jedinců za přísně kontrolovaných podmínek v omezeném rozsahu a na základě výběru. Dle krajského soudu toto pravidlo úprava § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny neobsahuje a vláda usiluje o zhojení tohoto deficitu novelizací zákona (str. 96 sněmovního tisku 878/0, 9. volební období), konkrétně vložením nového písm. f) do § 56 odst. 1 zákona o ochraně přírody a krajiny. Krajský soud přisvědčil žalobcům, že vnitrostátní právní úprava je v tomto rozsahu nedostatečná, neshledal však důvod pro předložení předběžného otázky Soudnímu dvoru Evropské Unie, neboť příslušná ustanovení lze vyložit eurokonformně. To se dle krajského soudu správním orgánům podařilo pouze částečně. Správní orgány sice vymezily počet jedinců, kterých se výjimka měla dotýkat, nebyly však naplněny požadavky ani na výběr jedinců, ani na přísné kontrolování podmínek při odebírání a držení takto chráněných živočichů.

II. Kasační stížnost a vyjádření účastníků

[5] Krajský soud také shledal pochybení spočívající v nedostatečně vymezených podmínkách výjimky. V této souvislosti dospěl k závěru, že do § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny nebyla řádně transponována úprava obsažená ve směrnici Rady 92/43/EHS ze dne 21. 5. 1992 o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (dále jen „směrnice o stanovištích“). Tato směrnice stanoví zvýšenou ochranu některých živočichů chráněných dle unijního práva, mj. omezení v odebírání a držení těchto živočichů. Článek 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích zakládá možnost odchýlit se od ochrany těchto živočichů, avšak pouze v případě odebírání a držení omezeného a příslušnými orgány stanoveného počtu jedinců za přísně kontrolovaných podmínek v omezeném rozsahu a na základě výběru. Dle krajského soudu toto pravidlo úprava § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny neobsahuje a vláda usiluje o zhojení tohoto deficitu novelizací zákona (str. 96 sněmovního tisku 878/0, 9. volební období), konkrétně vložením nového písm. f) do § 56 odst. 1 zákona o ochraně přírody a krajiny. Krajský soud přisvědčil žalobcům, že vnitrostátní právní úprava je v tomto rozsahu nedostatečná, neshledal však důvod pro předložení předběžného otázky Soudnímu dvoru Evropské Unie, neboť příslušná ustanovení lze vyložit eurokonformně. To se dle krajského soudu správním orgánům podařilo pouze částečně. Správní orgány sice vymezily počet jedinců, kterých se výjimka měla dotýkat, nebyly však naplněny požadavky ani na výběr jedinců, ani na přísné kontrolování podmínek při odebírání a držení takto chráněných živočichů.

II. Kasační stížnost a vyjádření účastníků

[6] Osoba zúčastněná na řízení V (dále jen „stěžovatel“) podala proti rozsudku krajského soudu kasační stížnost. Stěžovatel nesouhlasí se závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci přestavby křižovatky I/43 Podlesí – obchvat, ze kterého krajský soud v této věci vycházel. Dle stěžovatele naopak z jiných rozsudků Nejvyššího správního soudu vyplývá, že v řízení o výjimce dle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny již nelze posuzovat jiné varianty. Poté, co již bylo rozhodnuto o výběru konkrétní varianty, nelze po orgánech ochrany přírody v řízení o výjimce požadovat, aby se vracely o krok zpět a vedle předložené varianty zkoumaly i to, jaký dopad na zvláště chráněné druhy by měly varianty jiné, v předchozích procesech vyloučené. Přesto Nejvyšší správní soud ve věci sp. zn. 10 As 3/2025 I/43 Podlesí – obchvat nesprávně dovodil, že z důvodu neposuzovaní záměru v procesu posuzování vlivů na životní prostřední (EIA) se orgány ochrany přírody byly povinny jinými variantami zabývat. Tento rozsudek stěžovatel považuje za překvapivý, zároveň z důvodu nesouhlasu s jeho závěry navrhl věc postoupit k rozhodnutí rozšířenému senátu.

[6] Osoba zúčastněná na řízení V (dále jen „stěžovatel“) podala proti rozsudku krajského soudu kasační stížnost. Stěžovatel nesouhlasí se závěry rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci přestavby křižovatky I/43 Podlesí – obchvat, ze kterého krajský soud v této věci vycházel. Dle stěžovatele naopak z jiných rozsudků Nejvyššího správního soudu vyplývá, že v řízení o výjimce dle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny již nelze posuzovat jiné varianty. Poté, co již bylo rozhodnuto o výběru konkrétní varianty, nelze po orgánech ochrany přírody v řízení o výjimce požadovat, aby se vracely o krok zpět a vedle předložené varianty zkoumaly i to, jaký dopad na zvláště chráněné druhy by měly varianty jiné, v předchozích procesech vyloučené. Přesto Nejvyšší správní soud ve věci sp. zn. 10 As 3/2025 I/43 Podlesí – obchvat nesprávně dovodil, že z důvodu neposuzovaní záměru v procesu posuzování vlivů na životní prostřední (EIA) se orgány ochrany přírody byly povinny jinými variantami zabývat. Tento rozsudek stěžovatel považuje za překvapivý, zároveň z důvodu nesouhlasu s jeho závěry navrhl věc postoupit k rozhodnutí rozšířenému senátu.

[7] Stěžovatel dále doplnil, že žalobci odkazovaná odlišná podoba křižovatky v daném případě nepředstavovala jiné uspokojivé řešení. K řešení dopravní situace v oblasti byla již dříve vypracována územní studie, která se zabývala patnácti možnými variantami. Po důkladném přezkoumání došlo k výběru varianty, pro kterou stěžovatel požádal o udělení výjimky. Tato varianta odpovídá Zásadám územního rozvoje Jihomoravského kraje. Krajský soud se nevypořádal s vyjádřením stěžovatele učiněným při ústním jednání, v němž odkazoval na soudní řízení, ve kterých byla žalobci navrhovaná varianta křižovatky opakovaně hodnocena. Z toho stěžovatel dovozoval, že se nemůže jednat o jiné uspokojivé řešení, neboť bylo dříve zavrženo. Na této skutečnosti nic nemění, že žalobci navrhované řešení nebylo posouzeno v rámci procesu EIA. Z výsledku zjišťovacího řízení vyplynul nevýznamný vliv na životní prostředí. Proto žalovaný neměl důvod posuzovat dříve překonané varianty řešení.

[8] Krajský soud také neprovedl důkaz projektem autorizovaného dopravního projektanta z června roku 2019, který se týkal nynějšího záměru jako optimalizované varianty. Z tohoto projektu a dalších důkazů je zřejmé, že žalobci navrhované řešení je realizovatelné pouze při zkapacitnění silnice I/43, ke kterému nedojde. Žalovanému proto nelze vytýkat, že se námitkou jiné trasy zabýval pouze stručně. Odlišné řešení navrhované žalobci není dle stěžovatele dostatečně podloženo a není uskutečnitelné.

[9] Stěžovatel rovněž namítl, že dojde

li k potvrzení pochybení a nesprávného postupu žalovaného, měl by se Nejvyšší správní soud zabývat také intenzitou tohoto pochybení. Důvodem pro zrušení rozhodnutí totiž mohou být dle stěžovatele pouze vady dosahující určité intenzity. Ke zrušení rozhodnutí by mělo dojít pouze tehdy, je

li rozumně představitelné, že by obsah rozhodnutí ve věci samé byl v důsledku tohoto porušení jiný. Stěžovatel se domnívá, že v daném případě vytýkaná pochybení žalovaného nedosáhla takové intenzity, aby vedla ke zrušení rozhodnutí žalovaného a jím učiněných závěrů.

[10] K ekologickému deníku stěžovatel uvedl, že jej žalobce c) jako podmínku žádal z toho důvodu, aby již v průběhu stavby mohla veřejnost získat informace o činnosti biologického dozoru. Z návrhu podmínky vyplývá, že biologický dozor by měl vést podrobnou dokumentaci, což nevylučuje, aby byla součástí stavebního deníku. Ukládání záznamů do stavebního deníku rovněž nebrání tomu, aby je stěžovatel na vyžádání poskytl orgánu ochrany přírody.

[11] Pokud se jedná o aplikaci čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích, stěžovatel má za to, že žalovaný podmínky tohoto ustanovení naplnil. Již prvostupňový správní orgán stanovil řadu kontrol, které žalovaný dále rozšířil a zpřesnil. Stěžovatel se domnívá, že správní orgány stanovily kontroly dostatečně přísně tak, aby vyhověly požadavkům dotčené směrnice. Pravidelná kontrola v rámci kontrolních dnů stavby je dle stěžovatele dostatečně přísná, aby vyhověla požadavkům směrnice o stanovištích. V prvostupňovém rozhodnutí je u každého jednotlivého živočicha, který je unijně chráněn, uvedeno, která konkrétní podmínka na něj dopadá. Pokud krajský soud odkazoval na potřebu selekce přesouvaných živočichů, stěžovatel zpochybňuje, že je u neurčitého a předem neidentifikovatelného počtu exemplářů (např. užovky či skokana) taková selekce možná. Dle stěžovatele se v takovém případě má za to, že dojde k transferu každého exempláře, jemuž hrozí usmrcení či ohrožení.

[12] Žalovaný se ve vyjádření ke kasační stížnosti ztotožnil s argumentací stěžovatele. Jím vydané rozhodnutí respektuje požadavky vymezené § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny a vypořádalo se se všemi odvolacími námitkami. Odlišná varianta křižovatky byla dle žalovaného opakovaně odmítnuta jako nevhodná. Za takové situace nelze po žalovaném jako orgánu ochrany přírody požadovat, aby vedle varianty, kterou představil žadatel a která byla vybrána jako přijatelná, zkoumal i to, jaké dopady by měly varianty jiné. V rámci výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů je třeba neexistenci jiného uspokojivého řešení vztahovat přímo k dopadům na přítomné druhy. Je proto nutné hledat a hodnotit aspekty konkrétního technického řešení. Tato úvaha se dle žalovaného v rozhodnutí o odvolání objevila.

[13] Uložení podmínky vedení ekologického deníku žalovaný považuje za neúčelné. Již prvostupňové rozhodnutí biologickému dozoru uložilo vést podrobnou dokumentaci. Na rozdíl od stavebního deníku nemá vedení ekologického deníku zákonnou oporu. K otázce výkladu směrnice o stanovištích žalovaný uvedl, že odvolací rozhodnutí naplňuje zákonné podmínky pro udělení druhové výjimky. Rozhodnutí určuje i kontrolní mechanismy a početní vymezení jedinců, kterých se záměr dotkne. Podmínkou realizace záměru je rovněž přítomnost biologického dozoru, který bude dozorovat, dokumentovat a ovlivňovat průběh stavby, čímž bude zajištěna ochrana všech dotčených zvláště chráněných živočichů. Závěrem žalovaný ve shodě se stěžovatelem uvedl, že i kdyby Nejvyšší správní soud potvrdil krajským soudem vytýkané vady řízení, neměl by je hodnotit jako natolik závažné, aby vedly ke zrušení odvolacího rozhodnutí.

[14] Žalobci a) a b) ve společném vyjádření ke kasační stížnosti uvedli, že rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci I/43 Podlesí – obchvat, ze kterého krajský soud v nyní posuzovaném případu vycházel, považují za správný a skutkově obdobný s touto věcí. Stěžovatel pouze opakuje argumentaci, se kterou se ovšem Nejvyšší správní soud vypořádal právě v rozsudku ve věci I/43 Podlesí – obchvat. K hodnocení jiného uspokojivého řešení žalobci uvedli, že v rámci Zásad územního rozvoje Jihomoravského kraje byl vymezen pouze koridor pro silnici I/43. Neřešily se jednotlivé varianty stavby. Žalobci znovu odkázali na projekt Ing. K. z roku 2019, dle kterého by přestavba křižovatky mohla být provedena v méně rozsáhlé podobě. Toto řešení není závislé na rozšíření silnice I/43. V odvolání žalobci rovněž odkazovali na jiné studie a diplomovou práci, ve kterých byly analyzovány jiné podoby křižovatky a které mohly představovat jiné uspokojivé řešení. Těmito návrhy se však správní orgány nezabývaly.

[15] Žalobce c) ve vyjádření ke kasační stížnosti poukázal na skutečnost, že bylo povinností správních orgánů zhodnotit, zda neexistovalo jiné uspokojivé řešení než stěžovatelem předložený záměr. Žalobci předložili reálně uskutečnitelné varianty přestavby křižovatky, avšak správní orgány je nehodnotily. Věcná argumentace stěžovatele vztahující se k variantě křižovatky obsažené v projektu Ing. K. z roku 2019 byla poprvé uplatněna až v kasační stížnosti, ačkoli ji stěžovatel nepochybně mohl vznést již ve správním řízení. Žalobce c) nicméně nesouhlasí ani s argumentem stěžovatele, že by jím odkazovaná varianta křižovatky byla reálně uskutečnitelná jen při rozšíření silnice I/43 na čtyři pruhy. K podmínce vedení ekologického deníku žalobce c) odkázal na jiná správní řízení, ve kterých byla tato podmínka uložena, aniž by proti tomu stěžovatel jako účastník řízení brojil. Přístup ke stavebnímu deníku by byl žalobci c) umožněn až po dokončení stavby, naopak vedení ekologického deníku (kdykoli přístupného) podporuje právo veřejnosti na přístup k informacím o životním prostředí. Žalobce c) rovněž souhlasil se závěrem krajského soudu, že žalovaný nedostatečně vymezil podmínky výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů.

[16] Osoby zúčastněné na řízení I až IV se k podané kasační stížnosti nevyjádřily.

III. Posouzení Nejvyšším správním soudem

[17] Nejvyšší správní soud kasační stížnost posoudil a dospěl k závěru, že není důvodná.

[18] V nyní souzené věci jsou mezi účastníky řízení sporné tři okruhy otázek: 1) zda byl žalovaný povinen v řízení o udělení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů posuzovat i jiné podoby křižovatky, 2) zda správní orgány stanovily podmínky odchytu a držení živočichů chráněných na unijní úrovni v souladu se směrnicí o stanovištích a 3) zda žalovaný dostatečně vypořádal odvolací námitku týkající se požadavku na vedení tzv. ekologického deníku biologickým dozorem.

[19] Nejvyšší správní soud před vlastním vypořádáním jednotlivých sporných otázek připomíná povahu nynějšího řízení. Tím je posouzení udělení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů dle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny. U zvláště chráněných živočichů zákon chrání též jimi užívaná sídla a jejich biotop a zakazuje škodlivě zasahovat do jejich přirozeného vývoje, mimo jiné je rušit, chytat, přemisťovat, poškozovat, usmrcovat či ničit, což se vztahuje i na jejich vývojová stádia nebo jimi užívaná sídla (§ 50 zákona o ochraně přírody a krajiny).

[20] Zákon o ochraně přírody a krajiny v § 56 odst. 1 upravuje, že výjimky ze zákazů u památných stromů a zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů podle § 46 odst. 2, § 49 a 50 v případech, kdy jiný veřejný zájem převažuje nad zájmem ochrany přírody, nebo v zájmu ochrany přírody, povoluje na žádost toho, kdo zamýšlí uskutečnit škodlivý zásah, orgán ochrany přírody. U zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů, které jsou předmětem ochrany podle práva Evropských společenství, lze výjimku podle věty první povolit jen tehdy, pokud je dán některý z důvodů uvedených v odstavci 2, neexistuje jiné uspokojivé řešení a povolovaná činnost neovlivní dosažení či udržení příznivého stavu druhu z hlediska ochrany. V pochybnostech o škodlivosti zamýšleného zásahu lze požádat o poskytnutí předběžné informace podle správního řádu (pozn.: zvýraznění podtržením – zde i dále v textu – doplnil soud).

[21] V případě živočichů chráněných na unijní úrovni tak k podmínkám uvedeným v odst. 2 § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny přistupují další podmínky, a sice že výjimku lze povolit jen tehdy, pokud „neexistuje jiné uspokojivé řešení a povolovaná činnost neovlivní dosažení či udržení příznivého stavu druhu z hlediska ochrany“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 5. 2025, č. j. 6 As 355/2023

41).

[22] Úprava obsažená v zákoně o ochraně přírody a krajiny implementuje unijní úpravu, mj. směrnici o stanovištích. Dle čl. 2 odst. 1 a 2 směrnice o stanovištích je cílem ochrany přispět k zajištění biologické rozmanitosti prostřednictvím ochrany přírodních stanovišť a volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin na evropském území členských států a dále zachování nebo obnova příznivého stavu z hlediska ochrany u přírodních stanovišť, druhů volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin.

[23] Cílem řízení o výjimce je zajistit ochranu zvláště chráněných druhů živočichů a zabránit negativním zásahům směřujícím proti nim samotným i proti jejich sídlům a biotopům. Nelze

li se negativním zásahům zcela vyhnout, je nezbytné zvolit takové řešení, postupy či opatření, které negativní důsledky minimalizují. Ve světle těchto východisek a cílů bylo třeba přistoupit i k posouzení jednotlivých sporných otázek v nynější věci.

III.1 Existence jiného uspokojivého řešení

[23] Cílem řízení o výjimce je zajistit ochranu zvláště chráněných druhů živočichů a zabránit negativním zásahům směřujícím proti nim samotným i proti jejich sídlům a biotopům. Nelze

li se negativním zásahům zcela vyhnout, je nezbytné zvolit takové řešení, postupy či opatření, které negativní důsledky minimalizují. Ve světle těchto východisek a cílů bylo třeba přistoupit i k posouzení jednotlivých sporných otázek v nynější věci.

III.1 Existence jiného uspokojivého řešení

[24] Jak již bylo uvedeno výše, podmínkou, která se uplatňuje u unijně chráněných živočichů (viz body [20] a [21] výše), je neexistence jiného uspokojivého řešení záměru. V nyní posuzované věci záměr ohrožuje čtyři druhy skokanů, ropuchu zelenou, ještěrku obecnou, ťuhýka obecného a vydru říční, které chrání unijní právo. Krajský soud proto v napadeném rozsudku hodnotil žalobci namítanou existenci jiného uspokojivého řešení dopravní situace v oblasti, které by do biotopů těchto druhů živočichů nezasahovalo, anebo by zasahovalo v menší míře než stěžovatelem předkládaná podoba mimoúrovňové křižovatky. Žalobci v této souvislosti odkazovali na jiné způsoby řešení dopravní situace v oblasti, přičemž jedním z poukazovaných řešení byla odlišná podoba přestavby křižovatky, která by dle jejich názoru mohla představovat co do svého rozsahu menší a šetrnější zásah do přírody. Jelikož u záměru neproběhl proces EIA (pouze zjišťovací řízení), krajský soud dospěl k závěru, že žalovaný byl povinen se touto odlišnou variantou v řízení o výjimce dostatečně podrobně zabývat, což neučinil.

[25] Ve shodě s krajským soudem Nejvyšší správní soud uvádí, že skutkově i právně obdobnou věcí se ve své rozhodovací činnosti zabýval v nedávné době, a sice konkrétně v rozsudku ze dne 4. 4. 2025, č. j. 10 As 3/2025

[26] Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci I/43 Podlesí – obchvat potvrdil závěry, které plně dopadají i na nyní posuzovanou věc, a sice že nebyl

li záměr posouzen z hlediska vlivů na životní prostředí, ale proběhlo jen zjišťovací řízení [podle zákona č. 100/2001 Sb., o posuzování vlivů na životní prostředí a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o posuzování vlivů na životní prostředí)], orgány ochrany přírody se v následném řízení o výjimce z druhové ochrany při posuzování podmínky, že neexistuje jiné uspokojivé řešení, nemohou odmítnout zabývat jinými variantami záměru než tou, kterou předložil žadatel. Podmínku nelze považovat za splněnou jen na základě výsledku zjišťovacího řízení, podle kterého záměr v podobě předložené žadatelem nebude mít významný vliv na životní prostředí.

[27] Obdobně jako ve věci I/43 Podlesí – obchvat se přitom ani v nynějším řízení správní orgány jinými variantami, na které odkazovali žalobci ve spojitosti s tvrzeným šetrnějším zásahem do přírody nezabývaly. Žalobci odkazovali mj. na dřívější projekt Ing. K. z roku 2019, dle kterého by přestavba křižovatky mohla být provedena ve variantě pokrývající menší území, v důsledku čehož by mohla méně zasahovat do okolní přírody. Prvostupňový správní orgán k uvedené námitce pouze uvedl, že posuzovaný záměr je v souladu s územně plánovací dokumentací, což prokazuje, že neexistuje jiné uspokojivé řešení. Žalovaný se pak v odvolacím řízení odlišnou variantou odmítl zabývat s odůvodněním, že v řízení podle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny již není prostor pro zkoumání jiných variant vedení trasy silnice. Taktéž neposuzování záměru v procesu EIA dle žalovaného nasvědčuje tomu, že zvolená varianta byla tím nejvhodnějším řešením.

[28] K výše uvedenému však Nejvyšší správní soud ve shodě závěry rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 konstatuje, že Zásady územního rozvoje Jihomoravského kraje (ve znění 1. aktualizace) pro nyní zkoumaný záměr „pouze“ vymezily koridor, aniž se při jejich pořizování (v procesu hodnocení vlivů koncepce na životní prostředí

SEA) posuzovaly a porovnávaly varianty, jak má mimoúrovňová křižovatka v rámci tohoto koridoru konkrétně vypadat. V takové míře podrobnosti ostatně ani nemá územně plánovací dokumentace na úrovni zásad konkrétní záměr řešit. Záměr následně nebyl posuzován ani v procesu EIA. Proběhlo pouze zjišťovací řízení, do kterého byla předložena jediná varianta a ve kterém se ani jiné varianty zkoumat nemají (viz závěry rozsudku ve věci sp. zn. 1 As 276/2020, body 83 a 84). Nejvyšší správní soud proto v rozsudku ve věci I/43 Podlesí – obchvat dovodil (viz bod 96), že „logika, která NSS vedla k závěru, že v řízení o výjimce nejsou orgány ochrany přírody zásadně povinny ani oprávněny zkoumat jiné varianty, tedy v tomto případě neplatí. Ve smyslu citované judikatury nelze považovat variantu MÚK, kterou předkládá ŘSD, za ‘vybranou’ v předchozích procesech, a naopak jiné varianty za ‘vyloučené’. Žádný proces, který by v důsledku zkoumání variant i v řízení o výjimce ztratil smysl, totiž neproběhl“. Správní orgány proto byly povinny se odlišnou podobou křižovatky zabývat a reagovat na námitky vznesené žalobci v předchozím řízení. To však, jak správně uvedl krajský soud, neučinily. Správní orgány tak byly povinny ověřit, zda stěžovatel dostatečně vysvětlil a doložil, proč jako nejvhodnější řešení vybral právě tu variantu podoby mimoúrovňové křižovatky, k níž směřuje jeho žádost. Pokud to sám stěžovatel neučinil, měl jej žalovaný vyzvat, aby se k variantě zmiňované žalobci vyjádřil. Stěžovatel by tak mohl vysvětlit a případně doložit, proč žalobci zmiňovaná varianta není oním jiným uspokojivým řešením.

[28] K výše uvedenému však Nejvyšší správní soud ve shodě závěry rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 konstatuje, že Zásady územního rozvoje Jihomoravského kraje (ve znění 1. aktualizace) pro nyní zkoumaný záměr „pouze“ vymezily koridor, aniž se při jejich pořizování (v procesu hodnocení vlivů koncepce na životní prostředí

SEA) posuzovaly a porovnávaly varianty, jak má mimoúrovňová křižovatka v rámci tohoto koridoru konkrétně vypadat. V takové míře podrobnosti ostatně ani nemá územně plánovací dokumentace na úrovni zásad konkrétní záměr řešit. Záměr následně nebyl posuzován ani v procesu EIA. Proběhlo pouze zjišťovací řízení, do kterého byla předložena jediná varianta a ve kterém se ani jiné varianty zkoumat nemají (viz závěry rozsudku ve věci sp. zn. 1 As 276/2020, body 83 a 84). Nejvyšší správní soud proto v rozsudku ve věci I/43 Podlesí – obchvat dovodil (viz bod 96), že „logika, která NSS vedla k závěru, že v řízení o výjimce nejsou orgány ochrany přírody zásadně povinny ani oprávněny zkoumat jiné varianty, tedy v tomto případě neplatí. Ve smyslu citované judikatury nelze považovat variantu MÚK, kterou předkládá ŘSD, za ‘vybranou’ v předchozích procesech, a naopak jiné varianty za ‘vyloučené’. Žádný proces, který by v důsledku zkoumání variant i v řízení o výjimce ztratil smysl, totiž neproběhl“. Správní orgány proto byly povinny se odlišnou podobou křižovatky zabývat a reagovat na námitky vznesené žalobci v předchozím řízení. To však, jak správně uvedl krajský soud, neučinily. Správní orgány tak byly povinny ověřit, zda stěžovatel dostatečně vysvětlil a doložil, proč jako nejvhodnější řešení vybral právě tu variantu podoby mimoúrovňové křižovatky, k níž směřuje jeho žádost. Pokud to sám stěžovatel neučinil, měl jej žalovaný vyzvat, aby se k variantě zmiňované žalobci vyjádřil. Stěžovatel by tak mohl vysvětlit a případně doložit, proč žalobci zmiňovaná varianta není oním jiným uspokojivým řešením.

[29] Nejvyšší správní soud současně ve shodě se závěry vyslovenými v rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci I/43 Podlesí – obchvat nepřehlédl, že dřívější varianta Ing. K. z roku 2019 je součástí návrhu dopravního řešení širšího území na sever od Brna, která počítala s rozšířením silnice I/43 na čtyři pruhy. Byť takové komplexní řešení nakonec nebylo vybráno a zapracováno do zásad územního rozvoje, neznamená to, že lze bez dalšího odmítat i každý dílčí návrh do něj zahrnutý. Z hlediska posouzení této dřívější varianty jako možného uspokojivého řešení je totiž podstatné zejména to, v jaké části koridoru má být mimoúrovňová křižovatka umístěna (jaké konkrétní území zabere) a jak má v navržené podobě vypadat (a tedy i jak velké území zabere), nikoli kolik má silnice I/43 v alternativní podobě pruhů, ledaže by uskutečnitelnost této podoby „stála a padala“ právě s tím.

[29] Nejvyšší správní soud současně ve shodě se závěry vyslovenými v rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci I/43 Podlesí – obchvat nepřehlédl, že dřívější varianta Ing. K. z roku 2019 je součástí návrhu dopravního řešení širšího území na sever od Brna, která počítala s rozšířením silnice I/43 na čtyři pruhy. Byť takové komplexní řešení nakonec nebylo vybráno a zapracováno do zásad územního rozvoje, neznamená to, že lze bez dalšího odmítat i každý dílčí návrh do něj zahrnutý. Z hlediska posouzení této dřívější varianty jako možného uspokojivého řešení je totiž podstatné zejména to, v jaké části koridoru má být mimoúrovňová křižovatka umístěna (jaké konkrétní území zabere) a jak má v navržené podobě vypadat (a tedy i jak velké území zabere), nikoli kolik má silnice I/43 v alternativní podobě pruhů, ledaže by uskutečnitelnost této podoby „stála a padala“ právě s tím.

[30] Věcnou argumentaci k variantě odkazované žalobci nicméně stěžovatel uplatnil až v kasační stížnosti a z části též při ústním jednání před krajským soudem. Tímto způsobem však již nelze zhojit nedostatek věcného vypořádání ze strany žalovaného, které absentuje v napadeném rozhodnutí (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 13. 10. 2004, č. j. 3 As 51/2003

58, ze dne 5. 6. 2024, č. j. 6 As 153/2023

41, či ze dne 15. 4. 2025, č. j. 8 As 230/2023

110). Tím spíše nelze až v kasační stížnosti namítat, že určité navržené řešení nebylo a není technicky uskutečnitelné. Takové úvahy měl stěžovatel tvrdit a doložit ve správním řízení, nikoli až v kasační stížnosti.

[31] Nejvyšší správní soud rovněž neshledal důvod postoupit věc k rozhodnutí rozšířenému senátu. Jak již bylo uvedeno výše, Nejvyšší správní soud se v nynější věci ztotožnil se závěry vyslovenými v rozsudku I/43 Podlesí – obchvat, který nepokládá za rozporný s dosavadní judikaturou odkazovanou stěžovatelem. Podle rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 6. 2011, č. j. 6 As 8/2010

323, ze dne 19. 12. 2014, č. j. 5 As 10/2013

38, a ze dne 20. 2. 2015, č. j. 5 As 54/2013

78, nadále platí, že v řízení podle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny není prostor pro zkoumání jiných variant (v tehdejších případech tras silnice). Tyto závěry Nejvyšší správní soud vyslovil v případech, ve kterých proběhl proces posuzování EIA a kdy konkrétní odlišné varianty byly v tomto procesu zkoumány. V takovém případě nadále platí, že poté, co bylo rozhodnuto o výběru konkrétní varianty trasy, nelze po orgánech ochrany přírody v řízení o výjimce požadovat, aby se znovu vracely o krok zpět a aby vedle předložené varianty zkoumaly i to, jaký dopad na zvláště chráněné druhy by měly varianty jiné, v předchozích procesech „vyloučené“. Tím by byla popřena logická návaznost jednotlivých kroků a procesy SEA a EIA by ztrácely smysl.

[31] Nejvyšší správní soud rovněž neshledal důvod postoupit věc k rozhodnutí rozšířenému senátu. Jak již bylo uvedeno výše, Nejvyšší správní soud se v nynější věci ztotožnil se závěry vyslovenými v rozsudku I/43 Podlesí – obchvat, který nepokládá za rozporný s dosavadní judikaturou odkazovanou stěžovatelem. Podle rozsudků Nejvyššího správního soudu ze dne 23. 6. 2011, č. j. 6 As 8/2010

323, ze dne 19. 12. 2014, č. j. 5 As 10/2013

38, a ze dne 20. 2. 2015, č. j. 5 As 54/2013

78, nadále platí, že v řízení podle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny není prostor pro zkoumání jiných variant (v tehdejších případech tras silnice). Tyto závěry Nejvyšší správní soud vyslovil v případech, ve kterých proběhl proces posuzování EIA a kdy konkrétní odlišné varianty byly v tomto procesu zkoumány. V takovém případě nadále platí, že poté, co bylo rozhodnuto o výběru konkrétní varianty trasy, nelze po orgánech ochrany přírody v řízení o výjimce požadovat, aby se znovu vracely o krok zpět a aby vedle předložené varianty zkoumaly i to, jaký dopad na zvláště chráněné druhy by měly varianty jiné, v předchozích procesech „vyloučené“. Tím by byla popřena logická návaznost jednotlivých kroků a procesy SEA a EIA by ztrácely smysl.

[32] Jak ovšem Nejvyšší správní soud upozornil již v rozsudku ze dne 30. 9. 2015, č. j. 6 As 73/2015

40, č. 3343/2016 Sb. NSS, tyto závěry se uplatní pouze tehdy, pokud byly jiné varianty skutečně zkoumány. Platí tedy, že aby bylo stanovisko EIA překážkou pro zkoumání jiných variant, musejí být v procesu EIA posouzeny ty varianty záměru, které reálně připadají v úvahu. Opomene

li se některá reálná a uskutečnitelná varianta a zároveň je věrohodně doloženo, že tato varianta může mít menší dopad na chráněné druhy, nezbývá, než aby ji plnohodnotně posoudily orgány ochrany přírody v řízení o výjimce dle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny. V takovém případě totiž stanovisko EIA není dostatečnou oporou pro závěr, že neexistuje jiné uspokojivé řešení.

[32] Jak ovšem Nejvyšší správní soud upozornil již v rozsudku ze dne 30. 9. 2015, č. j. 6 As 73/2015

40, č. 3343/2016 Sb. NSS, tyto závěry se uplatní pouze tehdy, pokud byly jiné varianty skutečně zkoumány. Platí tedy, že aby bylo stanovisko EIA překážkou pro zkoumání jiných variant, musejí být v procesu EIA posouzeny ty varianty záměru, které reálně připadají v úvahu. Opomene

li se některá reálná a uskutečnitelná varianta a zároveň je věrohodně doloženo, že tato varianta může mít menší dopad na chráněné druhy, nezbývá, než aby ji plnohodnotně posoudily orgány ochrany přírody v řízení o výjimce dle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny. V takovém případě totiž stanovisko EIA není dostatečnou oporou pro závěr, že neexistuje jiné uspokojivé řešení.

[33] Na tyto závěry Nejvyšší správní soud navázal právě v rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 ve věci I/43 Podlesí – obchvat. V něm v návaznosti na rozsudek č. j. 6 As 73/2015

40 uvedl, že nedokládá

li nevhodnost jiných variant záměru v některých případech dostatečně ani stanovisko EIA, tím spíše se nelze opírat toliko o výsledek zjišťovacího řízení, který znamená pouze tolik, že záměr v předložené podobě nemá natolik významný vliv, aby bylo třeba jej posoudit v rámci procesu EIA. Kdyby i v těchto případech platilo, že orgány ochrany přírody nemohou a nemají zkoumat jiné varianty záměru než ty, které „prošly“ zjišťovacím řízením, ztratila by smysl naopak samotná podmínka neexistence jiného uspokojivého řešení. Takový výklad je dle Nejvyššího správního soudu třeba odmítnout, a to i z toho důvodu, že se jedná o podmínku plynoucí z unijního práva (čl. 16 směrnice o stanovištích). Právě u záměrů neposouzených v procesu EIA je namístě klást na orgány rozhodující o výjimce vyšší nároky. V takových případech je totiž řízení o výjimce těžištěm posouzení vlivů na chráněné druhy, které jinak bývá součástí posouzení EIA. Orgány ochrany přírody sice nemají možnost předložený záměr upravit či změnit, avšak jsou povinny žádost o výjimku zamítnout, pokud žadatel neprokáže, že právě záměr v předložené podobě je z hlediska tvrzeného veřejného zájmu jediným uspokojivým řešením. Uvedené závěry převzala i navazující judikatura (shodně viz rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 28. 5. 2025, č. j. 6 As 355/2023

41).

[34] Z výše provedeného shrnutí judikatury je zřejmé, že závěry z ní plynoucí nejsou ve vzájemném rozporu. Podstatné pro hodnocení jiných variant je to, zda byl pro záměr proveden proces EIA a zda v něm příslušný správní orgán hodnotil jiné varianty řešení. Pokud proces EIA proveden nebyl, anebo v něm konkrétní varianta (reálně připadající v úvahu) nebyla hodnocena, je orgán ochrany přírody povinen se jí k námitce zabývat v řízení o výjimce dle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny.

[35] Nejvyšší správní soud tak v dosavadní judikatuře neshledal rozpory ani nenalezl jiný důvod, pro který by se měl odchýlit od závěrů vyslovených v rozsudku č. j. 10 As 3/2025

143 vydaného ve skutkově a právně obdobné věci I/43 Podlesí – obchvat a postoupit věc k rozhodnutí rozšířenému senátu. Rozsudek I/43 Podlesí – obchvat rovněž nelze považovat za překvapivý. Povinnost orgánu ochrany přírody zkoumat jiné varianty neposuzované v procesu EIA totiž vyplývá již ze závěrů vyslovených v rozsudku č. j. 6 As 73/2015

40.

III.2 Eurokonformní výklad směrnice o stanovištích

[36] Stěžovatel dále nesouhlasí se závěrem krajského soudu, že rozhodnutí žalovaného neobsahuje náležité vymezení podmínek a způsobu kontroly odpovídajících požadavkům unijní úpravy.

[37] Dle čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích neexistuje

li žádné jiné uspokojivé řešení a za podmínky, že populace příslušného druhu přetrvávají navzdory udělené odchylce ve svém přirozeném areálu rozšíření bez negativního ovlivnění v dobrém stavu z hlediska jejich ochrany, mohou se členské státy odchýlit od ustanovení článků 12, 13, 14 a čl. 15 písm. a) a b), aby za přísně kontrolovaných podmínek v omezeném rozsahu a na základě výběru povolily odebírání nebo držení omezeného a příslušnými státními orgány stanoveného počtu jedinců určitých druhů uvedených v příloze IV.

[38] Článek 16 směrnice o stanovištích byl do českého právního řádu implementován v § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny (viz též rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 11. 2015, č. j. 10 As 2/2015

251). O ochraně jedinců (druhů uvedených v příloze IV) hovoří konkrétně výše citovaný odst. 1 písm. e) tohoto článku, který zakládá možnost odchylky od této ochrany v případě odebírání nebo držení omezeného a příslušnými orgány stanoveného počtu jedinců za přísně kontrolovaných podmínek v omezeném rozsahu a na základě výběru.

[39] Nejvyšší správní soud se ztotožňuje se závěrem krajského soudu, že implementace směrnice neproběhla v plném rozsahu, čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích nebyl do zákona o ochraně přírody a krajiny (do § 56) implementován dostatečně přesně. Za daného právního stavu proto měly správní orgány povinnost postupovat eurokonformně. Nedostatečnou implementaci lze v daném případě překlenout eurokonformním výkladem, což ve vztahu k čl. 16 směrnice o stanovištích potvrdila též judikatura (viz již odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 As 73/2015

40).

[39] Nejvyšší správní soud se ztotožňuje se závěrem krajského soudu, že implementace směrnice neproběhla v plném rozsahu, čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích nebyl do zákona o ochraně přírody a krajiny (do § 56) implementován dostatečně přesně. Za daného právního stavu proto měly správní orgány povinnost postupovat eurokonformně. Nedostatečnou implementaci lze v daném případě překlenout eurokonformním výkladem, což ve vztahu k čl. 16 směrnice o stanovištích potvrdila též judikatura (viz již odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 As 73/2015

40).

[40] Výkladem čl. 16 směrnice o stanovištích se zabývala judikatura Soudního dvora Evropské unie (dále jen „Soudní dvůr“). Čl. 16 odst. 1 směrnice o stanovištích, který přesně a vyčerpávajícím způsobem definuje podmínky, za kterých se mohou členské státy odchýlit od článků 12 až 14, jakož i čl. 15 písm. a) a b) směrnice, představuje výjimku ze systému ochrany stanoveného směrnicí, která musí být vykládána restriktivně a ukládá ohledně každé konkrétní výjimky orgánu, který o ní rozhoduje, důkazní břemeno k prokázání splnění požadovaných podmínek (rozsudky Soudního dvora ze dne 10. října 2019 ve věci Luonnonsuojeluyhdistys Tapiola, C

674/17, bod 30, ze dne 11. 6. 2020 ve věci Alianța pentru Combaterea abuzurilor, C

88/19, bod 46, a ze dne 11. 7. 2024 ve věci Umweltverband WWF Österreich a další, C

601/22, bod 50).

[41] Členské státy tak mají povinnost zabezpečit, že jakýkoliv zásah mající dopad na chráněné druhy je povolen pouze na základě rozhodnutí obsahujících přesné a náležité odůvodnění, jež odkazuje na důvody, podmínky a požadavky stanovené v čl. 16 odst. 1 směrnice o stanovištích (rozsudky Soudního dvora ze dne 8. 6, 2006 ve věci WWF Italia a další, C

60/05, bod 34, a ze dne 14. 6. 2007 ve věci Komise proti Finské republice, C

342/05, bod 25).

[42] Výjimky na základě čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích umožňují za přísně kontrolovaných podmínek v omezeném rozsahu a na základě výběru odebírání nebo držení omezeného a stanoveného počtu jedinců určitých druhů obsažených v příloze IV této směrnice. Takováto výjimka musí být použita konkrétně a jednotlivě, aby reagovala na přesně vymezené požadavky a specifické situace (rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 11. 2010 ve věci Komise proti Italské republice, C

164/09, bod 25).

[43] K podmínkám aplikace čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o přírodních stanovištích se Soudní dvůr podrobně vyjádřil v již odkazovaném rozsudku Luonnonsuojeluyhdistys Tapiola, bod 73. K podmínce selektivity a omezení odebrání nebo držení některých živočichů Soudní dvůr uvedl, že tato podmínka ukládá, aby se výjimka vztahovala na počet jedinců určených co nejúžeji, nejspecifičtěji a nejvhodněji z hlediska cíle sledovaného dotčenou výjimkou. S ohledem na velikost populace dotčeného druhu, stavu jeho ochrany a jeho biologických vlastností může být nezbytné, aby byla výjimka omezena nejen na dotyčný druh či na typy nebo skupiny jedinců tohoto druhu, ale rovněž na jedince určené jednotlivě.

[44] Podmínka spočívající v tom, že výjimky založené na čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o přírodních stanovištích musejí podléhat přísně kontrolovaným podmínkám, dle Soudního dvora vyžaduje, aby tyto podmínky, jakož i způsob, jakým je jejich dodržování zajišťováno, umožňovaly zaručit selektivní a omezený charakter odebrání nebo držení jedinců příslušného druhu. U každé z výjimek založených na tomto ustanovení se musí příslušný vnitrostátní orgán před jejím povolením ujistit, že byly dodrženy podmínky v tomto ustanovení uvedené, a sledovat její dopad a posteriori. Vnitrostátní právní úprava musí zaručovat, že legalita rozhodnutí povolujících výjimky na základě tohoto ustanovení a způsob, jakým jsou tato rozhodnutí prováděna, včetně dodržování podmínek, které se týkají zejména míst, dat, množství a typů uvedených jedinců, která tato rozhodnutí doplňují, budou kontrolovány účinným způsobem a včas (kromě rozsudku ve věci Luonnonsuojeluyhdistys Tapiola, bod 74, i rozsudek Soudního dvora ve věci WWF Italia a další, bod 47).

[45] K vymezení způsobu kontroly stanovených podmínek lze rovněž odkázat na vnitrostátní právní úpravu a judikaturu. Podle § 56 odst. 7 věty první zákona o ochraně přírody a krajiny (s účinností od 1. 1. 2024 došlo k přesunu tohoto ustanovení do odst. 6; předchozí odst. 6 byl zrušen, proto byl z tohoto ustanovení vypuštěn i odkaz na něj) v případě povolení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů platí pro obsah rozhodnutí podle odstavce 1 nebo 6, obsah opatření obecné povahy podle odstavce 4 a pro obsah dohody podle odstavce 5 obdobně § 5b odst. 3.

[46] Podle § 5b odst. 3 zákona o ochraně přírody a krajiny musí rozhodnutí podle odstavce 1 obsahovat

a) označení druhů a množství ptáků, na které se má odchylný postup vztahovat,

b) prostředky, způsob nebo metody povolené pro odchyt nebo zabíjení,

c) důvod pro odchylný postup vycházející z odstavce 1 nebo 2, podmínky a časové a místní okolnosti, za nichž lze takto postupovat,

d) způsob kontrol, které bude orgán ochrany přírody stanovující odchylný postup provádět.

[46] Podle § 5b odst. 3 zákona o ochraně přírody a krajiny musí rozhodnutí podle odstavce 1 obsahovat

a) označení druhů a množství ptáků, na které se má odchylný postup vztahovat,

b) prostředky, způsob nebo metody povolené pro odchyt nebo zabíjení,

c) důvod pro odchylný postup vycházející z odstavce 1 nebo 2, podmínky a časové a místní okolnosti, za nichž lze takto postupovat,

d) způsob kontrol, které bude orgán ochrany přírody stanovující odchylný postup provádět.

[47] Úprava § 5b byla do zákona o ochraně přírody a krajiny včleněna s účinností od 28. 4. 2004. Odkaz na § 5b odst. 3 v § 56 odst. 7 (původně a nyní opět odst. 6) zákona o ochraně přírody a krajiny, který byl do zákona vložen s účinností od 1. 12. 2009, se původně vztahoval pouze na povolení výjimky ze zákazů u zvláště chráněných druhů ptáků. Podstatné ovšem je, že zákonodárce se rozhodl s účinností od 1. 1. 2018 rozšířit tento odkaz na obdobné (tedy v zásadě plnohodnotné) použití § 5b odst. 3 zákona o ochraně přírody a krajiny na veškerá povolení výjimek ze zákazů u zvláště chráněných druhů, aniž by se nutně muselo jednat o chráněné druhy ptáků (viz již odkazovaný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 6 As 355/2023

41).

[48] Základním východiskem, ze kterého jsou správní orgány povinny při vymezení způsobu kontrol vycházet, je nutnost reflektovat to, pro které konkrétní zvláště chráněné druhy živočichů je povolení výjimky žádáno. Rozhodnutí musí zohlednit specifický způsob života těchto živočichů, jemuž musí odpovídat podmínky rozhodnutí, zejména uložená zmírňující či kompenzační opatření. Těmto opatřením pak musí odpovídat stanovení způsobu kontrol jejich dodržování. Je proto žádoucí, aby byl v aplikační praxi způsob kontrol blíže specifikován, tj. navázán věcně a časově na podmínky povolené výjimky tak, aby mohl být výkon kontrol cílený a efektivní. Kontrola nesmí být pouhou formální součástí rozhodnutí bez skutečného vlivu na ochranu přírody (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 9. 2024, č. j. 5 As 292/2023

62).

[49] Na výše uvedené závěry Nejvyšší správní soud navázal v rozsudku č. j. 6 As 355/2023

41. V něm soud vyslovil, že smyslem stanovení způsobu provádění kontrol je nastavení předvídatelných pravidel, která vytvoří již v okamžiku povolení výjimky mechanismus, jenž úměrně závažnosti předpokládanému zásahu do podmínek ochrany zvláště chráněných druhů zajistí, aby podmínky, jež mají minimalizovat dopad realizace záměru na chráněné živočichy a rostliny, nezůstaly jen na papíře a aby bylo ověřeno, že stavba záměru probíhá způsobem, který zvláště chráněné druhy ohrožuje co nejméně. Nejvyšší správní soud rovněž uvedl, že kontroly podmínek uložených výjimkou ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů musí provádět přímo orgán ochrany přírody. Nepostačuje, aby kontroly prováděl samotný stavebník nebo jím najatá osoba.

[49] Na výše uvedené závěry Nejvyšší správní soud navázal v rozsudku č. j. 6 As 355/2023

41. V něm soud vyslovil, že smyslem stanovení způsobu provádění kontrol je nastavení předvídatelných pravidel, která vytvoří již v okamžiku povolení výjimky mechanismus, jenž úměrně závažnosti předpokládanému zásahu do podmínek ochrany zvláště chráněných druhů zajistí, aby podmínky, jež mají minimalizovat dopad realizace záměru na chráněné živočichy a rostliny, nezůstaly jen na papíře a aby bylo ověřeno, že stavba záměru probíhá způsobem, který zvláště chráněné druhy ohrožuje co nejméně. Nejvyšší správní soud rovněž uvedl, že kontroly podmínek uložených výjimkou ze zákazů u zvláště chráněných druhů živočichů musí provádět přímo orgán ochrany přírody. Nepostačuje, aby kontroly prováděl samotný stavebník nebo jím najatá osoba.

[50] Z uvedeného shrnutí vyplývá, že samotné odebírání a držení zvláště chráněných druhů živočichů (je

li výjimka jako taková povolena dle § 56 odst. 1 a 2 zákona o ochraně přírody a krajiny) lze uskutečnit pouze za splnění několika podmínek, které musí správní orgán vymezit v rozhodnutí o výjimce. Tyto podmínky vyplývají jak z § 56 odst. 7 (odst. 6) ve spojení s § 5b odst. 3 zákona o ochraně přírody a krajiny, tak z eurokonformního výkladu čl. 16 odst. 1 písm. e) směrnice o stanovištích.

[51] Odebírání, držení a přemístění zvláště chráněných druhů živočichů lze provést podle těchto podmínek, které musí vymezovat rozhodnutí o výjimce:

1) vymezení počtu živočichů, kterých se odebrání a držení dotkne,

2) stanovení způsobu výběru těchto živočichů, a to co nejúžeji, nejspecifičtěji a nejvhodněji z hlediska cíle sledovaného výjimkou,

3) stanovení přísně kontrolovaných podmínek, za kterých lze chráněné živočichy odchytávat, držet a přesouvat (včetně prostředků, způsobů nebo metod povolených pro odchyt) s přihlédnutím k místním a časovým okolnostem,

4) stanovení způsobu, rozsahu a časového vymezení kontrol, které bude provádět přímo orgán ochrany přírody v reálném čase, aby mohl účinně zasáhnout a zabránit újmě chráněných živočichů, tedy docílit splnění stanovených podmínek.

[51] Odebírání, držení a přemístění zvláště chráněných druhů živočichů lze provést podle těchto podmínek, které musí vymezovat rozhodnutí o výjimce:

1) vymezení počtu živočichů, kterých se odebrání a držení dotkne,

2) stanovení způsobu výběru těchto živočichů, a to co nejúžeji, nejspecifičtěji a nejvhodněji z hlediska cíle sledovaného výjimkou,

3) stanovení přísně kontrolovaných podmínek, za kterých lze chráněné živočichy odchytávat, držet a přesouvat (včetně prostředků, způsobů nebo metod povolených pro odchyt) s přihlédnutím k místním a časovým okolnostem,

4) stanovení způsobu, rozsahu a časového vymezení kontrol, které bude provádět přímo orgán ochrany přírody v reálném čase, aby mohl účinně zasáhnout a zabránit újmě chráněných živočichů, tedy docílit splnění stanovených podmínek.

[52] Na základě shora uvedeného se Nejvyšší správní soud ztotožňuje se závěry krajského soudu, že v nyní posuzovaném případě vymezené podmínky a zdůvodnění přezkoumávané výjimky ze zákazů zvláště chráněných druhů živočichů neobstojí. Ve shodě s krajským soudem Nejvyšší správní soud uvádí, že správní orgány sice vymezily počet jedinců, kterých by se měl zásah dotknout. U každého druhu uvedly, zda se bude jednat o jednotky, desítky či tisíce jedinců: „V případě kudlanky nábožné, užovky obojkové, ťuhýka obecného, a vydry říční nejvýše o jednotky jedinců, v případě batolce červeného, otakárka fenyklového, ropuchy obecné, ropuchy zelené, skokana krátkonohého, skokana skřehotavého, skokana štíhlého, skokana zeleného, ještěrky obecné a slepýše křehkého nejvýše o jednotky až desítky jedinců, v případě čmeláka a zlatohlávka tmavého nejvýše o desítky jedinců a v případě mravence nejvýše o tisíce jedinců“. Podmínkám stanovení počtu jedinců a omezenosti rozsahu výjimky tedy správní orgány dostály. V případě zbylých podmínek však Nejvyšší správní soud stejně jako krajský soud dospěl k závěru, že je správní orgány buď nevymezily vůbec, anebo je vymezily nedostatečně.

[53] Správní orgány jednak nestanovily způsob výběru konkrétních živočichů. Nelze se ztotožnit se stěžovatelovou argumentací, že takový výběr či zúžení nebylo možné. Správní orgány měly zohlednit konkrétní druhy živočichů a s přihlédnutím k jejich specifikům stanovit způsob selekce. Způsobem výběru mohlo být např. i to, že by se odchycení a přemístění týkalo všech nalezených jedinců daného druhu, kteří by byli přímo ohroženi či dotčeni stavbou. Vymezení dotčenosti (např. dle pozemků či vzdálenosti od záměru) by v takovém případě rozhodnutí muselo jasně vymezovat. Prvostupňový správní orgán k tomu v podmínce č. 4 uvedl: „Bezprostředně před zahájením zemních prací stanovený biologický dozor prozkoumá dotčené území a zajistí případné transfery nalezených zvláště chráněných druhů“. Co přesně se rozumí dotčeným územím, však prvostupňový správní orgán nevymezil, nýbrž ponechal na úvaze biologického dozoru. Nejvyšší správní soud se neztotožňuje ani s argumentem stěžovatele, že se při absenci konkrétního výběru živočichů automaticky uplatní domněnka, dle které se má za to, že dojde k transferu každého jedince, jemuž hrozí usmrcení či ohrožení. Konkrétní podmínky selekce musí v souladu s judikaturou Soudního dvora jasně vymezit orgán ochrany přírody tak, aby se zásah dotkl jasně vymezeného okruhu chráněných živočichů. Nelze připustit, aby podmínky stanovoval pouze biologický dozor, kterého si najímá zhotovitel či objednatel stavby. Tento nedostatek pak v odvolacím řízení neodstranil ani žalovaný.

[54] Správní orgány rovněž dostatečně nevymezily podmínky odchytu, držení a přesunu zvláště chráněných druhů živočichů. Prvostupňový správní orgán pouze v podmínce č. 1 stanovil, že biologický dozor bude sledovat výskyt živočichů a „bude mít právo nařídit v případě ohrožení zvláště chráněných druhů stavební činností jejich záchranný přenos na vhodnou náhradní lokalitu“. V podmínce č. 4 prvostupňový správní orgán stanovil: „Bezprostředně před zahájením zemních prací stanovený biologický dozor prozkoumá dotčené území a zajistí případné transfery nalezených zvláště chráněných druhů. Současně dle aktuálních podmínek určí vhodné náhradní lokality pro případné transfery zvláště chráněných druhů.“ Obdobně je formulována i podmínka č. 5, která se týká kolonií mravenců rodu Formica. Tato podmínka biologickému dozoru umožňuje v případě potřeby posoudit možnosti přemístění kolonií mravenců na náhradní lokalitu nedotčenou záměrem. Další podmínky se již týkají samotného průběhu výstavby a prvků zabraňujících či snižujících ohrožení živočichů po dokončení stavby. Žádnou další podmínku v tomto ohledu nepřidal ani žalovaný.

[55] V návaznosti na výše uvedené tak je nutno přisvědčit závěrům krajského soudu, že správní orgány dostatečně nevymezily podmínky odebírání a držení zvláště chráněných druhů živočichů. V rozhodnutí neuvedly žádné povolené či nepovolené prostředky, způsoby ani metody odchytu. Nijak také nevymezily způsob a délku držení odchycených živočichů ani blíže nevymezily lokality, na které by mohli být odchycení jedinci vypuštěni. Správní orgány vše ponechávají na úvaze biologického dozoru, včetně toho, zda vůbec k odchytu a přenosu živočichů dojde (to souvisí zčásti s tím, že neprovedly selekci živočichů, u kterých by mělo k odchytu dojít).

[56] Biologický dozor je však povinen postupovat podle podmínek vymezených orgánem ochrany přírody. Není oprávněn sám určovat, zda, kolik a jakým způsobem provede odchyt živočichů, po jak dlouhou dobu a kde je bude držet a kam konkrétně je vypustí. Vzhledem k přísné vnitrostátní a unijní úpravě ochrany zvláště chráněných druhů živočichů je povinen tyto podmínky určovat orgán ochrany přírody, který výjimku ze zákazu odebírání a držení těchto živočichů povolil.

[57] V daném případě nedostatky ve stanovených podmínkách ještě umocňuje absence úpravy odpovídající kontroly. Ke kontrolní činnosti vztahující se k odebírání a držení zvláště chráněných druhů živočichů lze v nyní souzené věci přiřadit dvě podmínky obsažené v prvostupňovém rozhodnutí. V podmínce č. 2 prvostupňový správní orgán nařídil biologickému dozoru pro potřeby investora a zhotovitele vypracovat tzv. Ekorukověť stavby, která by měla obsahovat obecné zásady a povinnosti zhotovitele k omezení dopadů realizace stavby na životní prostředí a u každé citlivé lokality také konkrétní postupy stavebních prací. V rámci schvalování této ekorukověti by pak orgán ochrany přírody měl stanovit, které „činnosti budou podléhat zvýšené kontrolní činnosti ze strany orgánu ochrany přírody a vyhradí si právo na informování o jejich provádění s předstihem před jejich zahájením“. V podmínce č. 3 pak prvostupňový správní orgán stanovil, že průběžný dohled nad prováděním záměru a plněním povinností stanovených ve výjimce by měl zajistit biologický dozor. Žalovaný k těmto podmínkám doplnil vymezení, v jakých případech dojde ke kontrole prováděné orgány ochrany přírody. Jedná se o následující případy: kontrola provedení likvidace zeleně a odstranění svrchní vrstvy půdy, kontrola realizovaných opatření pro zabránění úhynu drobných živočichů na vodohospodářských objektech, kontrola stavu mostů a kontrola provedených vegetačních úpravu svahu těles komunikace.

[58] Krajský soud ve vztahu k výše popsaným kontrolním mechanismům v napadeném rozsudku správně uvedl, že postrádají jakoukoli vazbu na držení a přemisťování živočichů. Prvně žalovaným vymezená kontrola by měla proběhnout až po likvidaci zeleně, ačkoli je zřejmé, že k odchytu chráněných živočichů musí dojít (vzhledem k logické souslednosti úkonů) před likvidací zeleně, popř. nejpozději při samotné likvidaci v případě živočichů dříve neodhalených a neodchycených. V prvostupňovém rozhodnutí jsou kontrolní mechanismy vymezeny nekonkrétně, bez časového určení, anebo jsou svěřeny převážně přímo biologickému dozoru. Biologický dozor najatý zadavatelem je zajisté povinen provádět kontrolní činnost a realizovat jednotlivá opatření na ochranu chráněných živočichů dle vymezených podmínek. Primární kontrolu dodržování podmínek stanovených ve výjimce ze zákazů chráněných živočichů však je povinen provádět přímo orgán ochrany přírody (viz již odkazovaný rozsudek č. j. 6 As 355/2023

41), přičemž musí být nastavena tak, aby skutečně a efektivně zajistila kontrolu při odchytu, držení a přenosu zvláště chráněných druhů živočichů. Krajský soud v napadeném rozsudku správně dovodil, že vymezení kontrolních mechanismů ve vydaných správních rozhodnutích tento požadavek nenaplňuje, k odebírání a držení chráněných živočichů se věcně ani časově nevztahuje. Kontroly vymezené žalovaným by pak probíhaly ex post, tedy až po odchytu a přenosu chráněných živočichů. Nemohly by tedy vést k účinnému ověření a zajištění dodržení stanovených podmínek (v této věci navíc náležitě nevymezených) a tím i k účinné ochraně zvláště chráněných druhů živočichů.

[58] Krajský soud ve vztahu k výše popsaným kontrolním mechanismům v napadeném rozsudku správně uvedl, že postrádají jakoukoli vazbu na držení a přemisťování živočichů. Prvně žalovaným vymezená kontrola by měla proběhnout až po likvidaci zeleně, ačkoli je zřejmé, že k odchytu chráněných živočichů musí dojít (vzhledem k logické souslednosti úkonů) před likvidací zeleně, popř. nejpozději při samotné likvidaci v případě živočichů dříve neodhalených a neodchycených. V prvostupňovém rozhodnutí jsou kontrolní mechanismy vymezeny nekonkrétně, bez časového určení, anebo jsou svěřeny převážně přímo biologickému dozoru. Biologický dozor najatý zadavatelem je zajisté povinen provádět kontrolní činnost a realizovat jednotlivá opatření na ochranu chráněných živočichů dle vymezených podmínek. Primární kontrolu dodržování podmínek stanovených ve výjimce ze zákazů chráněných živočichů však je povinen provádět přímo orgán ochrany přírody (viz již odkazovaný rozsudek č. j. 6 As 355/2023

41), přičemž musí být nastavena tak, aby skutečně a efektivně zajistila kontrolu při odchytu, držení a přenosu zvláště chráněných druhů živočichů. Krajský soud v napadeném rozsudku správně dovodil, že vymezení kontrolních mechanismů ve vydaných správních rozhodnutích tento požadavek nenaplňuje, k odebírání a držení chráněných živočichů se věcně ani časově nevztahuje. Kontroly vymezené žalovaným by pak probíhaly ex post, tedy až po odchytu a přenosu chráněných živočichů. Nemohly by tedy vést k účinnému ověření a zajištění dodržení stanovených podmínek (v této věci navíc náležitě nevymezených) a tím i k účinné ochraně zvláště chráněných druhů živočichů.

[59] Nejvyšší správní soud proto ve shodě s krajským soudem shrnuje, že správní orgány sice ve vydaných rozhodnutích stanovily počty živočichů, kterých se výjimka ze zákazů týkala. Ostatní podmínky však vymezily nedostatečně, anebo je zcela opomněly. Jedná se přitom o pochybení závažné, které navíc umocňuje absence vymezení kontrolních mechanismů vztažených přímo k odebírání a držení zvláště chráněných druhů živočichů.

III.3 Ekologický deník

[60] Krajský soud dále v napadeném rozsudku žalovanému vytkl, že se nevypořádal s námitkou žalobce c), který žádal doplnění podmínky týkající se vedení ekologického deníku. Žalovaný na tuto námitku reagoval poukazem na duplicitu údajů evidovaných ve stavebním deníku. Krajský soud považoval toto vypořádání za nedostatečné, neboť se nezabývá podstatou odvolací argumentace. Rovněž tomuto závěru krajského soudu Nejvyšší správní soud přisvědčuje.

[61] Žalobce c) žádal o doplnění podmínky vedení ekologického deníku (vedeného průběžně biologickým dozorem) z důvodu usnadnění přístupu veřejnosti k těmto informacím. Námitka žalobce c) se tedy ve své podstatě týkala zajištění přístupu veřejnosti k informacím o stavbě, zejména k informacím o konkrétních zásazích do přírody. V odvolání žalobce také vysvětloval rozdíl mezi stavebním deníkem a tzv. ekologickým deníkem. Jelikož žalovaný v rozhodnutí o odvolání pouze uvedl, že tytéž záznamy se evidují ve stavebním deníku nebo v dokumentaci o naplňování zájmů ochrany přírody, je zřejmé, že se s uplatněnou odvolací námitkou náležitě a přezkoumatelně nevypořádal. Stěžovatelova argumentace obsažená v kasační stížnosti pak nemůže až nyní napravit pochybení žalovaného, který se s uvedenou odvolací námitkou přezkoumatelně nevypořádal.

III.4 Intenzita a závažnost pochybení

[62] Stěžovatel nakonec namítal, že i kdyby se správní orgány vytýkaných pochybení skutečně dopustily, nejednalo se o natolik závažná pochybení, která by měla vést ke zrušení žalobou napadeného rozhodnutí žalovaného.

[63] Nejvyšší správní soud k této otázce ve své judikatuře opakovaně vyslovil, že o vadu řízení s možným vlivem na zákonnost vydaného rozhodnutí se nejedná, lze

li dovodit, že by výrok rozhodnutí byl stejný i za situace, kdyby k vadě řízení vůbec nedošlo (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 10. 2005, č. j. 6 Ads 57/2004

59, ze dne 8. 3. 2007, č. j. 8 Afs 102/2005

65, ze dne 21. 2. 2008, č. j. 1 Afs 11/2008

72, nebo ze dne 19. 9. 2025, č. j. 5 As 74/2025

34). Vada řízení musí dosahovat takové intenzity, že není možné s určitostí říci, že pokud by nenastala, byl by výrok rozhodnutí totožný (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 5. 2024, č. j. 6 As 361/2023

40). Ani více zjištěných pochybení nutně nemusí být důvodem pro zrušení rozhodnutí, pokud žádné z nich není s ohledem na jeho charakter způsobilé ovlivnit jeho zákonnost (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2021, č. j. 3 As 263/2019

43).

[63] Nejvyšší správní soud k této otázce ve své judikatuře opakovaně vyslovil, že o vadu řízení s možným vlivem na zákonnost vydaného rozhodnutí se nejedná, lze

li dovodit, že by výrok rozhodnutí byl stejný i za situace, kdyby k vadě řízení vůbec nedošlo (rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 10. 2005, č. j. 6 Ads 57/2004

59, ze dne 8. 3. 2007, č. j. 8 Afs 102/2005

65, ze dne 21. 2. 2008, č. j. 1 Afs 11/2008

72, nebo ze dne 19. 9. 2025, č. j. 5 As 74/2025

34). Vada řízení musí dosahovat takové intenzity, že není možné s určitostí říci, že pokud by nenastala, byl by výrok rozhodnutí totožný (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 3. 5. 2024, č. j. 6 As 361/2023

40). Ani více zjištěných pochybení nutně nemusí být důvodem pro zrušení rozhodnutí, pokud žádné z nich není s ohledem na jeho charakter způsobilé ovlivnit jeho zákonnost (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 11. 6. 2021, č. j. 3 As 263/2019

43).

[64] V nynější věci však Nejvyšší správní soud (ve shodě s krajským soudem) dospěl k závěru, že vytýkaná pochybení dosáhla takové intenzity, která důvodně vedla ke zrušení rozhodnutí žalovaného a vrácení mu věci k dalšímu řízení, v němž bude povinen vytýkaná pochybení napravit. Nelze přisvědčit stěžovatelovu tvrzení, že shledané vady nemohly vést ke změně žalovaným vysloveného závěru. Žalovaný v dalším řízení, potvrdí

li a náležitě odůvodní závěr, že odlišná podoba křižovatky nepředstavuje jiné uspokojivé řešení (a tedy výjimku znovu povolí), bude přinejmenším povinen provést úpravu a doplnění podmínek udělené výjimky, včetně vymezení kontrolních mechanismů v souladu se závazným právním názorem krajského soudu i Nejvyššího správního soudu.

IV. Závěr a náklady řízení

[65] Nejvyšší správní soud tak dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji podle § 110 odst. 1 poslední věty zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní (dále jen „s. ř. s.“), zamítl.

[66] O nákladech řízení o kasační stížnosti Nejvyšší správní soud rozhodl podle § 60 odst. 1 ve spojení s § 120 s. ř. s., podle něhož má účastník, který měl ve věci plný úspěch, právo na náhradu nákladů řízení před soudem, které důvodně vynaložil, proti účastníkovi, který ve věci úspěch neměl. Řízení o kasační stížnosti je řízením kontradiktorním, a žádný z účastníků tak logicky nemůže být „procesně indiferentní“ (rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 19. 1. 2010, č. j. 2 As 15/2009

242, č. 2020/2010 Sb. NSS).

[67] Osoba zúčastněná na řízení V (stěžovatel) nebyla v řízení o kasační stížnosti úspěšná, nemá proto právo na náhradu nákladů řízení, stejně jako žalovaný, který ačkoli sám kasační stížnost nepodal, vystupoval v řízení o kasační stížnosti na téže straně jako procesně neúspěšný stěžovatel.

[68] Zamítnutí kasační stížnosti je naopak procesním úspěchem žalobců, kterým proto náleží vůči osobě zúčastněné na řízení V (stěžovateli) právo na náhradu nákladů řízení, jež důvodně vynaložili (např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 3. 2023, č. j. 1 As 234/2022

51, bod 41, nebo ze dne 26. 4. 2024, č. j. 3 As 336/2022

93, bod 34).

[68] Zamítnutí kasační stížnosti je naopak procesním úspěchem žalobců, kterým proto náleží vůči osobě zúčastněné na řízení V (stěžovateli) právo na náhradu nákladů řízení, jež důvodně vynaložili (např. rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 29. 3. 2023, č. j. 1 As 234/2022

51, bod 41, nebo ze dne 26. 4. 2024, č. j. 3 As 336/2022

93, bod 34).

[69] Žalobci a) a b) podali společné vyjádření ke kasační stížnosti, které představuje úkon právní služby dle § 11 odst. 1 písm. d) vyhlášky č. 177/1996 Sb., o odměnách advokátů a náhradách advokátů za poskytování právních služeb (advokátní tarif), ve znění účinném od 1. 1. 2025. Protože se jedná o úkon žalobců zastoupených společným zástupcem, činí dle § 7 bod 5, § 9 odst. 5 a § 12 odst. 4 advokátního tarifu odměna za prvou zastupovanou osobu částku 4 620 Kč a za druhou zastupovanou osobu činí odměna 3 696 Kč (snížená o 20 %). K tomu je třeba přičíst paušální náhradu hotových výdajů ve výši 450 Kč za jeden úkon právní služby (§ 13 odst. 4 advokátního tarifu). Zástupkyně žalobců není plátcem daně z přidané hodnoty. Každému ze žalobců a) a b) se tedy přiznává jako náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti částka ve výši 4 383 Kč (tj. ve výši jedné poloviny z částky 8 766 Kč). K jejímu zaplacení byla osobě zúčastněné na řízení V stanovena přiměřená lhůta v délce jednoho měsíce od právní moci tohoto rozsudku.

[70] Rovněž žalobce c) podal vyjádření ke kasační stížnosti, které představuje úkon právní služby dle § 11 odst. 1 písm. d) advokátního tarifu s nárokem na odměnu ve výši 4 620 Kč za tento úkon dle § 7 bod 5, § 9 odst. 5 advokátního tarifu. Podle § 13 odst. 4 advokátního tarifu je třeba k odměně za tento úkon připočítat 450 Kč jako náhradu hotových výdajů. Zástupkyně žalobce není plátcem daně z přidané hodnoty. Žalobci c) se tedy přiznává náhrada nákladů řízení ve výši 5 070 Kč. K jejímu zaplacení byla osobě zúčastněné na řízení V rovněž stanovena lhůta v délce jednoho měsíce od právní moci tohoto rozsudku.

[71] Osoby zúčastněné na řízení I až IV nemají podle § 60 odst. 5 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. právo na náhradu nákladů řízení, neboť jim soud v průběhu řízení neuložil žádnou povinnost, v jejíž souvislosti by jim mohly vzniknout náklady řízení. Osoby zúčastněné na řízení I až IV ani nenavrhly přiznání jiných nákladů z důvodů zvláštního zřetele hodných.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.

V Brně dne 22. října 2025

Mgr. Ing. Veronika Juřičková

předsedkyně senátu

Právní věta

Plný text rozhodnutí