3 Afs 115/2024

3 Afs 115/2024- 65 - text

 3 Afs 115/2024 - 71

pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy Mgr. Radovana Havelce a soudců JUDr. Jaroslava Vlašína a JUDr. Tomáše Rychlého v právní věci žalobkyně: Avast Software s.r.o., se sídlem Praha 4, Pikrtova 1737/1a, zastoupená Mgr. Jakubem Šotníkem, advokátem se sídlem Brno, Šikulova 190/17, proti žalovanému: Odvolací finanční ředitelství, se sídlem Brno, Masarykova 427/31, o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Městského soudu v Praze ze dne 10. 4. 2024, č. j. 8 Af 14/2022 68,

I. Kasační stížnost se zamítá.

II. Žádnému z účastníků se nepřiznává náhrada nákladů řízení o kasační stížnosti.

[1] Specializovaný finanční úřad (dále jen „správce daně“) vydal v návaznosti na provedenou daňovou kontrolu dne 17. 6. 2020 platební výměr, č. j. 104187/20/4222 21794 302647, na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 1. 2016 do 31. 12. 2016, kterým neuznal žalobkyni, která je právním nástupcem zaniklého daňového subjektu AVG Technologies CZ, s.r.o., odečitatelnou položku od základu daně ve smyslu § 34 odst. 4 zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZDP“), spočívající ve mzdových nákladech vynaložených na projekt výzkumu a vývoje „AVG Anti virus pro rok 2017“ (dále jen „projekt“) ve výši 68 637 729 Kč. Tím došlo k navýšení její daňové povinnosti o 13 041 030 Kč oproti údajům uvedených v daňovém přiznání za příslušné zdaňovací období. Správce daně totiž dospěl k závěru, že žalobkyně nesplnila podmínku uvedenou v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, tedy že nebyly splněny podmínky prokazatelně vedené oddělené evidence mzdových nákladů. Proti tomuto rozhodnutí žalobkyně podala odvolání, které žalovaný rozhodnutím ze dne 28. 4. 2022, č. j. 14801/22/5200 11433 706478, zamítl a napadené rozhodnutí potvrdil.

[2] Městský soud žalobu jako nedůvodnou zamítl. Výdaje na výzkum a vývoj (dále jen „VaV“) podle městského soudu představují výjimku z pravidla, že výdaje vynaložené na dosažení, zajištění a udržení příjmů se od základu daně odečtou právě jednou. Výdaje na VaV musí být dle relevantní právní úpravy pro účely uplatnění jejich odečtu evidovány odděleně od ostatních výdajů, což musí daňový subjekt doložit a prokázat. Jedná se o mimořádný daňový benefit, čemuž odpovídá i mimořádnost nároků na splnění zákonem stanovených podmínek pro jeho využití. Je tak potřeba, aby zaměstnavatel měl mzdové náklady na zaměstnance důsledně evidovány odděleně od ostatních výdajů, tedy aby bylo zřejmé, kolik času ten který zaměstnanec strávil na projektu VaV. Městský soud se přitom ztotožnil se žalovaným, že žalobkyně podmínku vedení přehledné a prokazatelné oddělené evidence výdajů (nákladů) na VaV podle § 34b odst. 1 písm. c) ZDP nesplnila, neboť neprokázala skutečně odpracovanou dobu jednotlivých zaměstnanců podílejících se na projektu. Její evidence byla nepřesná, založená na odhadech a správcem daně neověřitelná.

[3] K námitce žalobkyně ohledně nesprávného hodnocení provedených důkazů daňovými orgány městský soud uvedl, že žalobkyně nepředložila žádnou relevantní konstrukci řetězce přímých a nepřímých důkazů svědčících v její prospěch a nebylo mu tedy jasné, jak by z provedených důkazů měly vyplývat závěry podporující její tvrzení. Z výpovědi svědků naopak vyplývá, že nebyla vedena formální evidence docházky, docházkový systém nebyl instalován a u žalobkyně fungovala volná pracovní doba, přičemž na docházku dohlížel přímý nadřízený. Bylo na žalobkyni, jak bude evidovat pracovní dobu zaměstnanců, rozhodla li se ovšem zahrnout výdaje na mzdy zaměstnanců do odpočtu výdajů vynaložených na VaV, pak byl požadavek daňových orgánů na prokázání těchto skutečností legitimní. Pokud žalobkyně neměla evidovaný rozsah a využívání pracovní doby u jednotlivých zaměstnanců, nelze určit, kolik tito zaměstnanci strávili času na samotném projektu.

[4] Z výpovědí svědků totiž podle městského soudu vyplynulo, že rozsah pracovních úkolů spjatých s prací na projektu byl stanovován volnou úvahou příslušného manažera, respektive domluvou mezi zaměstnancem a pověřeným nadřízeným, což podle soudu postrádalo jakoukoliv objektivitu. Nebylo totiž možné tímto způsobem ověřit, že manažerem stanovený procentní podíl participace pracovníka na projektu odpovídá skutečnosti. Městský soud přitom konstatoval, že ani v samotné žalobě nebylo uvedeno, z jakých výchozích údajů o pracovních činnostech zaměstnanců nadřízení zaměstnanci vycházeli. Odmítl také, že by předložené mzdové listy vybraných zaměstnanců prokazovaly naplnění zákonem stanovené podmínky, neboť z nich nebylo zřejmé, kolik příslušný zaměstnanec strávil času prací na projektu a z uvedené procentní alokace času příslušného zaměstnance nebylo patrné, jak k tomuto procentnímu podílu žalobkyně dospěla. V tomto směru soud odkázal na rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016 51, kde byla tato problematika blíže rozebírána.

[5] K hodnocení svědeckých výpovědí městský soud uvedl, že žalovaný z nich správně reflektoval zjištěné a pro věc relevantní informace, tedy že docházka nebyla evidována a rozsah prací určoval nadřízený. Městský soud se vyjádřil i k argumentaci žalobkyně ohledně fungování systémů JIRA, Confluence a GIT Source Controlling, které měly představovat komplexní obraz o pracovní náplni zaměstnanců účastnících se prací na projektu; tu označil za nesrozumitelnou s tím, že z nastíněných skutečností naopak vyplývá, že žalobkyně neměla žádná prvotní ověřitelná data o účasti jednotlivých zaměstnanců na projektu. Žalobkyní uváděné systémy přitom nesloužily k zaznamenávání evidování rozsahu práce na projektu. Žalobkyně tak stavěla své závěry na spekulacích, které nebylo možné na základě prvotních dat nijak ověřit. Městský soud dále odmítl námitku, dle které důkazní povinnost žalobkyně byla rozšířena do absurdních nezákonných mezí. Uvedl, že daňové orgány požadovaly pouze důkazy k tomu, kolik času věnovali jednotliví zaměstnanci práci na projektu, což byla stěžovatelka povinna ve smyslu § 34b ZDP prokázat. Žádný takový důkaz ovšem podle soudu nepředložila.

[6] K námitce, že daňové orgány považovaly (neoprávněně) za jediný akceptovatelný důkazní prostředek pracovní výkazy, v nichž by byla zcela přesně evidována doba práce jednotlivých zaměstnanců na projektu, městský soud uvedl, že pokud by takovými materiály žalobkyně disponovala, neocitla by se ve stavu důkazní nouze a všechna tvrzení by tak spolehlivě prokázala. Pokud ovšem zvolila jinou firemní strategii a neměla zaveden docházkový systém a ani systém pro vykazování práce na projektu, bylo na ní, aby si zvážila všechny možné dopady z hlediska prokazování výdajů podle § 34b ZDP.

[7] Žalobkyně (dále jen „stěžovatelka“) napadla rozsudek městského soudu kasační stížností z důvodu, který opírá o § 103 odst. 1 písm. a) soudního řádu správního (dále jen „s. ř. s.“). Z obsahu kasační stížnosti je nicméně zřejmé, že je fakticky, i když okrajově, uplatňován také kasační důvod uvedený v § 103 odst. 1 písm. d) s. ř. s. Právní subsumpce kasačních důvodů pod konkrétní písmena ustanovení § 103 odst. 1 s. ř. s. je nicméně záležitostí právního hodnocení věci kasačním soudem, a nejde tak o nedostatek návrhu, který by bránil jeho věcnému projednání (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 8. 1. 2004, č. j. 2 Afs 7/2003 50; rozhodnutí tohoto soudu jsou dostupná z www.nssoud.cz).

[8] Stěžovatelka ve své kasační stížnosti nejprve namítala, že jsou na ni kladeny nepřiměřeně vysoké nároky ohledně její důkazní povinnosti. Předně namítá, že požadavek soudu na podrobnou evidenci pracovních činností zaměstnanců účastnících se projektu prostřednictvím pracovních výkazů nemá oporu v zákoně. Podmínkou stanovenou v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP je pouze vést výdaje vynaložené na VaV odděleně od ostatních výdajů. Je tedy na daňovém subjektu, jaké důkazy na podporu svého tvrzení zvolí, a následně na daňových orgánech, aby takové důkazy zpochybnily. Na podporu svých tvrzení přitom stěžovatelka předložila celou řadu důkazů; je tedy přesvědčena, že pokud předložené doklady byly dostačující k prokázání splnění podmínky dle § 34b odst. 1 písm. b) ZDP, nemůže být zvýšen důkazní standard k prokázání splnění podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Stěžovatelka si v této souvislosti klade otázku, jak by předložení pracovních výkazů změnilo její důkazní situaci, neboť i tyto listiny mohou být nepřesné a odhadní. Městský soud přitom podle stěžovatelky ve svém rozsudku v podstatě uvedl, že jediným akceptovatelným důkazem bude předložení pracovních výkazů jednotlivých zaměstnanců. Stěžovatelka má nicméně za to, že její důkazní povinnost směřovala pouze k prokázání toho, zda evidovala mzdové náklady vynaložené na projekt odděleně od ostatních nákladů, a nikoliv kolik příslušný zaměstnanec reálně strávil času na projektu. Navíc podle ní tento požadavek směřuje k prokázání rozsahu takového výdaje ve smyslu § 34b odst. 1 písm. b) ZDP, nikoliv oddělenosti výdajů podle § 34b odst. 1 písm. c) ZDP.

[9] Stěžovatelka je tedy přesvědčena, že vedení oddělené evidence výdajů prokázala doložením detailní evidence osobních nákladů, v níž je uvedena procentuální míra účasti příslušných zaměstnanců na projektu. Tyto údaje byly následně potvrzeny třemi nezávisle na sobě provedenými svědeckými výpověďmi, neboť každý týden bylo na pracovních schůzkách kontrolováno množství vykonané práce. Kontrola ze strany manažerů má podle ní stejnou vypovídací hodnotu, jako pracovní výkazy. Proto stěžovatelka nechápe, jak se mohla ocitnout ve stavu důkazní nouze. Závěry městského soudu jsou podle ní v tomto ohledu nepřezkoumatelné, neboť nevysvětlil, proč by měl mít pracovní výkaz vyšší důkazní hodnotu než jiné důkazy. V nynější věci byly podle stěžovatelky předloženy jednoznačné důkazy o procentuálním podílu účasti zaměstnanců na projektu, jež sice nejsou vyjádřeny v hodinách, jedná se nicméně o jiný způsob vyjádření počtu hodin strávených na projektu a z této evidence lze spočítat konečné mzdové výdaje. Stěžovatelka v této souvislosti odkázala na § 92 odst. 3 daňového řádu, podle něhož důkazní povinnost nedosahuje povinnosti prokázat tvrzené skutečnosti s absolutní jistotou, ale postačí prokázat dostatečnou míru pravděpodobnosti.

[10] Dále má stěžovatelka za to, že skutečně odpracovaná doba zaměstnanců na projektu nijak nesouvisí s ověřováním formálních náležitostí evidence mzdových výdajů. S odkazem na právní názor vyslovený v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 11. 2022, č. j. 6 Afs 161/2021 57, upozorňuje, že se rozlišuje neuznání výdajů na VaV z důvodu nevedení evidence a z důvodu její neprůkaznosti (tj. z důvodu neunesení důkazního břemene). Požadavek na prokázání rozsahu pracovní činnosti směřuje k prokázání rozsahu takového výdaje ve smyslu § 34b odst. 1 písm. b) ZDP, nikoliv oddělenosti výdajů podle § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, jež stanoví jen podmínku vedení výdajů odděleně od jiných. Splnění podmínky daňově účinného výdaje je pak třeba posuzovat ve smyslu § 24 odst. 1 ZDP. Není přitom možné, aby soud za účelem prokázání vedení oddělené evidence požadoval prokázat skutečnosti, které se týkají daňové účinnosti takto vynaložených výdajů, neboť by se jednalo nezákonné rozšiřování důkazního břemene. Pokud však městský soud považoval podmínku podle § 34b odst. 1 písm. b) ZDP za splněnou, není možné dojít k závěru, že nebyl prokázán rozsah pracovní činnosti zaměstnanců na projektu. Zaměňováním jednotlivých zákonných podmínek se podle stěžovatelky soud dopustil „nepřípustné aplikace volného hodnocení důkazů, a tudíž se jedná o znaky libovůle.“ Stěžovatelka má tak za to, že měsíční souhrny odpracovaných hodin lze považovat za evidenci ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, přičemž průkaznost těchto dokladů nijak nesouvisí se splněním formálních náležitostí souvisejících se splněním oddělené evidence výdajů; stěžovatelka považuje svoje evidence za přehledné. K formě vedené evidence nákladů zaměstnanců v souvislosti s realizací projektu VaV přitom odkázala na závěry uvedené v rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 11. 2022, č. j. 10 Afs 62/2021 48.

[11] Stěžovatelka dále rozporuje závěry, které městský soud vyvodil z rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 144/2016 51. Z něj totiž podle ní vyplývá, že vedení evidence oddělených nákladů je splněno, pokud je z takto předložené evidence patrno, jakým podílem pracovní doby se daný zaměstnanec podílel na realizaci projektu VaV, což v jejím případě patrné je. Podílové určení účasti zaměstnance na projektu plní zákonem předpokládaný účel. Městský soud tedy podle jejího názoru daný rozsudek dezinterpretoval.

[12] Na závěr stěžovatelka rozporuje vyhodnocení provedených svědeckých výpovědí. Není podle ní totiž možné požadovat, aby svědecká výpověď byla podložena dalšími (listinnými) důkazy. Pokud tři svědci (manažeři stěžovatelky) nezávisle na sobě uvedli, že pravidelné porady sloužily mimo jiné k monitorování odpracované doby jednotlivých zaměstnanců, nelze takové důkazy diskvalifikovat jen proto, že nebyl předložen žádný další důkazní prostředek. Pokud nebyly tyto výpovědi při hodnocení důkazů brány v potaz, byl takový postup nezákonný.

[13] Žalovaný ve vyjádření ke kasační stížnosti uvedl, že neprokázání rozsahu vynaložených mzdových nákladů nemůže být omlouváno absencí docházkového systému. Daňový subjekt musí zvolit takový způsob administrace, kterým bude schopen prokázat oprávněnost vynaložených nákladů. Stěžovatelka podle žalovaného ani v kasační stížnosti nevysvětlila, jak konkrétně je z jí předložených dokumentů možné dospět ke skutečně odpracované době jednotlivých zaměstnanců, tedy jak konkrétní procentuální podíl vypočítala. Její tvrzení byla obecná a evidence nebyla průkazná, jasná a ani srozumitelná. Není přitom pravdou, že by žalovaný neakceptoval zapojení jednotlivých zaměstnanců na projektu formou procentuálního rozsahu. Takové zapojení ovšem musí být naprosto přesné, aby mohlo být považováno za jednoznačné a prokazatelné. Z § 34b odst. 1 písm. c) ZDP vyplývá zákonná povinnost evidovat náklady na projekt tak, aby odrážely realitu a nejednalo se o pouhý odhad.

[14] Dále žalovaný připomenul, že stěžovatelka neunesla důkazní břemeno, neboť neprokázala, zda vůbec nebo jakou konkrétní část pracovní doby strávili konkrétní zaměstnanci prací na projektu; to z jejích důkazních návrhů nevyplývá. Ačkoliv mzdové listy dokonale odpovídají účetním dokladům, nic to nemění na tom, že nebyla dostatečně doložena skutečně odpracovaná doba zaměstnanců na projektu. Ze svědeckých výpovědí zaměstnanců stěžovatelky, které žalovaný při hodnocení důkazů náležitě reflektoval, přitom vyplynulo, že evidence docházky vedena nebyla, docházkový systém instalován nebyl, zaměstnanci měli volnou pracovní dobu a na docházku a plnění pracovních úkolů dohlížel jejich přímý nadřízený. Kontrola úkolů probíhala na pravidelných týdenních nebo denních schůzkách, k čemuž byly podpůrně využívány systémy JIRA, Confluence a GIT Source Controlling, které nicméně nesloužily k evidenci odpracovaných hodin. Podíl odpracované doby na projektu byl stanoven na základě dohody mezi zaměstnancem a jeho nadřízeným, nikoliv na základě fakticky odpracované doby. Pouhé tvrzení svědků, že podíl odpracované doby byl stanoven na základě manažerského rozhodnutí namísto průkazné evidence pracovní doby, je nedostatečné. K údajnému požadavku na doložení pracovních výkazů žalovaný uvedl, že akceptoval i jiné důkazy, neboť nikde není stanoveno, jak má být evidována doba výkonu práce na projektu. Je na daňovém subjektu, jaký způsob evidence si zvolí, ta ovšem musí jednoznačně prokazovat skutečnou dobu, kterou zaměstnanci strávili prací na projektu. Výstupy ze systémů stěžovatelky ani jiné dokumenty podle žalovaného neprokazují oprávněnost vynaložených nákladů, tedy zda se zaměstnanci v tvrzeném procentuálním podílu svého pracovního úvazku skutečně věnovali práci na projektu. Stěžovatelkou nebylo ani doloženo, na základě čeho byly procentuální podíly stanoveny a v průběhu realizace projektu upravovány.

[15] K námitce stěžovatelky ohledně nesprávného rozlišování podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. b) a c) ZDP žalovaný uvedl, že byla poprvé uplatněna až v kasační stížnosti, a je proto podle § 104 odst. 4 s. ř. s. nepřípustná. Náznak této připomínky se (v řízení před městským soudem – pozn. NSS) objevuje až v doplnění repliky v návaznosti na aktuální judikaturu Nejvyššího správního soudu, tedy až po uplynutí lhůty pro možné uplatnění dalších žalobních bodů. Z věcného hlediska k námitce stěžovatelky žalovaný nicméně uvedl, že doložené evidence nesplňují podmínku prokazatelnosti a na základě neprůkazné evidence nelze odpočet přiznat. Vzhledem k výše uvedenému tedy žalovaný navrhl kasační stížnost jako nedůvodnou zamítnout.

[16] Stěžovatelka na vyjádření žalovaného reagovala replikou, v níž uvedla, že předmětem sporu je, zda evidovala mzdové náklady vynaložené na realizaci projektu odděleně od ostatních nákladů ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, nikoliv jaká byla skutečně odpracovaná doba na projektu a zda byly deklarované výdaje vynaloženy na projekt. Městský soud přitom nerozlišoval nevedení oddělené evidence a neprůkaznost vedené oddělené evidence. Požadavek na doložení přesné evidence práce jednotlivých zaměstnanců na projektu jde již nad rámec zákona. Stěžovatelka zároveň nesouhlasí s tím, že by jí vedená evidence byla odhadní či nepřesná. Z rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 6 Afs 161/2021 57 podle ní vyplývá, že se staví na stejnou úroveň evidence mzdových nákladů vyjádřená podílem s evidencí stanovenou přesným počtem odpracovaných hodin, přičemž prokázání souvislosti mzdových nákladů s projektem VaV jde nad rámec podmínky spočívající ve vedení oddělené evidence nákladů. Stěžovatelka přitom zdůraznila, že její zaměstnanci byli placeni fixní měsíční odměnou, nikoliv odměnou za odpracované hodiny. Z tohoto důvodu hodinová evidence postrádá jakýkoliv smysl. Pokud tedy zaměstnanci nepobírali hodinovou mzdu, nelze jako rozhodující údaj brát přesný počet hodin. Jejich procentuální podíl na projektu byl následně pravidelně kontrolován manažery, což stěžovatelka prokázala na základě celé řady dalších důkazů.

[17] K údajné nepřípustnosti její kasační námitky týkající se toho, že posuzovaná otázka měla být správně podřazena pod § 34b odst. 1 písm. b) ZDP, stěžovatelka uvedla, že tuto námitku poněkud nešťastně pojmenovala, jelikož jí bylo myšleno, že daňové orgány v rámci vedení oddělené evidence mzdových nákladů nesprávně vyžadují prokázání rozsahu pracovní činnosti. Požadavek daňových orgánů na prokázání odpracované doby zaměstnanců tak spadá pod § 34b odst. 1 písm. b) ZDP nikoliv pod písm. c). Tato námitka již přitom byla podle ní dříve uplatněna v žalobě a taktéž v jejím odvolání. Později svoji argumentaci pouze prohloubila. K tomu stěžovatelka podotýká, že novoty jsou v kasační stížnosti přípustné, pokud reagují na argumenty krajského soudu. Stěžovatelka přitom ve své kasační stížnosti reaguje na závěry městského soudu, a to plně v intencích řádně uplatněných žalobních bodů. Sám městský soud v napadeném rozsudku netvrdil, že by stěžovatelka některý žalobní bod uplatnila opožděně.

[18] Nejvyšší správní soud přezkoumal napadený rozsudek v souladu s § 109 odst. 3 a 4 s. ř. s., v mezích kasační stížnosti a v ní uplatněných důvodů. Ve věci rozhodl bez nařízení jednání za podmínek vyplývajících z § 109 odst. 2 věty první s. ř. s.

[19] Kasační stížnost není důvodná.

[20] Než Nejvyšší správní soud přistoupí k vypořádávání jednotlivých kasačních námitek, považuje za nutné na úvod zdůraznit, že podle § 102 s. ř. s. je kasační stížnost opravným prostředkem proti pravomocnému rozhodnutí soudu ve správním soudnictví, jímž se účastník řízení domáhá jeho zrušení. Úkolem Nejvyššího správního soudu je tak v řízení o kasační stížnosti přezkum rozhodnutí krajského (městského) soudu. Nutným předpokladem pro posouzení uplatněné argumentace jako přípustné kasační námitky je proto právě zpochybnění závěrů krajského (městského) soudu (srov. například usnesení Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 6. 2020, č. j. 10 As 181/2019 63, rozhodnutí tohoto soudu jsou dostupná z www.nssoud.cz). Úkolem kasačního soudu tak není posouzení námitek nesoucích se jen v obecném duchu, ani opakovaný přezkum rozhodnutí správního orgánu. Naopak, smyslem kasačního řízení je umožnit kvalifikovanou polemiku s argumentací krajského (městského) soudu.

[21] Část námitek stěžovatelky je přitom obecného charakteru (to se týká především námitky ohledně hodnocení svědeckých výpovědí a doložení dostatečných důkazů na podporu jejích tvrzení) a v podstatě jde o zopakování předchozích argumentů, aniž by stěžovatelka dostatečně reagovala na závěry uvedené městským soudem. Správní soudnictví je přitom ovládáno dispoziční zásadou. V řízení o kasační stížnosti tak stěžovatelka musí ve svém návrhu sama aktivně uvádět konkrétní argumentaci, jíž poukazuje na nedostatky a vady napadeného rozhodnutí městského soudu či jemu předcházejícího řízení. Kasační soud si její argumenty nemůže nijak domýšlet, neboť jinak by nepřípustně vystoupil ze své role nestranného arbitra sporu. Nejvyšší správní soud se proto vypořádá s těmito obecně formulovanými námitkami v odpovídající míře obecnosti.

[22] Rovněž lze souhlasit s názorem žalovaného o nepřípustnosti kasačních námitek, podle kterých se prokázání rozsahu vynaložených mzdových výdajů na projekt vztahuje k prokázání podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. b) ZDP, nikoliv vedení oddělené evidence výdajů podle § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Stěžovatelka především argumentovala tím, že požadavek na prokázání rozsahu pracovní činnosti jednotlivých zaměstnanců směřuje k prokázání rozsahu takového výdaje ve smyslu § 34b odst. 1 písm. b) ZDP, nikoliv oddělenosti výdajů podle písm. c) tohoto ustanovení, jež stanoví jen podmínku vedení výdajů vynakládaných na VaV odděleně od jiných. Tyto námitky vskutku poprvé zazněly až v kasační stížnosti, ač stěžovatelce nic nebránilo uplatnit je již v žalobě (námitky, které stěžovatelka ve své žalobě řádně a včas uplatnila, jsou shrnuty v odst. [3] až [6] odůvodnění tohoto rozsudku).

[23] Stěžovatelka v žalobě deklarovala, že splnění podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. b) ZDP je mezi účastníky řízení nesporné a její žalobní argumentace směřovala pouze k tomu, zda v jejím případě došlo k prokázání splnění podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, konkrétně zda prokázala vedení oddělené evidence výdajů (nákladů) na VaV. Argumentace, že daňové orgány zaměňují či směšují podmínky uvedené v citovaných ustanoveních, v žalobě výslovně nezazněla a nelze ji v dostatečně konkrétní podobě nalézt ani v pasáži žaloby uvedené stěžovatelkou v její replice k vyjádření žalovaného. Nebyl tedy důvod, aby se k otázce předestřené v kasační stížnosti výslovně vyjádřil městský soud, neboť jeho přezkum byl vymezen řádně a včas uplatněnými žalobními námitkami [§ 71 odst. 1 písm. d), § 72 odst. 1, § 75 odst. 2 věta první s. ř. s.]. Z uvedeného pak konsekventně plyne, že nevyjádřil li se k nastolené otázce městský soud, nemůže být uvedená kasační argumentace přípustnou kasační námitkou ani coby reakce na jeho překvapivou argumentaci.

[24] Lze tak uzavřít, že Nejvyšší správní soud se v rámci mimořádného opravného prostředku, kterým kasační stížnost je, nemůže danými námitkami zabývat jako první, neboť jde podle § 104 odst. 4 s. ř. s. o námitky nepřípustné. Nepřípustná je totiž i jednotlivá kasační námitka, jejíž předobraz nebyl stěžovatelem (je li jím žalobce) řádně uplatněn v předcházejícím řízení před krajským (městským) soudem (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 25. 9. 2008, č. j. 8 Afs 48/2006 155).

[25] Pokud jde o věcně projednatelné kasační námitky, stěžovatelka napadá rozsudek městského soudu také pro jeho nepřezkoumatelnost. Jelikož by případná nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku již z logiky věci bránila vypořádání námitek věcného charakteru, zabýval se Nejvyšší správní soud touto otázkou jako první v pořadí (případnou nepřezkoumatelnost soudního rozhodnutí je ostatně povinen zohlednit i ex officio – viz § 109 odst. 4 věta za středníkem s. ř. s.). In concreto stěžovatelka namítala, že městský soud nevysvětlil, proč by měl mít výkaz odpracované doby vyšší důkazní hodnotu než jiné důkazy.

[26] Předně je třeba uvést, že za přezkoumatelné lze považovat rozhodnutí, které je mimo jiné opřeno o dostatek relevantních důvodů, z nichž je zřejmé, proč soud rozhodl tak, jak je uvedeno ve výroku rozhodnutí (srov. například rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Ads 58/2003 75, ze dne 18. 10. 2005, č. j. 1 Afs 135/2004 73, nebo ze dne 14. 7. 2005, č. j. 2 Afs 24/2005 44). Nesouhlas s konkrétními závěry soudu nepředstavuje důvod pro zrušení napadeného rozsudku pro jeho údajnou nepřezkoumatelnost, ale jde již o otázku věcného posouzení zákonnosti takových závěrů.

[27] Námitkou stěžovatelky směřující na požadavek doložení pracovních výkazů se městský soud dostatečně zabýval v odst. 52 odůvodnění napadeného rozsudku, kde především reagoval na to, jaké následky měla pro stěžovatelku absence tohoto důkazu. Na argumentaci uvedenou v tomto odstavci nicméně není možné nahlížet izolovaně, ale je potřeba ji vykládat v širším kontextu odůvodnění vedeného v jeho předchozích odstavcích, v nichž se městský soud komplexně zabýval problematikou požadavků na vedení oddělené evidence výdajů vynakládaných na projekt VaV. V tomto kontextu jsou závěry vyslovené městským soudem srozumitelné a reagují na podstatu odpovídající žalobní námitky.

[28] Jelikož Nejvyšší správní soud shledal napadený rozsudek jako přezkoumatelný, mohl se následně zabývat (přípustnými) kasačními námitkami věcného charakteru. Podstatou sporu mezi účastníky řízení je otázka, zda byly v případě stěžovatelky splněny zákonné podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP, bez nichž není možné zahrnout výdaje na VaV do daňového odpočtu.

[29] Podle § 34 odst. 4 ZDP od základu daně lze odečíst odpočet na podporu výzkumu a vývoje nebo odpočet na podporu odborného vzdělávání.

[30] Podle § 34b odst. 1 písm. c) ZDP výdaji vynaloženými na výzkum a vývoj zahrnovanými do odpočtu se rozumí výdaje (náklady), které jsou evidovány odděleně od ostatních výdajů (nákladů).

[31] K problematice podmínek odpočtu dle § 34 odst. ZDP existuje, jak již ostatně ve svých podáních upozornili oba účastníci řízení, konstantní judikatura Nejvyššího správního soudu, která zároveň skýtá odpověď na převážnou část námitek stěžovatelky. Smysl vedení oddělené evidence je podle rozsudku ze dne 12. 1. 2017, č. j. 9 Afs 144/2016 51, spatřován „ve vytvoření úplného soupisu všech výdajů (nákladů) vynaložených daňovým subjektem při realizaci projektu výzkumu a vývoje, přičemž již ze samotné evidence musí být dostatečně patrna návaznost na konkrétní výdaj (náklad) vynaložený při realizaci projektu výzkumu a vývoje. Identifikace jednotlivých výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být natolik jednoznačná, aby nemohly vzniknout pochybnosti, který z jednotlivě vynaložených výdajů (nákladů) je do evidence zahrnut, tj. na základě evidence musí být možno jednoznačně oddělit jednotlivé výdaje (náklady) vynaložené při realizaci projektu výzkumu a vývoje od ostatních výdajů (nákladů) daňového subjektu, které s projektem výzkumu a vývoje nesouvisí. Identifikace výdajů (nákladů) v oddělené evidenci musí být takového charakteru, aby na jejím základě bylo možno propojit jednotlivé účetní doklady s evidovanými výdaji (náklady).“ (důraz doplněn). Jelikož daňový subjekt již má mzdové náklady na své zaměstnance jednou v základu daně zahrnuty jako náklady daňově uznatelné dle § 24 ZDP, případně je jako daňově uznatelný náklad uplatňuje formou odpisů, musí být jejich opakované uplatnění v rámci odpočtu na VaV naprosto nezpochybnitelné. Důkazní břemeno je nutno unést jak ve věci splnění formálních požadavků, tak splnění požadavků věcných (srov. rozsudek ze dne 27. 6. 2024, č. j. 9 Afs 63/2024 50).

[32] Je tedy zřejmé, že není možné vycházet jen z jakési modelové kalkulace možných výdajů na VaV (srov. například rozsudky Nejvyššího správního soudu ze dne ze dne 18. 8. 2022, č. j. 10 Afs 54/2020 77, a ze dne 28. 2. 2025, č. j. 3 Afs 301/2023 68), tzn., že nepostačí vést výdaje vynaložené na VaV odděleně od ostatních výdajů, aniž by tato evidence odpovídala skutečnosti.

[33] Zákon přitom ponechává na vůli daňového subjektu, jakým způsobem splnění této podmínky prokáže. Po stěžovatelce tedy skutečně nebylo možné požadovat, aby doložila jen a pouze pracovní výkazy, nejedná li se o zákonem stanovený požadavek. Nic takového ovšem městský soud (stejně jako žalovaný) netvrdil. Ačkoliv vypořádání námitky týkající se požadavku na doložení pracovních výkazů ze strany městského soudu vyznívá poněkud neobratně, v kontextu celého odůvodnění napadeného rozsudku je kasačnímu soudu smysl jeho argumentace zřejmý, a sice že volba toho, jak prokáže vedení oddělené evidence skutečně vynaložených výdajů (nákladů) spojených s realizací projektu VaV, je čistě na stěžovatelce; pokud ovšem její zaměstnanci nevyplňovali pracovní výkazy (coby obvyklou formu evidence práce jednotlivých zaměstnanců pozn. NSS), musela si být vědoma případného rizika, že bude pro ni obtížné prokázat vedení oddělené evidence výdajů vynaložených na VaV, u níž bude správcem daně ověřitelná její pravdivost. S tímto závěrem se Nejvyšší správní soud ztotožňuje.

[34] Povinností stěžovatelky totiž bylo, jak již dříve uvedl Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 29. 1. 2025, č. j. 4 Afs 215/2024 37, „vést podrobnou evidenci nákladů (výdajů), z níž je patrné, kolik hodin strávil který zaměstnanec prací na jednotlivých projektech, jaký materiál byl pro potřeby kterého projektu pořízen apod. (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 4. 11. 2020, č. j. 1 Afs 270/2020 26). Mzdové náklady musí být v evidenci zachyceny tak, aby odpracované hodiny daného pracovníka byly přiřaditelné ke konkrétnímu projektu výzkumné a vývojové činnosti. […] Vedení oddělené evidence nákladů na výzkum a vývoj je současně daňovým konstruktem, který vyžaduje na nákladových účtech oddělené evidování nákladů s jasnou, přehlednou a dohledatelnou vazbou na konkrétní projekt (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 27. 6. 2024, č. j. 9 Afs 63/2024 50). Jakkoli s sebou takový postup nese vyšší administrativní zatížení žalobkyně, je třeba mít na zřeteli, že odpočet nákladů (výdajů) na výzkum a vývoj podle § 34 odst. 4 zákona o daních z příjmů představuje jisté beneficium, a pokud má daňový subjekt zájem z něj těžit, musí splnit striktní podmínky stanovené zákonodárcem.“ Je přitom lhostejné, zda daňový subjekt realizuje v dané chvíli jeden či více projektů VaV. Výše uvedené požadavky na vedení oddělené evidence musí být vždy dodrženy, v opačném případě se nemůže jednat o uznatelný daňový odpočet ve smyslu § 34 odst. 4 ZDP.

[35] Stěžovatelka tedy byla povinna uplatněné osobní náklady na zaměstnance přesně evidovat tak, aby bylo patrné, jakou část úvazku každý zaměstnanec skutečně odpracoval při řešení projektu VaV. V tomto ohledu hraje důležitou roli správně změření a zaznamenání vstupních hodnot; nesmí se jednat o pouhý (byť třeba i nižší) odhad, což musí být daňový subjekt připraven na výzvu správce prokázat.

[36] Je přitom třeba neztrácet ze zřetele, že v daňovém řízení je to primárně daňový subjekt, koho tíží důkazní břemeno. Podle § 92 odst. 3 daňového řádu je povinností daňového subjektu prokázat všechny skutečnosti, které je povinen uvádět v řádném daňovém tvrzení, dodatečném daňovém tvrzení a dalších podáních. Jak vyplývá již z rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 9. 2. 2005, č. j. 1 Afs 54/2004 125, daňové řízení není ovládáno zásadou vyšetřovací, nýbrž je založeno na prioritní povinnosti daňového subjektu dokazovat vše, co sám tvrdí. Podle § 92 odst. 4 daňového řádu dále platí, že pokud to vyžaduje průběh řízení, může správce daně vyzvat daňový subjekt k prokázání skutečností potřebných pro správné stanovení daně, a to za předpokladu, že potřebné informace nelze získat z vlastní úřední evidence. Správce daně podle § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu naopak prokazuje skutečnosti vyvracející věrohodnost, průkaznost, správnost či úplnost povinných evidencí, účetních záznamů, jakož i jiných záznamů, listin a dalších důkazních prostředků uplatněných daňovým subjektem. Prokáže li tedy správce daně v souladu s ustanovením § 92 odst. 5 písm. c) daňového řádu důvodné pochybnosti o tom, že ve vztahu k tvrzením uvedeným v daňovém přiznání není účetnictví daňového subjektu věrohodné, úplné, průkazné nebo správné, přesouvá se v takovém případě důkazní břemeno opět na daňový subjekt, který musí svými dalšími tvrzeními, podloženými důkazy, pochybnosti správce daně rozptýlit (srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 20. 9. 2017, č. j. 6 Afs 34/2017 71).

[37] V nyní projednávané věci bylo na základě svědeckých výpovědí zjištěno, že nebyla vedena formální evidence docházky, docházkový systém nebyl instalován a u žalobkyně fungovala volná pracovní doba, přičemž na plnění pracovních úkolů dohlížel přímý nadřízený. Tyto skutečnosti ostatně ani sama stěžovatelka nepopírá. V předložené evidenci uvedené podíly účasti jednotlivých zaměstnanců na projektu byly stanoveny manažerským rozhodnutím ještě před samotným započetím prací. Rozsah zapojení jednotlivých zaměstnanců byl během projektu měněn, ovšem opět na základě manažerského rozhodnutí, nikoliv podle exaktních výstupů. Ze svědeckých výpovědí sice vyplývalo, že vedoucí zaměstnanci sledovali průběh prací na projektu na pravidelných poradách, nicméně ze samotného takto uvedeného obecného prohlášení nelze vyvodit, že byla tímto způsobem skutečně kontrolována přesná doba práce jednotlivých zaměstnanců. Svědci o těchto pravidelných poradách pojednávali natolik obecně, že nebylo možno určit, kolik porad se po dobu realizace projektu uskutečnilo, jaká byla zjištěná odpracovaná doba jednotlivých zaměstnanců na projektu a čím přesně se po tuto dobu zaměstnanci v rámci práce na projektu zabývali. Bez těchto informací tak nebylo doloženo, že pracovní doba zaměstnanců, jejichž mzdy stěžovatelka zahrnula mezi výdaje na VaV, se týkala právě práce na projektu a že náplň této práce skutečně spadala pod realizaci projektů VaV a nikoli například pod jiné podnikatelské aktivity stěžovatelky. Výpověď svědků nebyla podložena ani například zápisy z takovýchto porad, k čemuž je ale potřeba podotknout, že takové zápisy by musely mít charakter kontrolní, nikoliv plánovací, v opačném případě by nebyly způsobilé podmínku uvedenou v § 32b odst. 1 písm. c) ZDP prokázat. Za dané situace nebylo ze strany správce daně nijak ověřitelné, že deklarovaný podíl zapojení jednotlivých zaměstnanců odpovídá skutečnosti.

[38] K námitce stěžovatelky ohledně hodnocení svědeckých výpovědí lze uvést, že hodnocení provedených důkazů je na příslušném orgánu, který provádí dokazování; jeho úkolem je na základě přezkoumatelných úvah posoudit, zda informace zjištěné provedením příslušného důkazu považuje za dostatečné, přesvědčivé a relevantní pro věc. Jak bylo již uvedeno v předchozím odstavci, v nyní projednávané věci výpovědi svědků nebyly dostatečné k tomu, aby potvrdily tvrzení stěžovatelky, že skutečně vedla oddělenou evidenci výdajů vynaložených na VaV ve smyslu § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Kasační soud znovu opakuje, že je to daňový subjekt, který je povinen prokázat soulad svých tvrzení s faktickým stavem doložením dalších důkazů či předestřením důkazních návrhů. Pokud za tímto účelem označí nevhodný či neprůkazný důkaz, jde tato skutečnost k jeho tíži.

[39] K detailní evidenci osobních nákladů, kterou mělo být podle stěžovatelky prokázáno vedení oddělené evidence nákladů na VaV, Nejvyšší správní soud odkazuje na svůj rozsudek ze dne 16. 7. 2024, č. j. 7 Afs 54/2023 37, v němž uvedl, že „prostá sumarizace mzdových nákladů, v níž není evidován typ činnosti, konkrétní popis činnosti a doba trvání činnosti, která měla souviset s realizací projektů, není dostatečná. Není z ní totiž možné posoudit právě to, zda činnost jednotlivých zaměstnanců s realizací projektů souvisela.“ Stěžovatelkou předložená evidence obsahuje jména jednotlivých zaměstnanců, kteří se měli podílet na projektu, jejich zařazení do příslušného oddělení, dále procentní účast na projektu a od toho odvozené mzdové výdaje za jednotlivé měsíce, během nichž se tito zaměstnanci věnovali práci na projektu. Ze samotné takto předložené evidence nicméně nelze zjistit, jak stěžovatelka k těmto údajům dospěla, a na základě provedeného dokazování nebylo prokázáno, že by údaje zde uvedené odpovídaly skutečnosti. To se obdobně týká i předložených mzdových listů vybraných zaměstnanců, ve kterých jsou informace oproti předložené evidenci osobních nákladů rozvedeny podrobněji, nicméně ani v tomto případě nebylo ověřeno, že údaje zde uvedené odpovídají realitě. Jak totiž již bylo výše uvedeno, podíl účasti jednotlivých zaměstnanců na projektu byl stanoven na základě manažerského rozhodnutí, tedy určitého kvalifikovaného odhadu, a stěžovatelka nijak neprokázala, že by naplňování tohoto plánu dostatečně kontrolovala.

[40] Stěžovatelka dále opakovaně odkazovala na informace obsažené v systémech JIRA, Confluence a GIT Source Controlling. Ze svědeckých výpovědí nicméně vyplývá, že tyto systémy nesloužily k evidenci pracovní doby zaměstnanců strávené na projektu. Systém JIRA sloužil k řízení projektu a zadávání pracovních úkolů, nebylo z něj ale zřejmé, kolik času na plnění konkrétního pracovního úkolu příslušný zaměstnanec strávil. Systém Confluence sloužil k archivaci technických specifikací a dokumentace opět bez vazby na čas strávený jednotlivými zaměstnanci prací na projektu. Systém GIT Source Controlling pak sloužil k evidenci úprav zdrojového kódu, přičemž žalovaný se podrobně zabýval tím, proč ani z tohoto systému nelze odvodit konkrétní dobu strávenou zaměstnanci prací na projektu. Lze zcela přitakat městskému soudu, dospěl li na základě výše uvedeného k závěru, že tyto systémy ani ve vzájemné souvislosti potřebné informace neposkytují a nelze z nich nutné údaje snadno spočítat. V této souvislosti je vhodné zdůraznit, že není úkolem daňových orgánů ani správních soudů, aby samy aktivně a teprve dodatečně propojovaly jinak nesouvisející dokumenty (nebo jako v tomto případě informační systémy) a dovozovaly z nich formální a obsahové náležitosti projektu (srov. rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 26. 8. 2014, č. j. 6 Afs 60/2014 56).

[41] Lze tak shrnout, že pro úspěšné unesení důkazního břemene nestačí náklady na VaV evidovat odděleně od nákladů vynaložených na běžnou podnikatelskou činnost a takto vedenou evidenci předložit správci daně. Z evidence totiž musí být zároveň zcela jednoznačné, že náklady vykázané na VaV skutečně souvisejí s konkrétním projektem VaV. Mzdové náklady musí být v evidenci zároveň zachyceny tak, aby odpracované hodiny daného pracovníka byly přiřaditelné ke konkrétnímu projektu VaV a činnosti na něm strávené (srov. již výše zmíněný rozsudek Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 63/2024 50). Ačkoliv tedy stěžovatelka předložila celou řadu důkazů na podporu svých tvrzení, z toho, co bylo uvedeno výše je zřejmé, proč nebyly předložené důkazy způsobilé dostatečně prokázat splnění podmínky uvedené v § 34b odst. 1 písm. c) ZDP. Stěžovatelce se to nepodařilo ani poté, co byla k prokázání těchto skutečností správcem daně dne 31. 1. 2019 řádně vyzvána. Závěry městského soudu tak i v tomto směru obstojí.

[42] Konečně, pokud jde o námitku stěžovatelky mířící k tomu, že postačuje vést oddělenou evidenci nákladů, v níž bude zapojení zaměstnanců na projektu určeno pouze podílem, nikoliv konkrétním počtem odpracovaných hodin, lze jistě připustit, že evidence spočívající v podílovém určení zapojení jednotlivých zaměstnanců na projektu možná je (zákon takovýto druh evidence nezakazuje), nicméně je potřeba, aby naplnila svůj účel, tedy nezaměnitelné přiřazení jednotlivých nákladů k jednotlivým činnostem. To se ostatně podává i ze stěžovatelkou odkazovaného rozsudku Nejvyššího správního soudu č. j. 9 Afs 144/2016 51. Z takové evidence musí být ověřitelná (i) přesná doba strávená jednotlivými zaměstnanci prací na projektu, (ii) popis jejich pracovní činnosti a (iii) mzdové náklady s tím spojené. Důvodem nevyhovění uplatněného nároku na odpočet nebyla skutečnost, že zapojení jednotlivých zaměstnanců do prací na projektu bylo uvedeno podílem jejich pracovního úvazku a nikoliv v odpracovaných hodinách, ale právě nesplnění věch požadavků na evidenci ve smyslu citovaného rozsudku. Jakkoli je možné vést oddělenou evidenci výdajů vynaložených na projekt prostřednictvím uvedení podílového zapojení jednotlivých zaměstnanců, je současně nezbytné, aby tyto podíly byly provázány s konkrétně odpracovaným (a kontrolovaným) časem těchto zaměstnanců stráveným na projektu, které by bylo možné při následné daňové kontrole objektivně ověřit.

[43] Nejvyšší správní soud tedy na základě výše uvedeného kasační stížnost jako nedůvodnou postupem dle § 110 odst. 1 in fine s. ř. s. zamítl.

[44] O nákladech řízení o kasační stížnosti bylo rozhodnuto podle § 60 odst. 1 s. ř. s. ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka neměla v řízení úspěch, a právo na náhradu nákladů řízení proto nemá. Žalovaný byl sice ve věci úspěšný, náhradu nákladů řízení nicméně nepožadoval a ze spisového materiálu nevyplývá, že by mu v souvislosti s tímto řízením nějaké náklady přesahující rámec jeho běžné úřední činnosti vznikly. Nejvyšší správní soud proto nepřiznal náhradu nákladu řízení žádnému z účastníků.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné. V Brně dne 21. listopadu 2025

Mgr. Radovan Havelec

předseda senátu