Nejvyšší správní soud rozsudek daňové

9 Afs 42/2025

ze dne 2025-06-12
ECLI:CZ:NSS:2025:9.AFS.42.2025.32

9 Afs 42/2025- 32 - text

 9 Afs 42/2025 - 35

pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedkyně JUDr. Barbary Pořízkové a soudců JUDr. Radana Malíka a JUDr. Tomáše Herce v právní věci žalobkyně: Auto Anex s. r. o., se sídlem Žerotínova 378, Děčín, zast. JUDr. Ing. Vladimírem Nedvědem, advokátem se sídlem Kostelní náměstí 233/1, Litoměřice, proti žalovanému: Finanční úřad pro Ústecký kraj, se sídlem Velká Hradební 39/61, Ústí nad Labem, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 12. 8. 2022, č. j. 1819946/22/2503

50521

508489, v řízení o kasační stížnosti žalobkyně proti rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem ze dne 26. 2. 2025, č. j. 16 Af 19/2022

47,

I. Kasační stížnost se zamítá.

II. Žádný z účastníků nemá právo na náhradu nákladů řízení.

[1] Podanou kasační stížností se žalobkyně („stěžovatelka“) domáhá zrušení v záhlaví označeného rozsudku Krajského soudu v Ústí nad Labem („krajský soud“), kterým soud zamítl její žalobu proti shora uvedenému rozhodnutí. Tímto rozhodnutím žalovaný zamítl námitku proti vyrozumění o převedení přeplatku na silniční dani ve výši 13 252 Kč a na dani z příjmů právnických osob ve výši 46 883 Kč na úhradu nedoplatku na dani z přidané hodnoty („DPH“), vykázaného v celkové výši 3 575 865 Kč. Stěžovatelka existenci nedoplatku na DPH popírá.

[2] Předmětem sporu je aplikace § 124a zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu („daňový řád“), jenž upravuje vztah mezi dvěma postupně vydanými rozhodnutími správce daně v téže věci v důsledku rozdílných právních závěrů krajského soudu a NSS v dané věci. Jde tedy o vztah mezi „novým rozhodnutím správce daně“ vydaným na základě zrušujícího rozsudku krajského soudu a původním rozhodnutím správce daně, které „obživlo“ v důsledku zrušení rozsudku krajského soudu v řízení o kasační stížnosti Nejvyšším správním soudem.

[3] Stěžovatelka tvrdí, že nové rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství z 22. 12. 2021 (dále také „nové rozhodnutí odvolacího orgánu“), kterým byly zrušeny dodatečné platební výměry na DPH za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011a září 2011 a odvolací (doměřovací) řízení zastaveno, je stále účinné. Má totiž za to, že toto nové rozhodnutí nebylo vydáno na základě závazného právního názoru, uvedeného v pořadí prvním zrušujícím rozsudku krajského soudu, a proto se § 124a daňového řádu vůbec neaplikuje.

[4] Žalovaný vycházel naopak z předpokladu, že na nové rozhodnutí odvolacího orgánu se § 124a daňového řádu aplikuje. Toto rozhodnutí pozbylo účinnosti dnem právní moci v pořadí druhého rozsudku krajského soudu, kterým byla zamítnuta žaloba proti rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství z 2. 2. 2017, č. j. 5004/17/5300

21441

702127, o doměření DPH za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011 a říjen 2012 (dále také „původní obživlé rozhodnutí odvolacího orgánu“). S ohledem na tyto skutečnosti byla pravomocně doměřená DPH splatná.

[5] Ze spisu krajský soud ověřil, že v pořadí prvním rozsudkem z 26. 10. 2021, č. j. 15 Af 49/2017

82, zrušil původní rozhodnutí odvolacího orgánu ve věci doměřené DPH v celém rozsahu (tj. za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011, září 2011, říjen 2011, listopad 2011 a říjen 2012.) Zrušujícím důvodem byl jeho závěr, že ve vztahu ke třem zdaňovacím obdobím (září 2011, říjen 2011 a listopad 2011) došlo ze strany daňových orgánů k procesní vadě spočívající v neprovedení navrhovaného výslechu svědka. Vzhledem ke skutečnosti, že rozhodnutí o odvolání obsahovalo pouze jeden výrok, kterým byla zamítnuta odvolání proti všem dodatečným platebním výměrům přikročil krajský soud ke zrušení rozhodnutí odvolacího orgánu jako celku. V pořadí první rozsudek krajského soudu byl Odvolacím finančním ředitelstvím napaden včasnou kasační stížností.

[5] Ze spisu krajský soud ověřil, že v pořadí prvním rozsudkem z 26. 10. 2021, č. j. 15 Af 49/2017

82, zrušil původní rozhodnutí odvolacího orgánu ve věci doměřené DPH v celém rozsahu (tj. za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011, září 2011, říjen 2011, listopad 2011 a říjen 2012.) Zrušujícím důvodem byl jeho závěr, že ve vztahu ke třem zdaňovacím obdobím (září 2011, říjen 2011 a listopad 2011) došlo ze strany daňových orgánů k procesní vadě spočívající v neprovedení navrhovaného výslechu svědka. Vzhledem ke skutečnosti, že rozhodnutí o odvolání obsahovalo pouze jeden výrok, kterým byla zamítnuta odvolání proti všem dodatečným platebním výměrům přikročil krajský soud ke zrušení rozhodnutí odvolacího orgánu jako celku. V pořadí první rozsudek krajského soudu byl Odvolacím finančním ředitelstvím napaden včasnou kasační stížností.

[6] V reakci na v pořadí první zrušující rozsudek krajského soudu Odvolací finanční ředitelství vydalo nové rozhodnutí o odvolání z 22. 12. 2021, č. j. 47894/21/5300

21441

702127, kterým byly z důvodu prekluze zrušeny dodatečné platební výměry za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011 a září 2011, a ve vztahu k těmto zdaňovacím obdobím zastaveno odvolací (doměřovací) řízení. Uhrazená DPH byla stěžovatelce vrácena.

[7] Rozsudkem z 18. 2. 2022, č. j. 1 Afs 332/2021

61, Nejvyšší správní soud zrušil v pořadí první rozsudek krajského soudu a věc mu vrátil k dalšímu řízení s tím, že krajský soud má i při jednom výroku Odvolacího finančního ředitelství o několika odvoláních zvážit, ke kterým zdaňovacím obdobím (dodatečným platebním výměrům) se vada řízení, kterou zjistil, vztahuje, a případně zrušit rozhodnutí odvolacího orgánu pouze ve vztahu k dodatečným platebním výměrům zatíženým touto vadou.

[8] Krajský soud tedy ve věci opětovně rozhodl s tím, že skutková zjištění nezměnil, ale zrušil rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství o odvoláních proti dodatečným platebním výměrům pouze ve vztahu k dodatečným platebním výměrům za zdaňovací období září 2011, říjen 2011 a listopad 2011. Ve vztahu ke zbývajícím zdaňovacím obdobím soud žalobu zamítl.

[9] Při řešení otázky, zda nové rozhodnutí odvolacího orgánu pozbylo účinnosti ve smyslu § 124a daňového řádu, vycházel krajský soud z rozsudku NSS z 18. 7. 2019, č. j. 2 Afs 249/2017

66, na který odkazovala i stěžovatelka v žalobě. V něm NSS dospěl k závěru, že smyslem a účelem § 124a daňového řádu je jakási částečná restituce do stavu před okamžikem, kdy se „nesprávný“ právní názor krajského soudu projevil tím, že podle něho správce daně postupoval vydáním rozhodnutí založeného na tomto právním názoru. Na rozhodnutí, jež bylo vydáno na základě následně popřeného právního názoru, se má od okamžiku vydání nového rozhodnutí krajského soudu nahlížet tak, že nadále již nemá mít žádné právní účinky.

[9] Při řešení otázky, zda nové rozhodnutí odvolacího orgánu pozbylo účinnosti ve smyslu § 124a daňového řádu, vycházel krajský soud z rozsudku NSS z 18. 7. 2019, č. j. 2 Afs 249/2017

66, na který odkazovala i stěžovatelka v žalobě. V něm NSS dospěl k závěru, že smyslem a účelem § 124a daňového řádu je jakási částečná restituce do stavu před okamžikem, kdy se „nesprávný“ právní názor krajského soudu projevil tím, že podle něho správce daně postupoval vydáním rozhodnutí založeného na tomto právním názoru. Na rozhodnutí, jež bylo vydáno na základě následně popřeného právního názoru, se má od okamžiku vydání nového rozhodnutí krajského soudu nahlížet tak, že nadále již nemá mít žádné právní účinky.

[10] Odvolací finanční ředitelství podle krajského soudu závazný právní názor vyslovený v pořadí prvním rozsudku krajského soudu při vydání nového rozhodnutí respektovalo. Zrušení platebních výměrů a zastavení řízení bylo zákonným důsledkem nemožnosti pokračovat v odvolacím a doměřovacím řízení po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Následně po zrušení v pořadí prvního rozsudku krajského soudu rozsudkem Nejvyššího správního soudu byl vydán konečný rozsudek krajského soudu. Tímto byla v souladu s právním názorem NSS žaloba týkající se dodatečných platebních výměrů, které nebyly zatíženy procesní vadou zjištěnou soudem, zamítnuta. Jednalo se o doměření DPH za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011 a říjen 2012. Žalobní tvrzení, že právní názor obsažený v pořadí prvním rozsudku krajského soudu nezavazoval Odvolací finanční ředitelství ke zrušení platebních výměrů a zastavení řízení pro uplynutí prekluzivní lhůty, považoval soud za účelové vytržení izolované právní skutečnosti z kontextu.

[11] Krajský soud uzavřel věc tak, že byly naplněny veškeré hypotézy pro aplikaci § 124a vůči novému rozhodnutí Odvolacího finančního ředitelství, a toto rozhodnutí tedy ve vztahu k dodatečným platebním výměrům, které zůstaly v právní moci pozbylo bez dalšího účinnosti. Žalovaný proto nepochybil, evidoval

li na osobním daňovém účtu stěžovatelky nedoplatek na dani z přidané hodnoty odpovídající neuhrazené doměřené dani za tato zdaňovací období. Vůči takovému nedoplatku pak mohl řádně započítat v souladu s platnou právní úpravou daňové přeplatky stěžovatelky na jiných daních.

II. Obsah kasační stížnosti a vyjádření žalovaného

[12] Stěžovatelka napadla rozsudek krajského soudu kasační stížností, v níž navrhla jeho zrušení z důvodů dle § 103 odst. 1 písm. a) a b) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů („s. ř. s.“).

[13] Namítá, že Odvolací finanční ředitelství nevydalo nové rozhodnutí v souladu s právním názorem krajského soudu. Krajský soud jej zavázal k vyslechnutí navrhovaného svědka, což odvolací orgán neprovedl. Neúčinnost nového rozhodnutí ve věci zrušení dodatečných platebních výměrů a zastavení řízení nemohla ze zákona nastat. Důvody, které k tomu odvolací orgán vedly (subjektivní či objektivní), nejsou rozhodné.

[13] Namítá, že Odvolací finanční ředitelství nevydalo nové rozhodnutí v souladu s právním názorem krajského soudu. Krajský soud jej zavázal k vyslechnutí navrhovaného svědka, což odvolací orgán neprovedl. Neúčinnost nového rozhodnutí ve věci zrušení dodatečných platebních výměrů a zastavení řízení nemohla ze zákona nastat. Důvody, které k tomu odvolací orgán vedly (subjektivní či objektivní), nejsou rozhodné.

[14] Jinými slovy, závazný právní názor spočívající ve vyslechnutí navrhovaného svědka nemohl být pro uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně vůbec respektován a soudem vytýkaná procesní vada nemohla být v dalším řízení napravena.

[15] Ze závěru soudu v projednávané věci jednoznačně plyne, že daňové orgány nemohly provést úkon, který jim krajský soud uložil. Hypotéza § 124a daňového řádu tak nemohla nastat. Vytýkaná vada se týká pouze zdaňovacích období leden až listopad 2011, nové rozhodnutí odvolacího orgánu se týká jiných zdaňovací období (leden, květen, červen, červenec a srpen 2011). Skutečnost, že žalovaný v žalobou napadeném rozhodnutí uvedl, že vytýkaná procesní vada se týká všech zdaňovacích období, není jen drobnou nepřesností, ale vadou mající vliv na zákonnost tohoto rozhodnutí.

[16] Navrhuje napadený rozsudek zrušit a věc vrátit krajskému soudu k dalšímu řízení.

[17] Ve vyjádření ke kasační stížnosti se žalovaný shoduje se závěry krajského soudu. V pořadí první zrušující rozsudek krajského soudu ve věci dodatečně doměřené DPH byl vydán po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně. Odvolacímu orgánu proto nezbylo než odvolací řízení zastavit a dodatečné platební výměry na DPH zrušit. Stěžovatelka se snaží tuto skutečnost využít a účelově z ní dovodit nemožnost § 124a daňového řádu aplikovat.

[18] Navrhuje kasační stížnost zamítnout.

III. Posouzení Nejvyšším správním soudem

[19] Nejvyšší správní soud posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že kasační stížnost byla podána včas a jde o rozhodnutí, proti němuž je kasační stížnost přípustná. Posoudil ji v mezích jejího rozsahu a uplatněných důvodů a dospěl k závěru, že napadené rozhodnutí netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

[20] Kasační stížnost není důvodná.

[21] Na úvod je třeba uvést, že kasační stížnost, jako mimořádný opravný prostředek, směřuje proti již pravomocnému rozhodnutí krajského soudu, a do doby rozhodnutí o kasační stížnosti je rozhodnutí krajského soudu závazné a nezměnitelné. Z toho mimo jiné plynou pro věc relevantní důsledky týkající se toho, jak má správní orgán po zrušení svého rozhodnutí krajským soudem postupovat. Usnesením z 24. 4. 2007, č. j. 2 Ans 3/2006

49, č. 1255/2007 Sb. NSS, rozšířený senát správním orgánům (správce daně nevyjímaje) stanovil povinnost, aby v případě zrušujícího rozsudku krajského soudu pokračovaly v řízení a řídily se závazným právním názorem krajského soudu, bez ohledu na to, zda je ve věci podána kasační stížnost. Tento právní názor je v judikatuře NSS stále zastáván (rozsudky NSS z 9. 6. 2016, č. j. 2 Azs 307/2015

41, bod 14, nebo z 1. 10. 2021, č. j. 5 As 108/2021

61, bod 28). Správní orgán tedy musí pokračovat v původním správním, daňovém, odvolacím řízení či jiném řízení, bylo

li jeho rozhodnutí zrušeno. Tyto důsledky nejsou samy o sobě důvodem pro to, aby byl kasační stížnosti žalovaného přiznán odkladný účinek (viz usnesení rozšířeného senátu z 1. 7. 2015, č. j. 10 Ads 99/2014

58, č. 3270/2015 Sb. NSS, týkající se odkladného účinku v případě zrušení rozhodnutí).

[22] V důsledku povinnosti správního orgánu respektovat pravomocný rozsudek krajského soudu a výjimečnosti přiznávání odkladného účinku se ovšem správní orgány pravidelně dostávají do situace, kdy sice podají kasační stížnost, ale zároveň jsou nuceny jednat v souladu s tímto rozsudkem a upravit své jednání, o němž rozhodoval krajský soud, a obvykle tak musí učinit dříve, než bude projednána jejich kasační stížnost.

[23] Takový postup má nezřídka za následek existenci vedle sebe stojících protichůdných rozhodnutí v téže věci. Procesní situace, kdy žalovaný správní orgán na základě pravomocného rozsudku krajského soudu vydá ve správním řízení znovu rozhodnutí, které posléze nabude právní moci, následně či mezitím Nejvyšší správní soud tento rozsudek krajského soudu zruší a věc mu vrátí k novému projednání, jistě není žádoucí. O žalobě je však třeba znovu rozhodnout v souladu se závazným právním názorem NSS, což mj. znamená „obživnutí“ původně zrušeného rozhodnutí správního orgánu (srov. usnesení rozšířeného senátu č. j. 2 Ans 3/2006

49). Rozsudkem Nejvyššího správního soudu, který vyvolává účinky „obživnutí“ rozhodnutí o odvolání zrušeného krajským soudem, nedochází ke stanovení daně, ale pouze k obnovení účinků původního rozhodnutí o stanovení daně (viz rozsudek NSS z 11. 10. 2023, č. j. 1 Afs 275/2022

43).

[23] Takový postup má nezřídka za následek existenci vedle sebe stojících protichůdných rozhodnutí v téže věci. Procesní situace, kdy žalovaný správní orgán na základě pravomocného rozsudku krajského soudu vydá ve správním řízení znovu rozhodnutí, které posléze nabude právní moci, následně či mezitím Nejvyšší správní soud tento rozsudek krajského soudu zruší a věc mu vrátí k novému projednání, jistě není žádoucí. O žalobě je však třeba znovu rozhodnout v souladu se závazným právním názorem NSS, což mj. znamená „obživnutí“ původně zrušeného rozhodnutí správního orgánu (srov. usnesení rozšířeného senátu č. j. 2 Ans 3/2006

49). Rozsudkem Nejvyššího správního soudu, který vyvolává účinky „obživnutí“ rozhodnutí o odvolání zrušeného krajským soudem, nedochází ke stanovení daně, ale pouze k obnovení účinků původního rozhodnutí o stanovení daně (viz rozsudek NSS z 11. 10. 2023, č. j. 1 Afs 275/2022

43).

[24] Právě na tuto nežádoucí procesní situaci reagoval zákonodárce přijetím § 124a daňového řádu, účinného od 1. 1. 2015. Podle uvedeného ustanovení platí, že dojde

li v řízení o kasační stížnosti ve správním soudnictví ke zrušení pravomocného rozhodnutí krajského soudu, na jehož základě bylo správcem daně vydáno nové rozhodnutí ve věci v souladu s právním názorem krajského soudu, stává se toto rozhodnutí neúčinným dnem nabytí právní moci nového rozhodnutí krajského soudu, kterým je žaloba zamítnuta nebo ve kterém dojde ke změně právního názoru oproti zrušenému pravomocnému rozhodnutí krajského soudu.

[25] NSS v rozsudku č.j.2 Afs 249/2017

66, k tomuto ustanovení mj. uvedl: „Centrálním bodem § 124a daňového řádu je zrušující rozsudek Nejvyššího správního soudu, neboť – jasně plyne z důvodové zprávy i z objektivního účelu § 124a daňového řádu patrného z jeho dikce – pravidlo chování obsažené v uvedeném ustanovení má za účel řešit „následky“ v podobě střetu staršího právního názoru krajského soudu a novějšího (a „správného“, neboť instituční nadřazeností vybaveného) právního názoru Nejvyššího správního soudu. Smyslem a účelem právní normy je zde tedy jakási částečná restituce do stavu před okamžikem, kdy se „nesprávný “ právní názor krajského soudu projevil tím, že podle něho správce daně postupoval vydáním rozhodnutí založeného na tomto právním názoru“.

[26] V projednávané věci se Odvolací finanční ředitelství (dále také „správce daně“) v pořadí prvním zrušujícím rozsudkem krajského soudu řídilo. Zrušujícím důvodem byl závěr krajského soudu, že ve vztahu ke třem zdaňovacím obdobím (září 2011, říjen 2011 a listopad 2011) došlo ze strany daňových orgánů k procesní vadě spočívající v neprovedení navrhovaného výslechu svědka. K těmto obdobím byl tedy daňový orgán povinen doplnit dokazování. Ohledně zbývajících zdaňovacích období správce daně nijak zavázán názorem krajského soudu nebyl. Správce daně byl povinen krajským soudem otevřené odvolací řízení nějakým zákonným způsobem skončit. S ohledem na skutečnost, že krajský soud rozhodoval ve vztahu k některým zdaňovacím období po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně, musel se správce daně při ukončení odvolacího řízení zabývat z úřední povinnosti i otázkou prekluze.

[26] V projednávané věci se Odvolací finanční ředitelství (dále také „správce daně“) v pořadí prvním zrušujícím rozsudkem krajského soudu řídilo. Zrušujícím důvodem byl závěr krajského soudu, že ve vztahu ke třem zdaňovacím obdobím (září 2011, říjen 2011 a listopad 2011) došlo ze strany daňových orgánů k procesní vadě spočívající v neprovedení navrhovaného výslechu svědka. K těmto obdobím byl tedy daňový orgán povinen doplnit dokazování. Ohledně zbývajících zdaňovacích období správce daně nijak zavázán názorem krajského soudu nebyl. Správce daně byl povinen krajským soudem otevřené odvolací řízení nějakým zákonným způsobem skončit. S ohledem na skutečnost, že krajský soud rozhodoval ve vztahu k některým zdaňovacím období po uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně, musel se správce daně při ukončení odvolacího řízení zabývat z úřední povinnosti i otázkou prekluze.

[27] Rozšířený senát v rozsudku z 1. 11. 2023, č. j. 9 Afs 95/2021

64, č. 4543/2024 Sb. NSS, Global Drink, uvedl, že prekluzivní lhůta dle § 148 daňového řádu je plnohodnotnou a dle svého obsahu výlučnou úpravou lhůt pro stanovení daně (srov. obsah tohoto ustanovení včetně pravidel pro stavení lhůty v odst. 4 po dobu řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem). Nestaví se ani dle § 41 s. ř. s. jako se stavěla lhůta dle zákona o správě daní a poplatků (viz bod 35 tohoto rozsudku). I v případech, kdy se lhůta pro stanovení daně prodlužuje (odst. 2), přerušuje a počíná běžet nová tříletá lhůta (odst. 3) nebo neběží, tedy se staví (odst. 4), platí, že lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1 (§ 148 odst. 5 daňového řádu). Výjimku z tohoto pravidla představují odst. 6 a 7 § 148 daňového řádu, jakož i podání dodatečného daňového přiznání na nižší daň v posledních 12 měsících před uplynutím desetileté lhůty (viz usnesení rozšířeného senátu z 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022, č. 4670/2025 Sb. NSS). Desetiletá lhůta stanovená v § 148 daňového řádu je propadná (rozsudek rozšířeného senátu z 28. 4. 2022, 2 Afs 338/2018

50, č. 4351/2022 Sb. NSS, bod 27). Shodně komentářová literatura považuje lhůtu v § 148 odst. 5 za nepřekročitelnou (Matyášová, L, Grossová, M. E. Daňový řád. Komentář. 2. vydání. Leges, 2015, k § 148; stejně Lichnovský, O. a kol. Daňový řád. Komentář. 5. vydání. C. H. Beck, 2024, k § 148 odst. 5) s tím, že uplynutím času zkrátka tato lhůta končí (Baxa, J. a kol. Daňový řád. Komentář. Wolters Kluwer, 2011, k § 148 odst. 5).

[27] Rozšířený senát v rozsudku z 1. 11. 2023, č. j. 9 Afs 95/2021

64, č. 4543/2024 Sb. NSS, Global Drink, uvedl, že prekluzivní lhůta dle § 148 daňového řádu je plnohodnotnou a dle svého obsahu výlučnou úpravou lhůt pro stanovení daně (srov. obsah tohoto ustanovení včetně pravidel pro stavení lhůty v odst. 4 po dobu řízení, které je v souvislosti se stanovením daně vedeno před soudem ve správním soudnictví a před Ústavním soudem). Nestaví se ani dle § 41 s. ř. s. jako se stavěla lhůta dle zákona o správě daní a poplatků (viz bod 35 tohoto rozsudku). I v případech, kdy se lhůta pro stanovení daně prodlužuje (odst. 2), přerušuje a počíná běžet nová tříletá lhůta (odst. 3) nebo neběží, tedy se staví (odst. 4), platí, že lhůta pro stanovení daně končí nejpozději uplynutím 10 let od jejího počátku podle odstavce 1 (§ 148 odst. 5 daňového řádu). Výjimku z tohoto pravidla představují odst. 6 a 7 § 148 daňového řádu, jakož i podání dodatečného daňového přiznání na nižší daň v posledních 12 měsících před uplynutím desetileté lhůty (viz usnesení rozšířeného senátu z 5. 2. 2025, č. j. 1 Afs 231/2022, č. 4670/2025 Sb. NSS). Desetiletá lhůta stanovená v § 148 daňového řádu je propadná (rozsudek rozšířeného senátu z 28. 4. 2022, 2 Afs 338/2018

50, č. 4351/2022 Sb. NSS, bod 27). Shodně komentářová literatura považuje lhůtu v § 148 odst. 5 za nepřekročitelnou (Matyášová, L, Grossová, M. E. Daňový řád. Komentář. 2. vydání. Leges, 2015, k § 148; stejně Lichnovský, O. a kol. Daňový řád. Komentář. 5. vydání. C. H. Beck, 2024, k § 148 odst. 5) s tím, že uplynutím času zkrátka tato lhůta končí (Baxa, J. a kol. Daňový řád. Komentář. Wolters Kluwer, 2011, k § 148 odst. 5).

[28] Platí

li, že do uplynutí prekluzivní lhůty musí být daňová povinnost stanovena pravomocně (viz usnesení rozšířeného senátu z 23. 10. 2007, č. j. 9 Afs 86/2007

161, č. 1542/2008 Sb. NSS, nebo nález ÚS z 21. 04. 2009, sp. zn. II. ÚS 1464/07), bylo povinností Odvolacího finančního ředitelství nepravomocné dodatečné platební výměry zrušit a řízení o nich zastavit. To se zcela jistě týká zdaňovacích období leden, květen, červen, červenec a srpen 2011, kde nebyl krajským soudem zavázán k žádnému procesnímu postupu. Stejně tak to ale platí pro zdaňovací období září 2011. Přestože krajský soud vyčetl daňovým orgánům konkrétní vadu, kterou měly napravit, nemohou o věci rozhodnout pro prekluzi práva. Doplnění řízení by tak postrádalo jakýkoliv smysl, i pokud by daňové orgány svou povinnost formálně splnily, musely by stejně odvolací řízení zastavit a nepravomocné dodatečné platební výměry zrušit. Šlo by o zcela neúčelný a nehospodárný úkon.

[28] Platí

li, že do uplynutí prekluzivní lhůty musí být daňová povinnost stanovena pravomocně (viz usnesení rozšířeného senátu z 23. 10. 2007, č. j. 9 Afs 86/2007

161, č. 1542/2008 Sb. NSS, nebo nález ÚS z 21. 04. 2009, sp. zn. II. ÚS 1464/07), bylo povinností Odvolacího finančního ředitelství nepravomocné dodatečné platební výměry zrušit a řízení o nich zastavit. To se zcela jistě týká zdaňovacích období leden, květen, červen, červenec a srpen 2011, kde nebyl krajským soudem zavázán k žádnému procesnímu postupu. Stejně tak to ale platí pro zdaňovací období září 2011. Přestože krajský soud vyčetl daňovým orgánům konkrétní vadu, kterou měly napravit, nemohou o věci rozhodnout pro prekluzi práva. Doplnění řízení by tak postrádalo jakýkoliv smysl, i pokud by daňové orgány svou povinnost formálně splnily, musely by stejně odvolací řízení zastavit a nepravomocné dodatečné platební výměry zrušit. Šlo by o zcela neúčelný a nehospodárný úkon.

[29] Je třeba zdůraznit, že krajský soud byl tím, kdo nezákonným zrušením rozhodnutí odvolacího orgánu v celém rozsahu, tedy i vůči zdaňovacím obdobím, ve kterých se jím shledaná procesní vada neprojevila, nepochybně dal „do pohybu“ nové rozhodnutí ve věci, tj. zrušení dodatečných platebních výměrů za příslušná zdaňovací období a zastavení odvolacího a doměřovacího řízení. Jinými slovy, kdyby nebylo v pořadí prvního rozsudku, kterým krajský soud zrušil rozhodnutí odvolacího orgánu v celém rozsahu, tak by řízení vůči těmto dodatečným platebním výměrům zůstalo pravomocně ukončené původním žalobou napadeným rozhodnutím o odvolání. Nelze tedy přisvědčit argumentaci stěžovatelky, že nebylo

li možné pro prekluzi odvolací řízení doplnit, neřídil se správce daně závazným právním názorem krajského soudu.

[30] Takový výklad zákona by byl příliš restriktivní a v rozporu s jeho smyslem. Text § 124a daňového řádu ve slovech v souladu s právním názorem krajského soudu je třeba vykládat tak, že správce daně nesmí postupovat proti závaznému právnímu názoru krajského soudu, přestože s ním nesouhlasí; vyjádřit nesouhlas má prostřednictvím kasační stížnosti.

[31] Zavázal

li by krajský soud v projednávané věci v pořadí prvním rozsudku správce daně k tomu, že nesmí dodatečné platební výměry zrušit a odvolací řízení zastavit, byl by správce daně tímto názorem vázán. Zrušil

li by dodatečné platební výměry a zastavil odvolací řízení, vskutku by nepostupoval v souladu se závazným právním názorem soudu. Krajský soud ale takový názor v projednávané věci nevyjádřil.

[31] Zavázal

li by krajský soud v projednávané věci v pořadí prvním rozsudku správce daně k tomu, že nesmí dodatečné platební výměry zrušit a odvolací řízení zastavit, byl by správce daně tímto názorem vázán. Zrušil

li by dodatečné platební výměry a zastavil odvolací řízení, vskutku by nepostupoval v souladu se závazným právním názorem soudu. Krajský soud ale takový názor v projednávané věci nevyjádřil.

[32] Jestliže je správce daně po zrušení svého původního rozhodnutí krajským soudem ze zákona povinen novým rozhodnutím zastavit řízení z důvodu uplynutí lhůty pro stanovení daně podle § 148 daňového řádu, neznamená to, že jeho nové rozhodnutí není vydáno v souladu s právním názorem krajského soudu ve smyslu § 124a daňového řádu. Rozumí se totiž bez dalšího, že krajský soud zavázal správce daně nově rozhodnout v souladu s jeho právním názorem, avšak při současném zohlednění všech právních skutečností, k nimž je správce daně podle zákona při svém rozhodování povinen přihlédnout. Takovou skutečností je i plynutí času, má

li vliv na trvání oprávnění správce daně daň stanovit. Krajský soud proto nemusí při každém zrušení rozhodnutí správce daně o stanovení daně výslovně dodávat, že novým rozhodnutím lze stanovit daň v souladu s vysloveným právním názorem jen ve lhůtě pro stanovení daně.

[33] Z výše uvedeného vyplývá, že pro posouzení aplikace § 124a daňového řádu nemůže být relevantní to, že žalovaný správce daně v rámci nového stadia téhož daňového řízení, vyvolaného na základě zrušujícího rozsudku krajského soudu, z důvodu prekluze zrušil rozhodnutí správce daně I. stupně a řízení zastavil. Ustanovení § 124a daňového řádu je třeba aplikovat i na tyto situace, tedy nové rozhodnutí se stává neúčinným.

[34] Ostatně obživnutí zrušených dodatečných platebních výměrů a neúčinnost rozhodnutí o jejich zrušení připustil NSS již v rozsudku č. j. 2 Afs 249/2017

66, kde uvedl „stejně tak ale není pochyb, že platební výměry č. j. 9203/07

066300

024, 9204/07

066300

024 a 9205/07

066300

024 zrušeny byly, že řízení ve věcech jimi řešených byla zastavena a že poté nebyly žádné nové platební výměry vydány (a ani být vydány nemohly, viz bod 54 usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 4. 2009, č. j. 8 Afs 15/2007

75, č. 1865/2009 Sb., jehož závěry vyslovené ve vztahu k zákonu o správě daní a poplatků lze přenést i do prostředí daňového řádu, jelikož v tomto ohledu daňový řád nepřinesl změnu). Znamená to tedy, že jedinou cestou, jak by mohly zrušené platební výměry přes své zrušení být exekučním titulem, by bylo jejich „obživnutí“ na základě zákonné úpravy, která by takový důsledek za specifických okolností předpokládala. Takovou zákonnou úpravou by jistě mohlo být ustanovení § 124a daňového řádu, jež do něho s účinností od 1. 1. 2015 bylo vloženo článkem III. bodem 20 zákona č. 458/2011 Sb., o změně zákonů související se zřízením jednoho inkasního místa a dalších změnách daňových a pojistných zákonů“ (body 34 a 35 uvedeného rozsudku).

[34] Ostatně obživnutí zrušených dodatečných platebních výměrů a neúčinnost rozhodnutí o jejich zrušení připustil NSS již v rozsudku č. j. 2 Afs 249/2017

66, kde uvedl „stejně tak ale není pochyb, že platební výměry č. j. 9203/07

066300

024, 9204/07

066300

024 a 9205/07

066300

024 zrušeny byly, že řízení ve věcech jimi řešených byla zastavena a že poté nebyly žádné nové platební výměry vydány (a ani být vydány nemohly, viz bod 54 usnesení rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 14. 4. 2009, č. j. 8 Afs 15/2007

75, č. 1865/2009 Sb., jehož závěry vyslovené ve vztahu k zákonu o správě daní a poplatků lze přenést i do prostředí daňového řádu, jelikož v tomto ohledu daňový řád nepřinesl změnu). Znamená to tedy, že jedinou cestou, jak by mohly zrušené platební výměry přes své zrušení být exekučním titulem, by bylo jejich „obživnutí“ na základě zákonné úpravy, která by takový důsledek za specifických okolností předpokládala. Takovou zákonnou úpravou by jistě mohlo být ustanovení § 124a daňového řádu, jež do něho s účinností od 1. 1. 2015 bylo vloženo článkem III. bodem 20 zákona č. 458/2011 Sb., o změně zákonů související se zřízením jednoho inkasního místa a dalších změnách daňových a pojistných zákonů“ (body 34 a 35 uvedeného rozsudku).

[35] K neúčinnosti „nového rozhodnutí“ vydaného správcem daně dochází ze zákona. Nepřesnost žalovaného v odůvodnění rozhodnutí o námitce proti převedení přeplatku (nesprávný výčet zdaňovacích období zasažených procesní vadou), proto nemůže mít na neúčinnost nového rozhodnutí správce daně žádný vliv. K neúčinnosti nového rozhodnutí ze zákona však dojde pouze tehdy, kdy krajský soud, vázán právním názorem NSS, v novém rozsudku žalobu zamítne, popř. rozsudkem zrušujícím správní rozhodnutí zaváže správce daně právním názorem odchylným od svého předchozího právního názoru.

[36] Tak tomu v projednávané věci bylo, protože krajský soud, vázán právním názorem NSS, žalobu, týkající se dodatečných platebních výměrů za zdaňovací období leden 2011, květen 2011, červen 2011, červenec 2011, srpen 2011 a říjen 2012, zamítnul. Dodatečné platební výměry za uvedená období proto zůstaly v právní moci a jimi doměřená DPH se stala splatnou. Skutečnost, že DPH nebyla stěžovatelkou uhrazena, není mezi stranami spornou. Správce daně proto při převedení přeplatku na dani silniční ve výši 13 252 Kč a na dani z příjmů právnických osob ve výši 46 883 Kč na úhradu nedoplatku na DPH, vykázaného v celkové výši 3 575 865 Kč, postupoval v souladu se zákonem.

IV. Závěr a náklady řízení

[37] Soud ze všech shora uvedených důvodů dospěl k závěru, že kasační stížnost není důvodná, a proto ji zamítl (§ 110 odst. 1, věta druhá, s. ř. s.). O věci rozhodl bez jednání postupem podle § 109 odst. 2 s. ř. s., dle kterého o kasační stížnosti rozhoduje soud zpravidla bez jednání.

[38] Výrok o náhradě nákladů řízení se opírá o § 60 odst. 1 s. ř. s, ve spojení s § 120 s. ř. s. Stěžovatelka, která neměla ve věci úspěch, nemá právo na náhradu nákladů řízení. Žalovanému v řízení o kasační stížnosti nevznikly náklady nad rámec úřední činnosti.

Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné.

V Brně dne 12. června 2025

JUDr. Barbara Pořízková

předsedkyně senátu