9 Afs 146/2024

9 Afs 146/2024- 51 - text  9 Afs 146/2024 - 58 pokračování

[OBRÁZEK]

ČESKÁ REPUBLIKA

ROZSUDEK

JMÉNEM REPUBLIKY

Nejvyšší správní soud rozhodl v senátě složeném z předsedy JUDr. Radana Malíka a soudců JUDr. Barbary Pořízkové a JUDr. Pavla Molka v právní věci žalobkyně: Z-FIN, a.s., se sídlem Palackého 727/14, Praha 1, zast. JUDr. Jakubem Dohnalem, Ph.D., LL.M., advokátem se sídlem U Trezorky 921/2, Praha 5, proti žalovanému: Ministerstvo financí, se sídlem Letenská 525/15, Praha 1, proti rozhodnutí žalovaného ze dne 29. 6. 2022, č. j. MF-341/2019/1203-5, ve znění opravného rozhodnutí ze dne 9. 8. 2022, č. j. MF-341/2019/1203-7, v řízení o kasační stížnosti žalovaného proti rozsudku Krajského soudu v Ostravě – pobočky v Olomouci ze dne 24. 4. 2024, č. j. 60 Af 29/2022-105, takto:

Rozsudek Krajského soudu v Ostravě – pobočky v Olomouci ze dne 24. 4. 2024, č. j. 60 Af 29/2022-105, se zrušuje a věc se vrací tomuto soudu k dalšímu řízení. Odůvodnění:

I. Vymezení věci

[1] Předmětem projednávané věci je otázka prekluze práva stíhat (pokračující) nesrovnalost podle nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. 12. 1995, o ochraně finančních zájmů Evropských společenství (dále jen „nařízení č. 2988/95“).

[2] Smlouvou o poskytnutí dotace na individuální projekt ze dne 11. 9. 2013, č. ÚRR D-2013/0101/OKP, se Regionální rada regionu soudržnosti Střední Morava zavázala poskytnout žalobkyni dotaci na úhradu maximálně 60 % způsobilých výdajů projektu „AREÁL RZ – Rusava výstavba krytého bazénu včetně návazné infrastruktury“, maximálně částku 9 000 000 Kč. Po provedené kontrole vyměřil Úřad Regionální rady regionu soudržnosti Střední Morava (dále jen „Úřad“) žalobkyni platebním výměrem ze dne 12. 9. 2018, č. j. OKN-PRK 76/2015, odvod za porušení rozpočtové kázně podle § 22 zákona č. 250/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „malá rozpočtová pravidla“), ve výši 2 126 771 Kč. Úřad shledal celkem osm pochybení, z toho čtyři vedla k uložení odvodu a týkala se zadávacího řízení na podlimitní veřejnou zakázku na stavební práce.

[3] Proti platebnímu výměru Úřadu se žalobkyně bránila odvoláním, které zamítl žalovaný výše nadepsaným rozhodnutím. Neztotožnil se sice s Úřadem ohledně jednoho pochybení žalobkyně vedoucího k uložení odvodu, to však nemělo vliv na výrok o porušení rozpočtové kázně a výši uloženého odvodu. Opravným rozhodnutím žalovaný doplnil výrok napadeného rozhodnutí o povinnost žalobkyně zaplatit vyměřený odvod na v rozhodnutí specifikovaný bankovní účet Finančního úřadu pro hlavní město Prahu.

[4] K podané žalobě zrušil krajský soud výše nadepsaným rozsudkem jak rozhodnutí žalovaného, tak platební výměr Úřadu (výrok I.) a uložil žalovanému povinnost nahradit žalobkyni náklady řízení (výrok II.). Krajský soud shledal, že rozhodnutí žalovaného bylo vydáno až po uplynutí osmileté prekluzivní lhůty k vydání rozhodnutí ve smyslu čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95, dle kterého [p]romlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1 […] Promlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno. Dle odst. 3 stejného ustanovení [č]lenské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2 (odstavec 2 citovaného ustanovení upravuje lhůtu pro výkon rozhodnutí, pozn. NSS). Dle krajského soudu je okamžikem, kdy došlo k nesrovnalosti, nutno rozumět okamžik porušení dotačních podmínek, resp. uzavření smlouvy o poskytnutí dotace, pokud k němu dojde později, nikoliv až den vyplacení prostředků.

[5] V případě žalobkyně nakonec vedla k uložení odvodu tři porušení rozpočtové kázně. K jednomu došlo ještě před uzavřením smlouvy o poskytnutí dotace, pro začátek běhu prekluzivních lhůt je tedy rozhodné datum uzavření smlouvy o poskytnutí dotace dne 11. 9. 2013. Pro další dvě nesrovnalosti je rozhodné, kdy došlo k posuzování nabídek uchazečů hodnotící komisí, tj. dne 17. 9. 2013. Osmiletá lhůta pro vydání rozhodnutí tedy uplynula dne 11., resp. 17. 9. 2021 a napadené rozhodnutí ze dne 29. 6. 2022 bylo vydáno až po uplynutí této prekluzivní lhůty.

[6] Lhůtu upravenou v § 22 malých rozpočtových pravidel, dle jehož odst. 13 (dříve odst. 11, pozn. NSS) [o]dvod a penále podle odstavců 4 až 8 lze uložit do 10 let počítaných od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně, krajský soud nepovažoval za lhůtu stanovenou odlišně od nařízení č. 2988/95 ve smyslu jeho čl. 3 odst.

3. Konstatoval, že je nutné vycházet z nařízení č. 2988/95, jelikož malá rozpočtová pravidla neobsahují komplexní úpravu prekluzivních lhůt tak jako nařízení č. 2988/95 a nenaplňují pravidlo dvojnásobku prekluzivní lhůty pro zahájení řízení. Navíc určují počátek běhu lhůty odlišně, proto jsou s nařízením č. 2988/95 v rozporu. Krajský soud přitom neměl pochyb, že prostředky poskytnuté žalobkyni jako dotace pocházely z rozpočtu Evropské unie.

[7] Jelikož měl uplynutí prekluzivní lhůty zohlednit již žalovaný, krajský soud jeho rozhodnutí ve znění opravného rozhodnutí i platební výměr Úřadu zrušil, aniž by se zabýval žalobními námitkami sporujícími vytčená pochybení žalobkyně a výši odvodu.

II. Obsah kasační stížnosti

[8] Žalovaný (dále jen „stěžovatel“) napadl výše označený rozsudek krajského soudu kasační stížností z důvodů podle § 103 odst. 1 písm. a) a d) zákona č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“), na základě kterých požadoval napadený rozsudek zrušit a věc vrátit krajskému soudu k dalšímu řízení.

[9] Stěžovatel předně navrhl věc postoupit rozšířenému senátu pro rozpor v judikatuře NSS. Ve skutkově totožných věcech jako je nyní posuzovaná totiž Nejvyšší správní soud dospěl k rozdílným závěrům. Konkrétně v rozsudku ze dne 15. 2. 2024, č. j. 4 Afs 52/2023-85, shledal, že je nutné postupovat podle nařízení č. 2988/95, platí osmiletá prekluzivní lhůta a správní orgány rozhodly až po jejím uplynutí. Krajský soud v nyní napadeném rozsudku na tyto závěry odkázal. Oproti tomu v rozsudcích ze dne 27. 2. 2024, č. j. 4 Afs 81/2022-43, a ze dne 5.

3. 2024, č. j. 6 Afs 23/2023-81, Nejvyšší správní soud potvrdil zákonnost rozhodnutí krajského soudu, který neaplikoval nařízení č. 2988/95 a neučinil závěr o prekluzi práva na vydání pravomocného rozhodnutí o porušení rozpočtové kázně. Dle prvně citovaného rozsudku 4. senátu se přitom soud otázkou prekluze musí zabývat z úřední povinnosti, od tohoto závěru se tedy Nejvyšší správní soud později odchýlil.

[10] Stěžovatel upozornil na judikaturu NSS, dle které i implicitně vyjádřený názor představuje důvod pro postoupení věci rozšířenému senátu a musí jít o otázku, se kterou se soud nezbytně musel vypořádat. Připomněl též judikaturu Ústavního soudu k povinnosti zabývat se otázkou prekluze z úřední povinnosti. Tuto otázku tedy Nejvyšší správní soud musel v citovaných rozsudcích nezbytně vypořádat, jinak by napadená rozhodnutí krajských soudů zrušil. Neučinil-li tak, potvrdil postup krajského soudu, který neaplikoval nařízení č. 2988/95 a neučinil závěr o prekluzi práva. Právní názor v rozsudcích č. j. 4 Afs 81/2022-43 a č. j. 6 Afs 23/2023-81 je tím evidentně v rozporu s názorem v rozsudku č. j. 4 Afs 52/2023-85.

[11] Stran samotných důvodů kasační stížnosti stěžovatel namítl, že krajský soud měl zkoumat, kdy došlo k dokončení jednání kvalifikovaného jako pokračující nesrovnalost. Soudní dvůr Evropské Unie (dále též „SDEU“ nebo „Soudní dvůr EU“) dovodil, že v případě, kdy příjemce porušil pravidla pro zadávání veřejné zakázky, přetrvává poškození unijního rozpočtu během celé doby provádění smlouvy uzavřené mezi příjemcem dotace a dodavatelem plnění z veřejné zakázky. Prekluzivní lhůta pro vymáhání dotace tedy počíná běžet až dnem skončení nesrovnalosti, tj. dnem, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o protiprávně zadané veřejné zakázce (srov. rozsudky ze dne 21.

12. 2011, ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, a ze dne 11. 6. 2015, ve věci C-52/14, Pfeifer & Langen). Obdobný závěr dle stěžovatele plyne z rozsudku NSS ze dne 19. 6. 2024, č. j. 3 Afs 248/2023-135. Již jen z tohoto důvodu tedy nemohlo dojít k prekluzi práva na uložení odvodu, jelikož poslední faktura byla dodavateli uhrazena dne 28. 1. 2015. Nejdříve tento den bylo dovršeno plnění ze smlouvy o protiprávně zadané veřejné zakázce, tj. došlo ke skončení pokračující nesrovnalosti. Napadené rozhodnutí proto bylo vydáno včas a rozsudek krajského soudu je nezákonný a nepřezkoumatelný.

[12] Dalšími námitkami stěžovatel zpochybnil aplikaci nařízení č. 2988/95. Zaprvé, pochybení příjemce dotace dopadá v první řadě na státní rozpočet, nikoliv na rozpočet EU, jelikož bylo odhaleno ještě před vyžádáním prostředků EU. O ohrožení rozpočtu EU tedy nelze hovořit. Krajský soud se tímto nezabýval, tedy náležitě neodůvodnil závěr o aplikaci nařízení č. 2988/95. Zadruhé, vnitrostátní úprava v rozpočtových pravidlech je komplexní, když v souladu s čl. 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 stanoví absolutní lhůtu pro vydání rozhodnutí o vrácení poskytnutých finančních prostředků, která implicitně zahrnuje i lhůtu pro zahájení řízení. Krajský soud měl proto aplikovat tuto úpravu a nikoliv unijní. Navíc, vnitrostátní úprava v souladu s principem asimilace poskytuje vyšší ochranu finančním zájmům EU.

Aplikace nařízení č. 2988/95 tak popírá základní principy evropské právní úpravy.

[13] Stěžovatel namítl nepřezkoumatelnost napadeného rozsudku také z důvodu, že krajský soud se vůbec nezabýval otázkou, jaký by měl být „evropský podíl“ na dotaci, aby se unijní úprava uplatnila na celou částku. Polemizoval také, zda by se unijní úprava měla uplatnit i na projekty nikoliv spolufinancované z rozpočtu EU, ale souběžně financované i ze státního rozpočtu.

[14] Stěžovatel dále označil za neodůvodněné a nesprávné závěry krajského soudu týkající se počátku běhu prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95, a to z několika následujících důvodů.

[15] Stěžovatel měl za to, že k nesrovnalosti může dojít nejdříve po proplacení dotace. Jednak je třeba odlišit vnitrostátní pojem „porušení rozpočtové kázně“ a unijní, širší, pojem „nesrovnalost“, kdy k nesrovnalosti ve smyslu porušení rozpočtové kázně může dojít nejdříve v okamžiku připsání finančních prostředků na účet příjemce dotace. Jednak je potřeba zkoumat esenciální prvky nesrovnalosti dle definice v čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. Stěžovatel zopakoval, že k poškození rozpočtu EU nemůže dojít, dokud nebyla proplacena dotace, která byla předfinancována z rozpočtu EU.

Podmínka poškození rozpočtu EU pro běh prekluzivní lhůty podle nařízení č. 2988/95 vyplývá též z rozsudku SDEU ze dne 6. 10. 2015, ve věci C-59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und -export, a musí být splněna kumulativně s podmínkou porušení unijního předpisu ze strany příjemce dotace. U dotací poskytnutých ex post tak může dojít k porušení rozpočtové kázně, tj. k nesrovnalosti, nejdříve proplacením dotace příjemci. Svůj názor stěžovatel podpořil také odkazem na rozsudek NSS ze dne 7. 3. 2019, č. j.

5 Afs 123/2018-45, který se týká konstatování porušení rozpočtové kázně u dotací poskytnutých ex post.

[16] Počátek běhu prekluzivní lhůty stanovený krajským soudem je dle stěžovatele nesprávný též s ohledem na rozsudek ze dne 17. 9. 2014, ve věci C-341/13, Cruz & Companhia. Z něj vyplývá, že běh prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95 nemůže počít plynout dříve, než vnitrostátní orgán konstatuje nesrovnalost.

[17] Stěžovatel namítl, že bylo nutné zohlednit také to, že se jednalo o víceletý program (Regionální operační program NUTS II Střední Morava) a prekluzivní lhůta běžela až do jeho definitivního ukončení, ke kterému doposud nedošlo.

[18] Nakonec, dle stěžovatele krajský soud nesprávně posoudil otázku, zda mohou členské státy stanovit delší lhůtu pro vydání rozhodnutí, aniž by současně uplatnily delší lhůtu či jiný okamžik pro zahájení řízení. Krajský soud se touto otázkou nezabýval, resp. závěr o neaplikaci vnitrostátní úpravy v § 22 odst. 13 malých rozpočtových pravidel, kterou zcela pominul, odůvodnil nedostatečně absencí komplexní úpravy. Unijní úprava dle stěžovatele nebrání ani stanovení jiného okamžiku pro počátek běhu lhůt, opačný závěr krajský soud opět neodůvodnil. Lhůta stanovená vnitrostátní úpravou je navíc dle stěžovatele přiměřená i ve smyslu judikatury SDEU a nevadí, že není stanovena jako „dvojnásobek“, jak je tomu v nařízení č. 2988/95.

[19] Závěrem stěžovatel navrhl předložit SDEU otázky na soulad nařízení č.

2988/95 a vnitrostátní úpravy, možnost stanovit jen delší lhůtu pro rozhodnutí ve věci, nutnost této lhůty činit „dvojnásobek“ lhůty pro zahájení řízení a potřebu kumulativního splnění obou podmínek nesrovnalosti dle čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95. [20] Žalobkyně se ke kasační stížnosti nevyjádřila. III. Přerušení řízení s ohledem na řízení vedené před SDEU

[21] Nejvyšší správní soud usnesením ze dne 13. 8. 2024, č. j. 9 Afs 146/2024-28, přijatým podle § 48 odst. 3 písm. d) ve spojení s § 120 s. ř. s., řízení o kasační stížnosti přerušil z důvodu předložení předběžné otázky SDEU desátým senátem (usnesení ze dne 31. 7. 2024, č. j. 10 Afs 82/2024-52). Zodpovězení předložených otázek totiž mohlo být zásadní pro posouzení kasační stížnosti i v nyní projednávané věci.

[22] SDEU rozsudkem ze dne 27. 11. 2025, ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, odpověděl na předběžné otázky následovně:

„1) Článek 3 odst. 1 čtvrtý pododstavec a odst. 3 nařízení Rady (ES, Euratom) č. 2988/95 ze dne 18. prosince 1995 o ochraně finančních zájmů Evropských společenství musí být vykládán v tom smyslu, že členský stát, který nevyužil oprávnění stanovit delší promlčecí lhůtu pro zahájení stíhání, než je čtyřletá lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci uvedeného nařízení, nemůže pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce, stanovit absolutní promlčecí lhůtu, která by byla delší než dvojnásobek této čtyřleté lhůty.

2) Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že brání tomu, aby členský stát stanovil počátek běhu absolutní promlčecí lhůty pro vydání rozhodnutí, kterým se ukládá sankce za vzniklou nesrovnalost, na první den kalendářního roku následujícího po kalendářním roce, v němž k této nesrovnalosti došlo. Tato lhůta začíná podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce tohoto nařízení v každém případě běžet ode dne, kdy k nesrovnalosti došlo, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti ode dne, kdy tato nesrovnalost skončila.

3) Článek 3 nařízení č. 2988/95 musí být vykládán v tom smyslu, že promlčecí lhůty, které jsou v něm stanoveny, se vztahují na nesrovnalost, kterou je dotčeno financování projektu souvisejícího s některou politikou Evropské unie, i tehdy, když tato nesrovnalost poškozuje nebo může poškodit finanční zájmy Unie a zároveň finanční zájmy členského státu.“

[23] Tím odpadl důvod pro přerušení řízení o kasační stížnosti a předseda senátu usnesením ze dne 19. 1. 2026, č. j. 9 Afs 146/2024-32, rozhodl o jeho pokračování a vyzval účastníky řízení, aby se k rozsudku SDEU vyjádřili.

[24] Žalobkyně ve svém vyjádření uvedla, že závěry SDEU potvrzují napadený rozsudek a vyloučení aplikace vnitrostátní úpravy uplatňované stěžovatelem. Závěry rozsudku SDEU vedou k jednoznačnému závěru o prekluzi práva vyměřit odvod k pochybením ve veřejné zakázce, ke kterým mělo dojít v roce 2013, neboť absolutní prekluzivní lhůta uplynula nejpozději v září 2021. Žalobkyně proto navrhla kasační stížnost zamítnout jako nedůvodnou.

[25] Stěžovatel na vyjádření žalobkyně reagoval s tím, že zopakoval, že pro počátek běhu prekluzivní lhůty je třeba vycházet z rozsudku SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur.

Dnem, kdy skončila nesrovnalost, je tedy den „dovršení plnění“ smlouvy o dílo, což je dle stěžovatele zaplacením ceny díla. Navíc došlo k přerušení běhu prekluzivní lhůty vydáním zprávy o auditu, příp. platebním výměrem, a to ve smyslu rozsudku SDEU ze dne 8. 5. 2024, ve věci C-734/22, Finanzprokuratur. Stěžovatel setrval též na tom, že je třeba zohlednit víceletost programu.

[26] Žalobkyně v reakci namítla, že stěžovatel ve snaze zabránit konstatování prekluze přichází s účelovou právní konstrukcí rozpornou s právem EU i vnitrostátní úpravou veřejných zakázek. Přestupek spočívající v nezákonném výběru dodavatele či v diskriminačním nastavení podmínek je dle žalobkyně dokonán okamžikem uzavření smlouvy na veřejnou zakázku, kterým končí zadávací proces. Nejde o trvající delikt, který by pokračoval po celou dobu realizace díla, jak účelově konstruuje stěžovatel. Fakturace a platby jsou nadto následkem smluvního vztahu, nikoliv pokračováním chyby v zadávacím řízení, se kterým nijak nesouvisí. Rozsudek SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, se pak týká jiné situace, konkrétně narušení volného pohybu služeb. Žalobkyni však bylo vytýkáno procesní pochybení, ke kterému došlo v roce 2013. Nakonec, jak potvrdil SDEU, osmiletá prekluzivní lhůta je nepřekročitelná a nelze ji přerušit úkony správce daně.

IV. Právní hodnocení Nejvyššího správního soudu

[27] Nejvyšší správní soud posoudil formální náležitosti kasační stížnosti a shledal, že byla podána včas, osobou k tomu oprávněnou, směřuje proti rozhodnutí, proti němuž je podání kasační stížnosti přípustné, z důvodů, které zákon připouští, a za stěžovatele jedná pověřený zaměstnanec, který má vysokoškolské právnické vzdělání (§ 102 a násl. s. ř. s.). Poté přistoupil k přezkumu rozsudku krajského soudu v rozsahu kasační stížnosti a v rámci uplatněných důvodů. Ověřil také, zda netrpí vadami, k nimž by musel přihlédnout z úřední povinnosti (§ 109 odst. 3 a 4 s. ř. s.).

[28] Kasační stížnost je důvodná.

[29] Nejvyšší správní soud se nejprve zabýval namítanou nepřezkoumatelností a shledal, že napadený rozsudek krajského soudu odpovídá obecným požadavkům přezkoumatelného soudního rozhodnutí formulovaným v rozsáhlé judikatuře Nejvyššího správního soudu k pojmu nepřezkoumatelnosti (srov. např. rozsudky ze dne 4. 12. 2003, č. j. 2 Ads 58/2003-75, č. 133/2004 Sb. NSS, ze dne 14. 7. 2005, č. j. 2 Afs 24/2005-44, č. 689/2005 Sb. NSS, ze dne 29. 7. 2004, č. j. 4 As 5/2003-52, nebo ze dne 16. 12. 2008, č. j.

1 Ao 3/2008-136, č. 1795/2009 Sb. NSS). Krajský soud řádně a srozumitelně vyložil důvody svého rozhodnutí a z odůvodnění napadeného rozsudku je zřejmé, jakými úvahami se krajský soud při rozhodování řídil. Z napadeného rozsudku vyplývá, z jakých důvodů krajský soud aplikoval nařízení č. 2988/95 a nikoliv národní úpravu v malých rozpočtových pravidlech, kdy dle krajského soudu došlo k nesrovnalostem a kdy uplynuly prekluzivní lhůty pro zahájení stíhání a pro vydání rozhodnutí o odvodu. Ostatně, kasační námitky zpochybňují spíše věcnou správnost závěrů krajského soudu.

[30] Co se týče vlastního posouzení věci, stěžovatel namítá, že by se měla uplatnit komplexní národní úprava v malých rozpočtových pravidlech, popř. krajský soud z různých důvodů posoudil nesprávně okamžik počátku běhu prekluzivní lhůty pro vydání rozhodnutí o uložení odvodu podle nařízení č. 2988/95. Námitky jsou částečně důvodné.

[31] Podle čl. 1 odst. 1 nařízení č. 2988/95 [p]ro účely ochrany finančních zájmů Evropských společenství se přijímají obecná pravidla týkající se stejnorodých kontrol a správních opatření a sankcí postihujících nesrovnalosti s ohledem na právo Společenství.

[32] Podle čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 se „nesrovnalostí“ rozumí jakékoli porušení právního předpisu Společenství vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v důsledku kterého je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet Společenství nebo rozpočty Společenstvím spravované, a to buď snížením nebo ztrátou příjmů z vlastních zdrojů vybíraných přímo ve prospěch Společenství, nebo formou neoprávněného výdaje.

[33] Podle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení č. 2988/95 [p]romlčecí doba pro zahájení stíhání činí čtyři roky od okamžiku, kdy došlo k nesrovnalosti uvedené v čl. 1 odst.

1. Odvětvové předpisy mohou stanovit i kratší lhůtu, která však nesmí být kratší než tři roky. Podle pododstavce druhého téhož ustanovení [v] případě pokračujících nebo opakovaných nesrovnalostí běží promlčecí doba ode dne, ke kterému nesrovnalost skončila. V případě víceletých programů běží promlčecí doba v každém případě až do definitivního ukončení programu. Pododstavec třetí téhož ustanovení stanoví, že [p]romlčecí doba pro stíhání se přerušuje každým úkonem příslušného orgánu oznámeným dané osobě, který se týká vyšetřování nebo řízení o nesrovnalosti. Promlčecí doba začíná znovu běžet od provedení každého úkonu způsobujícího přerušení. Konečně pododstavec čtvrtý čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 stanoví, že [p]romlčení však nastane nejpozději ke dni, v němž uplynula lhůta rovnající se dvojnásobku promlčecí doby, aniž příslušný orgán uložil sankci, s výjimkou případů, kdy bylo řízení podle čl. 6 odst. 1 pozastaveno.

[34] Podle čl. 3 odst. 2 nařízení č. 2988/95 [l]hůta pro výkon rozhodnutí, na základě kterého byla uložena správní sankce, činí tři roky. Tato lhůta běží ode dne, kdy rozhodnutí nabude právní moci. Přerušení a pozastavení se řídí odpovídajícími pravidly vnitrostátního práva.

[35] Článek 3 odst. 3 nařízení č. 2988/95 stanoví, že [č]lenské státy si ponechávají možnost uplatňovat delší lhůtu, než která je uvedena v odstavci 1 nebo odstavci 2.

[36] Podle § 22 odst. 13 malých rozpočtových pravidel [o]dvod a penále podle odstavců 4 až 8 lze uložit do 10 let počítaných od 1. ledna roku následujícího po roce, v němž došlo k porušení rozpočtové kázně.

[37] Předně, jak Nejvyšší správní soud již několikrát podotknul ve svých dřívějších rozhodnutích, lhůty upravené v nařízení č. 2988/95 jako „promlčecí“ jsou svou povahou lhůtami prekluzivními, tedy působí zánik práva zahájit řízení (stíhání) pro nesrovnalost, popř. uložit za ni sankci nebo jiné správní opatření (srov. rozsudky NSS ze dne 18. 3. 2022, č. j. 5 Afs 4/2021-66, č. 4333/2022 Sb. NSS, odst.

[28], již citovaný č. j. 3 Afs 248/2023-135, odst.

[27], ze dne 17. 4. 2025, č. j. 9 Afs 45/2024-45, č. 4685/2025 Sb. NSS, odst.

[36], ze dne 27. 11. 2025, č. j. 6 Afs 82/2025-75, odst.

[37], nebo nejnověji ze dne 31. 3. 2026, č. j. 2 Afs 4/2024-58, odst.

[22], a č. j. 2 Afs 7/2025-45, odst.

[26]). K tomu, že nařízení č. 2988/95 se vztahuje nejen na sankční řízení, ale i na řízení o správním opatření v podobě odnětí neoprávněné výhody nemající povahu sankce, blíže viz rozsudky č. j. 5 Afs 4/2021-66, odst.

[29], č. j. 6 Afs 82/2025-75, odst.

[38], nebo č. j. 2 Afs 4/2024-58, odst.

[23], a č. j. 2 Afs 7/2025-45, odst.

[27], a v nich citovanou judikaturu SDEU. IV.a Aplikace nařízení č. 2988/95 a nikoliv národní úpravy

[38] Krajský soud v napadeném rozsudku dospěl ke správnému závěru, že při řešení otázky prekluze práva uložit odvod je třeba aplikovat přímo použitelné nařízení č. 2988/95. Dotace totiž byla žalobkyni poskytnuta částečně z rozpočtu EU, třebaže byla „předfinancována“ ze státního rozpočtu, jak poukazuje stěžovatel (obdobně srov. rozsudky č. j. 4 Afs 52/2023-85, odst.

[11], a č. j. 3 Afs 248/2023-135, odst.

[23], které se oba stejně jako nyní projednávaná věc týkají dotace poskytnuté regionální radou a odvodu za porušení rozpočtové kázně uloženého podle malých rozpočtových pravidel). Není ani rozhodné, že dotace byla „spolufinancována“, tedy poskytnuta z unijního rozpočtu jen částečně. Soudní dvůr EU v rozsudku ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, bod 42, jednoznačně odpověděl, že čl. 3 nařízení č. 2988/95 se vztahuje i na nesrovnalost, ke které došlo v rámci spolufinancovaného projektu, tedy jsou dotčeny finanční zájmy jak EU, tak členského státu.

[39] Důvodná není ani kasační námitka zpochybňující aplikaci nařízení č. 2988/95 z důvodu existence „komplexní vnitrostátní právní úpravy.“ Malá rozpočtová pravidla obdobně jako zákon č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění pozdějších předpisů, kterého se týkaly předběžné otázky položené SDEU desátým senátem ve věci Mikroregion Porta Bohemica, upravují pouze lhůtu pro uložení odvodu, lhůtu pro zahájení řízení jako takového nestanoví.

Nelze se ztotožnit s argumentací stěžovatele, že národní úprava lhůty pro vydání rozhodnutí implicitně zahrnuje též úpravu lhůty pro zahájení řízení. Výklad stěžovatele vede k absurdnímu závěru, že pro zahájení řízení o uložení odvodu příjemci dotace platí stejná desetiletá lhůta jako pro vydání rozhodnutí, což ovšem nedává správnímu orgánu prostor ve lhůtě rozhodnout, pokud řízení zahájí až ke konci desetileté lhůty. Přijatelnějším výkladem § 22 odst. 13 malých rozpočtových pravidel dle kasačního soudu je, že správní orgán musí řízení zahájit tak, aby stihl desetiletou lhůtu pro uložení odvodu, tedy fakticky přesně stanovenou lhůtu pro zahájení řízení nemá.

K takové situaci SDEU v rozsudku ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, odpověděl, že v případě, že členský stát nestanovil delší lhůtu k zahájení stíhání, nemůže stanovit ani delší lhůtu pro vydání rozhodnutí.

Jinými slovy národní úprava nemůže stanovit pouze delší lhůtu pro vydání rozhodnutí, aniž by zároveň stanovila delší lhůtu také pro zahájení stíhání ve smyslu nařízení č. 2988/95.

[40] Soudní dvůr EU v rozsudku ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, též jednoznačně odpověděl, že členský stát nemůže stanovit odlišně počátek běhu lhůty pro vydání rozhodnutí, neboť ta podle čl. 3 odst. 1 prvního pododstavce nařízení č. 2988/95 začíná v každém případě běžet ode dne, kdy došlo k nesrovnalosti, popř. ode dne, kdy skončila opakovaná nebo pokračující nesrovnalost (obdobně srov. též rozsudek SDEU ze dne 6. 2. 2025 ve věci C-42/24, Emporiki Serron, bod 34). Ani kasační námitka, že unijní úprava nebrání stanovení jiného okamžiku pro počátek běhu lhůt, proto není důvodná.

[41] S ohledem na tyto závěry je třeba v projednávané věci aplikovat nařízení č. 2988/95 jako celek a uplynutí prekluzivní lhůty pro uložení odvodu posoudit podle tohoto unijního předpisu, nikoliv podle malých rozpočtových pravidel.

[42] V této souvislosti Nejvyšší správní soud neshledal důvod postoupit věc rozšířenému senátu, jak navrhoval stěžovatel. Ke stěžovatelem tvrzenému rozporu v judikatuře zdejšího soudu se Nejvyšší správní soud vyjádřil již v rozsudku č. j. 3 Afs 248/2023-135, odst.

[43]. Přisvědčil stěžovateli, že v rozsudcích č. j. 4 Afs 81/2022-43 a č. j. 6 Afs 23/2023-81 vydaných po rozsudku č. j. 4 Afs 52/2023-85 sice Nejvyšší správní soud ve skutkově obdobných věcech implicitně dospěl k závěru, že na rozdíl od případu řešeného v rozsudku č. j. 4 Afs 52/2023-85 k prekluzi práva uložit odvod nedošlo (neodchýlil se tedy od dříve vysloveného závěru, že k prekluzi je třeba přihlížet z úřední povinnosti, jak mylně tvrdí stěžovatel). Není ovšem zřejmé, na základě jakých úvah a zda bylo aplikováno nařízení č. 2988/95 či nikoliv nebo kdy došlo k jednotlivým nesrovnalostem. Nejvyšší správní soud v citovaném rozsudku třetího senátu shledal, že bez bližší znalosti skutkových okolností v jednotlivých věcech nelze konstatovat, že v pozdějších rozsudích dospěl k odlišným právním závěrům a je dán v judikatuře NSS rozpor ve smyslu § 17 odst. 1 s. ř. s.

[43] V nyní projednávané věci se Nejvyšší správní soud s uvedeným závěrem ztotožňuje, proto stejně jako ve věci řešené třetím senátem věc nepostoupil rozšířenému senátu. Navíc z nově vydaného rozsudku SDEU ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, vyplývá, že se na nyní projednávanou věc, skutkově podobnou s věcmi řešenými čtvrtým a šestým senátem v citovaných rozsudcích, nařízení č. 2988/95 aplikuje, jak bylo podrobně vysvětleno výše. Případný rozpor v judikatuře NSS byl tedy překonán judikaturou SDEU.

[44] Kasační soud s ohledem na odpovědi SDEU ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, neshledal ani důvod předložit stěžovatelem navrhované předběžné otázky stran vztahu nařízení č. 2988/95 a vnitrostátní úpravy, možnosti stanovit jen delší lhůtu pro rozhodnutí a nutnosti činit dvojnásobek lhůty pro zahájení stíhání. Soudní dvůr EU totiž přesně na tyto otázky v citovaném rozsudku odpověděl.

Nejvyšší správní soud nepovažoval za potřebné předložit SDEU ani poslední navrhovanou otázku ohledně nutnosti kumulativního splnění dvou podmínek pojmu nesrovnalost (tedy i poškození unijního rozpočtu, k čemuž dojde proplacením dotace), neboť i na ni již unijní právo a judikatura odpovídá, a to záporně (tedy že není třeba, aby došlo k proplacení dotace), jak bude rozvedeno níže. IV.b Běh prekluzivních lhůt k zahájení stíhání a k vydání rozhodnutí

[45] Pokud jde o počátek běhu prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95, je obecně rozhodné, kdy došlo k nesrovnalosti, kterou je třeba rozumět porušení právního předpisu vyplývající z jednání nebo opomenutí hospodářského subjektu, v jehož důsledku je nebo by mohl být poškozen souhrnný rozpočet EU (srov. rozsudek NSS ze dne 19. 11. 2025, č. j. 2 Afs 88/2022-52, odst.

[26], nebo již citovaný č. j. 6 Afs 82/2025-75, odst.

[40], oba s odkazem na rozsudek SDEU ve věci C-59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und -export, zejména bod 24, kterého se dovolává též stěžovatel).

[46] Pokud by se jednalo o tzv. pokračující nebo opakovanou nesrovnalost, je v souladu se zněním čl. 3 odst. 1 pododstavce druhého nařízení č. 2988/95 a s druhou z odpovědí SDEU v rozsudku ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, rozhodný okamžik, kdy tato nesrovnalost skončila (srov. též rozsudek NSS ze dne 31. 3. 2026, č. j. 10 Afs 82/2024-133, odst.

[30]). V rozsudcích č. j. 2 Afs 4/2024-58, odst.

[27], a č. j. 2 Afs 7/2025-45, odst.

[30], Nejvyšší správní soud s odkazem na judikaturu SDEU vyložil, že: „Nesrovnalost je pokračující nebo opakovaná ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95, pokud se jí dopustí hospodářský subjekt, jenž těží hospodářské výhody ze souboru podobných operací, kterými se porušuje stejné ustanovení práva Společenství (srov. rozsudek Soudního dvora ze dne 11. 1. 2007, ve věci C-279/05, Vonk Dairy Products BV, bod 41). Pojem „nesrovnalost, která skončila“, jenž je uveden v čl. 3 odst. 1 druhém pododstavci nařízení č. 2988/95, musí být proto chápán tak, že odkazuje na den, kdy skončila poslední operace tvořící tutéž opakovanou nesrovnalost (již citovaný rozsudek Soudního dvora ve věci C-52/14, bod 66).“

[47] Lze souhlasit se stěžovatelem, že podle rozsudku SDEU ve věci C-59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und -export, je třeba pro závěr o existenci nesrovnalosti ve smyslu nařízení č. 2988/95 potřeba kumulativní naplnění dvou podmínek, tj. porušení právního předpisu a poškození unijního rozpočtu. Z citované judikatury, jakož i vlastní definice pojmu nesrovnalost v čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95, ovšem vyplývá, že postačí pouhá potencialita poškození rozpočtu EU (obdobně srov. rozsudky NSS č. j. 4 Afs 52/2023-85, odst.

[25], nebo ze dne 19. 9. 2025, č. j. 1 Afs 59/2025-98, č. 4707/2025 Sb. NSS, odst.

[50]). K „poškození“ ve smyslu čl. 1 odst. 2 nařízení č. 2988/95 (definice nesrovnalosti) dojde podle SDEU v den, kdy je přijato rozhodnutí o konečném přiznání výhody (viz rozsudek SDEU ve věci C-59/14, Firma Ernst Kollmer Fleischimport und -export, bod 32).

[48] Pro vznik nesrovnalosti tedy není nutné, aby došlo k vyplacení prostředků dotace, jak namítá stěžovatel, nýbrž postačí pouze jejich přiznání (srov. také rozsudky č. j. 2 Afs 4/2024-58, odst.

[26], a č. j. 2 Afs 7/2025-45, odst.

[30]). Nejdříve tímto okamžikem, pokud nastane později než porušení právního předpisu, proto dojde k nesrovnalosti, jak správně dovodil i krajský soud v bodě 21. napadeného rozsudku.

[49] Rozsudek č. j. 5 Afs 123/2018-45, na který v této souvislosti odkazoval stěžovatel a který měl potvrdit jeho závěr o nutnosti proplacení dotace, není na projednávanou věc přiléhavý, jelikož se vůbec netýká nařízení č. 2988/95 a výkladu pojmu nesrovnalost podle tohoto unijního předpisu. Citovaný rozsudek se zabýval tím, kdy je možné konstatovat porušení rozpočtové kázně u tzv. dotace ex post, přičemž sám stěžovatel v kasační stížnosti upozorňuje na rozdílnost pojmů porušení rozpočtové kázně a nesrovnalost. Pro porušení rozpočtové kázně je totiž skutečně nutné také vyplacení dotace (srov. usnesení rozšířeného senátu NSS ze dne 18. 4. 2017, č. j. 6 Afs 270/2015-48, č. 3579/2017 Sb. NSS, odst.

[67] a [93]).

[50] Nepřiléhavý je také odkaz stěžovatele na rozsudek SDEU ve věci C-341/13, Cruz & Companhia, ze kterého stěžovatel dovozoval, že prekluzivní lhůty podle nařízení č. 2988/95 začnou plynout nejdříve okamžikem, kdy vnitrostátní orgán „konstatuje nesrovnalost.“ Nejvyšší správní soud má za to, že takový závěr z citovaného rozsudku SDEU neplyne. Soudní dvůr EU v něm odpovídal na dvě otázky portugalského soudu, a sice

(i) zda se lhůta v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 uplatní výlučně na vztahy mezi Unií a národní agenturou vyplácející podporu, nebo také na vztahy mezi národní agenturou a příjemcem podpory, která je považována za neoprávněnou, a

(ii) zda se v případě, že se lhůta v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 uplatní také na vztahy mezi národní agenturou a příjemcem podpory, lhůta uplatní pouze v případě „správních sankcí“ nebo také pro „správní opatření“ jako je vrácení neoprávněně získaných částek.

[51] Na tyto otázky Soudní dvůr EU odpověděl tak, že (1) čl. 3 nařízení č. 2988/95 „se vztahuje na stíhání zahájená vnitrostátními orgány vůči příjemcům unijních podpor po konstatování nesrovnalostí vnitrostátním orgánem odpovědným za vyplácení vývozních náhrad v rámci Evropského zemědělského orientačního a záručního fondu (EZOZF)“ a (2) prekluzivní lhůta v čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 se uplatní také na stíhání vedoucí k přijetí správních opatření ve smyslu čl. 4 téhož nařízení. Z prvně uvedené odpovědi dle kasačního soudu ve spojení s předloženou předběžnou otázkou, na kterou odpovídá, nelze dovodit závěr stěžovatele, že prekluzivní lhůty běží až po vlastním konstatování nesrovnalosti vnitrostátním orgánem.

Navíc, jak bylo uvedeno výše, z nařízení č. 2988/95, jakož i judikatury tohoto soudu i SDEU, jednoznačně vyplývá, že prekluzivní lhůty počínají běžet dnem, kdy došlo k nesrovnalosti, popř. byla ukončena pokračující či opakovaná nesrovnalost. Ani jeden z těchto okamžiků zjevně není spojen se subjektivním konstatováním nesrovnalosti jakýmkoliv orgánem, nýbrž je určen objektivně vznikem nesrovnalosti, popř.

jejím skončením.

[52] Tento závěr podporuje již výše citovaný rozsudek SDEU ve věci C-42/24, Emporiki Serron, bod 34, dle kterého na počátek běhu prekluzivní lhůty dle čl. 3 odst. 1 nařízení č. 2988/95 nemá vliv datum, ke kterému se vnitrostátní orgány dozvěděly o nesrovnalosti nebo ji zjistily. Dle SDEU zůstává počátek prekluzivní lhůty vždy stanoven na den, kdy došlo k nesrovnalosti, nebo v případě opakované nebo pokračující nesrovnalosti na den, ke kterému tato nesrovnalost skončila. Nejvyšší správní soud má proto za to, že ani okamžik, kdy vnitrostátní orgány nesrovnalost konstatují, nemůže být relevantní pro určení počátku běhu prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95.

[53] Na běh prekluzivních lhůt nemá vliv ani stěžovatelem namítaná skutečnost, že dotace byla žalobkyni poskytnuta v rámci víceletého programu Regionální operační program NUTS II Střední Morava. Za víceletý program ve smyslu čl. 3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95 je totiž třeba považovat konkrétní projekt realizovaný příjemcem dotace, nikoliv zastřešující operační program (srov. rozsudek č. j. 3 Afs 248/2023-135, odst.

[28], a nedávný rozsudek NSS ze dne 5. 3. 2026, č. j. 10 Afs 160/2025-43, odst.

[10], oba rozsudky s odkazem na rozsudek SDEU ze dne 15. 6. 2017, ve věci C-436/15, Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos Aplinkos projektų valdymo agentūra).

[54] Nejvyšší správní soud naopak přisvědčil stěžovateli, že v projednávané věci se jedná o tzv. pokračující nesrovnalosti, v případě kterých počnou prekluzivní lhůty podle nařízení č. 2988/95 běžet až ode dne, kdy tyto nesrovnalosti skončily. Vedou jej k tomu následující úvahy.

[55] Žalobkyně se dle napadených správních rozhodnutí dopustila třech pochybení, která vedla k uložení odvodu (ten byl uložen ve výši za nejzávažnější z nich), tedy třech nesrovnalostí ve smyslu nařízení č. 2988/95. Svým jednáním měla porušit zákon č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „ZVZ“), konkrétně (i) žalobkyně stanovila v oznámení o zahájení zadávacího řízení minimální úroveň technického kvalifikačního předpokladu v rozporu s § 56 odst. 5 písm. c) ZVZ, (ii) hodnotící komise se v rozporu s § 76 odst. 1 ZVZ nezabývala neoceněním několika položek v nabídce vítězného uchazeče Pozemní stavitelství Zlín a. s. a

(iii) hodnotící komise v rozporu s § 76 odst. 1 ZVZ nevyřadila nabídku vítězného uchazeče jako nepřijatelnou ve smyslu § 22 odst. 1 písm. d) ZVZ, ačkoli předložil nesprávnou nabídkovou cenu a manipuloval s početními vzorci ve slepém rozpočtu nabídky.

[56] Druhým a třetím pochybením měla žalobkyně porušit také § 6 ZVZ upravující zásady postupu zadavatele jako transparentnost, rovné zacházení a zákaz diskriminace (viz str. 25 a 33 platebního výměru a str. 18 rozhodnutí stěžovatele). Nejvyšší správní soud se podobnou situací, kdy se příjemce dotace a zadavatel veřejné zakázky dopustil v průběhu zadávacího řízení porušení § 6 ZVZ, zabýval v rozsudku č. j. 3 Afs 248/2023-135, na který příhodně poukázal stěžovatel v kasační stížnosti, a kasační soud neshledal důvod se od závěrů tohoto rozsudku nyní odchýlit.

Nejvyšší správní soud v citovaném rozsudku dovodil, že jsou aplikovatelné závěry rozsudku SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, týkající se porušení pravidel Směrnice Rady 92/50/EHS ze dne 18. června 1992 o koordinaci postupů při zadávání veřejných zakázek na služby (dále jen „směrnice č. 92/50“) a s tím souvisejícím narušením volného pohybu služeb.

[57] Soudní dvůr EU se v citovaném rozsudku zabýval mj. otázkou, od kterého okamžiku běží čtyřletá promlčecí lhůta stanovená v čl. 3 odst. 1 prvním pododstavci nařízení č. 2988/95 – zda se použije datum vyplacení podpory příjemci nebo datum, ke kterému příjemce využil dotaci a porušil pravidla pro zadávání veřejných zakázek (viz body 50 a 54 rozsudku). Konstatoval, že: „narušení volného pohybu služeb způsobené porušením ustanovení směrnice 92/50 přetrvává během celé doby provádění smluv uzavřených v rozporu s touto směrnicí“ (bod 56 rozsudku) a „porušení pravidel směrnice 92/50 příjemcem dotace z EFRR (Evropského fondu pro regionální rozvoj – pozn. NSS) s cílem realizovat dotovanou akci, které vede k neoprávněnému výdaji a poškozuje tak unijní rozpočet, přetrvává během celé doby provádění smlouvy protiprávně uzavřené mezi poskytovatelem služeb a příjemcem této dotace, takže taková nesrovnalost musí být považována za ‚pokračující nesrovnalost‘ ve smyslu čl.

3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95“ (bod 58 rozsudku). Čtyřletá promlčecí lhůta stanovená pro účely zpětného vymáhání dotace neoprávněně vyplacené příjemci proto podle SDEU počíná běžet „dnem, kdy bylo dovršeno plnění smlouvy o protiprávně zadané zakázce“ (body 59, 62 a 69 rozsudku).

[58] Směrnice č. 92/50 byla později zrušena a nahrazena Směrnicí Evropského parlamentu a Rady 2004/18/ES ze dne 31. března 2004 o koordinaci postupů při zadávání veřejných zakázek na stavební práce, dodávky a služby (dále jen „směrnice č. 2004/18/ES“), která byla účinná v době rozhodné pro nyní projednávanou věc a jejímž cílem bylo obdobně jako v případě směrnice č. 92/50 zajistit vedle volného pohybu zboží a služeb také koordinaci postupů při zadávání veřejných zakázek. Proto jsou závěry rozsudku SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, použitelné i na situaci žalobkyně, ke které došlo v době účinnosti směrnice č. 2004/18/ES.

Dalším cílem směrnice č. 2004/18/ES bylo zajistit dodržování zásad z ní odvozených jako jsou zásada rovného zacházení, zásada zákazu diskriminace a zásada transparentnosti. Do českého právního řádu byla tato směrnice promítnuta v nové právní úpravě, kdy byl přijat ZVZ z roku 2006 (viz důvodovou zprávu k ZVZ, dle které je hlavním důvodem přípravy nového zákona zajištění transpozice směrnice č. 2004/18/ES). Zmíněné zásady byly konkrétně upraveny v § 6 ZVZ (viz též odst.

[35] rozsudku č. j. 3 Afs 248/2023-135), který měla porušit i žalobkyně v nyní projednávané věci.

[59] S ohledem na uvedené Nejvyšší správní soud v rozsudku č. j. 3 Afs 248/2023-135 shledal, že nesrovnalost spočívající v porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek, které trvalo po celou dobu provádění kupní smlouvy, musí být dle rozsudku SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, považována za pokračující nesrovnalost ve smyslu č.

3 odst. 1 druhého pododstavce nařízení č. 2988/95. V takovém případě lhůta pro rozhodnutí o uložení odvodu začala běžet až dnem, kdy nesrovnalost skončila, což je dle citovaného rozsudku SDEU „dovršením plnění“ kupní smlouvy. Tímto dnem bylo dle NSS uhrazení konečné faktury (viz odst.

[38] a [39] rozsudku č. j. 3 Afs 248/2023-135). Závěr, že s ohledem na rozsudek SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, trvá porušení pravidel pro zadávání veřejných zakázek příjemcem dotace při uzavírání smlouvy na akci dotovanou z unijního rozpočtu po celou dobu následného provádění smlouvy, a jedná se proto o tzv. pokračující nesrovnalost, Nejvyšší správní soud potvrdil v nedávných rozsudcích č. j. 2 Afs 4/2024-58, odst.

[28], a č. j. 2 Afs 7/2025-45, odst.

[32].

[60] Vztaženo na nyní projednávanou věc, ve vztahu ke druhému a třetímu pochybení žalobkyně, kterými měla porušit § 6 ZVZ, je pro počátek běhu prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95 rozhodné, kdy bylo „dovršeno plnění“ ze smlouvy o dílo uzavřené s vítězným uchazečem zadávacího řízení. Ze soupisky dokladů připojených ke čtvrté, poslední, žádosti o platbu (založené ve správním spise) vyplývá, že poslední faktura č. 101480 za stavební práce na akci „Areál rekreačního zařízení Rusava“ byla dodavateli plnění z veřejné zakázky uhrazena dne 28.

1. 2015. Tímto dnem tedy bylo „dovršeno plnění“ ze smlouvy o dílo uzavřené s vítězným uchazečem zadávacího řízení, jak správně namítl žalovaný. Prekluzivní lhůty proto počaly běžet dne 28. 1. 2015. Není rozhodné, že fakturace a hrazení ceny díla jsou soukromoprávním následkem smluvního vztahu mezi zadavatelem a dodavatelem, jak podotkla žalobkyně. Z citované judikatury SDEU i NSS jednoznačně vyplývá, že je rozhodné „dovršení plnění“ ze smlouvy (kupní, o dílo), tedy učinění posledního úkonu v rámci smluvního vztahu.

[61] Závěry rozsudku SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, a třetího senátu se uplatní i na první pochybení, kterým měla žalobkyně porušit § 56 odst. 5 písm. c) ZVZ. Ten upravoval povinnost veřejného zadavatele v oznámení či výzvě o zahájení zadávacího řízení vymezit minimální úroveň těchto [technických, pozn. NSS] kvalifikačních předpokladů, odpovídající druhu, rozsahu a složitosti předmětu plnění veřejné zakázky. Úprava kvalifikačních předpokladů v ZVZ obecně odrážela úpravu ve směrnici č. 2004/18/ES (srov. důvodovou zprávu k tomuto zákonu), v případě § 56 odst. 5 písm. c) ZVZ šlo konkrétně o čl.

44 směrnice č. 2004/18/ES s nadpisem Ověření vhodnosti a výběr účastníků, zadávání zakázek. Podle odst. 1 tohoto článku se zakázky zadávaly v souladu s kritérii hospodářských a finančních předpokladů [čl. 47 směrnice č. 2004/18/ES, pozn. NSS], odborných a technických znalostí nebo způsobilosti [čl. 48 směrnice č. 2004/18/ES, pozn. NSS]. Odstavec 2 téhož článku stanovil, že: „Veřejní zadavatelé mohou od zájemců a uchazečů vyžadovat, aby splňovali minimální způsobilost v souladu s články 47 a 48. Rozsah informací uvedených v článcích 47 a 48 a minimální úrovně způsobilosti požadované pro konkrétní zakázku musí být vztaženy k předmětu zakázky a být tomuto předmětu úměrné.

Tyto minimální úrovně jsou uvedeny v oznámení o zakázce.“

[62] Povinnost veřejného zadavatele stanovená v § 56 odst. 5 písm. c) ZVZ, kterou měla žalobkyně porušit prvním pochybením, tedy vychází obdobně jako zásady v § 6 ZVZ ze směrnice č. 2004/18/ES. Proto se i ve vztahu k prvnímu pochybení jedná o pokračující nesrovnalost dle rozsudku SDEU ve věci C-465/10, Ministre de l’Intérieur, a pro počátek běhu prekluzivních lhůt je rozhodný den „dovršení plnění“ ze smlouvy o dílo, tj. den 28. 1. 2015.

[63] Jelikož platí, že k případné prekluzi by byl soud povinen přihlédnout i z úřední povinnosti (srov. např. rozsudky č. j. 3 Afs 248/2023-135, odst.

[22], nebo č. j. 6 Afs 82/2025-75, odst.

[35]), přezkoumal Nejvyšší správní soud i dodržení čtyřleté lhůty k zahájení stíhání dle čl. 3 odst. 1 pododstavce prvního nařízení č. 2988/95, které žádný z účastníků řízení nezpochybňoval. S ohledem na výše stanovený den rozhodný pro počátek běhu prekluzivních lhůt podle nařízení č. 2988/95 uplynula lhůta k zahájení stíhání dne 28. 1. 2019. Daňové řízení, které vyústilo v napadený platební výměr ukládající odvod, bylo zahájeno dne 22. 9. 2017, tedy ve lhůtě, jak dovodil i krajský soud v bodě 29. napadeného rozsudku. Ačkoliv kasační soud stanovil odlišný okamžik pro počátek běhu prekluzivních lhůt oproti krajskému soudu, tento jeho dílčí závěr je správný.

[64] Naopak není správný závěr krajského soudu o prekluzi práva uložit odvod za porušení rozpočtové kázně, jelikož osmiletá prekluzivní lhůta k vydání rozhodnutí dle čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 o uložení odvodu za žalobkyni vytknutá pochybení při zadávání veřejné zakázky uplynula až dne 28. 1. 2023. Rozhodnutí žalovaného ze dne 29. 6. 2022, ve znění opravného rozhodnutí ze dne 9. 8. 2022, tak bylo vydáno včas a i tato absolutní prekluzivní lhůta byla dodržena (k tomu, že lhůta podle čl. 3 odst. 1 pododstavce čtvrtého nařízení č. 2988/95 představuje absolutní hranici prekluze stíhání nesrovnalosti srov. rozsudek SDEU ve věci C-539/24, Mikroregion Porta Bohemica, bod 19 s odkazem na rozsudek SDEU ve věci C-42/24, Emporiki Serron, bod 39, obdobně rozsudky NSS č. j. 5 Afs 4/2021-66, odst.

[45], č. j. 2 Afs 4/2024-58, odst.

[29], a č. j. 2 Afs 7/2025-45, odst.

[35]). Z tohoto důvodu napadený rozsudek nemohl obstát a Nejvyšší správní soud jej zrušil.

V. Závěr a náklady řízení

[65] Nejvyšší správní soud dospěl k závěru, že kasační stížnost je důvodná, a proto rozsudek krajského soudu zrušil (§ 110 odst. 1 s. ř. s.). V dalším řízení je krajský soud vázán právním názorem Nejvyššího správního soudu zde uvedeným (§ 110 odst. 4 s. ř. s.). [66] O náhradě nákladů řízení rozhodne krajský soud v novém rozhodnutí (§ 110 odst. 3, věta první, s. ř. s.). Poučení: Proti tomuto rozsudku nejsou opravné prostředky přípustné. V Brně dne 15. dubna 2026 JUDr.

Radan Malík předseda senátu